研究キーワード
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計算化学
研究分野
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情報通信 / 計算科学
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情報通信 / 高性能計算
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ライフサイエンス / 生物物理学
学歴
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名古屋大学 大学院情報学研究科 複雑系科学専攻 博士課程後期課程 退学
2017年4月 - 2019年9月
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名古屋大学 大学院情報科学研究科 複雑系科学専攻 博士課程前期課程
2015年4月 - 2017年3月
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豊橋技術科学大学 工学部 電気・電子情報工学課程
2013年4月 - 2015年3月
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石川工業高等専門学校 電子情報工学科
2008年4月 - 2013年3月
経歴
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東京科学大学 情報理工学院 情報工学系 研究員
2024年10月 - 現在
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東京工業大学 情報理工学院 情報工学系 研究員
2019年12月 - 2024年9月
論文
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Protocol for Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides using Descriptors Obtained from Extended Ensemble Molecular Dynamics Simulations and Chemical Structures
Masatake Sugita, Yudai Noso, Jianan Li, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Yutaka Akiyama
2025年6月
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Taisuke Boku, Masatake Sugita, Ryohei Kobayashi, Shinnosuke Furuya, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
Proceedings of the 53rd International Conference on Parallel Processing 1082 - 1091 2024年8月
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QUBO Problem Formulation of Fragment-Based Protein–Ligand Flexible Docking
Keisuke Yanagisawa, Takuya Fujie, Kazuki Takabatake, Yutaka Akiyama
Entropy 2024年4月
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CycPeptMPDB: A Comprehensive Database of Membrane Permeability of Cyclic Peptides
Jianan Li, Keisuke Yanagisawa, Masatake Sugita, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
Journal of Chemical Information and Modeling 2023年3月
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Lipid Composition Is Critical for Accurate Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides by Molecular Dynamics Simulations
Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
Journal of Chemical Information and Modeling 62 ( 18 ) 4549 - 4560 2022年9月
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Large-Scale Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides Crossing a Lipid Bilayer Based on Enhanced Sampling Molecular Dynamics Simulations
Masatake Sugita, Satoshi Sugiyama, Takuya Fujie, Yasushi Yoshikawa, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
Journal of Chemical Information and Modeling 61 ( 7 ) 3681 - 3695 2021年7月
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Impact of cis- versus trans-Configuration of Butylene Carbonate Electrolyte on Microscopic Solid Electrolyte Interphase Formation Processes in Lithium-Ion Batteries
Kasumi Miyazaki, Norio Takenaka, Takuya Fujie, Eriko Watanabe, Yuki Yamada, Atsuo Yamada, Masataka Nagaoka
ACS Applied Materials & Interfaces 11 ( 17 ) 15623 - 15629 2019年5月
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Concentration Effect of Fluoroethylene Carbonate on the Formation of Solid Electrolyte Interphase Layer in Sodium-Ion Batteries
Amine Bouibes, Norio Takenaka, Takuya Fujie, Kei Kubota, Shinichi Komaba, Masataka Nagaoka
ACS Applied Materials & Interfaces 10 ( 34 ) 28525 - 28532 2018年8月
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Red Moon methodology compatible with quantum mechanics/molecular mechanics framework: Application to solid electrolyte interphase film formation in lithium-ion battery system
Takuya Fujie, Norio Takenaka, Yuichi Suzuki, Masataka Nagaoka
The Journal of Chemical Physics 149 ( 4 ) 044113 - 044113 2018年7月
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Microscopic Formation Mechanism of Solid Electrolyte Interphase Film in Lithium-Ion Batteries with Highly Concentrated Electrolyte
Norio Takenaka, Takuya Fujie, Amine Bouibes, Yuki Yamada, Atsuo Yamada, Masataka Nagaoka
The Journal of Physical Chemistry C 122 ( 5 ) 2564 - 2571 2018年2月
MISC
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分子動力学シミュレーションに基づく環状テトラペプチドの合成効率予測
金川, 藤江拓哉, 岡田洋平, 大上雅史
情報処理学会研究報告(Web) 2025 ( MPS-153 ) 2025年
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環状ペプチドの膜透過過程のMarkov state Modelに基づいた速度論的な解析
寺倉慶, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 秋山泰
日本蛋白質科学会年会(Web) 25th 2025年
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分子動力学シミュレーションと機械学習を組み合わせた環状ペプチド膜透過性の予測法の開発
杉田昌岳, 能祖雄大, 李佳男, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 秋山泰
日本蛋白質科学会年会(Web) 25th 2025年
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分子動力学シミュレーション軌跡データから抽出した位置依存特徴量を活用した環状ペプチドの膜透過性予測
能祖雄大, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 秋山泰
情報処理学会研究報告(Web) 2024 ( MPS-147 ) 2024年
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拡張アンサンブル分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過性予測技術の開発と応用
杉田昌岳, 藤江拓哉, 能祖雄大, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰
日本蛋白質科学会年会(Web) 24th 2024年
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CycPeptMPDB:包括的な環状ペプチド膜透過率データベースの開発
LI Jianan, 柳澤渓甫, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 大上雅史, 秋山泰
情報処理学会研究報告(Web) 2023 ( MPS-143 ) 2023年
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拡張アンサンブル分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過性予測技術の開発と応用
杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰
日本蛋白質科学会年会(Web) 23rd (CD-ROM) 2023年
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分子動力学シミュレーション軌跡データからの環状ペプチドの膜透過性と相関が高い特徴量の抽出
能祖雄大, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰
情報処理学会研究報告(Web) 2022 ( MPS-138 ) 2022年
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分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過率の大規模予測
杉田昌岳, 杉山聡, 藤江拓哉, 吉川寧, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰
溶液化学シンポジウム講演要旨集 43rd 2021年
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QM/MM 法を組み合わせた Red Moon 法による SEI 膜形成シミュレーション
藤江 拓哉, 竹中 規雄, 長岡 正隆
Journal of Computer Chemistry, Japan 18 ( 1 ) 29 - 37 2019年
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非晶質炭素電極モデルを用いた電極電解液界面の分子動力学シミュレーション解析
藤江拓哉, 竹中規雄, 稲垣泰一, 長岡正隆
日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM) 99th 2019年
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カーボネート電解液中で形成されるSEI膜に対する溶媒和相互作用の影響
宮崎かすみ, 竹中規雄, 藤江拓哉, 渡部絵里子, 山田裕貴, 山田淳夫, 長岡正隆
電池討論会講演要旨集 59th 2018年
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Liイオン二次電池における正極電解液相間膜形成機構の理論的研究
西川拓哉, 竹中規雄, 鈴木雄一, 藤江拓哉, 金丸未紀, 麻田俊雄, 小関史朗, 長岡正隆
分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 11th 2017年
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高濃度電解液を用いたLiイオン電池のSEI膜形成機構の理論的解析
竹中規雄, 竹中規雄, 藤江拓哉, BOUIBES Amine, BOUIBES Amine, 長岡正隆, 長岡正隆, 長岡正隆
電池討論会講演要旨集 58th 2017年
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QM/MMに基づくRed Moon法におけるポテンシャルエネルギー評価
藤江拓哉, 竹中規雄, 竹中規雄, 鈴木雄一, 長岡正隆, 長岡正隆, 長岡正隆
分子シミュレーション討論会講演要旨集 31st 2017年
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QM/MM法を導入した混合MC/MD反応法の開発:二次電池の固体電解液相間(SEI)膜形成への適用
藤江拓哉, 竹中規雄, 鈴木雄一, 長岡正隆
分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 10th 2016年
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混合MC/MD反応法におけるQM/MM計算による汎用的エネルギー評価法の開発
藤江拓哉, 竹中規雄, 鈴木雄一, 長岡正隆
分子シミュレーション討論会講演要旨集 30th 2016年
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D-6-12 Xeon Phi^<TM>コプロセッサの予備的性能評価(D-6.コンピュータシステムC(高性能ソフトウェアとネットワーク),一般セッション)
藤江 拓哉, 松岡 俊佑, 藤枝 直輝, 市川 周一
電子情報通信学会総合大会講演論文集 2015 ( 1 ) 76 2015年2月