Grant amount：\4810000 （ Direct Cost: \3700000 、 Indirect Cost：\1110000 ）

転写時に形成する二重鎖DNAの片方の鎖にRNA鎖がアニーリングしてできる3本鎖の核酸構造R-loopは、遺伝子発現における特徴的な構造因子として注目されている。異常な形成や修復酵素や低分子による摂動が、ゲノム不安定化や疾患の原因となることが示されている。一方で、ゲノムの形成箇所を調べたR-loopマッピングデータの検出感度や精度が不十分なため、「正常な」また「有害な」R-loopを定義することはできていない。R-loop研究を進展させるためには、高解像度なゲノムR-loop検出手法が必要である。本研究は「化学反応によるR-loopの核内検出方法」を確立し、R-loop形成領域の高解像度ゲノムマッピングを目指す。
本研究では、1. R-loop検出手法の確立、2. R-loop形成情報の獲得を実施し、研究期間内に化学反応によるR-loopの核内検出方法を確立する。本年度は、「1. R-loop検出手法の確立」における核内一本鎖DNAへの核酸塩基反応の探索の基盤となる、R-loopの一本鎖DNAのアデニン、グアニン、及びシトシンと反応する報告があるchloroacetaldehydeを用いた評価系の構築や人工的なR-loopの形成条件の検討を実施した。二本鎖領域及び一本鎖領域におけるchloroacetaldehydeの反応をHPLCで追跡し、反応後の安定性を二本鎖融解温度測定を用いて評価した。また、人工的なR-loopの形成条件を検討し、非変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動ではR-loopの形成が示唆される結果が得られた。

researchmap