Organization
Center for Information Infrastructure Associate Professor for Institute Management
Title
Associate Professor for Institute Management
External link
watanabe toshio
Degree
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博士（理学） ( 筑波大学 )
Research Interests
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High Performance Computing
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Computational Chemistry
-
Molecular Dynamics Simulation
-
High Performance Scientific Computing
-
Solvation effect
-
Fragment Molecular Orbital methods
Research Areas
-
Nanotechnology/Materials / Fundamental physical chemistry / Computational chemistry / Quantum chemistry
-
Informatics / High performance computing
Education
-
University of TSUKUBA Graduate School of Chemistry
1995.4 - 2000.3
-
University of Tsukuba First Cluster of Colleges College of Natural Sciences
1991.4 - 1995.3
-
Tamura High School
1988.4 - 1991.3
Research History
-
Institute of Science Tokyo Center for Information Infrastructure Associate Professor for Institute Management
2024.10
Country：Japan
-
Tokyo Institute of Technology Global Scientific Information and Computing Center Associate Professor for Institute Management
2021.10 - 2024.9
Country：Japan
-
Edogawa University College of Media and Communication Department of Communication and Business Part-time lecturer
2020.4 - 2023.3
Country：Japan
-
Tokyo Institute of Technology Global Scientific Information and Computing Center Specially Appointed Associate Professor
2009 - 2021.9
-
National Institute of Advanced Industrial Science and Technology Grid Technology Research Center / Research Institute of Computational Science Postdoctral researcher
2002 - 2009
-
University of Tsukuba Department of Chemistry Assistant Professor
2000 - 2002
Professional Memberships
-
CHEM-BIO INFORMATICS SOCIETY
-
JAPAN SOCIETY FOR MOLECULAR SCIENCE
-
INFORMATION PROCESSING SOCIETY OF JAPAN
-
SOCIETY OF COMPUTER CHEMISTRY, JAPAN
-
THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN
Papers
-
CP violating effects in 210Fr and prospects for new physics beyond the Standard Model Reviewed
Nanako Shitara, Nodoka Yamanaka, Bijaya Kumar Sahoo, Toshio Watanabe, Bhanu Pratap Das
Journal of High Energy Physics 2021 ( 124 ) 2021.2
-
Nanako Shitara, B. K. Sahoo, T. Watanabe, B. P. Das
2019.12
-
Conformational Analysis of the Polymer-Chain Gently Restricted by Rotaxane Structure Reviewed
Toshio WATANABE, Susumu KAWAUCHI
Journal of Computer Chemistry, Japan 17 ( 5 ) 232 - 234 2018
-
Parallel Fock Matrix Construction with Distributed Shared Memory Model for the FMO-MO Method Reviewed
Hiroaki Umeda, Yuichi Inadomi, Toshio Watanabe, Toru Yagi, Takayoshi Ishimoto, Tsutomu Ikegami, Hiroto Tadano, Tetsuya Sakurai, Umpei Nagashima
JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 31 ( 13 ) 2381 - 2388 2010.10
-
Fragment Molecular Orbital (FMO) and FMO-MO Calculations of DNA: Accuracy Validation of Energy and Interfragment Interaction Energy Reviewed
Toshio Watanabe, Yuichi Inadomi, Hiroaki Umeda, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka, Tatsuya Nakano, Umpei Nagashima
JOURNAL OF COMPUTATIONAL AND THEORETICAL NANOSCIENCE 6 ( 6 ) 1328 - 1337 2009.6
-
グリッド技術を用いた大規模分子軌道計算プログラムの開発—FMO‐MO法によるLysozymeの溶媒和と分子軌道—
長嶋雲兵, 長嶋雲兵, 渡辺寿雄, 渡辺寿雄, 稲富雄一, 石元孝佳, 石元孝佳, 梅田宏明, 梅田宏明, 櫻井鉄也, 櫻井鉄也, 櫻井鉄也
CICSJ Bull (Div Chem Inf Comput Sci Chem Soc Jpn) 25 40-46 2008.11
-
FMO-MO method as an initial guess generation for SCF calculation: Case of (-)-epicatechin gallate Reviewed
Katsuhiro Tamura, Toshio Watanabe, Takayoshi Ishimoto, Hiroaki Umeda, Yuichi Inadomi, Umpei Nagashima
BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN 81 ( 2 ) 254 - 256 2008.2
-
Ab initio MO-MD simulation based on the fragment MO method. A case of (-)-epicatechin gallate with STO-3G basis set Reviewed
Katsuhiro Tamura, Toshio Watanabe, Takayoshi Ishimoto, Umpei Nagashima
BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN 81 ( 1 ) 110 - 112 2008.1
-
Difference in the potential energy surfaces from the fragment MO method and conventional ab initio SCF-MO method. A case of a surface for ring rotation of (-)-epicatechin gallate using the STO-3G basis set Reviewed
Katsuhiro Tamura, Toshio Watanabe, Takayoshi Ishimoto, Umpei Nagashima
BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN 80 ( 10 ) 1939 - 1941 2007.10
-
Molecular Orbital Calculation for Large Molecule
WATANABE Toshio, INADOMI Yuichi, ISHIMOTO Takayoshi, UMEDA Hiroaki, SAKURAI Tetsuya, NAGASHIMA Umpei
Journal of Computer Chemistry, Japan 6 ( 3 ) 217 - 226 2007.9
-
COMP 293-Efficient parallel Fock matrix construction on the Grid Reviewed
Hiroaki Umeda, Yuichi Inadomi, Toshio Watanabe, Takayoshi Ishimoto, Umpei Nagashima
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 234 2007.8
-
COMP 303-Interaction analysis between EGF receptor and EGF by fragment molecular orbital calculation Reviewed
Toshio Watanabe, Takayoshi Ishimoto, Yutaka Tamura, Yuichi Inadomi, Hiroaki Umeda, Umpei Nagashima
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 234 2007.8
-
DNA and estrogen receptor interaction revealed by fragment molecular orbital calculations Reviewed
Toshio Watanabe, Yuichi Inadomi, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka, Lennart Nilsson, Umpei Nagashima
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 111 ( 32 ) 9621 - 9627 2007.8
-
COMP 273-Analysis of protonic and deuteronic basis functions using Gaussian-type functions Reviewed
Takayoshi Ishimoto, Masanori Tachikawa, Yuichi Inadomi, Hiroaki Umeda, Toshio Watanabe, Umpei Nagashima
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 234 2007.8
-
Umpei Nagashima, Toshio Watanabe, Yuichi Inadomi, Hiroaki Umeda, Takayoshi Ishimoto, Tetsuya Sakurai
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 233 21 - 21 2007.3
-
Molecular Orbital Calculation for Large Molecule
WATANABE TOSHIO, WATANABE TOSHIO, INADOMI YUICHI, ISHIMOTO TAKAYOSHI, ISHIMOTO TAKAYOSHI, UMEDA HIROAKI, UMEDA HIROAKI, SAKURAI TETSUYA, SAKURAI TETSUYA, SAKURAI TETSUYA, NAGASHIMA UMPEI, NAGASHIMA UMPEI
J Comput Chem Jpn 6 ( 3 ) 217-226 (J-STAGE) - 226 2007
-
A master-worker type eigensolver for molecular orbital computations Reviewed
Tetsuya Sakurai, Yoshihisa Kodaki, Hiroto Tadano, Hiroaki Umeda, Yuichi Inadomi, Toshio Watanabe, Umpei Nagashima
APPLIED PARALLEL COMPUTING 4699 617 - + 2007
-
Application of FMO-MO method for large-scale molecule: Fluctuation of solvation Reviewed
Toshio Watanabe, Yuichi Inadomi, Hiroaki Umeda, Takayoshi Ishimoto, Umpei Nagashima
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 232 388 - 388 2006.9
-
Fock matrix construction using Ninf-G GridRPC programming middleware Reviewed
Hiroaki Umeda, Yuichi Inadomi, Toshio Watanabe, Takayoshi Ishimoto, Umpei Nagashima
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 232 298 - 298 2006.9
-
Accuracy of FMO-MO for Large Scale Molecule Reviewed
Yuichi Inadomi, Hiroaki Umeda, Toshio Watanabe, Umpei Nagashima, Takayoshi Ishimoto
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 231 2006.3
-
Application of FMO-MO fior Large-Scale Molecule: Effect of solvent molecules Reviewed
Toshio Watanabe, Yuichi Inadomi, Hiroaki Umeda, Takayoshi Ishimoto, Umpei Nagashima
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 231 2006.3
-
Parallel Fock matrix construction on the Grid Reviewed
Hiroaki Umeda, Yuichi Inadomi, Toshio Watanabe, Takayoshi Ishimoto, Umpei Nagashima
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 231 2006.3
-
Development of protonic and deuteronic basis functions using Gaussian-type functions Reviewed
Takayoshi Ishimoto, Masanori Tachikawa, Yuichi Inadomi, Hiroaki Umeda, Toshio Watanabe, Umpei Nagashima
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 231 2006.3
-
Drug discovery using grid technology
Hitoshi Goto, Sigeaki Obata, Toshiyuki Kamakura, Naofumi Nakayama, Mitsuhisa Sato, Yoshihiro Nakajima, Umpei Nagashima, Toshio Watanabe, Yuichi Inadomi, Masakatsu Ito, Takeshi Nishikawa, Tatsuya Nakano, Lennart Nilsson, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa, Yuichiro Inagaki, Michiaki Hamada, Hiroshi Chuman
Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry of Biopolymers 227 - 248 2006
-
A hybrid parallel method for large sparse eigenvalue problems on a grid computing environment using Ninf-G/MPI Reviewed
T Sakurai, Y Kodaki, H Umeda, Y Inadomi, T Watanabe, U Nagashima
LARGE-SCALE SCIENTIFIC COMPUTING 3743 438 - 445 2006
-
Hartree-Fock and density functional theory calculations for the reaction mechanism of nitric oxide reductase cytochrome P450nor from Fusarium oxysporum Reviewed
TSUKAMOTO Koki, WATANABE Toshio, WATANABE Toshio, NAGASHIMA Umpei, AKIYAMA Yutaka
J Mol Struct 732 ( 1-3 ) 87-98 - 98 2005.11
-
Large-Scale Molecular Orbital Calculation using FMO-MO Method : characters of eigenvalue problem to be solved in FMO-MO method(<Special Issue>Algorithms for Matrix・Eigenvalue Problems and their Applications)
Inadomi Yuichi, Umeda Hiroaki, Watanabe Toshio, Sakurai Tetsuya, Nagashima Umpei
Transactions of the Japan Society for Industrial and Applied Mathematics 15 ( 2 ) 169 - 179 2005.6
-
Large-scale Molecular Orbital Calculation by FMO-MO Method
INADOMI YUICHI, UMEDA HIROAKI, WATANABE TOSHIO, SAKURAI TETSUYA, NAGASHIMA UMPEI
情報処理学会論文誌 46 ( SIG7(ACS10) ) 1-8 2005.5
-
Large-scale Molecular Orbital Calculation by FMO-MO Method(Numerical Simulation)
INADOMI YUICHI, UMEDA HIROAKI, WATANABE TOSHIO, SAKURAI TETSUYA, NAGASHIMA UMPEI
46 ( 7 ) 1 - 8 2005.5
-
A Master-worker Type Parallel Method for Large-scale Eigenvalue Problems(Numerical Computation)
SAKURAI TETSUYA, TADANO HIROTO, HAYAKAWA KENTARO, SATO MITSUHISA, TAKAHASHI DAISUKE, NAGASHIMA UMPEI, INADOMI YUICHI, UMEDA HIROAKI, WATANABE TOSHIO
46 ( 7 ) 44 - 51 2005.5
-
A Master-worker Type Parallel Method for Large-scale Eigenvalue Problems
SAKURAI TETSUYA, TADANO HIROTO, HAYAKAWA KENTARO, SATO MITSUHISA, TAKAHASHI DAISUKE, NAGASHIMA UMPEI, INADOMI YUICHI, UMEDA HIROAKI, WATANABE TOSHIO
情報処理学会論文誌 46 ( SIG7(ACS10) ) 44-51 2005.5
-
Ab initio molecular orbital calculation of biomolecule
Watanabe, T.
AIST Today (International Edition) ( 15 ) 21 - 21 2005
-
Calculation of systematic set of bond dissociation enthalpies of polyhalogenated benzenes Reviewed
T Watanabe, ZY Wang, O Takahashi, K Morihashi, O Kikuchi
JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM 682 ( 1-3 ) 63 - 72 2004.8
-
Prediction of gas phase thermodynamic function of polychlorinated dibenzo-p-dioxins using DFT Reviewed
ZY Wang, ZC Zhai, LS Wang, JL Chen, O Kikuchi, T Watanabe
JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM 672 ( 1-3 ) 97 - 104 2004.3
-
MC/MO SOC-SCF calculation of parity-violating energy of L-alanine zwitterion in aqueous solution Reviewed
T Watanabe, K Morihashi, O Takahashi, T Kitayama, T Yagi, O Kikuchi
JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM 671 ( 1-3 ) 119 - 123 2004.2
-
DNA and estrogen receptor interaction revealed by the fragment molecular orbital method - Implementation of SCF convergence Reviewed
T Watanabe, Y Inadomi, S Tanaka, U Nagashima'
NSTI NANOTECH 2004, VOL 1, TECHNICAL PROCEEDINGS 176 - 179 2004
-
Molecular simulation of DNA microarrays - an application of 2D particle mesh Ewald algorithm Reviewed
T Watanabe, M Kawata, U Nagashima
NSTI NANOTECH 2004, VOL 1, TECHNICAL PROCEEDINGS 88 - 90 2004
-
DFT study of tetrachlorinated dibenzo-p-dioxins Reviewed
ZY Wang, YC Wu, KK Osamu, TS Watanabe
ACTA CHIMICA SINICA 61 ( 6 ) 840 - 845 2003.6
-
Parity-violating energy for the chirality-producing step in Strecker synthesis Of L-alanine Reviewed
T Kitayama, T Watanabe, O Takahashi, K Morihashi, O Kikuchi
JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM 584 89 - 94 2002.4
-
Parity-violating energy of D-glyceraldehyde Reviewed
O Kikuchi, T Kitayama, T Watanabe, O Takahashi, K Morihashi
JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM 579 147 - 150 2002.3
-
Reaction space map representation of the chlorination/dechlorination reactions of polychlorobenzenes Reviewed
ZY Wang, T Watanabe, O Takahashi, K Morihashi, O Kikuchi
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES 42 ( 2 ) 284 - 289 2002.3
-
Ab initio GB study of the acid-catalyzed cis-trans isomerization of methyl yellow and methyl orange in aqueous solution Reviewed
M Azuki, K Morihashi, T Watanabe, O Takahashi, O Kikuchi
JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM 542 255 - 262 2001.6
-
A new method of determining the nonempirical potential functions-application to an ionic fragmentation reaction of tert-butyl chloride in aqueous solution Reviewed
T Watanabe, O Kikuchi
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A 104 ( 33 ) 7840 - 7846 2000.8
-
Ab initio GB study of prebiotic synthesis of purine precursors from aqueous hydrogen cyanide: dimerization reaction of HCN in aqueous solution Reviewed
O Kikuchi, T Watanabe, Y Satoh, Y Inadomi
JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM 507 53 - 62 2000.7
-
AB INITIO GB STUDY OF PREBIOTIC SYNTHESIS OF PURINE PRECURSORS FROM AQUEOUS HYDROGEN CYANIDE: RELATIVE ENERGIES OF HCN POLYMERS IN AQUEOUS SOLUTION
KIKUCHI Osamu, WATANABE Toshio, ITOGA Kazumi, INADOMI Yuichi
Viva origino 27 ( 4 ) 209 - 218 1999.12
-
Monte Carlo simulation study on the conformation and interaction of the glycine zwitterion in aqueous solution Reviewed
T Watanabe, K Hashimoto, H Takase, O Kikuchi
JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM 397 113 - 119 1997.6
-
Ab initio MO and Monte Carlo simulation study on the conformation of L-alanine zwitterion in aqueous solution Reviewed
O Kikuchi, T Watanabe, Y Ogawa, H Takase, O Takahashi
JOURNAL OF PHYSICAL ORGANIC CHEMISTRY 10 ( 3 ) 145 - 151 1997.3
MISC
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HPC-AI時代に向けたもっとみんなのスパコンTSUBAME4.0
遠藤 敏夫, 野村 哲弘, 渡邊 寿雄, 安良岡 由規, 鶴見 慶
情報処理学会研究報告, 2024-HPC-195 195 ( 8 ) 2024.8
-
Kazuhiro Fujita, Kei Tsurumi, Yoshinori Yasuraoka, Shinobu Nemoto, Yoshiyuki Yanai, Toshio Watanabe, Akihiro Nomura, Shinichi Miura, Akira Nukada, Toshio Endo, Satoshi Matsuoka
AXIES TC1-6 2017.12
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Projects for Partnership Resource Allocations at TSUBAME2
Toshio Watanabe, Atsushi Sasaki, Yutaka Matsumoto, Yuki Itakura, Takayuki Aoki
FA26 2016.12
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高分子反応での高機能触媒開発へ向けた大規模分子軌道計算による予備的研究
渡邊寿雄, 川内進
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2016 75 2016.10
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渡邊寿雄, 稲富雄一, 稲富雄一, 梅田宏明, 本田宏明, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2015 63‐64 2015.10
-
渡邊寿雄, 稲富雄一, 稲富雄一, 梅田宏明, 本田宏明, 青柳睦, 長嶋雲兵
分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 8th ROMBUNNO.4P128 (WEB ONLY) 2014
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東京工業大学のHPCIに関する取り組み
三浦 信一, 渡邊 寿雄, 佐藤 仁, 遠藤 敏夫
大学ICT推進協議会年次大会論文集 T4G-1 2013.12
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「みんなのスパコン」TSUBAMEにおける産業利用促進の取り組み
渡邊 寿雄, 佐々木 淳, 松本 豊, 早川 義久, 仲川 愛理, 青木 尊之
大学ICT推進協議会年次大会論文集 T3G-4 2013.12
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稲富雄一, 眞木淳, 本田宏明, 石元孝佳, 梅田宏明, 渡邊寿雄, 池上努, 青柳睦
分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 7th ROMBUNNO.1E01 (WEB ONLY) 2013
-
スペルミジンによるRNA認識機構の量子化学的解明
林慶浩, 菅波晃子, 杉山肇, 渡邊寿雄, 川内進, 田村裕
高分子学会予稿集(CD−ROM) 60 ( 2 Disk1 ) ROMBUNNO.3PB116 2011.9
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FMO法におけるフラグメント分割の精度検証
渡邊寿雄
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2010 71 2010.10
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ポリアミンによるRNAの構造と機能制御の理論的解明
林慶浩, 菅波晃子, 杉山肇, 渡邊寿雄, 川内進, 田村裕
高分子学会予稿集(CD−ROM) 59 ( 2 Disk1 ) ROMBUNNO.1PA079 2010.9
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ポリアミンによるRNAの構造と機能制御の理論的解明
林慶浩, 菅波晃子, 渡邊寿雄, 杉山肇, 川内進, 田村裕
繊維学会夏季セミナー講演要旨集 41st 107 2010.8
-
大規模分子軌道計算のための並列対角化手法
飯塚直之, 渡邊寿雄, 梅田宏明, 稲富雄一, 多田野寛人, 池上努, 櫻井鉄也, 長嶋雲兵
日本応用数理学会年会講演予稿集 2009 127-128 - 128 2009.9
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グリッド技術を用いた大規模分子シミュレーションプログラムの開発
長嶋雲兵, 長嶋雲兵, 櫻井鉄也, 櫻井鉄也, 櫻井鉄也, 立川仁典, 立川仁典, 石元孝佳, 石元孝佳, 梅田宏明, 梅田宏明, 八木徹, 八木徹, 渡邊寿雄, 渡邊寿雄
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2008 66 2008.9
-
多成分分子軌道法の開発と同位体効果の解析
石元孝佳, 石元孝佳, 立川仁典, 立川仁典, 梅田宏明, 梅田宏明, 渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2008 46 2008.9
-
フラグメントMO及びFMO‐MO法によるDNAの電子状態計算
渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 稲富雄一, 梅田宏明, 梅田宏明, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2008 52 2008.9
-
グリッド技術を用いた大規模Fock行列計算プログラムの開発
梅田宏明, 梅田宏明, 稲富雄一, 渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 八木徹, 八木徹, 石元孝佳, 石元孝佳, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2008 49 2008.9
-
フラグメント分子軌道法を用いたHartree‐Fock法の初期値改善
飯塚直之, 渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 梅田宏明, 梅田宏明, 稲富雄一, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵, 櫻井鉄也, 櫻井鉄也
日本応用数理学会年会講演予稿集 2008 375-376 2008.9
-
Characters of eigenvalue problem to be solved in a large molecular orbital calculation
INADOMI Yuichi, ISHIMOTO Takayoshi, UMEDA Hiroaki, WATANABE Toshio, TACHIKAWA Masanori, NAGASHIMA Umpei
計算工学講演会論文集 13 ( 2 ) 707 - 708 2008.5
-
Conformation Analysis of Enkephalin Using Hamiltonian Algorithm : Effect of Mixing Coefficient in HA
TSUCHIYA Kyouhei, TERAMAE Hiroyuki, WATANABE Toshio, ISHIMOTO Takayoshi, NAGASHIMA Umpei
Journal of Computer Chemistry, Japan 6 ( 5 ) 275 - 282 2007.12
-
大規模Fock行列生成プログラムの開発
梅田宏明, 梅田宏明, 稲富雄一, 渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 石元孝佳, 石元孝佳, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2007 45 2007.10
-
FMO法による上皮細胞増殖因子受容体(EGFR)の相互作用解析
渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 石元孝佳, 石元孝佳, 田村裕, 稲富雄一, 梅田宏明, 梅田宏明, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2007 43-44 2007.10
-
MC_MO‐Full‐CI法による水素分子のエネルギー計算
石元孝佳, 石元孝佳, 立川仁典, 立川仁典, 稲富雄一, 梅田宏明, 梅田宏明, 渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2007 24 2007.10
-
FMO法による上皮細胞増殖因子受容体(EGFR)の相互作用解析
渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 石元孝佳, 石元孝佳, 田村裕, 稲富雄一, 梅田宏明, 梅田宏明, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵
分子科学討論会講演要旨集(CD−ROM) 1st 3P120 2007.8
-
大規模Fock行列計算プログラムの開発
梅田宏明, 梅田宏明, 稲富雄一, 渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 石元孝佳, 石元孝佳, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵
分子科学討論会講演要旨集(CD−ROM) 1st 4P075 2007.8
-
多成分分子軌道法を用いた水素分子に対するエネルギー計算
石元孝佳, 石元孝佳, 立川仁典, 立川仁典, 稲富雄一, 梅田宏明, 渡邊寿雄, 長嶋雲兵, 梅田宏明, 渡邊寿雄, 長嶋雲兵
分子科学討論会講演要旨集(CD−ROM) 1st 2P057 2007.8
-
GAMESSにおけるフォック行列計算ルーチンのグリッド化
梅田宏明, 梅田宏明, 稲富雄一, 渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 石元孝佳, 石元孝佳, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵
情報処理学会シンポジウム論文集 2007 ( 1 ) 76 2007.1
-
多成分分子軌道法によるH2分子のエネルギー計算
石元孝佳, 石元孝佳, 立川仁典, 稲富雄一, 梅田宏明, 梅田宏明, 渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2007 82 2007
-
グリッド技術を用いた大規模分子軌道計算プログラムの開発
長嶋 雲兵, 渡辺 寿雄, 稲富 雄一, 石元 孝佳, 梅田 宏明, 櫻井 鉄也
日本化学会情報化学部会誌 25 ( 2 ) 40 - 40 2007
-
Conformation Analysis of Enkephalin Using Hamiltonian Algorithm : Effect of Mixing Coefficient in HA
土屋 恭平, 寺前 裕之, 渡邊 寿雄, 石元 孝佳, 長嶋 雲兵
Journal of Computer Chemistry, Japan 6 ( 5 ) 275 - 282 2007
-
フラグメントMO法によるEpidermal Growth Factor(EGF)受容体の解析
渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 石元孝佳, 石元孝佳, 田村裕, 稲富雄一, 梅田宏明, 梅田宏明, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2007 80-81 2007
-
Applicability of FMO method to ab initio MD
TAMURA KATSUHIRO, TAMURA KATSUHIRO, WATANABE TOSHIO, NAGASHIMA UMPEI, NAGASHIMA UMPEI
情報化学討論会講演要旨集 29th ( 0 ) 107-108 - JP19 2006.11
-
Intramolecular interaction energies during dynamics simulations of oligopeptides by fragment molecular orbital-Hamiltonian algorithm method
Takayoshi Ishimoto, Hiroyuki Teramae, Yuichi Inadomi, Hiroaki Umeda, Toshio Watanabe, Umpei Nagashima
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 232 379 - 379 2006.9
-
FMO-MO 法による大規模分子軌道計算(計算科学の基盤技術とその発展)
稲富 雄一, 梅田 宏明, 渡邊 寿雄
数理解析研究所講究録 1505 ( 0 ) 134 - 144 2006.7
-
高次元アルゴリズムを用いたEnkephalinの構造解析
土屋恭平, 寺前裕之, 渡邊寿雄, 石元孝佳, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2006 57 2006
-
茶カテキン分子を用いたフラグメント分子軌道法(FMO法)の検証
田村克浩, 田村克浩, 稲富雄一, 渡邊寿雄, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2006 77-78 2006
-
S1d1-7 DNA and Estrogen Receptor Interaction Revealed by the Fragment Molecular Orbital Method(S1-d1: "Structure and Function of Weak Interactions in Protein Molecules",Symposia,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
Watanabe Toshio, Inadomi Yuichi, Fukuzawa Kaori, Tanaka Shigenori, Nakano Tatsuya, Nilsson Lennart, Nagashima Umpei
Seibutsu Butsuri 46 ( 2 ) S108 2006
-
グリッド技術を用いた並列フォック行列計算プログラムの開発
梅田宏明, 梅田宏明, 稲富雄一, 稲富雄一, 稲富雄一, 渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 石元孝佳, 石元孝佳, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2006 56 2006
-
大規模分子に対するFMO‐MOの計算精度
稲富雄一, 梅田宏明, 渡邊寿雄, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2006 71 2006
-
プロトン・デュートロンの基底関数に対する相関効果の影響
石元孝佳, 石元孝佳, 立川仁典, 稲富雄一, 梅田宏明, 梅田宏明, 渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2006 69 2006
-
FMO‐MO法による大規模分子軌道計算:溶媒の影響 その3
渡邊寿雄, 渡邊寿雄, 稲富雄一, 梅田宏明, 梅田宏明, 石元孝佳, 石元孝佳, 長嶋雲兵, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2006 85-86 2006
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大規模固有値問題のグリッド環境向き並列解法
桜井鉄也, 小瀧義久, 多田野寛人, 稲富雄一, 梅田宏明, 渡辺寿雄, 長嶋雲兵
日本機械学会計算力学講演会講演論文集 18th ( 18 ) 159-160 - 160 2005.11
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9033 A parallel method for large scale eigenvalue problems in a Grid environment
Sakurai Tetsuya, Kodaki Yoshihisa, Tadano Hiroto, Inadomi Yuichi, Umeda Hiroaki, Watanabe Toshio, Nagashima Umpei
The Computational Mechanics Conference 2005 ( 18 ) 159 - 160 2005.11
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Development of a Large Scale Molecular Simulation Program for A Large Scale Molecular Orbital Calculation using Fragment Molecular Orbital Method and Grid Computation Technique
NAGASHIMA Umpei, INADOMI Yuichi, UMEDA Hiroaki, WATANABE Toshio, ISHIMOTO Takayoshi, SAKURAI Tetsuya, SAKURAI Tetsuya, HIRANO Tsuneo, TOMONARI Mutsumi, TOMONARI Mutsumi
分子構造総合討論会講演要旨集(CD−ROM) 2005 3D01 2005.9
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A Master-worker Type Parallel Method for Large-scale Eigenvalue Problems
SAKURAI TETSUYA, TADANO HIROTO, HAYAKAWA KENTARO, SATO MITSUHISA, TAKAHASHI DAISUKE, NAGASHIMA UMPEI, INADOMI YUICHI, UMEDA HIROAKI, WATANABE TOSHIO
46 ( 7 ) 44 - 51 2005.5
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Large-scale Molecular Orbital Calculation by FMO-MO Method
INADOMI YUICHI, UMEDA HIROAKI, WATANABE TOSHIO, SAKURAI TETSUYA, NAGASHIMA UMPEI
46 ( 7 ) 1 - 8 2005.5
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Development of FMO-MO program on Grid: Project Overview
UMEDA HIROAKI, INADOMI YUICHI, WATANABE TOSHIO, ISHIMOTO TAKAYOSHI, SAKURAI TETSUYA, NAGASHIMA UMPEI
日本化学会講演予稿集 85th ( 1 ) 794 2005.3
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DNA and estrogen receptor interaction revealed by the fragment molecular orbital calculation.
T Watanabe, Inadomi, V, S Tanaka, K Fukuzawa, T Nakano, L Nilsson, U Nagashima
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 229 U779 - U779 2005.3
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Large-scale molecular orbitals based on fragment molecular orbital method solved by projection method
Y Inadomi, H Umeda, T Watanabe, T Sakurai, U Nagashima
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 229 U793 - U793 2005.3
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Large-scale Molecular Orbital Calculation by FMO-MO Method
INADOMI YUICHI, INADOMI YUICHI, UMEDA HIROAKI, UMEDA HIROAKI, WATANABE TOSHIO, WATANABE TOSHIO, SAKURAI TETSUYA, SAKURAI TETSUYA, SAKURAI TETSUYA, NAGASHIMA UMPEI, NAGASHIMA UMPEI
情報処理学会シンポジウム論文集 2005 ( 2 ) 1-8 2005.1
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A master-worker type parallel method for large-scale eigenvalue problems
SAKURAI TETSUYA, TADANO HIROTO, HAYAKAWA KENTARO, SATO MITSUHISA, TAKAHASHI DAISUKE, NAGASHIMA UMPEI, INADOMI YUICHI, UMEDA HIROAKI, WATANABE TOSHIO
情報処理学会シンポジウム論文集 2005 ( 2 ) 43-50 2005.1
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高次元アルゴリズムと古典分子動力学法によるアミノ酸多量体の構造解析
斎藤豊, 土屋恭平, 寺前裕之, 渡辺寿雄, 石元孝佳, 長崎雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2005 60 2005
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FMO‐MO法による大規模分子軌道計算:グリッド化に向けて
梅田宏明, 稲富雄一, 渡辺寿雄, 多田野寛人, 桜井鉄也, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2005 68 2005
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FMO‐MO法による大規模分子軌道計算:溶媒の影響
渡辺寿雄, 稲富雄一, 梅田宏明, 石元孝佳, 長崎雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2005 69 2005
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A Large Scale Molecular Orbital Calculation Using Fragment Molecular Orbital Method-Method and Performance Evaluation-
INADOMI Yuichi, UMEDA Hiroaki, WATANABE Toshio, ISHIMOTO Takayoshi, NAGASHIMA Umpei
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2005 50 2005
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FMO‐MO法による大規模分子軌道計算:グリッド化に向けて
梅田宏明, 梅田宏明, 稲富雄一, 稲富雄一, 渡辺寿雄, 渡辺寿雄, 多田野寛人, 桜井鉄也, 桜井鉄也, 長嶋雲兵, 長嶋雲平
情報処理学会シンポジウム論文集 13 2005
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高次元アルゴリズムにおける時間パラメータの検討
八幡大輔, 寺前裕之, 渡辺寿雄, 石本孝佳, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2005 59 2005
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A Large Scale Molecular Orbital Calculation Using Fragment Molecular Orbital Method
INADOMI Yuichi, UMEDA Hiroaki, WATANABE Toshio, ISHIMOTO Takayoshi, NAGASHIMA Umpei
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2005 75 2005
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2P080 Reaction Mechanism of Nitric Oxide Reductase Cytochrome P450nor from Fusarium oxysporum
Tsukamoto K, Watanabe T, Nagashima U, Akiyama Y
Biophysics 44 ( 1 ) S129 2004.11
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フラグメントMO法によるDNAとエストロゲン受容体の相互作用解析
渡辺寿雄, 稲富雄一, 福沢薫, 田中成典, 中野達也, Nilsson L, 長嶋雲兵
日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2004 86 2004.5
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DNA and estrogen receptor interaction revealed by the fragment molecular orbital method - Implementation of SCF convergence
T Watanabe, Y Inadomi, S Tanaka, U Nagashima'
NSTI NANOTECH 2004, VOL 1, TECHNICAL PROCEEDINGS 46 ( Supplement 2 ) 176 - 179 2004
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Molecular Dynamics Simulation for Interface Structure of Microdroplet.
WATANABE TOSHIO, SHIMADA SACHIKO, NAKATANI SEIJI, KIKUCHI OSAMU
日本化学会講演予稿集 81st ( 1 ) 415 2002.3
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Stability of liquid droplets. Molecular dynamical analysis.
WATANABE TOSHIO, SHIMADA SACHIKO, NAKAYA SEIJI, KIKUCHI OSAMU
液液界面ナノ領域の化学 第2回公開シンポジウム要旨集 平成14年 30 2002
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グリシンの水溶液中における分子内水素移動反応
渡辺寿雄, 浦栃裕, 菊池修
溶液化学シンポジウム講演要旨集 24th 232-233 2001.9
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The intramolecular proton transfer reaction of glycine in aqueous solution.
WATANABE TOSHIO, KIKUCHI OSAMU
日本化学会講演予稿集 79th ( 1 ) 135 2001.3
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分子動力学法による微小液滴の界面構造の解析 (文部科学省S)
渡辺寿雄, 島田幸子, 中谷清治, 菊池修
液液界面ナノ領域の化学 平成13年度 第1回公開シンポジウム要旨集 18 2001
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Ab initio and DFT Calculations of Tetrachlorodibenzo-p-dioxins
Wang Zun Yao, Watanabe Toshio, Kikuchi Osamu
Journal of Chemical Software 13 ( 4 ) 251 - 254 2001
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A new method of determining the non-empirical potential functions-Application to the intramolecular proton transfer reaction of glycine in aqueous solution.
WATANABE TOSHIO, KIKUCHI OSAMU
日本化学会講演予稿集 78th ( 1 ) 455 2000.3
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Quantum Chemical Study of Polymerization of HCN in Aqueous Solution
KIKCUHI Osamu, ITOGA Kazumi, WATANABE Toshio, SATOH Yusuke
Viva origino 27 ( 1 ) 6 - 6 1999.3
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Ab initio Determination of a New Effective Pair Potential Function.
WATANABE TOSHIO, KIKUCHI OSAMU
日本化学会講演予稿集 74th ( 1 ) 93 1998.3
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MC simulation with GBF potential functions-An application to the SN1 type fragmentation reaction of tert-butyl chloride.
WATANABE TOSHIO, KIKUCHI OSAMU
日本化学会講演予稿集 72nd ( 1 ) 179 1997.3
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MC simulation with GBF potential function-Aprication for Sn1 type fragmentation reaction of tert-butylchloride.
WATANABE TOSHIO, KIKUCHI OSAMU
分子構造総合討論会講演要旨集 1996 128 1996.10
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Conformation and solvated structure of glycine zwitterion in aqueous solution.
WATANABE TOSHIO, HASHIMOTO KAZUHIKO, TAKASE HIDETO, KIKUCHI OSAMU
分子構造総合討論会講演要旨集 1995 237 1995.9
Research Projects
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2018.4 - 2019.3
DAS BHANU PRATAP
Grant type：Competitive
The beyond the Standard Model (BSM) physics that we shall be exploring in this research are the electric dipole moment (EDM) of the electron and nuclear which can arise due to the violations of symmetries of space and time due to exotic forces between subatomic particles. The high performance computations of the electron and nuclear EDMs to test BSM physics will be carried out in the framework of relativistic quantum mechanics such as the Dirac-Hartree-Fock (DHF) equation and the relativistic coupled cluster (RCC) amplitude equations.
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2014.4 - 2015.3
JHPCN (Joint Usage/Research Center for Interdisciplinary Large-scale Information Infrastructures) 2014 Joint Research Projects
Toshio Watanabe
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
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Grant number：14740321 2002 - 2003
文部科学省 科学研究費補助金(若手研究(B)) 若手研究(B)
渡邊寿雄
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Grant amount：\1700000 （ Direct Cost: \1700000 ）
溶液内での化学反応を解析するために必要な大規模な系の分子軌道計算が可能な方法であるフラグメント分子軌道法(FMO法)について研究を行った。プログラムパッケージとしては、国立医薬品食品衛生研究所の中野らによって開発され、産業技術総合研究所の稲富らによって改良されたABINIT-MPを用いた。また分子動力学法(MD法)のプログラムは産業技術総合研究所の池上によって開発されたMDプログラムを用いた。これらのプログラムを用いてFMO法のMD計算における特性を調べるため、6残基のポリペプチド(ポリグリシン・ポリアラニン)を用いて、PM3、HF/STO-3G、HF/6-31G、FMO/STO-3G、FMO/6-31Gを用いた計算を行い、比較・検討をした。その結果、FMO法で得られたエネルギー及びエネルギー勾配は、従来のHF法を精度良く再現し、FMO-MD計算が実用的であることがわかり、その有用性を示した。また、FMO法を適用するための準備段階として、数十ナノメートルの水溶液中のヘキサン、及びペンタデカンの微小液滴の振舞を、力場関数に分子力学法(MM法)を用いた古典MD計算によって調べた。得られた結果より、液滴のサイズ依存性、単位セルのサイズ依存性などを調べ、液滴の特性を調べるために十分な系のサイズや条件を調べた。また、平らな界面との比較を行って液滴界面の特徴を調べた。それにより液滴におい...
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レーザー捕捉-分光-電気化学法による微小油滴/水界面物質移動過程の解析と制御
Grant number：13129202 2001 - 2003
文部科学省 科学研究費補助金(特定領域研究(B), 特定領域研究) 特定領域研究(B), 特定領域研究
中谷清治, 渡辺寿雄, 大堺利行
Grant type：Competitive
Grant amount：\30500000 （ Direct Cost: \30500000 ）
レーザー捕捉-分光-電気化学装置を用いて,イオン対抽出過程のメカニズムを単一微小油滴/水系で直接測定から明らかにした。(フェロセニルメチル)トリメチルアンモニウムイオン(FcN^+)とアルキル硫酸イオン(AS^-)のイオン対抽出速度測定から,アルキル鎖長(n=11,12,13)で特徴的な挙動が観測された。n=11では抽出過程は両相で電気的中性を満たすようにFcN^+とAS^-の個々のイオン移動が進み,その律速段階偉AS^-の移動であることがわかった。n=12,13では界面に吸着したAS^-とFcN^+が電気的に中性となり,油滴中に抽出されることがわかった。また,メロシアニン540(MC^-)と有機スズ化合物(OTC^+,トリブチルスズなど)のイオン対抽出過程をNaCl存在下で検討したところ,MC^-はCl^-よりも疎水的であるが油/水界面に吸着するため,OTC^+はCl^-と抽出された後、油滴中のCl^-と界面吸着したMC^-がゆっくりと交換されることが明らかとなった。本手法を用いて種々のイオン対抽出過程の速度論的議論が可能となった。油/水界面電子移動過程のガルバニ電位差・自由エネルギー変化(ΔG)依存性を単一微小水滴/油系で行った。電位差決定イオンとして,テトラアルキルアンモニウムイオンを用いることで赤血塩とデカメチルフェロセン,ジメチルフェロセンの組合せでΔGを0〜-40...