2026/07/22 更新

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チャン フ ズイ
TRAN PHUOC DUY
tran duy phuoc
所属
生命理工学院 助教
職名
助教

News & Topics

研究キーワード

  • 計算生物物理学 、たんぱく質機設計 、 タンパク質構造予測

  • タンパク質機能設計

  • 計算生物物理学

  • 生体材料の設計

研究分野

  • 情報通信 / 計算科学

  • ナノテク・材料 / 生物分子化学

  • ライフサイエンス / 生体材料学

  • ライフサイエンス / 生体医工学

  • 自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理

経歴

  • 名古屋大学   特任助教

    2026年7月 - 現在

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    国名:日本国

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  • 東京科学大学   生命理工学院   テニュアトラック助教

    2024年10月 - 現在

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    国名:日本国

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  • 東京工業大学   生命理工学院   助教

    2019年4月 - 2024年9月

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所属学協会

論文

  • Mechanistic insight into signal bias by the agonist-dependent conformational dynamics of GPR84 査読

    Shota Suzuki, Duy Phuoc Tran, Kouki Nishikawa, Akio Kitao, Yoshinori Fujiyoshi

    Nature Communications   2026年7月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer Science and Business Media LLC  

    DOI: 10.1038/s41467-026-75728-9

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  • DRD1-driven infantile dystonia: towards a mechanism-informed framework for GPCR receptoropathies 査読

    Gülsüm Kayhan, Ryosuke Tany, Reza Maroofian, Esra Serdaroğlu, Eon Kurumiya, Duy Phuoc Tran, Hideko Wakasugi-Masuho, Mirja Thomsen, Kamran Salayev, Rauan Kaiyrzhanov, Saadat Badalova, Ulviyya Guliyeva, Adel Kareem, Peter Bauer, Giovanni Zifarelli, Henry Houlden, Katja Lohmann, Akio Kitao, M Fatih Mulayim, Ikuo Masuho

    Brain   2026年4月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Oxford University Press (OUP)  

    Abstract

    Despite remarkable advances in human genomics, most rare disorders remain undiagnosed, mechanistically obscure, and without effective treatments. In this study, we establish DRD1, encoding the dopamine D1 receptor (D1R), as a monogenic cause of an infantile-onset dystonia syndrome, for which pharmacological responsiveness may vary depending on the underlying molecular mechanism. Across three unrelated families, eight affected individuals exhibited generalised dystonia, axial hypotonia, and cognitive impairment and carried homozygous pathogenic missense DRD1 variants.

    Live-cell biosensor assays revealed that patient-derived DRD1 variants disrupt receptor integrity through mechanistically diverse failures, such as trafficking deficits and impaired agonist-induced activation—ultimately converging on a collapse of D1R-mediated signalling. In line with standard clinical practice and informed by these mechanistic insights, we initiated a trial of levodopa/carbidopa in two individuals in the index family with a partial-loss-of-function variant, which was associated with improvement in voluntary motor function and cognitive engagement. Moreover, in live-cell assays, we demonstrated that Mevidalen—a selective DRD1-positive allosteric modulator currently in clinical development—substantially improved signaling in patient-derived mutants in vitro, supporting a potential future mechanism-aligned therapeutic avenue.

    To broaden the clinical implications of our findings, we performed a structural interpretation of DRD1 variation in 807,162 individuals and identified 29 rare predicted deleterious missense variants in heterozygous carriers. These variants clustered within evolutionarily conserved transmembrane domains and signaling motifs, providing a basis for pathogenicity assignment and variant prioritization in clinical and research settings.

    Building on these insights, we developed a structure-informed pharmacological experimental framework that stratifies DRD1 variants according to molecular dysfunction and matches them with mechanistically aligned therapeutic strategies—namely, orthosteric agonists, pharmacological chaperones, allosteric modulators, and readthrough compounds. This in vitro approach enabled functional rescue of otherwise intractable variants, suggesting a potentially actionable molecular architecture across diverse genotypes, which remains to be tested clinically.

    Together, these findings identify biallelic DRD1 variants as a cause of infantile dystonia and support the potential for mechanism-informed therapeutic exploration, while emphasizing that clinical responsiveness may vary across individuals. More broadly, our integrated genomics-structure-pharmacology framework provides a proof-of-concept approach to functionally stratify G protein-coupled receptor (GPCR) variants, exemplified here by DRD1, and prioritise testable, mechanism-based therapeutic hypotheses for future evaluation.

    DOI: 10.1093/brain/awag128

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  • In Vitro Evolution of the Adenosine A 2A Receptor Based on an Antagonist Binding Using a Ribosome Display 査読

    Genki Fukasawa, Yuma Matsuoka, Duy Phuoc Tran, Haruka Nishigaki, Keisuke Fukunaga, Takayoshi Watanabe, Tomohiro Doura, Naohiro Terasaka, Ako Kagawa, Takeshi Murata, Akio Kitao, Shigeki Kiyonaka, Tomoaki Matsuura

    Journal of the American Chemical Society   148 ( 10 )   11415 - 11423   2026年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:American Chemical Society (ACS)  

    DOI: 10.1021/jacs.6c02372

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  • The role of the tryptophan-rich allosteric network and sodium egress in GPCR activation 査読

    Zhenzhou Qi, Duy Phuoc Tran, Andrejs Tučs, Roopan Thiara, Louis-Philippe Picard, Koji Tsuda, Aditya Pandey, Adnan Sljoka, Akio Kitao, Robert Scott Prosser

    Proceedings of the National Academy of Sciences   123 ( 10 )   2026年3月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Proceedings of the National Academy of Sciences  

    The human adenosine A 2A receptor (A 2A R) is a prototypical member of the class A family of G Protein–Coupled Receptors (GPCRs), which are engaged by over one-third of FDA-approved drugs. Here, we used 19 F NMR to simultaneously evaluate functional states from the perspective of a CF 3 -tag on transmembrane helix-6 (TM6) and all 5-fluorotryptophan reporters. Whereas spectra from the TM6 tag reveal a dynamic conformational ensemble, the tryptophan spectra exhibit more discrete ligand-dependent states. These ligand-dependent signatures provide insights into microswitches including a universal toggle switch which interfaces with a sodium binding pocket. Over 560 GPCRs share this toggle switch — sodium pocket cluster, implying a fundamental role in activation. Computational rigidity-theory reveals tryptophan reporters reside along prominent allosteric activation pathways, underscoring their roles in mechanical signal propagation and corroborating NMR observations. Among them, W246 6.48 , associated with the toggle switch, plays a critical role in regulation of allosteric networks spanning the orthosteric pocket and extending via tryptophan-rich pathways through the receptor to the A 2A R-Gβ interface and the nucleotide pocket in G s α. While higher sodium concentrations (~100 mM) predictably stabilize the inactive conformation of the receptor, lower concentrations (below 40 mM) greatly enhanced the presence of the activation ensemble and in particular, the precoupled state, suggesting that the release of sodium from the conserved pocket—either through basal conditions for the apo receptor, or upon binding of the agonist—enables sampling of a precoupled state, ultimately needed to initiate activation and coupling.

    DOI: 10.1073/pnas.2525502123

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  • Revisiting Vacuum Simulations Using Modern Classical Protein Force Fields 査読

    Vi Toan Lam, Duy Phuoc Tran

    ACS Omega   11 ( 5 )   7464 - 7474   2026年1月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:American Chemical Society (ACS)  

    DOI: 10.1021/acsomega.5c08560

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  • Single layer graphene flake transformation from flat to convex 査読

    Phuc Vu Le, Phi Minh Nguyen, Hoa Van Nguyen, Vi Toan Lam, Hanh Thi-Thu Tran, Duy Phuoc Tran

    Discover Materials   6   56   2025年12月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer Science and Business Media LLC  

    DOI: 10.1007/s43939-025-00496-0

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  • Tandem Allosteric Effects of Reactant and Product that Promote Deacetylation Cycles in Sir2 査読

    Zhen Bai, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

    Journal of Chemical Information and Modeling   65 ( 20 )   11326 - 11341   2025年10月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:American Chemical Society (ACS)  

    DOI: 10.1021/acs.jcim.5c01755

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  • Shear-induced fibronectin fibrillogenesis: Differential mechanisms under high and low shear stress conditions 査読

    Quang Phuc Le, Hoang Huy Mai, Thao Nghi Nguyen Hoang, Hanh Thu Thi Tran, Duy Phuoc Tran, Khon Huynh

    Archives of Biochemistry and Biophysics   771   110518 - 110518   2025年9月

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    担当区分:責任著者   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Elsevier BV  

    DOI: 10.1016/j.abb.2025.110518

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  • Correction to: Balancing G protein selectivity and efficacy in the adenosine A2A receptor (Nature Chemical Biology, (2025), 21, 1, (71-79), 10.1038/s41589-024-01682-6) 査読

    Picard, L.-P., Orazietti, A., Tran, D.P., Tucs, A., Hagimoto, S., Qi, Z., Huang, S.K., Tsuda, K., Kitao, A., Sljoka, A., Prosser, R.S.

    Nature Chemical Biology   21 ( 1 )   155 - 155   2025年

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41589-024-01732-z

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  • Balancing G protein selectivity and efficacy in the adenosine A2A receptor. 査読 国際誌

    Louis-Philippe Picard, Alexander Orazietti, Duy Phuoc Tran, Andrejs Tucs, Sari Hagimoto, Zhenzhou Qi, Shuya Kate Huang, Koji Tsuda, Akio Kitao, Adnan Sljoka, R Scott Prosser

    Nature chemical biology   21 ( 1 )   81 - 79   2024年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41589-024-01682-6

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  • PaCS-Toolkit: Optimized Software Utilities for Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) Simulations and Subsequent Analyses 査読 国際誌

    Shinji Ikizawa, Tatsuki Hori, Tegar Nurwahyu Wijaya, Hiroshi Kono, Zhen Bai, Tatsuhiro Kimizono, Wenbo Lu, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

    Journal of Physical Chemistry B   128 ( 15 )   3631 - 3642   2024年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/acs.jpcb.4c01271

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MISC

  • GPR84のバイアス作動の解明

    鈴木翔大, TRAN Phuoc Duy, 西川幸希, 北尾彰朗, 藤吉好則

    日本蛋白質科学会年会(Web)   25th   2025年

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  • アミロイドβ(1-40)ヘテロ二量化に関する分子動力学シミュレーション

    KIMIZONO Tatsuhiro, KITAO Akio, TRAN Phuoc Duy

    日本蛋白質科学会年会(Web)   24th   2024年

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  • 芳香族環相互作用に注目した変異型アデノシンA2A受容体とリガンドの結合と解離の分子動力学計算

    堀立樹, DUY Tran Phuoc, 松岡佑真, 堂浦智裕, 荒谷剛史, 浅田秀基, 岩田想, 清中茂樹, 北尾彰朗

    分子シミュレーション討論会講演要旨集   38th   2024年

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講演・口頭発表等

  • Insight of the signal transduction in Adenosine A2A receptor by MD simulations

    Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

    IUPAP Conference on Computational Physics 2025  2025年11月 

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    開催年月日: 2025年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • In Silico Design of Inhibitors Targeting SARS-CoV-2 Non-Structural Proteins 招待

    Duy Tran, Akio Kitao

    The 63rd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan  2025年9月 

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    開催年月日: 2025年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  • Ions Permeation through the Stators of Bacterial Flagellar Motors

    Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

    NanoBioCoM2024  2024年3月 

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    会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  • べん毛モーター固定子MotA/Bタンパク質複合体のイオン透過シミュレーション

    2024年3月 

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    会議種別:口頭発表(一般)  

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  • p53タンパク質のC末端ドメインとDNAの結合過程の解明

    平 悠太, チャン フ ズイ, バイ ゼン, 北尾 彰朗

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  • SMD を⽤いた PomAB 複合体のナトリウムイオン透過経路の同定

    2025年3月 

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  • Signal Transduction in Class A GPCRs

    Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

    The 2nd Area “Generative Design to Unlock the Potential of Protein Function” Meeting  2024年12月 

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  • Leveraging Biomolecular Simulations for Sustainable Development: from understanding to design

    Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

    VANJ conference 2024  2024年12月 

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  • Signal Transduction in G-protein Coupled Receptors Class A and Class C 招待

    Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

    THE 4TH KEYLAB INTERNATIONAL CONFERENCE EXPERIMENTAL AND COMPUTATIONAL APPROACHES IN MOLECULAR MEDICINE  2024年10月 

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    会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  • In silico design of the activity-aware ligand coupled to the Adenosine A2A receptor

    Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

    The 3rd Meeting of the Area "Protein Design" Symposium  2025年6月 

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    会議種別:ポスター発表  

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  • Understanding the G protein activation pathway through the Adenosine A2A receptor using PaCS-MD/MSM

    Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

    The 11th Asia Pacific Association of Theoretical and Computational Chemistry  2025年4月 

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    会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  • Leveraging Biomolecular Simulations for Sustainable Development: from understanding to design

    Duy Phuoc Tran

    INTERNATIONAL CONFERENCE ON ENGINEERING AND TECHNOLOGIES FOR SUSTAINABLE DEVELOPMENT ICETSD 2024  2024年8月 

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    会議種別:口頭発表(基調)  

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  • Decoupling processes of the Adenosine A2A receptor from G- proteins through the lens of dPaCS-MD simulations

    Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

    IUPAB 2024  2024年6月 

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    会議種別:ポスター発表  

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  • Understanding the amino acid recognition by Medaka taste receptor T1R2a/T1R3

    Duy Phuoc Tran, Vi Toan Lam, Atsuko Yamashita, Akio Kitao

    KAKENHI Scientific Transformation (A) 'Material Symbiosis' area conference  2024年6月 

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  • 細菌のべん毛モーターのステーターにおけるイオン透過の分子メカニズム

    2025年度べん毛研究交流会  2026年3月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • Ion permeation and rotation mechanisms in bacterial flagellar motor stators 招待

    Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

    The 12th HPCI System Research Project Report Meeting, The 8th HPCI Consortium Symposium  2025年10月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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共同研究・競争的資金等の研究課題

  • AI駆動型高分子設計によるA2A受容体標的化結合体の開発

    研究課題/領域番号:26H01458  2026年4月 - 2028年3月

    文部科学省  2026年度 学術変革領域研究(A) 公募研究 精密高分子の データ・進化工学による 次世代医薬創出 

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    担当区分:研究代表者 

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  • 天然生体材料に基づく次世代バイオ半導体の開発:日本・ASEAN計算科 学と組織工学の統合

    研究課題/領域番号:Y2025L1015058  2026年1月 - 2026年12月

    科学技術振興機構  日ASEAN 科学技術・イノベーション協働連携事業 若手人材交流プログラム 2025年度 

    TRAN PHUOC・DUY, 北尾 彰朗

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    担当区分:研究代表者 

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  • 細胞膜透過性ペプチド設計のための AIフレームワーク —そのダイナミクス制御に向けて

    研究課題/領域番号:JPMJBY25D1  2026年 - 2030年

    科学技術振興機構  国家戦略分野の若手研究者及び博士後期課程学生の育成事業(BOOST) 次世代AI人材育成プログラム(若手研究者支援) 

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    担当区分:研究代表者 

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  • Understanding the internalization process of the G Protein Coupled Receptors class A

    研究課題/領域番号:hp250049  2025年4月 - 2026年3月

    HPCI System Research Project  Fugaku Junior Researchers: FY2025 (Period A) 

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    担当区分:研究代表者 

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  • In silico searching for the malfunctioning states of the SARS-CoV-2 Non-structural proteins

    研究課題/領域番号:hp240024  2024年4月 - 2025年3月

    HPCI System Research Project  Fugaku Junior Researchers: FY2024 (Period A) 

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    担当区分:研究代表者 

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  • 翻訳後修飾と天然変性領域が制御するp53の分子相互作用を先端シミュレーションで探る

    研究課題/領域番号:23K27138  2023年4月 - 2027年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    北尾 彰朗, TRAN PHUOC・DUY

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    配分額:18850000円 ( 直接経費:14500000円 、 間接経費:4350000円 )

    本年度は、p53の天然変性領域が翻訳後修飾を経て、異なる立体構造を取りながら多様なタンパク質と相互作用し、それぞれの複合体を形成する個別のメカニズムを先端的な分子シミュレーションを用いて明らかにする。まずp53のN末端領域にある2つの転写活性化ドメイン(TAD)を対象にした研究に関しては、リン酸化の有無や変異体の解離定数が得られており、伸びた状態で結合している2番目のTAD(TAD2)と他のタンパク質との複合体構造を最初のターゲットとした。具体的には、Ser46とThr55がリン酸化され伸びたヒモ状の構造をとるp53-TAD2と転写因子p62との複合体(PDB: 2ruk)、およびリン酸化されてα構造をとるp53-TAD2とp62のホモログであるTfb1との複合体(PDB: 2gs0)の二つの複合体について、分子動力学シミュレーションを行った。p53とp62またはTfb1の結合における残基の相互作用を分析した結果、p62の方が相互作用する残基が多く、リン酸化された残基も相互作用していることが分かった。これらの結果から、p53のリン酸化はp53の結合能向上のための重要な役割を果たしていることが示唆された。
    アセチル化を受けるp53のC末端ドメイン(p53-CTD)に関しては、複数のタンパク質との複合体立体構造が得られているNLS II付近に注目し、SIRT1(ヒトSir2)との相互作用を対象に研究を行った。MDシミュレーションでは、Sir2がアセチル化されたp53に結合すると、ループ領域が開いた状態になることが観察された。逆に、非アセチル化p53に結合すると、ループ領域は閉じた状態になった。この観察結果は、アセチル化がSirと結合するNAD+の結合ポケット入口の開閉状態に関与するメカニズムを示唆している。この選択メカニズムは、Sir2の効率を高めるものであると考えられる。

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  • 「富岳」で目指すシミュレーション・AI駆動型次世代医療・創薬

    研究課題/領域番号:JPMXP1020230120  2023年4月 - 2026年3月

    文部科学省  京都大学 

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    担当区分:研究分担者 

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  • 細菌べん毛モーター固定子におけるイオン透過および回転機構

    研究課題/領域番号:23K14154  2023年4月 - 2025年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業(科研費)若手研究 

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    配分額:4680000円 ( 直接経費:3600000円 、 間接経費:1080000円 )

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  • Ion permeation and rotation mechanisms in bacterial flagellar motor stators

    研究課題/領域番号:hp230077  2023年4月 - 2024年3月

    HPCI System Research Project  Fugaku Junior Researchers: FY2023 (Period A) 

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    担当区分:研究代表者 

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  • In silico study of phase transition mechanism of monatomic system

    Vietnam National University Hochiminh  Foundation for Science and Technology 

    Vo Van Hoang, Tran Phuoc Duy

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    資金種別:競争的資金

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担当経験のある科目(授業)

  • 工学物理情報学

    2024年10月 - 現在 機関名:ホーチミン市工科大学

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  • 生命理工学特別講義1

    2024年10月 - 現在 機関名:東京科学大学

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  • 生命理工学基礎実験・演習第一

    2024年10月 - 現在 機関名:東京科学大学

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  • 基礎物理学1

    2019年10月 - 現在 機関名:ホーチミン市工科大学

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  • 生命理工学基礎実験・演習第一

    2019年4月 - 2024年10月 機関名:東京工業大学

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  • 生命理工学特別講義1

    2019年4月 - 2024年10月 機関名:東京工業大学

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  • 基盤データサイエンス演習

    2019年4月 - 2024年10月 機関名:東京工業大学

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