記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.csbj.2025.04.001

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担当区分：最終著者   記述言語：英語   出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory  

Abstract

Nucleic acid-binding proteins (NABPs) exhibit cell type–specific regulatory functions, but their target genes and biological roles remain incompletely characterized due to the limitations of current experimental approaches. Here, we present a deep learning framework that integrates gene co-expression correlations to predict NABP regulatory targets and infer their functions across diverse cellular contexts, without requiring binding site or motif information. Substituting low-informative input features with co-expression-derived interactions improved gene expression prediction accuracy. Predicted targets showed strong concordance with ChIP-seq and eCLIP binding sites, and this agreement was significantly greater than for randomly selected gene sets. Functional enrichment and ChatGPT-assisted inference revealed biologically meaningful annotations, including cell type–specific functions such as circadian regulation by AKAP8 in cancer cells and glycolytic control by PKM. Collectively, this integrative framework—combining deep learning, co-expression networks, and large language models—enables the systematic discovery of both known and previously uncharacterized NABP functions in a cell type–specific manner.

DOI： 10.1101/2025.03.03.641203

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier BV  

DOI： 10.1016/j.molcel.2024.10.015

PubMed

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担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：MDPI  

DOI： 10.3390/genes13112155

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

BACKGROUND: Parentage information is fundamental to various life sciences. Recent advances in sequencing technologies have made it possible to accurately infer parentage even in non-model species. The optimization of sets of genome-wide markers is valuable for cost-effective applications but requires extremely large amounts of computation, which presses for the development of new efficient algorithms. RESULTS: Here, for a closed half-sib population, we generalized the process of marker loci selection as a binary integer programming problem. The proposed systematic formulation considered marker localization and the family structure of the potential parental population, resulting in an accurate assignment with a small set of markers. We also proposed an efficient heuristic approach, which effectively improved the number of markers, localization, and tolerance to missing data of the set. Applying this method to the actual genotypes of apple (Malus × domestica) germplasm, we identified a set of 34 SNP markers that distinguished 300 potential parents crossed to a particular cultivar with a greater than 99% accuracy. CONCLUSIONS: We present a novel approach for selecting informative markers based on binary integer programming. Since the data generated by high-throughput sequencing technology far exceeds the requirement for parentage assignment, a combination of the systematic marker selection with targeted SNP genotyping, such as KASP, allows flexibly enlarging the analysis up to a scale that has been unrealistic in various species. The method developed in this study can be directly applied to unsolved large-scale problems in breeding, reproduction, and ecological research, and is expected to lead to novel knowledge in various biological fields. The implementation is available at https://github.com/SoNishiyama/IP-SIMPAT .

DOI： 10.1186/s12859-022-04801-z

PubMed

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担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：MDPI  

DOI： 10.3390/life11111135

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担当区分：最終著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：MDPI  

DOI： 10.3390/ijms22052720

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

Abstract

Background

The common marmoset (Callithrix jacchus) is one of the most studied primate model organisms. However, the marmoset genomes available in the public databases are highly fragmented and filled with sequence gaps, hindering research advances related to marmoset genomics and transcriptomics.

Results

Here we utilize single-molecule, long-read sequence data to improve and update the existing genome assembly and report a near-complete genome of the common marmoset. The assembly is of 2.79 Gb size, with a contig N50 length of 6.37 Mb and a chromosomal scaffold N50 length of 143.91 Mb, representing the most contiguous and high-quality marmoset genome up to date. Approximately 90% of the assembled genome was represented in contigs longer than 1 Mb, with approximately 104-fold improvement in contiguity over the previously published marmoset genome. More than 98% of the gaps from the previously published genomes were filled successfully, which improved the mapping rates of genomic and transcriptomic data on to the assembled genome.

Conclusions

Altogether the updated, high-quality common marmoset genome assembly provide improvements at various levels over the previous versions of the marmoset genome assemblies. This will allow researchers working on primate genomics to apply the genome more efficiently for their genomic and transcriptomic sequence data.

DOI： 10.1186/s12864-020-6657-2

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その他リンク： http://link.springer.com/article/10.1186/s12864-020-6657-2/fulltext.html

記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

Abstract

Genetically modified nonhuman primates (NHP) are useful models for biomedical research. Gene editing technologies have enabled production of target-gene knock-out (KO) NHP models. Target-gene-KO/knock-in (KI) efficiency of CRISPR/Cas9 has not been extensively investigated in marmosets. In this study, optimum conditions for target gene modification efficacies of CRISPR/mRNA and CRISPR/nuclease in marmoset embryos were examined. CRISPR/nuclease was more effective than CRISPR/mRNA in avoiding mosaic genetic alteration. Furthermore, optimal conditions to generate KI marmoset embryos were investigated using CRISPR/Cas9 and 2 different lengths (36 nt and 100 nt) each of a sense or anti-sense single-strand oligonucleotide (ssODN). KIs were observed when CRISPR/nuclease and 36 nt sense or anti-sense ssODNs were injected into embryos. All embryos exhibited mosaic mutations with KI and KO, or imprecise KI, of c-kit. Although further improvement of KI strategies is required, these results indicated that CRISPR/Cas9 may be utilized to produce KO/KI marmosets via gene editing.

DOI： 10.1038/s41598-019-49110-3

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その他リンク： https://www.nature.com/articles/s41598-019-49110-3

記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

DOI： 10.1186/s12859-018-2523-5

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その他リンク： http://link.springer.com/article/10.1186/s12859-018-2523-5/fulltext.html

担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：World Scientific Pub Co Pte Ltd  

A popular approach for predicting RNA secondary structure is the thermodynamic nearest-neighbor model that finds a thermodynamically most stable secondary structure with minimum free energy (MFE). For further improvement, an alternative approach that is based on machine learning techniques has been developed. The machine learning-based approach can employ a fine-grained model that includes much richer feature representations with the ability to fit the training data. Although a machine learning-based fine-grained model achieved extremely high performance in prediction accuracy, a possibility of the risk of overfitting for such a model has been reported. In this paper, we propose a novel algorithm for RNA secondary structure prediction that integrates the thermodynamic approach and the machine learning-based weighted approach. Our fine-grained model combines the experimentally determined thermodynamic parameters with a large number of scoring parameters for detailed contexts of features that are trained by the structured support vector machine (SSVM) with the [Formula: see text] regularization to avoid overfitting. Our benchmark shows that our algorithm achieves the best prediction accuracy compared with existing methods, and heavy overfitting cannot be observed. The implementation of our algorithm is available at https://github.com/keio-bioinformatics/mxfold .

DOI： 10.1142/s0219720018400255

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記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1527/tjsai.E-I58

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Public Library of Science (PLoS)  

DOI： 10.1371/journal.pone.0188285

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

Abstract

Motivation

RNA–RNA interactions via base pairing play a vital role in the post-transcriptional regulation of gene expression. Efficient identification of targets for such regulatory RNAs needs not only discriminative power for positive and negative RNA–RNA interacting sequence data but also accurate prediction of interaction sites from positive data. Recently, a few studies have incorporated interaction site accessibility into their prediction methods, indicating the enhancement of predictive performance on limited positive data.

Results

Here we show the efficacy of our accessibility-based prediction model RactIPAce on newly compiled datasets. The first experiment in interaction site prediction shows that RactIPAce achieves the best predictive performance on the newly compiled dataset of experimentally verified interactions in the literature as compared with the state-of-the-art methods. In addition, the second experiment in discrimination between positive and negative interacting pairs reveals that the combination of accessibility-based methods including our approach can be effective to discern real interacting RNAs. Taking these into account, our prediction model can be effective to predict interaction sites after screening for real interacting RNAs, which will boost the functional analysis of regulatory RNAs.

Availability and Implementation

The program RactIPAce along with data used in this work is available at https://github.com/satoken/ractip/releases/tag/v1.0.1.

Supplementary information

Supplementary data are available at Bioinformatics online.

DOI： 10.1093/bioinformatics/btw603

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier BV  

DOI： 10.1016/j.stem.2016.06.003

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/bioinformatics/btw273

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/nar/gkw337

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担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Information Processing Society of Japan  

DOI： 10.2197/ipsjtbio.9.1

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担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

Abstract

The first draft of the common marmoset (Callithrix jacchus) genome was published by the Marmoset Genome Sequencing and Analysis Consortium. The draft was based on whole-genome shotgun sequencing and the current assembly version is Callithrix_jacches-3.2.1, but there still exist 187,214 undetermined gap regions and supercontigs and relatively short contigs that are unmapped to chromosomes in the draft genome. We performed resequencing and assembly of the genome of common marmoset by deep sequencing with high-throughput sequencing technology. Several different sequence runs using Illumina sequencing platforms were executed and 181 Gbp of high-quality bases including mate-pairs with long insert lengths of 3, 8, 20 and 40 Kbp were obtained, that is, approximately 60× coverage. The resequencing significantly improved the MGSAC draft genome sequence. The N50 of the contigs, which is a statistical measure used to evaluate assembly quality, doubled. As a result, 51% of the contigs (total length: 299 Mbp) that were unmapped to chromosomes in the MGSAC draft were merged with chromosomal contigs and the improved genome sequence helped to detect 5,288 new genes that are homologous to human cDNAs and the gaps in 5,187 transcripts of the Ensembl gene annotations were completely filled.

DOI： 10.1038/srep16894

PubMed

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その他リンク： https://www.nature.com/articles/srep16894

担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE)  

DOI： 10.1109/tcbb.2015.2430317

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Public Library of Science (PLoS)  

DOI： 10.1371/journal.pone.0141369

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/dnares/dsu041

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Public Library of Science (PLoS)  

DOI： 10.1371/journal.pone.0109999

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：PeerJ  

DOI： 10.7717/peerj.196

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

DOI： 10.1186/1471-2105-13-s17-s8

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その他リンク： http://link.springer.com/article/10.1186/1471-2105-13-S17-S8/fulltext.html

担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/bioinformatics/bts612

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/nar/gks412

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掲載種別：論文集(書籍)内論文   出版者・発行元：Springer US  

DOI： 10.1007/978-1-0716-4670-0_5

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担当区分：最終著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/bioinformatics/bts031

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：World Scientific Pub Co Pte Lt  

DOI： 10.1142/s0219720011005628

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/nar/gkr290

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

DOI： 10.1186/1471-2105-12-s1-s48

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory  

DOI： 10.1101/gr.113985.110

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担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Frontiers Media SA  

DOI： 10.3389/fgene.2011.00054

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

DOI： 10.1186/1471-2105-11-586

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その他リンク： http://link.springer.com/article/10.1186/1471-2105-11-586/fulltext.html

記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

DOI： 10.1186/1471-2105-11-s7-s3

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その他リンク： http://link.springer.com/article/10.1186/1471-2105-11-S7-S3/fulltext.html

記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/nar/gkq792

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/bioinformatics/btq372

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：World Scientific Pub Co Pte Ltd  

DOI： 10.1142/s0219720010004926

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担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）   出版者・発行元：IEEE  

DOI： 10.1109/cibcb.2010.5510323

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/bioinformatics/btp580

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）   出版者・発行元：PUBLISHED BY IMPERIAL COLLEGE PRESS AND DISTRIBUTED BY WORLD SCIENTIFIC PUBLISHING CO.  

DOI： 10.1142/9781848165632_0012

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担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：論文集(書籍)内論文   出版者・発行元：WORLD SCIENTIFIC  

DOI： 10.1142/9789814295291_0011

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/bioinformatics/btp228

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担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/nar/gkp367

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担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/nar/gkn1054

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/bioinformatics/btn601

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

DOI： 10.1186/1471-2105-9-318

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その他リンク： http://link.springer.com/article/10.1186/1471-2105-9-318/fulltext.html

記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/nar/gkn222

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担当区分：最終著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：World Scientific Pub Co Pte Ltd  

Several computational methods based on stochastic context-free grammars have been developed for modeling and analyzing functional RNA sequences. These grammatical methods have succeeded in modeling typical secondary structures of RNA, and are used for structural alignment of RNA sequences. However, such stochastic models cannot sufficiently discriminate member sequences of an RNA family from nonmembers and hence detect noncoding RNA regions from genome sequences. A novel kernel function, stem kernel, for the discrimination and detection of functional RNA sequences using support vector machines (SVMs) is proposed. The stem kernel is a natural extension of the string kernel, specifically the all-subsequences kernel, and is tailored to measure the similarity of two RNA sequences from the viewpoint of secondary structures. The stem kernel examines all possible common base pairs and stem structures of arbitrary lengths, including pseudoknots between two RNA sequences, and calculates the inner product of common stem structure counts. An efficient algorithm is developed to calculate the stem kernels based on dynamic programming. The stem kernels are then applied to discriminate members of an RNA family from nonmembers using SVMs. The study indicates that the discrimination ability of the stem kernel is strong compared with conventional methods. Furthermore, the potential application of the stem kernel is demonstrated by the detection of remotely homologous RNA families in terms of secondary structures. This is because the string kernel is proven to work for the remote homology detection of protein sequences. These experimental results have convinced us to apply the stem kernel in order to find novel RNA families from genome sequences.

DOI： 10.1142/s0219720007003028

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

DOI： 10.1007/s00285-007-0108-4

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その他リンク： http://link.springer.com/article/10.1007/s00285-007-0108-4/fulltext.html

担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/bioinformatics/bti1139

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

DOI： 10.1093/bioinformatics/bti385

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）   出版者・発行元：Association for Computational Linguistics  

DOI： 10.3115/1610028.1610040

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担当区分：最終著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）   出版者・発行元：Association for Computational Linguistics  

DOI： 10.3115/1118984.1118987

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.5715/jnlp.10.4_109

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記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：一般社団法人 言語処理学会  

辞書ベースの自然言語処理システムでは辞書未登録語の問題が避けられない. 本稿では訓練コーパスから得た文字の共起情報を利用する手法で辞書未登録語の抽出を実現し, 辞書ベースのシステムの精度を向上させた. 本稿では形態素解析ツールをアプリケーションとして採用し, 処理時に統計情報を動的に利用することによって形態素の切り分けの精度を上げる手法と, 統計情報を利用して事前に辞書登録文字列を選別し必要なコスト情報を補って辞書登録を行なう手法との2つのアプローチを提案し, さらにこの2つの手法を組み合わせてそれぞれの欠点を補う手法を提案する. どちらも元のツールの改変を行なうものではなく, 統計情報の付加的な利用を半自動的に実現するもので, 元のツールでは利用できない辞書未登録語の抽出に対象を絞ることで精度の向上を図る. 実験の結果, 動的な統計情報の利用のシステムが未知語の認識に, 辞書登録システムが切り分け精度の向上に有効であることが示され, 2つのシステムを適切に組み合わせることによって訓練コーパスのデータで認識可能な辞書未登録語をほぼ完全に解決できた. さらに複合語の認識も高い精度で実現することができた.

DOI： 10.5715/jnlp.9.3_21

CiNii Books

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00159606757?from=CiNii

記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：一般社団法人 言語処理学会  

機械翻訳などの多言語間自然言語処理で用いられる対訳辞書は現在, 人手によって作成されることが多い. しかし, 人手による作成には一貫性・網羅性などの点で限界があることから対訳コーパスから自動的に対訳辞書を作成しようとする研究が近年盛んに行われている. 本論文では, 最大エントロピー法を用いて対訳コーパス上に対訳関係の確率モデルを推定し, 自動的に対訳単語対を抽出する手法を提案する. 素性関数として共起情報を用いるモデルと品詞情報を用いるモデルを定義した. 共起情報により対訳関係にある単語の意味を制約し, 品詞情報により対訳関係にある単語の品詞を制約する. 本手法の有効性を示すために日英対訳コーパスを用いた対訳単語対の抽出実験を行い, 本論文で提案した手法が従来の手法よりも精度・再現率において優れた結果となり, また, テストコーパスによる実験では学習コーパスに出現しなかった単語対に関しても学習データに現れたものとほぼ同等の精度・再現率で抽出できることを示した.

DOI： 10.5715/jnlp.9.101

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00155063844?from=CiNii

担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）   出版者・発行元：Association for Computational Linguistics  

DOI： 10.3115/1072228.1072248

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

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記述言語：英語  

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記述言語：日本語   出版者・発行元：FIT(電子情報通信学会・情報処理学会)運営委員会  

CiNii Books

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記述言語：英語   出版者・発行元：電子情報通信学会  

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記述言語：英語   出版者・発行元：電子情報通信学会  

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記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

Web of Science

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記述言語：日本語  

近年，タンパク質を介しさまざまな調節を受けて生合成される糖鎖を扱うグライコミクス研究が世界中で盛んに行われ急速な技術発展を遂げている．現在では多糖構造の同定においてタンデムマススペクトロメトリー （MS/MS） が主要なツールとなっている．しかしマススペクトルデータからその糖鎖構造を解析して決定する計算手法の開発は少なく，汎用的なソフトウェアは少ない．先行研究において，構造を決定する上で有用な開裂イオンが持つ情報を用い，動的計画法を利用することで，マススペクトルデータから糖鎖構造を決定する手法が提案された．しかし，スコア関数が最適化されていない，複雑な構造が扱えない，スペクトルデータ中のノイズに弱いなどの問題点があった．そこで本研究では，マススペクトルを生成する機械のノイズや偏りを統計的機械学習手法によって学習することによって，マススペクトルデータから糖鎖構造をより正確に解析できるアルゴリズムを開発した．

CiNii Books

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記述言語：日本語  

発がんマウス実験系を用いて採取した正常上皮，良性腫瘍，悪性腫瘍，転移性腫瘍の 4 ステージに対して Illumina Genome Analyzer IIx による mRNA-Seq を行い，Student's t-test を用いて各ステージにおける発現差異遺伝子を探索した．本研究では，探索された発現差異遺伝子群の経時的トランスクリプトーム動態を解明するため，デジタルクラスタリングという手法を開発した．4 ステージ間計 6 （= 4C2） 通りの検定結果をデジタル化した 6 次元ベクトルを構築し，これをマンハッタン距離を用いたウォード法による階層的クラスタリングを行うことで，同じ検定結果を有する遺伝子群を同一のクラスタに分類することができ，またクラスタ間で共通の検定結果を優先した階層的クラスタリングを行うことができる．本研究で得られた発現差異遺伝子候補群に対し既存のクラスタリング手法と比較を行った結果，既存手法では得ることができない，検定結果に基づいたクラスタが得られた．We developed the so called "digital clustering" method for analysis of temporal transcriptome dynamics of differential expression genes in carcinogenesis process. We obtained normal skin, papilloma, carcinoma, and metastasis by experimental carcinogenesis to mice, and sequenced mRNA by Illumina Genome Analyzer IIx. For searching differentially expressed genes, the statistical test, Student's t-test, was applied to the expression levels for each genes. We digitalized the results of total 6 tests, all pairwise combinations from 4 stages constitute six dimensional vectors. Digital clustering adopts hierarchical clustering with ward's method, using Manhattan distance, and by using 6 dimentional vectors, it can not only classify genes that have same test results into same cluster but also give priority to the common test results between clusters. The experiments on differential expression genes detected our method showed that digital clustering can provide significant clusters based on the statistical test results not provided by other existing methods.

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記述言語：英語  

Metagenomes have presented assembly challenges, how to assembly of multiple genomes from mixed sequence read of multiple species. Single genome assembler is not sensitive enough when applied in this case. Genovo is a metagenome assembler under a generative probabilistic model which covers more bases and recovers more genes than the other methods, but it is designed for 454 single read. Paired end sequencing is currently widely-used in metagenome project. In this research, we attempt to modify Genovo for paired end read utilizing mate pair information. First, we extend to add bonus parameter in chinese restaurant process used in Genovo to get a prior accounts for the unknown number of genomes in sample. This bonus parameter intends a pair of reads should be in a contig so that it can be one of the efforts to solve chimera contig case. Second, for sampling process of a read location in a contig, we use relative distance of a read to its mate considering the insert length instead of using distance between offset and center of contig which is used in Genovo. Using this related distance, a read will be mapped in correct location. We demonstrate the performance of our modified Genovo by comparing it with the original Genovo itself. We use simulated metagenomic dataset of 13 virus generated by Metasim with different community complexity. Our strategies can work well achieving better performance for paired end read and the computational cost doesnt increase, same with Genovo.Metagenomes have presented assembly challenges, how to assembly of multiple genomes from mixed sequence read of multiple species. Single genome assembler is not sensitive enough when applied in this case. Genovo is a metagenome assembler under a generative probabilistic model which covers more bases and recovers more genes than the other methods, but it is designed for 454 single read. Paired end sequencing is currently widely-used in metagenome project. In this research, we attempt to modify Genovo for paired end read utilizing mate pair information. First, we extend to add bonus parameter in chinese restaurant process used in Genovo to get a prior accounts for the unknown number of genomes in sample. This bonus parameter intends a pair of reads should be in a contig so that it can be one of the efforts to solve chimera contig case. Second, for sampling process of a read location in a contig, we use relative distance of a read to its mate considering the insert length instead of using distance between offset and center of contig which is used in Genovo. Using this related distance, a read will be mapped in correct location. We demonstrate the performance of our modified Genovo by comparing it with the original Genovo itself. We use simulated metagenomic dataset of 13 virus generated by Metasim with different community complexity. Our strategies can work well achieving better performance for paired end read and the computational cost doesnt increase, same with Genovo.

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記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会  

本研究では，期待精度最大化原理に基づいてRNA構造アラインメントを整数計画問題として定式化し，双対分解によってこれを高速に解くアルゴリズムDAFSを提案する．本手法では，双対分解によってRNA構造アランメントを解きやすい部分問題，すなわち共通二次構造予測と（構造を考慮しない）配列アラインメントに分解して独立に効率よく解き，構造アランメントの制約を満たさない予測に対してペナルティを与える，という手順を繰り返すことによって最適解を得る．複数のデータセットにおける計算機実験から，とくに共通二次構造の精度においてDAFSは既存の手法と比べて最も高精度，あるいはそれに匹敵する精度であり，かつ同程度の精度の手法と比べて明らかに高速であることが示された．We develop DAFS, a novel algorithm that simultaneously aligns and folds RNA sequences based on maximizing expected accuracy of a predicted common secondary structure and its alignment. DAFS decomposes the pairwise structural alignment problem into two independent secondary structure prediction problems and one pairwise (non-structural) alignment problem by the dual decomposition technique, and maintains the consistency of a pairwise structural alignment by imposing penalties on inconsistent base pairs and alignment columns that are iteratively updated. The experiments on publicly available datasets showed that DAFS can produce reliable structural alignments from unaligned sequences in terms of accuracy of common secondary structure prediction.

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記述言語：日本語   出版者・発行元：情報処理学会  

RNA に観測されるシュードノットと呼ばれる部分構造は，多くの場合 3 次元空間上での折り畳みを補助する役割を担うことが知られており，シュードノットを含めた RNA 2 次構造予測はその立体構造決定への手がかりを与えるものと期待される．本稿では，期待精度最大化に基づくシュードノット構造予測法 IPknot を提案する．IPknot では，シュードノットを考慮した事後塩基対確率分布を，シュードノットを含まない塩基対の各集合に対する事後分布の積で近似する．この期待精度最大化問題は閾値カットを用いた整数計画法で解く．また，計算機実験により，IPknot は高い予測精度と高速な計算速度を達成することを示す．Pseudoknots, substructures observed in RNA secondary structures, play a role in assisting the overall 3D folding in many cases, and thus prediction of RNA secondary structures including pseudoknots is expected to provide a clue to determine the 3D structures of RNA molecules. In this technical report, we propose IPknot, a computational method for predicting pseudoknotted structures based on maximizing expected accuracy. IPknot approximates a posterior base pairing probability distribution that considers pseudoknots by decomposing it into the product of respective posterior distributions over pseudoknot-free structures. We solve the problem of maximizing expected accuracy using integer programming with threshold cut. Experimental results show that IPknot achieves high prediction accuracy and fast computation time.

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その他リンク： http://id.nii.ac.jp/1001/00069927/

記述言語：英語   出版者・発行元：電子情報通信学会  

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記述言語：英語   出版者・発行元：情報処理学会  

Much attention has been focused on predicting RNA-RNA interaction since it is a key to identifying possible targets of noncoding small RNAs that regulate gene expression post-transcriptionally. A number of computational studies have so far been devoted to predicting joint secondary structures or binding sites under a specific class of interactions. In this technical report, we propose RactIP, a fast and accurate prediction method for RNA-RNA interaction of general type based on integer programming. RactIP can integrate approximate information on an ensemble of equilibrium joint structures into the objective function using posterior internal and external base paring probabilities. Experimental results show that prediction accuracy of RactIP is at least comparable to that of several state-of-the-art methods for RNA-RNA interaction prediction. Moreover, we demonstrate that RactIP can run incomparably faster than competitive methods for predicting joint secondary structures.Much attention has been focused on predicting RNA-RNA interaction since it is a key to identifying possible targets of noncoding small RNAs that regulate gene expression post-transcriptionally. A number of computational studies have so far been devoted to predicting joint secondary structures or binding sites under a specific class of interactions. In this technical report, we propose RactIP, a fast and accurate prediction method for RNA-RNA interaction of general type based on integer programming. RactIP can integrate approximate information on an ensemble of equilibrium joint structures into the objective function using posterior internal and external base paring probabilities. Experimental results show that prediction accuracy of RactIP is at least comparable to that of several state-of-the-art methods for RNA-RNA interaction prediction. Moreover, we demonstrate that RactIP can run incomparably faster than competitive methods for predicting joint secondary structures.

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その他リンク： http://id.nii.ac.jp/1001/00069667/

担当区分：最終著者   記述言語：英語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（その他）   出版者・発行元：Springer  

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記述言語：日本語  

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記述言語：英語   出版者・発行元：電子情報通信学会  

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記述言語：日本語  

J-GLOBAL

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記述言語：日本語  

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担当区分：最終著者   記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（その他）   出版者・発行元：人工知能学会  

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その他リンク： http://id.nii.ac.jp/1004/00006633/

記述言語：日本語  

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記述言語：日本語  

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記述言語：日本語  

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記述言語：日本語  

単語の使われ方による単語の自動的な分類の手法は、科学的、実践的見地から興味が持たれている。例えば、・言語学的な構造の分布や語彙の獲得における疑問に対する、精神的あるいは計算的な学習の展望にどのような関係があるか。・どうやって希薄なデータをうまく処理したり、統計的な言語モデルを生成するか。といった問題が挙げられる。巨大なコーパスになると、大部分がsparseデータになってしまうため、信頼性が低くなってしまうことが良く知られている。この問題に対してsparseデータを"似ている"イベントで代用することが考えられるが、類似度を単語のクラスや対応するモデルの生成に直接使う方法は明らかになっていない。本論文では、d-bigram[2]を用いた単語のクラスタリングの方法について考察し、どのようなクラスタが生成されるかを検証する。

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開催年月日： 2025年6月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：琉球大学   国名：日本国  

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開催年月日： 2025年3月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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開催年月日： 2024年10月

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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開催年月日： 2024年6月

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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開催年月日： 2024年3月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：北陸先端科学技術大学院大学   国名：日本国  

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開催年月日： 2023年8月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：兵庫県神戸市  

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開催年月日： 2018年7月

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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開催年月日： 2017年9月

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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開催年月日： 2017年7月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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開催年月日： 2017年7月

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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開催年月日： 2017年5月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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開催年月日： 2016年9月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：プラザ平成（東京都江東区）  

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開催年月日： 2016年9月

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：プラザ平成（東京都江東区）  

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開催年月日： 2016年6月

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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開催年月日： 2016年6月

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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開催年月日： 2015年10月

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：京都大学宇治キャンパス、京都府宇治市   国名：日本国  

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開催年月日： 2015年10月

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：京都大学宇治キャンパス、京都府宇治市   国名：日本国  

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開催年月日： 2015年9月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：愛媛県松山市   国名：日本国  

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開催年月日： 2015年9月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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開催年月日： 2015年9月

記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：慶應義塾大学矢上キャンパス、神奈川県横浜市   国名：日本国  

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開催年月日： 2015年7月

記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：Benasque   国名：スペイン  

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開催年月日： 2015年7月

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：Dublin   国名：アイルランド  

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開催年月日： 2014年10月

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：仙台   国名：日本国  

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開催年月日： 2014年8月

記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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開催年月日： 2014年7月

記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：名古屋   国名：日本国  

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開催年月日： 2013年1月

記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：Tokyo   国名：日本国  

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開催年月日： 2012年8月

記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

開催地：Sappro   国名：日本国  

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開催年月日： 2012年7月

記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：Benasque   国名：スペイン  

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開催年月日： 2009年7月

記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：Benasque   国名：スペイン  

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開催年月日： 2006年7月

記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：Benasque   国名：スペイン  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：京都  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

開催地：豊中市  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

開催地：慶應義塾大学 矢上キャンパス   国名：日本国  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：東京工業大学大岡山キャンパス  

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記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

開催地：Ventura, CA   国名：アメリカ合衆国  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：北陸先端科学技術大学院大学   国名：日本国  

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記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

開催地：大阪公立大学中百舌鳥キャンパス   国名：日本国  

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種別：新聞・雑誌

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種別：新聞・雑誌

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種別：新聞・雑誌

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