2025/09/30 更新

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ウドノ ヒロタケ
鵜殿 寛岳
UDONO HIROTAKE
所属
総合研究院 化学生命科学研究所 特任助教
職名
特任助教

研究キーワード

  • 人工細胞

研究分野

  • 自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理

  • ものづくり技術(機械・電気電子・化学工学) / 流体工学

論文

  • Remote-controlled mechanical and directional motions of photoswitchable DNA condensates

    Hirotake Udono, Shin-ichiro M. Nomura, Masahiro Takinoue

    Nature Communications   2025年5月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41467-025-59100-x

  • Synthetic nucleic-acid droplets: a bioprogramming platform for designer microliquids

    Hirotake Udono, Tomoya Maruyama, Nathan N. Evangelista, Naoki Yoshida, Yuta Aizaki, Kei Goraku, Kanta Takagi, Ryoya Hasegawa, Masahiro Takinoue

    Polymer Journal   2025年5月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41428-025-01050-8

  • Programmable Computational RNA Droplets Assembled via Kissing-Loop Interaction 査読

    Hirotake Udono, Minzhi Fan, Yoko Saito, Hirohisa Ohno, Shin-ichiro M. Nomura, Yoshihiro Shimizu, Hirohide Saito, Masahiro Takinoue

    ACS Nano   18 ( 24 )   15477 - 15486   2024年6月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:American Chemical Society (ACS)  

    DOI: 10.1021/acsnano.3c12161

  • DNA Droplets: Intelligent, Dynamic Fluid. 招待 査読 国際誌

    Hirotake Udono, Jing Gong, Yusuke Sato, Masahiro Takinoue

    Advanced biology   e2200180   2022年12月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)  

    Breathtaking advances in DNA nanotechnology have established DNA as a promising biomaterial for the fabrication of programmable higher-order nano/microstructures. In the context of developing artificial cells and tissues, DNA droplets have emerged as a powerful platform for creating intelligent, dynamic cell-like machinery. DNA droplets are a microscale membrane-free coacervate of DNA formed through phase separation. This new type of DNA system couples dynamic fluid-like property with long-established DNA programmability. This hybrid nature offers an advantageous route to facile and robust control over the structures, functions, and behaviors of DNA droplets. This review begins by describing programmable DNA condensation, commenting on the physical properties and fabrication strategies of DNA hydrogels and droplets. By presenting an overview of the development pathways leading to DNA droplets, it is shown that DNA technology has evolved from static, rigid systems to soft, dynamic systems. Next, the basic characteristics of DNA droplets are described as intelligent, dynamic fluid by showcasing the latest examples highlighting their distinctive features related to sequence-specific interactions and programmable mechanical properties. Finally, this review discusses the potential and challenges of numerical modeling able to connect a robust link between individual sequences and macroscopic mechanical properties of DNA droplets.

    DOI: 10.1002/adbi.202200180

    PubMed

  • Photoinduced gel–liquid transition of DNA fluid generates remote-controlled nonequilibrium microflow

    Hirotake Udono, Shin-ichiro M. Nomura, Masahiro Takinoue

    2022年8月

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受賞

  • 優秀研究賞(一般ポスター賞)

    2021年11月   化学とマイクロ・ナノシステム学会   光制御が可能なDNA自己集積体の動的な相転移操作

    鵜殿寛岳, 野村M, 慎一郎, 瀧ノ上正浩

共同研究・競争的資金等の研究課題

  • DNA機能性流体の液滴生成と集積化のための統合型マイクロ流路の開発

    研究課題/領域番号:22KJ1294  2023年3月 - 2025年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

    鵜殿 寛岳

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    配分額:4420000円 ( 直接経費:3400000円 、 間接経費:1020000円 )

    研究代表者が2023年度に主に取り組んだことは、(1)昨年度末に査読誌から要修正として戻ってきた投稿論文(相状態の光制御が可能なDNA液滴)の修正対応および(2)演算を行うRNA液滴の研究である。(2)に関して、英文の化学・マイクロ工学系の査読誌に提出して要修正として戻ってきた。
    (1)に関して査読者から要求されていた追加実験は、(A)光応答能を持つDNAの基本的な性質をより明確にするための対照実験、(B)相挙動を基礎づける熱力学的な議論に関して、定性的な議論にとどまらず定量的なデータの裏付けを与える基礎的な実験、(C)光応答DNAの挙動を用いた何らかのデモンストレーション(例えば、一方向に自走するシステム)である。このうち、(A)および(B)に関して、研究代表者は実験を完了して修正原稿に反映した。特に、マイクロ構造体の熱力学的な変数を実験的に推定することで、液滴の光誘発ダイナミクスの物理的な基礎付けを与えた点は初の試みである。(C)は、本研究の直接的な範囲ではないが、査読者が真剣に原稿を読み建設的な見解を述べていることをふまえて、この追加実験にトライした。当初案では、ガラス基板上にDNAパターンを作製して光応答するDNAとの相互作用を利用して一方向に移動させる手法を着想した。しかし、技術的なハードルおよび時間の制約から当初案は中途断念した。
    (2)演算を行うRNA液滴については、知性を持つ流動的な人工細胞を生細胞などの環境中で発現させる技術の基盤となるきわめて重要なテーマである。実験部分に関しては、技術補佐員の協力を得ながら実施した。特定のmicroRNAが2本入力されたときだけ、相状態が液相から分散相に変化することが実験でも確認され、設計通りの挙動が得られることが確認された。査読者からの指摘をうけて、安価な細胞染色液を利用してAND演算にともなう相変化を直接目視で確認できる技術も確立した。

  • プログラム可能な水性二相系DNA液滴の単分散生成と集積化を行うマイクロ流路の開発

    研究課題/領域番号:22K14528  2022年4月 - 2025年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  若手研究

    鵜殿 寛岳

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    配分額:4680000円 ( 直接経費:3600000円 、 間接経費:1080000円 )

  • DNA機能性流体の液滴生成と集積化のための統合型マイクロ流路の開発

    研究課題/領域番号:22J00940  2022年4月 - 2025年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

    鵜殿 寛岳

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    配分額:4420000円 ( 直接経費:3400000円 、 間接経費:1020000円 )

  • マイクロ流路を流れる微粒子の慣性集約挙動に関する数値実験研究

    研究課題/領域番号:19J12959  2019年4月 - 2021年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

    鵜殿 寛岳

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    配分額:2300000円 ( 直接経費:2300000円 )

    マイクロ流路内を高速で流れる微粒子が,流体力学的な相互作用で自己組織化し整列する現象について,数値シミュレーションを用いて研究を行った.2020年度は,2つのテーマに関して得られた結果を査読誌上で公表し,本採択課題の申請書に記載していた研究目標を概ね達成することができた.一つは,マイクロ流路内で微粒子が流体の作用で自己組織化するメカニズムを数値シミュレーションで明らかにしたことである.先行研究では,解像度の低い実験的手法で限られたデータしかなく推測的な議論がなされていたに過ぎなかったが,数値シミュレーションによる高解像での解析により決定的なエビデンスを示すことができた.もう一つは,微粒子間の流体力学的な相互作用を強くすることで集約挙動がどのように変わるかを数値シミュレーションで示したものである.申請書には「粒子濃度が高いときに見られる非集約挙動のメカニズムを明らかにする」と書かれていたものである.従来の実験的手法では,2粒子間の流体相互作用を強制的に制御することは不可能であるため,粒子濃度が高い流れ領域での粒子挙動の解析は不可能であった.数値シミュレーションではそのような非現実的な操作が簡単に行えることから,ストレートフォワードな方法で非集約挙動の原因を明らかにした.さらにその過程で,粒子濃度が集約挙動のスピードを変化させることが判明した.論文として公開されてはいないものの,実験研究者との議論を通じて粒子濃度によって集約のスピードが変わることを伝え聞いていた.その現象をはじめてデータとして発表することができた.