日本RNA学会

International Society of Computational Biology

INFORMATION PROCESSING SOCIETY OF JAPAN

THE GENETICS SOCIETY OF JAPAN

THE MOLECULAR BIOLOGY SOCIETY OF JAPAN

Long non-coding RNA 2310069B03Rik functions as a suppressor of Ucp1 expression under prolonged cold exposure in murine beige adipocytes. Reviewed International journal

Mari Iwase, Shoko Sakai, Shigeto Seno, Yu-Sheng Yeh, Tony Kuo, Haruya Takahashi, Wataru Nomura, Huei-Fen Jheng, Paul Horton, Naoki Osato, Hideo Matsuda, Kazuo Inoue, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto

Bioscience, biotechnology, and biochemistry   84 ( 2 )   305 - 313   2020.2

Comprehensive epigenome characterization reveals diverse transcriptional regulation across human vascular endothelial cells. Reviewed International journal

Ryuichiro Nakato, Youichiro Wada, Ryo Nakaki, Genta Nagae, Yuki Katou, Shuichi Tsutsumi, Natsu Nakajima, Hiroshi Fukuhara, Atsushi Iguchi, Takahide Kohro, Yasuharu Kanki, Yutaka Saito, Mika Kobayashi, Akashi Izumi-Taguchi, Naoki Osato, Kenji Tatsuno, Asuka Kamio, Yoko Hayashi-Takanaka, Hiromi Wada, Shinzo Ohta, Masanori Aikawa, Hiroyuki Nakajima, Masaki Nakamura, Rebecca C McGee, Kyle W Heppner, Tatsuo Kawakatsu, Michiru Genno, Hiroshi Yanase, Haruki Kume, Takaaki Senbonmatsu, Yukio Homma, Shigeyuki Nishimura, Toutai Mitsuyama, Hiroyuki Aburatani, Hiroshi Kimura, Katsuhiko Shirahige

Epigenetics & chromatin   12 ( 1 )   77 - 77   2019.12

Improvement of detection performance of fusion genes from RNA-seq data by clustering short reads Reviewed International journal

Sota Y, Seno S, Shigeta H, Osato N, Shimoda M, Noguchi S, Matsuda H

Journal of Bioinformatics and Computational Biology   17 ( 03 )   1940008 - 1940008   2019

Common genetic variants associated with Parkinson's disease display widespread signature of epigenetic plasticity Reviewed

Sharma A, Osato N, Liu H, Asthana S, Dakal TC, Ambrosini G, Bucher P, Schmit I, Wullmer U

Scientific Report   9 ( 18464 )   2019

The DPP-4 inhibitor, teneligliptin enhances brown adipose tissue function, leading to the prevention of obesity in mice Reviewed

Takeda K, Sawazaki H, Takahashi H, Yeh YS, Jheng HF, Nomura W, Ara T, Takahashi N, Seno S, Osato N, Matsuda H, Kawata T, Goto T

FEBS Open Bio   2018.7

Characteristics of functional enrichment and gene expression level of human putative transcriptional target genes Reviewed

Naoki Osato

BMC Genomics   19 ( 957 )   2018.1

Detection of Fusion Genes from Human Breast Cancer Cell-line RNA-Seq Data Using Shifted Short Read Clustering Reviewed

Yoshiaki Sota, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Naoki Osato, Masafumi Shimoda, Shinzaburo Noguchi, Hideo Matsuda

PROCEEDINGS 2018 IEEE 18TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOENGINEERING (BIBE)   159 - 162   2018

Transcription factor IRF8 plays a critical role in the development of murine basophils and mast cells Reviewed

Haruka Sasaki, Daisuke Kurotaki, Naoki Osato, Hideaki Sato, Izumi Sasaki, Shin-ichi Koizumi, Hongsheng Wang, Chika Kaneda, Akira Nishiyama, Tsuneyasu Kaisho, Hiroyuki Aburatani, Herbert C. Morse, Keiko Ozato, Tomohiko Tamura

BLOOD   125 ( 2 )   358 - 369   2015.1

Essential role of the IRF8-KLF4 transcription factor cascade in murine monocyte differentiation Reviewed

Daisuke Kurotaki, Naoki Osato, Akira Nishiyama, Michio Yamamoto, Tatsuma Ban, Hideaki Sato, Jun Nakabayashi, Marina Umehara, Noriko Miyake, Naomichi Matsumoto, Masatoshi Nakazawa, Keiko Ozato, Tomohiko Tamura

BLOOD   121 ( 10 )   1839 - 1849   2013.3

Chromosome-biased binding and gene regulation by the Caenorhabditis elegans DRM complex. Reviewed

Tabuchi TM, Deplancke B, Osato N, Zhu LJ, Barrasa MI, Harrison MM, Horvitz HR, Walhout AJ, Hagstrom KA

PLoS genetics   7 ( 5 )   e1002074   2011.5

Chromosome-Biased Binding and Gene Regulation by the Caenorhabditis elegans DRM Complex Reviewed

Tomoko M. Tabuchi, Bart Deplancke, Naoki Osato, Lihua J. Zhu, M. Inmaculada Barrasa, Melissa M. Harrison, H. Robert Horvitz, Albertha J. M. Walhout, Kirsten A. Hagstrom

PLOS GENETICS   7 ( 5 )   2011.5

The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts Reviewed

Chisato Yamasaki, Katsuhiko Murakami, Yasuyuki Fujii, Yoshiharu Sato, Erimi Harada, Jun-Ichi Takeda, Takayuki Taniya, Ryuichi Sakate, Shingo Kikugawa, Makoto Shimada, Motohiko Tanino, Kanako O. Koyanagi, Roberto A. Barrero, Craig Gough, Hong-Woo Chun, Takuya Habara, Hideki Hanaoka, Yosuke Hayakawa, Phillip B. Hilton, Yayoi Kaneko, Masako Kanno, Yoshihiro Kawahara, Toshiyuki Kawamura, Akihiro Matsuya, Naoki Nagata, Kensaku Nishikata, Akiko Ogura Noda, Shin Nurimoto, Naomi Saichi, Hiroaki Sakai, Ryoko Sanbonmatsu, Rie Shiba, Mami Suzuki, Kazuhiko Takabayashi, Aiko Takahashi, Takuro Tamura, Masayuki Tanaka, Susumu Tanaka, Fusano Todokoro, Kaori Yamaguchi, Naoyuki Yamamoto, Toshihisa Okido, Jun Mashima, Aki Hashizume, Lihua Jin, Kyung-Bum Lee, Yi-Chueh Lin, Asami Nozaki, Katsunaga Sakai, Masahito Tada, Satoru Miyazaki, Takashi Makino, Hajime Ohyanagi, Naoki Osato, Nobuhiko Tanaka, Yoshiyuki Suzuki, Kazuho Ikeo, Naruya Saitou, Hideaki Sugawara, Claire O'Donovan, Tamara Kulikova, Eleanor Whitfield, Brian Halligan, Mary Shimoyama, Simon Twigger, Kei Yura, Kouichi Kimura, Tomohiro Yasuda, Tetsuo Nishikawa, Yutaka Akiyama, Chie Motono, Yuri Mukai, Hideki Nagasaki, Makiko Suwa, Paul Horton, Reiko Kikuno, Osamu Ohara, Doron Lancet, Eric Eveno, Esther Graudens, Sandrine Imbeaud, Marie Anne Debily, Yoshihide Hayashizaki, Clara Amid, Michael Han, Andreas Osanger, Toshinori Endo, Michael A. Thomas, Mika Hirakawa, Wojciech Makalowski, Mitsuteru Nakao, Nam-Soon Kim, Hyang-Sook Yoo, Sandro J. De Souza, Maria de Fatima Bonaldo, Yoshihito Niimura, Vladimir Kuryshev, Ingo Schupp, Stefan Wiemann, Matthew Bellgard, Masafumi Shionyu, Libin Jia, Danielle Thierry-Mieg, Jean Thierry-Mieg, Lukas Wagner, Qinghua Zhang, Mitiko Go, Shinsei Minoshima, Masafumi Ohtsubo, Kousuke Hanada, Peter Tonellato, Takao Isogai, Ji Zhang, Boris Lenhard, Sangsoo Kim, Zhu Chen, Ursula Hinz, Anne Estreicher, Kenta Nakai, Izabela Makalowska, Winston Hide, Nicola Tiffin, Laurens Wilming, Ranajit Chakraborty, Marcelo Bento Soares, Maria Luisa Chiusano, Yutaka Suzuki, Charles Auffray, Yumi Yamaguchi-Kabata, Takeshi Itoh, Teruyoshi Hishiki, Satoshi Fukuchi, Ken Nishikawa, Sumio Sugano, Nobuo Nomura, Yoshio Tateno, Tadashi Imanishi, Takashi Gojobori

NUCLEIC ACIDS RESEARCH   36 ( Database issue )   D793 - D799   2008.1

Insertional mutagenesis by the Tol2 transposon-mediated enhancer trap approach generated mutations in two developmental genes: tcf7 and synembryn-like Reviewed

Saori Nagayoshi, Eriko Hayashi, Gembu Abe, Naoki Osato, Kazuhide Asakawa, Akihiro Urasaki, Kazuki Horikawa, Kazuho Ikeo, Hiroyuki Takeda, Koichi Kawakami

DEVELOPMENT   135 ( 1 )   159 - 169   2008.1

The evolutionary emergence of cell type-specific genes inferred from the gene expression analysis of Hydra Reviewed

Jung Shan Hwang, Hajime Ohyanagi, Shiho Hayakawa, Naoki Osato, Chiemi Nishimiya-Fujisawa, Kazuho Ikeo, Charles N. David, Toshitaka Fujisawa, Takashi Gojobori

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA   104 ( 37 )   14735 - 14740   2007.9

Transcriptional interferences in cis natural antisense transcripts of humans and mice Reviewed

Naoki Osato, Yoshiyuki Suzuki, Kazuho Ikeo, Takashi Gojobori

GENETICS   176 ( 2 )   1299 - 1306   2007.6

Curated genome annotation of Oryza sativa ssp. japonica and comparative genome analysis with Arabidopsis thaliana: The Rice Annotation Project Reviewed

Takeshi Itoh, Tsuyoshi Tanaka, Roberto A. Barrero, Chisato Yamasaki, Yasuyuki Fujii, Phillip B. Hilton, Baltazar A. Antonio, Hideo Aono, Rolf Apweiler, Richard Bruskiewich, Thomas Bureau, Frances Burr, Antonio Costa De Oliveira, Galina Fuks, Takuya Habara, Georg Haberer, Bin Han, Erimi Harada, Aiko T. Hiraki, Hirohiko Hirochika, Douglas Hoen, Hiroki Hokari, Satomi Hosokawa, Yue-Ie Hsing, Hiroshi Ikawa, Kazuho Ikeo, Tadashi Imanishi, Yukiyo Ito, Pankaj Jaiswal, Masako Kanno, Yoshihiro Kawahara, Toshiyuki Kawamura, Hiroaki Kawashima, Jitendra P. Khurana, Shoshi Kikuchi, Setsuko Komatsu, Kanako O. Koyanagi, Hiromi Kubooka, Damien Lieberherr, Yao-Cheng Lin, David Lonsdale, Takashi Matsumoto, Akihiro Matsuya, W. Richard McCombie, Joachim Messing, Akio Miyao, Nicola Mulder, Yoshiaki Nagamura, Jongmin Nam, Nobukazu Namiki, Hisataka Numa, Shin Nurimoto, Claire O'Donovan, Hajime Ohyanagi, Toshihisa Okido, Satoshi OOta, Naoki Osato, Lance E. Palmer, Francis Quetier, Saurabh Raghuvanshi, Naomi Saichi, Hiroaki Sakai, Yasumichi Sakai, Katsumi Sakata, Tetsuya Sakurai, Fumihiko Sato, Yoshiharu Sato, Heiko Schoof, Motoaki Seki, Michie Shibata, Yuji Shimizu, Kazuo Shinozaki, Yuji Shinso, Nagendra K. Singh, Brian Smith-White, Jun-Ichi Takeda, Motohiko Tanino, Tatiana Tatusova, Supat Thongjuea, Fusano Todokoro, Mika Tsugane, Akhilesh K. Tyagi, Apichart Vanavichit, Aihui Wang, Rod A. Wing, Kaori Yamaguchi, Mayu Yamamoto, Naoyuki Yamamoto, Yeisoo Yu, Hao Zhang, Qiang Zhao, Kenichi Higo, Benjamin Burr, Takashi Gojobori, Takuji Sasaki

Genome Research   17 ( 2 )   175 - 183   2007.2

Development of a Computer-Based Method for a Full-Length cDNA Project and Discovery of Cis Sense-Antisense mRNAs with Full-Length cDNAs Reviewed

Naoki Osato

Doctoral thesis   2007

A genome-wide and nonredundant mouse transcription factor database Reviewed

M Kanamori, H Konno, N Osato, J Kawai, Y Hayashizaki, H Suzuki

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   322 ( 3 )   787 - 793   2004.9

Identification of region-specific transcription factor genes in the adult mouse brain by medium-scale real-time RT-PCR Reviewed

H Suzuki, R Okunishi, W Hashizume, S Katayama, N Ninomiya, N Osato, K Sato, M Nakamura, J Iida, M Kanamori, Y Hayashizaki

FEBS LETTERS   573 ( 1-3 )   214 - 218   2004.8

Antisense transcripts with rice full-length cDNAs Reviewed

N Osato, H Yamada, K Satoh, H Ooka, M Yamamoto, K Suzuki, J Kawai, P Carninci, Y Ohtomo, K Murakami, K Matsubara, S Kikuchi, Y Hayashizaki

GENOME BIOLOGY   5 ( 1 )   2004

Comprehensive analysis of NAC family genes in Oryza sativa and Arabidopsis thaliana Reviewed

H Ooka, K Satoh, K Doi, T Nagata, Y Otomo, K Murakami, K Matsubara, N Osato, J Kawai, P Carninci, Y Hayashizaki, K Suzuki, K Kojima, Y Takahara, K Yamamoto, S Kikuchi

DNA RESEARCH   10 ( 6 )   239 - 247   2003.12

Collection, mapping, and annotation of over 28,000 cDNA clones from japonica rice Reviewed

S Kikuchi, K Satoh, T Nagata, N Kawagashira, K Doi, N Kishimoto, J Yazaki, M Ishikawa, H Yamada, H Ooka, Hotta, I, K Kojima, T Namiki, E Ohneda, W Yahagi, K Suzuki, CJ Li, K Ohtsuki, T Shishiki, Y Otomo, K Murakami, Y Iida, S Sugano, T Fujimura, Y Suzuki, Y Tsunoda, T Kurosaki, T Kodama, H Masuda, M Kobayashi, QH Xie, M Lu, R Narikawa, A Sugiyama, K Mizuno, S Yokomizo, J Niikura, R Ikeda, J Ishibiki, M Kawamata, A Yoshimura, J Miura, T Kusumegi, M Oka, R Ryu, M Ueda, K Matsubara, J Kawai, P Carninci, J Adachi, K Aizawa, T Arakawa, S Fukuda, A Hara, W Hashizume, N Hayatsu, K Imotani, Y Ishii, M Itoh, Kagawa, I, S Kondo, H Konno, A Miyazaki, N Osato, Y Ota, R Saito, D Sasaki, K Sato, K Shibata, A Shinagawa, T Shiraki, M Yoshino, Y Hayashizaki, A Yasunishi

SCIENCE   301 ( 5631 )   376 - 379   2003.7

Antisense transcripts with FANTOM2 clone set and their implications for gene regulation Reviewed

H Kiyosawa, Yamanaka, I, N Osato, S Kondo, Y Hayashizaki

GENOME RESEARCH   13 ( 6B )   1324 - 1334   2003.6

Targeting a complex transcriptome: The construction of the mouse full-length cDNA encyclopedia Reviewed

P Carninci, K Waki, T Shiraki, H Konno, K Shibata, M Itoh, K Aizawa, T Arakawa, Y Ishii, D Sasaki, H Bono, S Kondo, Y Sugahara, R Saito, N Osato, S Fukuda, K Sato, A Watahiki, T Hirozane-Kishikawa, M Nakamura, Y Shibata, A Yasunishi, N Kikuchi, A Yoshiki, M Kusakabe, S Gustincich, K Beisel, W Pavan, Aidinis, V, A Nakagawara, WA Held, H Iwata, T Kono, H Nakauchi, P Lyons, C Wells, DA Hume, M Fagiolini, TK Hensch, M Brinkmeier, S Camper, J Hirota, P Mombaerts, M Muramatsu, Y Okazaki, J Kawai, Y Hayashizaki

GENOME RESEARCH   13 ( 6B )   1273 - 1289   2003.6

Antisense transcripts with rice full-length cDNAs. Reviewed

Osato N, Yamada H, Satoh K, Ooka H, Yamamoto M, Suzuki K, Kawai J, Carninci P, Ohtomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kikuchi S, Hayashizaki Y

Genome biology   5 ( 1 )   R5   2003

Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs Reviewed

Y Okazaki, M Furuno, T Kasukawa, J Adachi, H Bono, S Kondo, Nikaido, I, N Osato, R Saito, H Suzuki, Yamanaka, I, H Kiyosawa, K Yagi, Y Tomaru, Y Hasegawa, A Nogami, C Schonbach, T Gojobori, R Baldarelli, DP Hill, C Bult, DA Hume, J Quackenbush, LM Schriml, A Kanapin, H Matsuda, S Batalov, KW Beisel, JA Blake, D Bradt, Brusic, V, C Chothia, LE Corbani, S Cousins, E Dalla, TA Dragani, CF Fletcher, A Forrest, KS Frazer, T Gaasterland, M Gariboldi, C Gissi, A Godzik, J Gough, S Grimmond, S Gustincich, N Hirokawa, IJ Jackson, ED Jarvis, A Kanai, H Kawaji, Y Kawasawa, RM Kedzierski, BL King, A Konagaya, Kurochkin, IV, Y Lee, B Lenhard, PA Lyons, DR Maglott, L Maltais, L Marchionni, L McKenzie, H Miki, T Nagashima, K Numata, T Okido, WJ Pavan, G Pertea, G Pesole, N Petrovsky, R Pillai, JU Pontius, D Qi, S Ramachandran, T Ravasi, JC Reed, DJ Reed, J Reid, BZ Ring, M Ringwald, A Sandelin, C Schneider, CAM Semple, M Setou, K Shimada, R Sultana, Y Takenaka, MS Taylor, RD Teasdale, M Tomita, R Verardo, L Wagner, C Wahlestedt, Y Wang, Y Watanabe, C Wells, LG Wilming, A Wynshaw-Boris, M Yanagisawa, Yang, I, L Yang, Z Yuan, M Zavolan, Y Zhu, A Zimmer, P Carninci, N Hayatsu, T Hirozane-Kishikawa, H Konno, M Nakamura, N Sakazume, K Sato, T Shiraki, K Waki, J Kawai, K Aizawa, T Arakawa, S Fukuda, A Hara, W Hashizume, K Imotani, Y Ishii, M Itoh, Kagawa, I, A Miyazaki, K Sakai, D Sasaki, K Shibata, A Shinagawa, A Yasunishi, M Yoshino, R Waterston, ES Lander, J Rogers, E Birney, Y Hayashizaki

NATURE   420 ( 6915 )   563 - 573   2002.12

A computer-based method of selecting clones for a full-length cDNA project: Simultaneous collection of negligibly redundant and variant cDNAs Reviewed

N Osato, M Itoh, H Konno, S Kondo, K Shibata, P Carninci, T Shiraki, A Shinagawa, T Arakawa, S Kikuchi, K Sato, J Kawai, Y Hayashizaki

GENOME RESEARCH   12 ( 7 )   1127 - 1134   2002.7

Removal of polyA tails from full-length cDNA libraries for high-efficiency sequencing Reviewed

Shibata, I, P Carninci, K Sato, N Hayatsu, T Shiraki, Y Ishii, T Arakawa, A Hara, N Ohsato, M Izawa, K Aizawa, M Itoh, K Shibata, A Shinagawa, J Kawai, Y Ota, S Kikuchi, N Kishimoto, M Muramatsu, Y Hayashizaki

BIOTECHNIQUES   31 ( 5 )   1042 - +   2001.11

Clustering of Full-Length cDNA Clones Based on Both End Sequences Reviewed

Osato Naoki, Konno Hideki, Itoh Masayoshi, Condo Shinji, Kawai Jun, Shibata Kazuhiro, Shinagawa Akira, Apache Jun, Fukuda Shiro, Ota Yoshimi, Hayashizaki Yoshihide

Genome Informatics   11   374 - 375   2000

Topics 機械学習による遺伝子転写制御に関わる因子の探索

大里直樹、浜田道昭（ Role： Sole author）

月刊細胞, ニューサイエンス社  2022.11 

Topics 実験データ解析と機械学習による転写制御因子の探索、特集 エピトランスクリプトミクス

大里直樹、浜田道昭

月刊細胞、ニューサイエンス社  2021.12 

Topics 実験データ解析による転写制御因子の探索、特集 ゲノムデータを駆使した医学研究

大里直樹（ Role： Sole author）

月刊細胞、ニューサイエンス社  2021.7 

Bioinformatics Approaches for Determining the Functional Impact of Repetitive Elements on Non-coding RNAs

Chao Zeng, Atsushi Takeda, Kotaro Sekine, Naoki Osato, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada（ Role： Joint author）

Preprints  2021 

ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発

大里直樹, 浜田道昭

情報処理学会研究報告 Vol.2021-BIO-67 No.6  2021 

ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発

大里直樹, 浜田道昭

情報処理学会研究報告 Vol.2021-BIO-68 No.2  2021 

Characteristic of functional enrichments of putative transcriptional target genes and its application

Naoki Osato

IPSJ SIG Technical Report, Vol.2017-BIO-52 No.1  2017 

ゲノムの進化、淘汰、中立 生物の科学 遺伝別冊No.20 進化でどこまでわかるか？

Giorgio Bernardi 著, 大里直樹, 五條堀孝

NTS  2007 

Genome Science of Vertebrate

Osato N, Kiyosawa H, Kawai J, Hayashizaki Y

EOLSS (The Encyclopedia of Life Support Systems), UNESCO  2004 

解読されたゲノム情報をどう活かすか 現代化学増刊40号

近藤伸二, 大里直樹（ Role： Joint author3. ヒト総遺伝子数）

東京化学同人  2001 

分子生物学のためのバイオインフォマティクス入門

大里直樹（ Role： Sole translator第9章 エピローグ：DNAを用いたコンピュータ）

共立出版株式会社  2001 

AI-based interaction analysis between DNA/RNA-binding proteins and genes from gene expression correlation

Naoki Osato

1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC)  2024.10 

Systematic discovery of regulatory motifs associated with an insulator function for human enhancer-promoter interactions

Naoki Osato, Michiaki Hamada

ERATO International Symposium on Chromatin Architecture: Structure and Function  2023.1 

ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見

大里直樹, 浜田道昭

第45回日本分子生物学会年会  2022.11 

ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見

大里直樹, 浜田道昭

第45回日本分子生物学会年会  2022.12 

ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見

大里直樹, 浜田道昭

日本遺伝学会第94回大会  2022.9 

Systematic discovery of regulatory motifs associated with the insulator function of human enhancer-promoter interactions

2022.9 

Systematic discovery of regulatory motifs associated with the insulator function of human enhancer-promoter interactions

Naoki Osato, Michiaki Hamada

Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)  2022.7 

ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発

大里直樹、浜田道昭

第44回日本分子生物学会年会  2021.12 

深層学習を用いた、ヒトのエンハンサー・遺伝子相互作用に影響する転写因子の解析.

大里直樹, 浜田道昭

JST CREST 「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新[バイオDX]」 キックオフシンポジウム「バイオDXの最前線  2021.11 

深層学習の予測結果に寄与する因子の大規模な解析に伴うノイズの影響の低減

大里直樹、浜田道昭

第24回情報論的学習理論ワークショップ  2021.11 

脂肪細胞におけるSTAT3を介したUCP1発現制御機構の解明

疋田菜光, 岩瀬麻里, 川原崎聡子, 酒井章子, 坂本智弥, 大里直樹, 瀬尾茂人, 野村亘, 野村亘, 高橋春弥, 松田秀雄, 井上和生, 井上和生, 河田照雄, 河田照雄, 後藤剛, 後藤剛

日本栄養・食糧学会近畿支部大会および公開シンポジウム講演抄録集  2020 

脂肪組織におけるglycerol kinaseのUcp1発現制御機構

岩瀬 麻里, 常盤 颯志, 瀬尾 茂人, 向井 貴子, 高橋 春弥, 野村 亘, Jheng Huei-Fen, 楠堂 達也, 大里 直樹, 松田 秀雄, 井上 和生, 河田 照雄, 後藤 剛

肥満研究  2019.10  (一社)日本肥満学会

白色脂肪組織の褐色化に対するglycerol kinaseの役割

岩瀬麻里, 常盤颯志, 瀬尾茂人, 向井貴子, 高橋春弥, 野村亘, 野村亘, JHENG Huei‐Fen, 荒武, 楠堂達也, 大里直樹, 松田秀雄, 河田照雄, 河田照雄, 後藤剛, 後藤剛

日本栄養・食糧学会大会講演要旨集  2019.4 

IL‐1βが白色脂肪組織におけるUCP1発現誘導に及ぼす影響の検討

新谷真和, 吉竹里依子, 岩瀬麻里, 高橋春弥, 野村亘, JHENG Huie‐Fun, 荒武, 大里直樹, 瀬尾茂人, 松田秀雄, 河田照雄, 河田照雄, 後藤剛, 後藤剛

肥満研究  2018.9 

DPP‐4阻害剤テネリグリプチンが脂肪組織のUCP‐1発現に与える影響

澤崎穂菜美, 武田健一郎, 高橋春弥, 野村亘, 野村亘, JHENG Huei‐fen, 荒武, 高橋信之, 高橋信之, 大里直樹, 瀬尾茂人, 松田秀雄, 河田照雄, 後藤剛

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)  2018.3 

Ucp1発現を制御するnon‐coding RNAの探索と機能解析

岩瀬麻里, 酒井章子, 瀬尾茂人, TONY Kuo, 高橋春弥, 野村亘, 野村亘, JHENG Huie‐Fun, 荒武, PAUL Horton, 大里直樹, 松田秀雄, 河田照雄, 河田照雄, 後藤剛, 後藤剛

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)  2018.3 

褐色脂肪細胞機能におけるglycerol kinaseの役割

岩瀬麻里, 常盤颯志, 高橋春弥, 野村亘, 野村亘, JHENG Huei-Fun, 荒武, 大里直樹, 瀬尾茂人, 松田秀雄, 河田照雄, 河田照雄, 後藤剛, 後藤剛

日本食品科学工学会関西支部大会市民フォーラム講演要旨集  2018 

発現制御に関するmiRNAの探索及び機能解析

酒井章子, 大久保麻里, 高橋春弥, 野村亘, 野村亘, JHENG Huie‐Fen, 荒武, 瀬尾茂人, 大里直樹, 松田秀雄, 河田照雄, 河田照雄, 後藤剛, 後藤剛

日本栄養・食糧学会近畿支部大会および公開シンポジウム講演抄録集  2017.11 

A ROLE OF THE TRANSCRIPTION FACTOR IRF8 IN BASOPHIL AND MAST CELL DEVELOPMENT

Haruka Sasaki, Daisuke Kurotaki, Naoki Osato, Hideaki Sato, Izumi Sasaki, Shin-ichi Koizumi, Hongsheng Wang, Chika Kaneda, Akira Nishiyama, Tsuneyasu Kaisho, Hiroyuki Aburatani, Herbert C. Morse, Keiko Ozato, Tomohiko Tamura

EXPERIMENTAL HEMATOLOGY  2015.9  ELSEVIER SCIENCE INC

The Transcription Factor IRF8 is a Key Transcription Factor for Basophil Development

Daisuke Kurotaki, Haruka Sasaki, Naoki Osato, Izumi Sasaki, Chika Kaneda, Hideaki Sato, Akira Nishiyama, Tsuneyasu Kaisho, Hiroyuki Aburatani, Herbert C. Morse, Keiko Ozato, Tomohiko Tamura

BLOOD  2013.11  AMER SOC HEMATOLOGY

The IRF8-KLF4 transcription factor cascade is essential for the development of monocytes

Daisuke Kurotaki, Naoki Osato, Akira Nishiyama, Michio Yamamoto, Tatsuma Ban, Hideaki Sato, Jun Nakabayashi, Marina Umehara, Masatoshi Nakazawa, Noriko Miyake, Naomichi Matsumoto, Keiko Ozato, Tomohiko Tamura

CYTOKINE  2013.9  ACADEMIC PRESS LTD- ELSEVIER SCIENCE LTD

Identification and characterization of human overlapping transcripts that affect their expression

Naoki Osato, Takashi Gojobori

GENES & GENETIC SYSTEMS  2007.12  GENETICS SOC JAPAN

Chromatin accessibility dynamics reveal decrease of DNA motif sequences of transcription factors during macrophage aging International conference

Naoki Osato

International Meeting on RECQ Helicases and Related Diseases  2018 

Discovery of biased orientation of DNA motif sequences affecting human gene expression for prediction of enhancer-promoter interactions International conference

Naoki Osato

Human Genome Meeting 2018  2018 

UCP1発現制御に関するmiRNAの探索及び機能解析

酒井章子

第56回日本栄養・食糧学会年会  2017 

DPP-4阻害剤テネリグリプチンが脂肪組織のUCP-1発現に与える影響

澤崎穂菜美

農芸化学学会年会  2017 

Ucp1発現を制御するnon-coding RNAの探索と機能解析

岩瀬麻里

農芸化学学会年会  2017 

ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の発見

大里直樹

第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP)  2018.9 

Characteristics of human putative transcriptional target genes and discovery of biased orientation of DNA motifs affecting transcription of genes International conference

Naoki Osato

Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)  2019.7 

A method for inferring gene regulatory networks based on pseudo time-series gene expression profiles from single-cell RNA-seq data International conference

Kaito Uemura, Naoki Osato, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Hideo Matsuda

Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)  2019.7 

Single-cell transcriptome analysis for elucidating cell dynamics International conference

Naoki Osato, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Yutaka Uchida, Masaru Ishii, Hideo Matsuda

12th international workshop on approaches to single cell analysis  2019.3 

ヒト転写因子の標的遺伝子の特徴とエンハンサー・遺伝子相互作用に関わる転写因子解析

大里 直樹

遺伝学会春季分科会  2019.3 

ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の発見

大里直樹

第41回日本分子生物学会年会  2018.11 

ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の発見

大里直樹

日本遺伝学会第90回大会  2018.9 

ヒト転写因子の転写標的遺伝子の特徴とエンハンサー・遺伝子相互作用に関わる転写因子解析

大里 直樹

日本遺伝学会第91回大会  2019.9 

ヒト転写因子の標的遺伝子の特徴とエンハンサー・遺伝子相互作用に関わる転写因子解析 Invited

大里 直樹

第8回生命医薬情報学連合大会年会  2019.9 

Systematic discovery of directional chromatin-associated regulatory motifs affecting human gene transcription

Naoki Osato

Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)  2021.7 

ヒトのオープンクロマチン領域に存在する転写因子DNA結合配列の網羅的な解析

大里直樹

日本遺伝学会第92回大会  2020.9 

ヒト転写因子の標的遺伝子の特徴とエンハンサー・遺伝子相互作用に関わる転写因子解析

大里直樹

第9回生命医薬情報学連合大会  2020.9 

Discovery of biased orientations of regulatory motifs affecting transcription of human genes and including known insulators

Naoki Osato

Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) 2020  2020.7 

ヒト転写因子の標的遺伝子の特徴とインシュレータ機能に関わるDNA配列の発見

大里直樹

遺伝学会春季分科会  2020.3 

Characteriistic of human putative transcriptional target genes and discovery of biased orientations of DNA motifs affecting transcription of genes.

Naoki Osato

2019.12 

Characteristic of human putative transcriptional target genes and discovery of biased orientaions of DNA motifs affecting transcription of genes Invited

Naoki Osato

2019.12 

ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の発見

大里直樹, 浜田道昭

第10回生命医薬情報学連合大会  2021.9 

ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発

大里直樹, 浜田道昭

第67回バイオ情報学研究会  2021.9 

枯草菌α－アミラーゼにおけるカルシウム結合部位変異と塩素イオン結合部位導入による酵素活性への影響

大里直樹, 藤本瑞, 門間充, 高瀬研二, 水野洋

第11回日本蛋白工学会年会要旨  1999 

ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発

大里直樹, 浜田道昭

第68回バイオ情報学研究会  2021.11 

イネ完全長cDNAの両端配列による分類

大里直樹, 太田由巳, 福田史郎, 今野英明, 河合純, 伊藤昌可, 柴田一浩, 品川朗, 林崎良英

第23回日本分子生物学会年会要旨  2000 

Methylation diversity among human vascular endothelial cells International conference

Genta Nagae, Youichiro Wada, Ryuichiro Nakato, Takayoshi Umeda, Yuki Katou, Shuichi Tsutsumi, Naoki Osato, Yasuharu Kanki, Mika Kobayashi, Akashi Izumi-Taguchi, Yutaka Saito, Toutai Mitsuyma, Hiroshi Kimura, Katsuhiko Shirahige, Hiroyuki Aburatani

The 12 th International Workshop on Advanced Genomics  2017 

１細胞RNA-seqの特性を考慮した遺伝子発現差解析手法の検討

大里直樹

NGS現場の会第五回研究会要旨  2017 

Characteristics of functional enrichment and gene expression level of human putative transcriptional target genes International conference

Naoki Osato

International Conference on Bioinformatics (InCoB)  2017 

Prediction of transcriptional target genes and its association with their functional enrichments

Naoki Osato

2016 

Genome-wide analysis of human putative transcriptional target genes reveals significant functional enrichments Invited

Naoki Osato

2016 

遺伝子転写カスケード解明のための統合解析(2)

大里直樹

生命動態システム科学四拠点,CREST,PRESTO,QBIC合同シンポジウム「生命動態の分子メカニズムと数理」  2016 

Characteristic of functional enrichment of putative transcriptional target genes and its application

Naoki Osato

2017 

ヒト転写標的遺伝子の機能エンリッチメントの特徴とクロマチン相互作用に関わるタンパク質のDNA結合配列解析への応用 Invited

大里直樹

第40回日本分子生物学会年会  2017 

Characteristics of functional enrichment and gene expression level of human putative transcriptional target genes (2) International conference

Naoki Osato

The 12th International Workshop on Advanced Genomics  2017 

Characteristics of functional enrichment of human putative transcriptional target genes

Naoki Osato

2017 

DNA binding activity of C. elegans LIN-54 is essential for DRM complex in transcriptional repression and development International conference

Tomoko M Tabuchi, Bart Deplancke, Naoki Osato, Lihua J Zhu, M Inmaculada Barrasa, Melissa M Harrison, H Robert Horvitz, Kirsten A Hagstrom, Albertha JM Walhout

EMBO Conference Series. C. elegans: Development and Gene Expression  2010 

脊椎動物ゲノムのタンパク質非コード領域からのDNAモチーフ配列の探索(3)

大里直樹, Martin C. Frith

平成20年度第8回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会要旨  2009 

Human short DNA motifs overrepresented in conserved non-protein-coding sequences Invited

Naoki Osato

JST BIRD meeting  2009 

Overrepresented DNA motifs in highly conserved non-protein-coding regions of vertebrate genomes(5) International conference

Naoki Osato, Martin C. Frith

The 2nd Taiwan-Japan young researchers conference on computational and systems biology  2008 

Overrepresented DNA motifs in highly conserved non-protein-coding regions of vertebrate genomes(4) International conference

Naoki Osato, Martin C. Frith

The eighth Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust conference on Genome Informatics  2008 

Overrepresented DNA motifs in highly conserved non-protein-coding regions of vertebrate genomes(3)

Naoki Osato, Martin C. Frith

CBRC symposium  2008 

線虫のゲノムワイドな転写制御ネットワーク解析 Invited

大里直樹

公益財団法人山田科学振興財団2012年度長期間派遣者研究交歓会  2012 

IRF8 physically interacts with C/EBPa to inhibit the generation of granulocyte-macrophage progenitors and neutrophils

Tomohiko Tamura, Michio Yamamoto, Naoki Osato, Daisuke Kurotaki, Kazuhiro Uno, Masatoshi Nakazawa, Akira Nishiyama, Keiko Ozato

第34回日本分子生物学会年会要旨  2011 

Genome-wide analyses of transcriptional regulatory networks in immune cells. Towards Comprehensive Understanding of Immune Dynamism International conference

Naoki Osato, Nakai Kenta

Towards Comprehensive Understanding of Immune Dynamism (TCUID 2011)  2011 

転写制御解析のバイオインフォマティクス Invited

大里直樹

バイオインフォマティクスへの招待  2011 

The transcription factor IRF8 is a key transcription factor for basophil development International conference

Daisuke Kurotaki, Haruka Sasaki, Naoki Osato, Izumi Sasaki, Chika Kaneda, Hideaki Sato, Akira Nishiyama, Tsuneyasu Kaisho, Hiroyuki Aburatani, Herbert C. Morse III, Keiko Ozato, Tomohiko Tamura

55th ASH Annual Meeting and Exposition  2013 

Functional prediction of transcriptional regulations using epigenetic signatures International conference

Naoki Osato, Hiroyuki Aburatani

Cold Spring Harbor Laboratory meeting, Systems Biology: Networks  2013 

Comparative epigenomic analysis of human vascular endothelial cells

Naoki Osato, Hiroshi Kimura, Katsuhiko Shirahige, Hiroyuki Aburatani, Youichiro Wada

第36回日本分子生物学会年会要旨  2013 

The transcription factor IRF8 is required for basophil development

Haruka Sasaki, Daisuke Kurotaki, Naoki Osato, Izumi Sasaki, Kaneda Chika, Hideaki Sato, Akira Nishiyama, Tsuneyasu Kaisho, Hiroyuki Aburatani, Herbert C. Morse III, Keiko Ozato, Tomohiko Tamura

第42回日本免疫学会学術集会要旨  2013 

転写制御解析のためのバイオインフォマティクス Invited

大里直樹

バイオインフォマティクス研究会  2013 

Epigenomic analysis from human primary cultivated vascular cells International conference

Youichiro Wada, Yasuharu Kanki, Naoki Osato, Hiroyuki Aburatani, Katsuhiko Shirahige

IHEC (International Human Epigenome Consortium) 2012 Seoul Meeting  2012 

Genome-wide analyses revealed the IRF8-KLF4 transcription factor cascade during monocyte differentiation

Daisuke Kurotaki, Naoki Osato, Akira Nishiyama, Michio Yamamoto, Hideaki Sato, Jun Nakabayashi, Tatsuma Ban, Keiko Ozato, Tomohiko Tamura

第41回日本免疫学会学術集会要旨  2012 

Human transcriptional target genes include significant functional enrichments

Naoki Osato

JSBi2014・第3回生命医薬情報学連合大会要旨  2014 

Integrative analysis improves the prediction of key transcription factors and transcriptional activators for cell differentiation International conference

Naoki Osato

The 11th International Workshop on Advanced Genomics  2015 

遺伝子転写カスケード解明のための統合解析

大里直樹

数学協働プログラム「生命ダイナミクスの数理とその応用：理論からのさらなる深化」  2015 

Genome-wide analysis of human transcriptional target genes reveals significant functional enrichments(2)

Naoki Osato

生命医薬情報学連合大会2015年大会要旨  2015 

ヒト転写標的遺伝子の機能の偏りと転写標的遺伝子予測への応用

大里直樹

第87日本遺伝学会年会要旨  2015 

Genome-wide analysis of human transcriptional target genes reveals significant functional enrichments, improving the prediction of transcriptional cascades

Naoki Osato

第15回東京大学生命科学シンポジウム要旨  2015 

Genome-wide analysis of human transcriptional target genes reveals significant functional enrichments Invited

Naoki Osato

Annual Conference of Biochemistry and Molecular Biology  2015 

ヒト転写制御カスケード解明のための統合解析法の開発 Invited

大里直樹

生命医科学域セミナー  2015 

遺伝子転写制御のバイオインフォマティクス Invited

大里直樹

数理科学と分子生物学を融合する研究・教育のアウトリーチについての研究会  2015 

Functional enrichment analysis of human transcriptional target genes and its application to their prediction International conference

Naoki Osato

IHEC (International Human Epigenome Consortium) Annual Meeting  2015 

イネ完全長cDNAのイネゲノムへのマッピング

近藤伸二, 太田由巳, 今野英明, 河合純, 伊藤昌可, 柴田一浩, 品川朗, 大里直樹, 齋藤哲哉, 林崎良英

第23回日本分子生物学会年会要旨  2000 

Systematic discovery of regulatory motifs associated with human insulator sites

Naoki Osato

Human Genome Meeting (HGM)  2024.4 

イネ完全長cDNAの収集．第23回日本分子生物学会年会要旨

太田由巳, 河合純, 伊藤昌可, 柴田一浩, 品川朗, カルニンチ ピエロ, 吉野正康, 原亜矢子, 大里直樹, 福田史郎, 早津徳人, 石井善幸, 荒川貴博, 今野英明, 齋藤輪太郎, 相澤克則, 菊池尚志, 大竹祐子, 佐藤浩二, 岸本直己, 林崎良英

第23回日本分子生物学会年会要旨  2000 

ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わるDNA結合タンパク質の予測と発見

大里直樹, 浜田道昭

情報処理学会 第86回全国大会  2024.3 

イネ完全長cDNAプロジェクト－全長シーケンス決定－

福田史郎, 河合純, Carninci Piero, 白木利幸, 岸川(広實)朋子, 伊藤昌可, 荒川貴博, 石井善幸, 柴田一浩, 相澤克則, 香川育子, 佐々木大輔, 橋詰航, 芋谷弘一, 宮崎愛, 大里直樹, 今野英明, 足立淳, 近藤伸二, 岸本直己, 佐藤浩二, 菊池尚志, 林崎良英

第25回日本分子生物学会年会要旨  2002 

イネ完全長cDNAデータを用いた転写因子の比較解析

大岡久子, 永田俊文, 佐藤浩二, 大友泰裕, 松原謙一, 村上和雄, 大里直樹, 河合純, カルニンチ ピエロ, 林崎良英

第25回日本分子生物学会年会要旨  2002 

イネ (Oryza sativa) mRNAのpolyA siteの多様性

佐藤浩二, 小島恵一, 大根田英祐, 矢作渡, 鈴木宏史, 大里直樹, 河合純, カルニンチ ピエロ, 林崎良英, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 山下智也, 東憲児, 鹿島剛輝, 鷲尾尊規, 冨田勝, 菊池尚志

第25回日本分子生物学会年会要旨  2002 

コンピュータによる転写調節・翻訳調節に関わる因子の同定とその解析 Invited

大里直樹

第一回バイオインフォマティクスセミナー  2002 

イネ完全長cDNAにおけるUTR領域での多型解析

佐藤浩二, 小島恵一, 大根田英祐, 矢作渡, 並木高洋, 大里直樹, 河合純, カルニンチ ピエロ, 林崎良英, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 山下智也, 鷲尾尊規, 冨田勝, 菊池尚志

第24回日本分子生物学会年会要旨  2001 

イネ完全長cDNAプロジェクト－クローン収集とシーケンス決定－

河合純, カルニンチ ピエロ, 早津徳人, 白木利幸, 広實朋子, 品川朗, 太田由巳, 伊藤昌可, 荒川貴博, 石井善幸, 安西亜矢子, 柴田一浩, 相澤克則, 佐々木大輔, 吉野正康, 原亜矢子, 福田史郎, 香川育子, 大里直樹, 今野英明, 足立淳, 近藤伸二, 斎藤輪太郎, 岸本直己, 佐藤浩二, 菊池尚志, 林崎良英

第24回日本分子生物学会年会要旨  2001 

ヒト遺伝子発現制御のインシュレータに関わる DNA結合タンパク質の解析と応用

大里直樹

第79回バイオ情報学研究会  2024.9 

イネ完全長cDNAの全長配列決定候補クローンの選択

大里直樹, 伊藤昌可, 今野英明, カルニンチ ピエロ, 早津徳人, 白木利幸, 広實朋子, 品川朗, 荒川貴博, 石井善幸, 原亜矢子, 福田史朗, 佐々木大輔, 吉野正康, 安西亜矢子, 柴田一浩, 相澤克則, 近藤伸二, 足立淳, 斎藤輪太郎, 太田由己, 河合純, 林崎良英

第24回日本分子生物学会年会要旨  2001 

ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の網羅的探索と発見

大里直樹

日本遺伝学会第96回大会  2024.9 

Clustering of Full-Length cDNA Clones Based on Both End Sequences International conference

Naoki Osato, Hideaki Konno, Masayoshi Ito, Shinji Kondo, Jun Kawai, Kazuhiro Shibata, Akira Shinagawa, Jun Adachi, Shiro Fukuda, Yoshimi Ota, Yoshihide Hayashizaki

Genome Informatics  2000 

Systematic discovery of directional regulatory motifs associated with human insulator sites

Naoki Osato

Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)  2024.7 

Natural Antisense Transcripts in Mice

清澤秀孔, 山中到, 大里直樹, 林崎良英, 阿部訓也

第25回日本分子生物学会年会要旨  2002 

マウスmRNA配列からの転写因子の同定と解析

大里直樹, 外丸泰浩, 鈴木正則, 河合純, 林崎良英

第25回日本分子生物学会年会要旨  2002 

理研マウス完全長cDNAの全長シーケンス

荒川貴博, 河合純, カルニンチ ピエロ, 早津徳人, 白木利幸, 岸川(広實)朋子, 伊藤昌可, 石井善幸, 安西亜矢子, 柴田一浩, 相澤克則, 佐々木大輔, 原亜矢子, 香川育子, 福田史郎, 芋谷弘一, 宮崎愛, 橋詰航, 今野英明, 足立淳, 近藤伸二, 大里直樹, 品川朗, 村松正實, 鈴木治和, 岡崎康司, 林崎良英

第25回日本分子生物学会年会要旨  2002 

イネ(Oryza sativa)完全長cDNAデータ解析－Arabidopsisとイネでの転写因子の比較解析－

佐藤浩二, 大岡久子, 山田仁美, 田崎公久, 李貞淑, 鈴木宏史, 大里直樹, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 河合純, Carninci P, 林崎良英, 菊池尚志

第26回日本分子生物学会年会要旨  2003 

イネ完全長cDNAデータを用いたNACファミリーの比較解析

大岡久子, 佐藤浩二, 永田俊文, 大友泰裕, 松原謙一, 村上和雄, 大里直樹, 河合純, カルニンチ ピエロ, 林崎良英, 鈴木宏史, 小島恵一, 高原美規, 菊地尚志, 山元皓二

第103回日本育種学会年会要旨  2003 

イネ完全長 cDNA データを用いた転写因子の比較解析(2)

大岡久子, 永田俊文, 佐藤浩二, 大友泰裕, 松原謙一, 村上和雄, 大里直樹, 河合純, カルニンチピエロ, 林崎良英, 鈴木宏史, 小島恵一, 高原美規, 山元晧二, 菊池尚志

第１０２回日本育種学会要旨  2002 

イネの遺伝子と 3'-UTR の多様性との関係

佐藤浩二, 小島恵一, 大根田英祐, 矢作渡, 鈴木宏史, 大里直樹, 河合純, カルニンチピエロ, 林崎良英, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 山下智也, 東憲児, 鹿島剛輝, 鷲尾尊規, 冨田勝, 菊池尚志

第10２回日本育種学会要旨  2002 

イネの完全長 cDNA における 5'と 3'領域の多型

佐藤浩二, 小島恵一, 大根田英祐, 矢作渡, 鈴木宏史, 並木高洋, 大里直樹, 河合純, カルニンチピエロ, 林崎良英, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 山下智也, 東憲児, 鹿島剛輝, 鷲尾尊規, 冨田勝, 菊池尚志

第101回日本育種学会要旨  2002 

Detection and analysis of transcription factors in mouse full-length cDNAs International conference

Naoki Osato, Yasuhiro Tomaru, Masanori Suzuki, Jun Kawai, Yoshihide Hayashizaki

The second Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust conference on Genome Informatics  2002 

ヒト及びマウスのOverlapping transcriptsの発現制御における役割 Invited

大里直樹, 池尾一穂, 五條堀孝

新しいRNA/RNPを見つける会in鶴岡  2005 

アンチセンスmRNA候補遺伝子の生物種間の比較解析

大里直樹, 池尾一穂, 五條堀孝

第27回日本分子生物学会年会要旨  2004 

中規模リアルタイムRT-PCRシステムによる転写制御因子群の発現プロファイリング

奥西理絵, 鈴木治和, 橋詰航, 片山慎太郎, 二宮紀子, 大里直樹, 佐藤健二郎, 中村真理, 飯田樹里, 金森睦, 林崎良英

第27回日本分子生物学会年会要旨  2004 

イネ完全長 cDNA 情報とシロイヌナズナの予測遺伝子情報を用いた転写因子ファミリーの構造解析

大岡久子, 佐藤浩二, 永田俊文, 大友泰裕, 松原謙一, 村上和雄, 大里直樹, 河合純, カルニンチピエロ, 林崎良英, 鈴木宏史, 小島恵一, 高原美規, 菊池尚志, 山元皓二

第215回日本作物学会年会要旨  2003 

遺伝子発現に影響を及ぼすヒトOverlapping transcriptsの探索

大里直樹, 五條堀孝

第79回日本遺伝学会年会要旨  2007 

完全長cDNA配列を用いたCis sense-antisense mRNAの探索とその発現解析 Invited

大里直樹

産業技術総合研究所研究紹介セミナー  2007 

ヒトとマウスの比較解析から見たCis sense-antisense mRNAsの発現制御機構とその進化的描像

大里直樹, 鈴木善幸, 池尾一穂, 五條堀孝

日本進化学会2006年大会要旨  2006 

Possible regulatory roles of human and mouse overlapping transcripts in gene expression International conference

Naoki Osato, Ikeo Kazuho, Takashi Gojobori

Evolutionary Genomics  2005 

ヒトOverlapping transcriptsの発現制御における役割

大里直樹, 池尾一穂, 五條堀孝

第28回日本分子生物学会年会要旨  2005 

ヒト及びマウスのOverlapping transcriptsの発現制御における役割(2)

大里直樹, 池尾一穂, 五條堀孝

第77回日本遺伝学会年会要旨  2005 

アンチセンスmRNAとDNAモチーフ配列のゲノム配列からの探索 Invited

大里直樹

国立遺伝学研究所研究会「集団ゲノミクスを考える：ゲノム非タンパク質コード領域の進化」  2008 

Expression of human cis natural antisense transcripts affected by their overlapping arrangements in the genome International conference

Naoki Osato, Yoshiyuki Suzuki, Kazuho Ikeo, Takashi Gojobori

International Mammalian Genome Conference  2007 

ヒト及びマウスのOverlapping transcriptsの発現制御における役割

大里 直樹, 鈴木 善幸, 池尾一穂, 五條堀孝

CBRC シンポジウム  2007 

Transcriptional interferences in cis natural antisense transcripts of humans and mice

Naoki Osato, Yoshiyuki Suzuki, Kazuho Ikeo, Takashi Gojobori

Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics  2007 

Overrepresented DNA motifs in highly conserved non-protein-coding regions of vertebrate genomes(2) International conference

Naoki Osato, Martin C. Frith

The 16th CDB meeting on Cis sequence regulation and its evolution  2008 

脊椎動物ゲノムのタンパク質非コード領域からのDNAモチーフ配列の探索(2)

大里直樹, Martin C. Frith

第80回日本遺伝学会年会要旨  2008 

脊椎動物ゲノムのタンパク質非コード領域からのDNAモチーフ配列の探索

大里直樹, Martin C. Frith

日本進化学会2008年大会要旨  2008 

Overrepresented DNA motifs in highly conserved non-protein-coding regions of vertebrate genomes Invited

Naoki Osato

JST BIRD meeting  2008 

Searches for human DNA motif sequences through comparative genome analyses of vertebrate genomes Invited

Naoki Osato

JST BIRD meeting  2008 

線虫のゲノムワイドな転写制御ネットワーク解析

2009.4 - 2010.3

山田科学振興財団  海外長期間派遣援助 

大里直樹

統計モデルによるゲノムワイドな遺伝子転写カスケード解析法の開発

文部科学省  科学研究費補助金 基盤研究（C） 

大里直樹