研究者詳細 - 田中　寛

2026/03/10 更新

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タナカ　カン

田中　寛

TANAKA KAN

所属

総合研究院化学生命科学研究所教授

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外部リンク

News & Topics

光合成微生物が形成するバイオフィルムの成分の非標識・超解像での可視化に成功

2023/11/14

掲載言語：日本語

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要点-超解像赤外分光イメージングにより、藍藻バイオフィルムの構成成分を非標識で可視化した。-バイオフィルムを主に構成する硫酸多糖成分に沿って藍藻が配列している様子を世界で初めて明らかにした。-硫酸多糖だけでなく、他の多糖成分やタンパク質も共在し、バイオフィ
Understanding the Regulation of Apicoplast Gene Expression in the Malaria Parasite

2023/07/12

掲載言語：英語

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Gene expression within the apicoplast, an organelle in the malaria parasite *Plasmodium falciparum*, is regulated by melatonin (the circadian signaling hormone) in host blood, and intrinsic paras
マラリア原虫とヒトの概日リズムの同調メカニズムを発見発症の分子機構を阻害する、新規抗マラリア薬の開発に期待

2023/07/04

掲載言語：日本語

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要点-マラリア原虫が感染後、宿主ヒトの概日リズムと同期する仕組みを解明。-マラリア原虫は血中メラトニンの感知により自身のリズムをヒトに同期させることを発見。-マラリア発症の分子機構を標的とした、新規抗マラリア薬開発に期待。概要東京工業大学科学
Target of rapamycin: linking cytosolic and chloroplast ribosome biogenesis in plants

2018/02/20

掲載言語：英語

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Scientists at Tokyo Institute of Technology (Tokyo Tech) have found that eukaryotic and bacterial growth regulation systems of independent origins are connected to the control of chloroplast rRNA transcription in a primitive red alga.
細胞質と葉緑体のリボソーム合成をリンクさせる新規シグナル伝達系を発見植物の生長制御に新たな知見

2018/02/16

掲載言語：日本語

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核、葉緑体、ミトコンドリアのリボソームRNA合成が連動して調節されていた細胞質と葉緑体を結ぶ新たなシグナル伝達系を特定細胞共生による葉緑体進化の理解に重要な知見
Abscisic Acid Helps Red Algae Tolerate Salt Stress by Controlling Cell Cycle Initiation

2016/05/19

掲載言語：英語
原始紅藻シゾンでアブシシン酸が機能―植物ホルモン獲得のルーツを解明―

2016/04/11

掲載言語：日本語
微細藻類にオイルをつくらせるスイッチタンパク質を発見―バイオ燃料生産実現に向けた基盤技術として期待―

2015/09/09

掲載言語：日本語
植物が葉緑体に「時」の情報を伝えるメカニズムの発見 ―光合成や代謝など葉緑体機能の最適化にも深く貢献―

2013/03/18

掲載言語：日本語

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千葉大学大学院園芸学研究科の華岡光正特任准教授と東京工業大学資源化学研究所の田中寛教授の研究グループは、英国ブリストル大学のDr. Antony Doddらとの国際共同研究により、植物細胞内で形成される体内時計の情報を光合成器官である葉緑体に伝達するメカニズムを世界で初めて発見しました。地球上の農業生産の増大にも期待される本研究成果は、米国科学雑誌「Science」に掲載されるに先立ち、2013年3月15日にオンライン速報版で公開されました。＊本研究は、The Royal Society「日英国際共同研究」、文部科学省科学技術振興調整費「若手研究者の自立的研究環境整備促進」、科学研究費補助金「若手研究・基盤研究・新学術領域研究」、住友財団「基礎科学研究助成」、物質・デバイス領域共同研究拠点における共同研究等による支援を受けて実施されました。
24時間リズムを生み出す遺伝子発現調節機構を解明 ― 正負の転写制御因子の協調により細胞の「時」が正確に刻まれる―

2012/06/18

掲載言語：日本語

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＜研究成果の概要＞　本学資源化学研究所の田中寛教授と千葉大学大学院園芸学研究科の華岡光正特任准教授らの研究グループは、名古屋大学大学院理学研究科の近藤孝男教授、早稲田大学理工学術院の岩崎秀雄教授らと共同で、光合成微生物であるシアノバクテリアを用いて、概日時計（サーカディアンクロック）が生み出す時間情報を24時間周期で変動する遺伝子発現リズムに伝える分子機構の詳細を世界で初めて解明しました。

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学位

農学博士

研究キーワード

Chloroplast
Differentiation
Sigma factor
Escherichia coli
Plastid
Cyanobacteria
Transcription
葉緑体
分化
シグマ因子
大腸菌
色素体
シアノバクテリア
シグナル伝達
進化
転写
光合成
シゾン

研究分野

ライフサイエンス / 応用微生物学
ライフサイエンス / 植物分子、生理科学

学歴

東京大学

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国名：日本国

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東京大学大学院

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国名：日本国

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東京大学

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The Graduate School of The University of Tokyo

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経歴

千葉大学園芸学部応用生命化学科教授

2007年4月 - 2011年4月

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東京大学准教授

1997年7月 - 2007年3月

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- Associate Professor, The University of Tokyo

1997年7月

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東京大学

1997年7月

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東京大学

1993年4月 - 1997年6月

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東京大学

1993年4月 - 1997年6月

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Assistant Professor, The University of Tokyo

1991年4月 - 1997年6月

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東京大学応用微生物学研究所助手

1991年4月 - 1993年3月

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所属学協会

Biotechnology and Agrochemistry

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Japan Society for Bioscience

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The Japanese Society of Plant Physiology

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日本ゲノム微生物学会

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日本光合成学会

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日本農芸化学会

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日本植物生理学会

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論文

Construction of the Gene Tagging and Knock Out system for reliable genetic analysis of nuclear genes in Cyanidioschyzon merolae

Prerna Bora, Kan Tanaka

Plant And Cell Physiology 2025年3月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pcaf001

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Target of rapamycin signaling regulates starch degradation via α-glucan water dikinase in a unicellular red alga

Sota Komiya, Imran Pancha, Hiroki Shima, Kazuhiko Igarashi, Kan Tanaka, Sousuke Imamura

Plant Physiology 2025年3月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/plphys/kiaf106

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An Evolutionary Conserved Multi-Stress Sensory Histidine Kinase NblS Associates With Photosystem II Proteins And Responds To Its Redox Status In The Cyanobacterium Synechococcus elongatus PCC 7942

Tatsuhiro Tsurumaki, Kan Tanaka

2025年1月

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DOI： 10.1101/2025.01.21.633742

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DnaK2 Mediates a Negative Feedback Regulation of the Heat Shock Responsive Hik2-Rre1 Two-Component System in the Cyanobacterium Synechococcus Elongatus PCC 7942

Hazuki Hasegawa, Ikki Kobayashi, Nachiketa Bairagi, Satoru Watanabe, Kan Tanaka

Plant And Cell Physiology 2024年1月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pcad129

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ppGpp accumulation reduces the expression of the global nitrogen homeostasis-modulating NtcA regulon by affecting 2-oxoglutarate levels

Ryota Hidese, Ryudo Ohbayashi, Yuichi Kato, Mami Matsuda, Kan Tanaka, Sousuke Imamura, Hiroki Ashida, Akihiko Kondo, Tomohisa Hasunuma

Communications Biology 6 ( 1 ) 2023年12月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

Abstract

The cyanobacterium Synechococcus elongatus PCC 7942 accumulates alarmone guanosine tetraphosphate (ppGpp) under stress conditions, such as darkness. A previous study observed that artificial ppGpp accumulation under photosynthetic conditions led to the downregulation of genes involved in the nitrogen assimilation system, which is activated by the global nitrogen regulator NtcA, suggesting that ppGpp regulates NtcA activity. However, the details of this mechanism have not been elucidated. Here, we investigate the metabolic responses associated with ppGpp accumulation by heterologous expression of the ppGpp synthetase RelQ. The pool size of 2-oxoglutarate (2-OG), which activates NtcA, is significantly decreased upon ppGpp accumulation. De novo ¹³C-labeled CO₂ assimilation into the Calvin-Benson-Bassham cycle and glycolytic intermediates continues irrespective of ppGpp accumulation, whereas the labeling of 2-OG is significantly decreased under ppGpp accumulation. The low 2-OG levels in the RelQ overexpression cells could be because of the inhibition of metabolic enzymes, including aconitase, which are responsible for 2-OG biosynthesis. We propose a metabolic rearrangement by ppGpp accumulation, which negatively regulates 2-OG levels to maintain carbon and nitrogen balance.

DOI： 10.1038/s42003-023-05632-1

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その他リンク： https://www.nature.com/articles/s42003-023-05632-1
Molecular Bulkiness of a Single Amino Acid in the F1 α-Subunit Determines the Robustness of Cyanobacterial ATP Synthase

Akito Machida, Kumiko Kondo, Ken-ichi Wakabayashi, Kan Tanaka, Toru Hisabori

Plant And Cell Physiology 2023年12月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pcad109

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Coordination of apicoplast transcription in a malaria parasite by internal and host cues 査読

Yuki Kobayashi, Keisuke Komatsuya, Sousuke Imamura, Tomoyoshi Nozaki, Yoh-ichi Watanabe, Shigeharu Sato, Antony N. Dodd, Kiyoshi Kita, Kan Tanaka

Proceedings of the National Academy of Sciences 120 ( 28 ) 2023年7月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Proceedings of the National Academy of Sciences

The malaria parasite Plasmodium falciparum has a nonphotosynthetic plastid called the apicoplast, which contains its own genome. Regulatory mechanisms for apicoplast gene expression remain poorly understood, despite this organelle being crucial for the parasite life cycle. Here, we identify a nuclear-encoded apicoplast RNA polymerase σ subunit (sigma factor) which, along with the α subunit, appears to mediate apicoplast transcript accumulation. This has a periodicity reminiscent of parasite circadian or developmental control. Expression of the apicoplast subunit gene, apSig , together with apicoplast transcripts, increased in the presence of the blood circadian signaling hormone melatonin. Our data suggest that the host circadian rhythm is integrated with intrinsic parasite cues to coordinate apicoplast genome transcription. This evolutionarily conserved regulatory system might be a future target for malaria treatment.

DOI： 10.1073/pnas.2214765120

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Low-temperature and circadian signals are integrated by the sigma factor SIG5 査読

Dora L. Cano-Ramirez, Paige E. Panter, Tokiaki Takemura, Tara Saskia de Fraine, Luíza Lane de Barros Dantas, Richard Dekeya, Thiago Barros-Galvão, Pirita Paajanen, Annalisa Bellandi, Tom Batstone, Bethan F. Manley, Kan Tanaka, Sousuke Imamura, Keara A. Franklin, Heather Knight, Antony N. Dodd

Nature Plants 9 ( 4 ) 661 - 672 2023年3月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

Abstract

Chloroplasts are a common feature of plant cells and aspects of their metabolism, including photosynthesis, are influenced by low-temperature conditions. Chloroplasts contain a small circular genome that encodes essential components of the photosynthetic apparatus and chloroplast transcription/translation machinery. Here, we show that in Arabidopsis, a nuclear-encoded sigma factor that controls chloroplast transcription (SIGMA FACTOR5) contributes to adaptation to low-temperature conditions. This process involves the regulation of SIGMA FACTOR5 expression in response to cold by the bZIP transcription factors ELONGATED HYPOCOTYL5 and ELONGATED HYPOCOTYL5 HOMOLOG. The response of this pathway to cold is gated by the circadian clock, and it enhances photosynthetic efficiency during long-term cold and freezing exposure. We identify a process that integrates low-temperature and circadian signals, and modulates the response of chloroplasts to low-temperature conditions.

DOI： 10.1038/s41477-023-01377-1

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その他リンク： https://www.nature.com/articles/s41477-023-01377-1
Expression of bacterial phosphite dehydrogenase confers phosphite availability in a unicellular red alga <i>Cyanidioschyzon merolae</i> 査読

Ikki Kobayashi, Sousuke Imamura, Ryuichi Hirota, Akio Kuroda, Kan Tanaka

The Journal of General and Applied Microbiology 2023年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Microbiology Research Foundation

DOI： 10.2323/jgam.2023.08.002

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Autofluorescence-based high-throughput isolation of nonbleaching Cyanidioschyzon merolae strains under nitrogen-depletion 査読

Nozomi Takeue, Ayaka Kuroyama, Yoshiharu Hayashi, Kan Tanaka, Sousuke Imamura

Frontiers in Plant Science 13 2022年12月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Frontiers Media SA

Photosynthetic organisms maintain optimum levels of photosynthetic pigments in response to environmental changes to adapt to the conditions. The identification of cyanobacteria strains that alleviate bleaching has revealed genes that regulate levels of phycobilisome, the main light-harvesting complex. In contrast, the mechanisms of pigment degradation in algae remain unclear, as no nonbleaching strains have previously been isolated. To address this issue, this study attempted to isolate nonbleaching strains of the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae after exposure to nitrogen (N)-depletion based on autofluorescence information. After four weeks under N-depletion, 13 cells from 500,000 cells with almost identical pre- and post-depletion chlorophyll a (Chl a) and/or phycocyanin autofluorescence intensities were identified. These nonbleaching candidate strains were sorted via a cell sorter, isolated on solid medium, and their post-N-depletion Chl a and phycocyanin levels were analyzed. Chl a levels of these nonbleaching candidate strains were lower at 1–4 weeks of N-depletion similar to the control strains, however, their phycocyanin levels were unchanged. Thus, we successfully isolated nonbleaching C. merolae strains in which phycocyanin was not degraded under N-depletion, via autofluorescence spectroscopy and cell sorting. This versatile method will help to elucidate the mechanisms regulating pigments in microalgae.

DOI： 10.3389/fpls.2022.1036839

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The ferredoxin/thioredoxin pathway constitutes an indispensable redox-signaling cascade for light-dependent reduction of chloroplast stromal proteins

Keisuke Yoshida, Yuichi Yokochi, Kan Tanaka, Toru Hisabori

Journal of Biological Chemistry 2022年12月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.jbc.2022.102650

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The Sulfide-Responsive SqrR/BigR Homologous Regulator YgaV of Escherichia coli Controls Expression of Anaerobic Respiratory Genes and Antibiotic Tolerance

Rajalakshmi Balasubramanian, Koichi Hori, Takayuki Shimizu, Shingo Kasamatsu, Kae Okamura, Kan Tanaka, Hideshi Ihara, Shinji Masuda

Antioxidants 2022年11月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.3390/antiox11122359

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Glutamine synthetase mRNA releases sRNA from its 3′UTR to regulate carbon/nitrogen metabolic balance in Enterobacteriaceae

Masatoshi Miyakoshi, Teppei Morita, Asaki Kobayashi, Anna Berger, Hiroki Takahashi, Yasuhiro Gotoh, Tetsuya Hayashi, Kan Tanaka

eLife 2022年11月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.7554/eLife.82411

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A distinct class of GTP-binding proteins mediates chloroplast protein import in Rhodophyta 査読国際誌

Sanghun Baek, Sousuke Imamura, Takeshi Higa, Yumi Nakai, Kan Tanaka, Masato Nakai

Proceedings of the National Academy of Sciences 119 ( 34 ) e2208277119 2022年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Proceedings of the National Academy of Sciences

Chloroplast protein import is mediated by translocons named TOC and TIC on the outer and inner envelope membranes, respectively. Translocon constituents are conserved among green lineages, including plants and green algae. However, it remains unclear whether Rhodophyta (red algae) share common chloroplast protein import mechanisms with the green lineages. We show that in the rhodophyte Cyanidioschyzon merolae , plastome-encoded Tic20 _pt localized to the chloroplast envelope and was transiently associated with preproteins during import, suggesting its conserved function as a TIC constituent. Besides plastome-encoded FtsH _pt and several chaperones, a class of GTP (guanosine 5′-triphosphate)-binding proteins distinct from the Toc34/159 GTPase family associated transiently with preproteins. This class of proteins resides mainly in the cytosol and shows sequence similarities with Sey1/RHD3, required for endoplasmic reticulum membrane fusion, and with the periplastid-localized import factor PPP1, previously identified in the Apicomplexa and diatoms. These GTP-binding proteins, named plastid targeting factor for protein import 1 (PTF1) to PTF3, may act as plastid targeting factors in Rhodophyta.

DOI： 10.1073/pnas.2208277119

PubMed

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CmNDB1 and a Specific Domain of CmMYB1 Negatively Regulate CmMYB1-Dependent Transcription of Nitrate Assimilation Genes Under Nitrogen-Repleted Condition in a Unicellular Red Alga 査読

Kan Tanaka

Frontiers in Plant Science 13 2022年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.3389/FPLS.2022.821947

Web of Science

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Conserved Two-component Hik2–Rre1 Signaling Is Activated Under Temperature Upshift and Plastoquinone-reducing Conditions in the Cyanobacterium Synechococcus elongatus PCC 7942

Nachiketa Bairagi, Satoru Watanabe, Kaori Nimura-Matsune, Kenya Tanaka, Tatsuhiro Tsurumaki, Shuji Nakanishi, Kan Tanaka

Plant and Cell Physiology 63 ( 2 ) 176 - 188 2022年2月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Oxford University Press ({OUP})

Abstract

The highly conserved Hik2–Rre1 two-component system is a multi-stress responsive signal-transducing module that controls the expression of hsp and other genes in cyanobacteria. Previously, we found in Synechococcus elongatus PCC 7942 that the heat-inducible phosphorylation of Rre1 was alleviated in a hik34 mutant, suggesting that Hik34 positively regulates signaling. In this study, we examined the growth of the hik34 deletion mutant in detail, and newly identified suppressor mutations located in rre1 or sasA gene negating the phenotype. Subsequent analyses indicated that heat-inducible Rre1 phosphorylation is dependent on Hik2 and that Hik34 modulates this Hik2-dependent response. In the following part of this study, we focused on the mechanism to control the Hik2 activity. Other recent studies reported that Hik2 activity is regulated by the redox status of plastoquinone (PQ) through the 3Fe-4S cluster attached to the cyclic GMP, adenylyl cyclase, FhlA (GAF) domain. Consistent with this, Rre1 phosphorylation occurred after the addition of 2,5-dibromo-6-isopropyl-3-methyl-1,4-benzoquinone but not after the addition of 3-(3,4-dichlorophenyl)-1,1-dimethylurea to the culture medium, which corresponded to PQ-reducing or -oxidizing conditions, respectively, suggesting that the Hik2-to-Rre1 phosphotransfer was activated under PQ-reducing conditions. However, there was no correlation between the measured PQ redox status and Rre1 phosphorylation during the temperature upshift. Therefore, changes in the PQ redox status are not the direct reason for the heat-inducible Rre1 phosphorylation, while some redox regulation is likely involved as oxidation events dependent on 2,6-dichloro-1,4-benzoquinone prevented heat-inducible Rre1 phosphorylation. On the basis of these results, we propose a model for the control of Hik2-dependent Rre1 phosphorylation.

DOI： 10.1093/pcp/pcab158

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その他リンク： https://academic.oup.com/pcp/article-pdf/63/2/176/42961720/pcab158.pdf
Acetate overflow metabolism regulates a major metabolic shift after glucose depletion in Escherichia coli. 国際誌

Tomohiro Shimada, Kohta Nakazawa, Tomoyuki Tachikawa, Natsumi Saito, Tatsuya Niwa, Hideki Taguchi, Kan Tanaka

FEBS letters 595 ( 15 ) 2047 - 2056 2021年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Acetate overflow refers to the metabolism by which a large part of carbon incorporated as glucose into Escherichia coli cells is catabolized and excreted as acetate into the medium. We previously found that mutants for the acetate overflow pathway enzymes phosphoacetyltransferase (Pta) and acetate kinase (AckA) showed significant diauxic growth after glucose depletion in E. coli. Here, we analyzed the underlying mechanism in the pta mutant. Proteomic and other analyses revealed an increase in pyruvate dehydrogenase complex subunits and a decrease in glyoxylate shunt enzymes, which resulted from pyruvate accumulation. Since restoration of these enzyme levels by overexpressing PdhR (pyruvate-sensing transcription factor) or deleting iclR (gene encoding a pyruvate- and glyoxylate-sensing transcription factor) alleviated the growth lag of the pta mutant after glucose depletion, these changes were considered as the reason for the phenotype. Given the evidence for decreased coenzyme A (HS-CoA) levels in the pta mutant, the growth inhibition after glucose depletion was partly explained by limited availability of HS-CoA in the cell. The findings provide insights into the role of acetate overflow in metabolic regulation, which may be useful for biotechnological applications.

DOI： 10.1002/1873-3468.14151

PubMed

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The Unicellular Red Alga Cyanidioschyzon merolae, an Excellent Model Organism for Elucidating Fundamental Molecular Mechanisms and Their Applications in Biofuel Production 査読

Imran Pancha, Kazuhiro Takaya, Kan Tanaka, Sousuke Imamura

Plants 10 ( 6 ) 1218 - 1218 2021年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：{MDPI} {AG}

Microalgae are considered one of the best resources for the production of biofuels and industrially important compounds. Various models have been developed to understand the fundamental mechanism underlying the accumulation of triacylglycerols (TAGs)/starch and to enhance its content in cells. Among various algae, the red alga Cyanidioschyzonmerolae has been considered an excellent model system to understand the fundamental mechanisms behind the accumulation of TAG/starch in the microalga, as it has a smaller genome size and various biotechnological methods are available for it. Furthermore, C. merolae can grow and survive under high temperature (40 °C) and low pH (2–3) conditions, where most other organisms would die, thus making it a choice alga for large-scale production. Investigations using this alga has revealed that the target of rapamycin (TOR) kinase is involved in the accumulation of carbon-reserved molecules, TAGs, and starch. Furthermore, detailed molecular mechanisms of the role of TOR in controlling the accumulation of TAGs and starch were uncovered via omics analyses. Based on these findings, genetic engineering of the key gene and proteins resulted in a drastic increment of the amount of TAGs and starch. In addition to these studies, other trials that attempted to achieve the TAG increment in C. merolae have been summarized in this article.

DOI： 10.3390/plants10061218

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Identification of Transcription Factors and the Regulatory Genes Involved in Triacylglycerol Accumulation in the Unicellular Red Alga Cyanidioschyzon merolae

Sota Takahashi, Riho Okubo, Yu Kanesaki, Baifeng Zhou, Kazuhiro Takaya, Satoru Watanabe, Kan Tanaka, Sousuke Imamura

Plants 10 ( 5 ) 971 - 971 2021年5月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：MDPI AG

Microalgal triacylglycerols (TAGs) are a good feedstock for liquid biofuel production. Improving the expression and/or function of transcription factors (TFs) involved in TAG accumulation may increase TAG content; however, information on microalgae is still lacking. In this study, 14 TFs in the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae were identified as candidate TFs regulating TAG accumulation using available transcriptome and phosphoproteome data under conditions driving TAG accumulation. To investigate the roles of these TFs, we constructed TF-overexpression strains and analyzed lipid droplet (LD) formation and TAG contents in the cells grown under standard conditions. Based on the results, we identified four TFs involved in LD and TAG accumulation. RNA-Seq analyses were performed to identify genes regulated by the four TFs using each overexpression strain. Among the TAG biosynthesis-related genes, only the gene encoding the endoplasmic reticulum-localized lysophosphatidic acid acyltransferase 1 (LPAT1) was notably increased among the overexpression strains. In the LPAT1 overexpression strain, TAG accumulation was significantly increased compared with the control strain under normal growth conditions. These results indicate that the four TFs positively regulate TAG accumulation by changing their target gene expression in C. merolae.

DOI： 10.3390/plants10050971

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The circadian rhythm regulator RpaA modulates photosynthetic electron transport and alters the preferable temperature range for growth in a cyanobacterium

Hazuki Hasegawa, Tatsuhiro Tsurumaki, Sousuke Imamura, Kintake Sonoike, Kan Tanaka

FEBS Letters 595 ( 10 ) 1480 - 1492 2021年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Wiley

DOI： 10.1002/1873-3468.14075

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The Unicellular Red Alga Cyanidioschyzon merolae—The Simplest Model of a Photosynthetic Eukaryote

Shin-Ya Miyagishima, Kan Tanaka

Plant and Cell Physiology 2021年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Oxford University Press ({OUP})

<jats:title>Abstract</jats:title>
<jats:p>Several species of unicellular eukaryotic algae exhibit relatively simple genomic and cellular architecture. Laboratory cultures of these algae grow faster than plants and often provide homogeneous cellular populations exposed to an almost equal environment. These characteristics are ideal for conducting experiments at the cellular and subcellular levels. Many microalgal lineages have recently become genetically tractable, which have started to evoke new streams of studies. Among such algae, the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae is the simplest organism; it possesses the minimum number of membranous organelles, only 4,775 protein-coding genes in the nucleus, and its cell cycle progression can be highly synchronized with the diel cycle. These properties facilitate diverse omics analyses of cellular proliferation and structural analyses of the intracellular relationship among organelles. C. merolae cells lack a rigid cell wall and are thus relatively easily disrupted, facilitating biochemical analyses. Multiple chromosomal loci can be edited by highly efficient homologous recombination. The procedures for the inducible/repressive expression of a transgene or an endogenous gene in the nucleus and for chloroplast genome modification have also been developed. Here, we summarize the features and experimental techniques of C. merolae and provide examples of studies using this alga. From these studies, it is clear that C. merolae—either alone or in comparative and combinatory studies with other photosynthetic organisms—can provide significant insights into the biology of photosynthetic eukaryotes.</jats:p>

DOI： 10.1093/pcp/pcab052

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Establishment of a firefly luciferase reporter assay system in the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Baifeng Zhou, Sota Takahashi, Tokiaki Takemura, Kan Tanaka, Sousuke Imamura

The Journal of General and Applied Microbiology 67 ( 1 ) 42 - 46 2021年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Microbiology Research Foundation

DOI： 10.2323/jgam.2020.02.003

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Proteomic analysis of haem-binding protein from Arabidopsis thaliana and Cyanidioschyzon merolae. 国際誌

Takayuki Shimizu, Rintaro Yasuda, Yui Mukai, Ryo Tanoue, Tomohiro Shimada, Sousuke Imamura, Kan Tanaka, Satoru Watanabe, Tatsuru Masuda

Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences 375 ( 1801 ) 20190488 - 20190488 2020年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Chloroplast biogenesis involves the coordinated expression of the plastid and nuclear genomes, requiring information to be sent from the nucleus to the developing chloroplasts and vice versa. Although it is well known how the nucleus controls chloroplast development, it is still poorly understood how the plastid communicates with the nucleus. Currently, haem is proposed as a plastid-to-nucleus (retrograde) signal that is involved in various physiological regulations, such as photosynthesis-associated nuclear genes expression and cell cycle in plants and algae. However, components that transduce haem-dependent signalling are still unidentified. In this study, by using haem-immobilized high-performance affinity beads, we performed proteomic analysis of haem-binding proteins from Arabidopsis thaliana and Cyanidioschyzon merolae. Most of the identified proteins were non-canonical haemoproteins localized in various organelles. Interestingly, half of the identified proteins were nucleus proteins, some of them have a similar function or localization in either or both organisms. Following biochemical analysis of selective proteins demonstrated haem binding. This study firstly demonstrates that nucleus proteins in plant and algae show haem-binding properties. This article is part of the theme issue 'Retrograde signalling from endosymbiotic organelles'.

DOI： 10.1098/rstb.2019.0488

PubMed

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Microalgal Target of Rapamycin (TOR): A Central Regulatory Hub for Growth, Stress Response and Biomass Production

Kan Tanaka

Plant and Cell Physiology 2020年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/PCP/PCAA023

Web of Science

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A suicide enzyme catalyzes multiple reactions for biotin biosynthesis in cyanobacteria

Kan Tanaka

Nature Chemical Biology 2020年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/S41589-019-0461-9

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Measurement of the redox state of the plastoquinone pool in cyanobacteria

Kan Tanaka

FEBS Letters 2020年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/1873-3468.13605

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Identification and analysis of a principal sigma factor interacting protein SinA, essential for growth at high temperatures in a cyanobacterium Synechococcus elongatus PCC 7942 査読

Hazuki Hasegawa, Tatsuhiro Tsurumaki, Ikki Kobayashi, Sousuke Imamura, Kan Tanaka

The Journal of General and Applied Microbiology 66 ( 2 ) 66 - 72 2020年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Microbiology Research Foundation

DOI： 10.2323/jgam.2019.05.002

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ESCRT Machinery Mediates Cytokinetic Abscission in the Unicellular Red Alga Cyanidioschyzon merolae. 国際誌

Fumi Yagisawa, Takayuki Fujiwara, Tokiaki Takemura, Yuki Kobayashi, Nobuko Sumiya, Shin-Ya Miyagishima, Soichi Nakamura, Yuuta Imoto, Osami Misumi, Kan Tanaka, Haruko Kuroiwa, Tsuneyoshi Kuroiwa

Frontiers in cell and developmental biology 8 169 - 169 2020年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

In many eukaryotes, cytokinesis proceeds in two successive steps: first, ingression of the cleavage furrow and second, abscission of the intercellular bridge. In animal cells, the actomyosin contractile ring is involved in the first step, while the endosomal sorting complex required for transport (ESCRT), which participates in various membrane fusion/fission events, mediates the second step. Intriguingly, in archaea, ESCRT is involved in cytokinesis, raising the hypothesis that the function of ESCRT in eukaryotic cytokinesis descended from the archaeal ancestor. In eukaryotes other than in animals, the roles of ESCRT in cytokinesis are poorly understood. To explore the primordial core mechanisms for eukaryotic cytokinesis, we investigated ESCRT functions in the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae that diverged early in eukaryotic evolution. C. merolae provides an excellent experimental system. The cell has a simple organelle composition. The genome (16.5 Mb, 5335 genes) has been completely sequenced, transformation methods are established, and the cell cycle is synchronized by a light and dark cycle. Similar to animal and fungal cells, C. merolae cells divide by furrowing at the division site followed by abscission of the intercellular bridge. However, they lack an actomyosin contractile ring. The proteins that comprise ESCRT-I-IV, the four subcomplexes of ESCRT, are partially conserved in C. merolae. Immunofluorescence of native or tagged proteins localized the homologs of the five ESCRT-III components [charged multivesicular body protein (CHMP) 1, 2, and 4-6], apoptosis-linked gene-2-interacting protein X (ALIX), the ESCRT-III adapter, and the main ESCRT-IV player vacuolar protein sorting (VPS) 4, to the intercellular bridge. In addition, ALIX was enriched around the cleavage furrow early in cytokinesis. When the ESCRT function was perturbed by expressing dominant-negative VPS4, cells with an elongated intercellular bridge accumulated-a phenotype resulting from abscission failure. Our results show that ESCRT mediates cytokinetic abscission in C. merolae. The fact that ESCRT plays a role in cytokinesis in archaea, animals, and early diverged alga C. merolae supports the hypothesis that the function of ESCRT in cytokinesis descended from archaea to a common ancestor of eukaryotes.

DOI： 10.3389/fcell.2020.00169

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The retrograde signaling protein GUN1 regulates tetrapyrrole biosynthesis. 国際誌

Takayuki Shimizu, Sylwia M Kacprzak, Nobuyoshi Mochizuki, Akira Nagatani, Satoru Watanabe, Tomohiro Shimada, Kan Tanaka, Yuuki Hayashi, Munehito Arai, Dario Leister, Haruko Okamoto, Matthew J Terry, Tatsuru Masuda

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116 ( 49 ) 24900 - 24906 2019年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Proceedings of the National Academy of Sciences

The biogenesis of the photosynthetic apparatus in developing seedlings requires the assembly of proteins encoded on both nuclear and chloroplast genomes. To coordinate this process there needs to be communication between these organelles, but the retrograde signals by which the chloroplast communicates with the nucleus at this time are still essentially unknown. The Arabidopsis thaliana genomes uncoupled (gun) mutants, that show elevated nuclear gene expression after chloroplast damage, have formed the basis of our understanding of retrograde signaling. Of the 6 reported gun mutations, 5 are in tetrapyrrole biosynthesis proteins and this has led to the development of a model for chloroplast-to-nucleus retrograde signaling in which ferrochelatase 1 (FC1)-dependent heme synthesis generates a positive signal promoting expression of photosynthesis-related genes. However, the molecular consequences of the strongest of the gun mutants, gun1, are poorly understood, preventing the development of a unifying hypothesis for chloroplast-to-nucleus signaling. Here, we show that GUN1 directly binds to heme and other porphyrins, reduces flux through the tetrapyrrole biosynthesis pathway to limit heme and protochlorophyllide synthesis, and can increase the chelatase activity of FC1. These results raise the possibility that the signaling role of GUN1 may be manifested through changes in tetrapyrrole metabolism, supporting a role for tetrapyrroles as mediators of a single biogenic chloroplast-to-nucleus retrograde signaling pathway.

DOI： 10.1073/pnas.1911251116

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C-terminal regulatory domain of the ε subunit of Fo F1 ATP synthase enhances the ATP-dependent H+ pumping that is involved in the maintenance of cellular membrane potential in Bacillus subtilis. 国際誌

Genki Akanuma, Tomoaki Tagana, Maho Sawada, Shota Suzuki, Tomohiro Shimada, Kan Tanaka, Fujio Kawamura, Yasuyuki Kato-Yamada

MicrobiologyOpen 8 ( 8 ) e00815 2019年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

The ε subunit of Fo F1 -ATPase/synthase (Fo F1 ) plays a crucial role in regulating Fo F1 activity. To understand the physiological significance of the ε subunit-mediated regulation of Fo F1 in Bacillus subtilis, we constructed and characterized a mutant harboring a deletion in the C-terminal regulatory domain of the ε subunit (ε∆C ). Analyses using inverted membrane vesicles revealed that the ε∆C mutation decreased ATPase activity and the ATP-dependent H+ -pumping activity of Fo F1 . To enhance the effects of ε∆C mutation, this mutation was introduced into a ∆rrn8 strain harboring only two of the 10 rrn (rRNA) operons (∆rrn8 ε∆C mutant strain). Interestingly, growth of the ∆rrn8 ε∆C mutant stalled at late-exponential phase. During the stalled growth phase, the membrane potential of the ∆rrn8 ε∆C mutant cells was significantly reduced, which led to a decrease in the cellular level of 70S ribosomes. The growth stalling was suppressed by adding glucose into the culture medium. Our findings suggest that the C-terminal region of the ε subunit is important for alleviating the temporal reduction in the membrane potential, by enhancing the ATP-dependent H+ -pumping activity of Fo F1 .

DOI： 10.1002/mbo3.815

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Multiple Modification of Chromosomal Loci Using URA5.3 Selection Marker in the Unicellular Red Alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Kan Tanaka

Bio-Protocol 9 ( 7 ) 2019年4月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.21769/BIOPROTOC.3204

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Identification of a chloroplast fatty acid exporter protein, CmFAX1, and triacylglycerol accumulation by its overexpression in the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Kan Tanaka

Algal Research 38 101396 2019年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/J.ALGAL.2018.101396

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Top Starch Plating Method for the Efficient Cultivation of Unicellular Red Alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Kan Tanaka

Bio-Protocol 9 ( 4 ) 2019年2月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.21769/BIOPROTOC.3172

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Lability in sulfur acidic cultivation medium explains unstable effects of CDK inhibitors on Cyanidioschyzon merolae cell proliferation 査読

Kan Tanaka

Journal of General and Applied Microbiology 2019年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2323/JGAM.2018.01.002

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0001-6200-964X
Overexpression of a glycogenin, CmGLG2, enhances floridean starch accumulation in the red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Kan Tanaka

Plant Signaling and Behavior 14 ( 6 ) 2019年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1080/15592324.2019.1596718

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Target of rapamycin (TOR) signaling modulates starch accumulation via glycogenin phosphorylation status in the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Kan Tanaka

PLANT JOURNAL 97 ( 3 ) 485 - 499 2018年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/tpj.14136

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Accelerated triacylglycerol production without growth inhibition by overexpression of a glycerol-3-phosphate acyltransferase in the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae. 国際誌

Satoshi Fukuda, Eri Hirasawa, Tokiaki Takemura, Sota Takahashi, Kaumeel Chokshi, Imran Pancha, Kan Tanaka, Sousuke Imamura

Scientific reports 8 ( 1 ) 12410 - 12410 2018年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Microalgae accumulate triacylglycerols (TAGs), a promising feedstock for biodiesel production, under unfavorable environmental or stress conditions for their growth. Our previous analyses revealed that only transcripts of CmGPAT1 and CmGPAT2, both encoding glycerol-3-phosphate acyltransferase, were increased among fatty acid and TAG synthesis genes under TAG accumulation conditions in the red alga Cyanidioschyzon merolae. In this study, to investigate the role of these proteins in TAG accumulation in C. merolae, we constructed FLAG-fused CmGPAT1 and CmGPAT2 overexpression strains. We found that CmGPAT1 overexpression resulted in marked accumulation of TAG even under normal growth conditions, with the maximum TAG productivity increased 56.1-fold compared with the control strain, without a negative impact on algal growth. The relative fatty acid composition of 18:2 in the TAGs and the sn-1/sn-3 positions were significantly increased compared with the control strain, suggesting that CmGPAT1 had a substrate preference for 18:2. Immunoblot analysis after cell fractionation and immunostaining analysis demonstrated that CmGPAT1 localizes in the endoplasmic reticulum (ER). These results indicate that the reaction catalyzed by the ER-localized CmGPAT1 is a rate-limiting step for TAG synthesis in C. merolae, and would be a potential target for improvement of TAG productivity in microalgae.

DOI： 10.1038/s41598-018-30809-8

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Construction of a selectable marker recycling system and the use in epitope tagging of multiple nuclear genes in the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Kan Tanaka

Plant & cell physiology 59 ( 11 ) 2308—2316 2018年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pcy156

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The checkpoint kinase TOR (target of rapamycin) regulates expression of a nuclear-encoded chloroplast RelA-SpoT homolog (RSH) and modulates chloroplast ribosomal RNA synthesis in a unicellular red alga 査読

Imamura, S., Nomura, Y., Takemura, T., Pancha, I., Taki, K., Toguchi, K., Tozawa, Y., Tanaka, K.

Plant Journal 94 ( 2 ) 327 - 339 2018年4月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/tpj.13859

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Control of cell nuclear DNA replication by chloroplast and mitochondrion

Yuki Kobayashi, Yu Kanesaki, Mitsumasa Hanaoka, Kan Tanaka

Cyanidioschyzon merolae: A New Model Eukaryote for Cell and Organelle Biology 195 - 204 2018年3月

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掲載種別：論文集(書籍)内論文

DOI： 10.1007/978-981-10-6101-1_13

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A MYB-type transcription factor, MYB2, represses light-harvesting protein genes in Cyanidioschyzon merolae 査読

Yasuko Kawase, Sousuke Imamura, Kan Tanaka

FEBS LETTERS 591 ( 16 ) 2439 - 2448 2017年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/1873-3468.12763

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3040-4757
The whole set of the constitutive promoters recognized by four minor sigma subunits of Escherichia coli RNA polymerase 査読

Tomohiro Shimada, Kan Tanaka, Akira Ishihama

PLOS ONE 12 ( 6 ) 2017年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1371/journal.pone.0179181

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Catalytic Processes for Utilizing Carbohydrates Derived from Algal Biomass 査読

Yamaguchi, Sho, Motokura, Ken, Tanaka, Kan, Imamura, Sousuke

CATALYSTS 7 ( 5 ) 163 2017年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.3390/catal7050163

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3040-4757
Development of New Carbon Resources: Production of Important Chemicals from Algal Residue 査読

Sho Yamaguchi, Yuuki Kawada, Hidetaka Yuge, Kan Tanaka, Sousuke Imamura

SCIENTIFIC REPORTS 7 2017年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/s41598-017-00979-y

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Conserved two-component Hik34-Rre1 module directly activates heat-stress inducible transcription of major chaperone and other genes in Synechococcus elongatus PCC 7942 査読

Kobayashi, I., Watanabe, S., Kanesaki, Y., Shimada, T., Yoshikawa, H., Tanaka, K.

Molecular Microbiology 104 ( 2 ) 260 - 277 2017年1月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/mmi.13624

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Identification of YbhA as the pyridoxal 5 '-phosphate (PLP) phosphatase in &ITEscherichia coli&IT: Importance of PLP homeostasis on the bacterial growth 査読

Sugimoto, R., Saito, N., Shimada, T., Tanaka, K.

Journal of General and Applied Microbiology 63 ( 6 ) 362 - 368 2017年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2323/jgam.2017.02.008

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-8361-0730
Construction of a rapamycin-susceptible strain of the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae for analysis of the target of rapamycin (TOR) function 査読

Sousuke Imamura, Keiko Taki, Kan Tanaka

JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY 63 ( 5 ) 305 - 309 2017年

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記述言語：英語

DOI： 10.2323/jgam.2017.02.002

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3040-4757
Nitrogen Metabolism 査読

Imamura S, Tanaka K

Cyanidioschyzon merolae. Kuroiwa T. et al. (eds). 283 - 296 2017年

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DOI： 10.1007/978-981-10-6101-1_18

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Transcriptional Regulation of Tetrapyrrole Biosynthetic Genes Explains Abscisic Acid-Induced Heme Accumulation in the Unicellular Red Alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Yuki Kobayashi, Kan Tanaka

FRONTIERS IN PLANT SCIENCE 7 2016年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.3389/fpls.2016.01300

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Eyespot-dependent determination of the phototactic sign in Chlamydomonas reinhardtii 査読

Ueki, N., Ide, T., Mochiji, S., Kobayashi, Y., Tokutsu, R., Ohnishi, N., Yamaguchi, K., Shigenobu, S., Tanaka, K., Minagawa, J., Hisabori, T., Hirono, M., Wakabayashi, K.

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 113 ( 19 ) 5299 - 5304 2016年5月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.1525538113

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TOR (target of rapamycin) is a key regulator of triacylglycerol accumulation in microalgae 査読

Imamura, S., Kawase, Y., Kobayashi, I., Shimojima, M., Ohta, H., Tanaka, K.

Plant Signaling & Behavior 11 ( 3 ) e1149285 2016年2月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1080/15592324.2016.1149285

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3040-4757
Use of a Bacterial Luciferase Monitoring System To Estimate Real-Time Dynamics of Intracellular Metabolism in Escherichia coli 査読

Shimada, T., Tanaka, K.

Applied and Environmental Microbiology 82 ( 19 ) 5960 - 8 2016年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/aem.01400-16

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-8361-0730
Transcription factor DecR (YbaO) controls detoxification of L-cysteine in Escherichia coli 査読

Shimada, T., Tanaka, K., Ishihama, A.

Microbiology-Sgm 162 ( 9 ) 1698 - 1707 2016年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1099/mic.0.000337

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Abscisic Acid Participates in the Control of Cell Cycle Initiation Through Heme Homeostasis in the Unicellular Red Alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Kobayashi, Y., Ando, H., Hanaoka, M., Tanaka, K.

Plant and Cell Physiology 57 ( 5 ) 953 - 960 2016年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pcw054

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Target of rapamycin (TOR) plays a critical role in triacylglycerol accumulation in microalgae 査読

Imamura, S., Kawase, Y., Kobayashi, I., Sone, T., Era, A., Miyagishima, S. Y., Shimojima, M., Ohta, H., Tanaka, K.

Plant Molecular Biology 89 ( 3 ) 309 - 318 2015年11月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s11103-015-0370-6

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A nitrogen source-dependent inducible and repressible gene expression system in the red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Fujiwara, T., Kanesaki, Y., Hirooka, S., Era, A., Sumiya, N., Yoshikawa, H., Tanaka, K., Miyagishima, S. Y.

Frontiers in Plant Science 6 657 2015年8月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.3389/fpls.2015.00657

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Expression of Cyanobacterial Acyl-ACP Reductase Elevates the Triacylglycerol Level in the Red Alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Sumiya, N., Kawase, Y., Hayakawa, J., Matsuda, M., Nakamura, M., Era, A., Tanaka, K., Kondo, A., Hasunuma, T., Imamura, S., Miyagishima, S. Y.

Plant and Cell Physiology 56 ( 10 ) 1962 - 1980 2015年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pcv120

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Identification of centromere regions in chromosomes of a unicellular red alga, Cyanidioschyzon merolae 査読

Yu Kanesaki, Sousuke Imamura, Motomichi Matsuzaki, Kan Tanaka

FEBS LETTERS 589 ( 11 ) 1219 - 1224 2015年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.febslet.2015.04.009

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Complete Genome Sequence of Cyanobacterium Geminocystis sp. Strain NIES-3708, Which Performs Type II Complementary Chromatic Acclimation 査読国際誌

Yuu Hirose, Mitsunori Katayama, Yoshiyuki Ohtsubo, Naomi Misawa, Erica Iioka, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Mitsumasa Hanaoka, Kan Tanaka, Toshihiko Eki, Masahiko Ikeuchi, Yo Kikuchi, Makoto Ishida, Masahira Hattori

MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS 3 ( 3 ) 2015年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/genomeA.00357-15

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Complete Genome Sequence of Cyanobacterium Geminocystis sp. Strain NIES-3709, Which Harbors a Phycoerythrin-Rich Phycobilisome 査読国際誌

Yuu Hirose, Mitsunori Katayama, Yoshiyuki Ohtsubo, Naomi Misawa, Erica Iioka, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Mitsumasa Hanaoka, Kan Tanaka, Toshihiko Eki, Masahiko Ikeuchi, Yo Kikuchi, Makoto Ishida, Masahira Hattori

MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS 3 ( 2 ) 2015年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/genomeA.00385-15

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Expanded roles of leucine-responsive regulatory protein in transcription regulation of the Escherichia coli genome: Genomic SELEX screening of the regulation targets 査読

Shimada, T., Saito, N., Maeda, M., Tanaka, K., Ishihama, A.

Microbial Genomics 1 ( 1 ) e000001 2015年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1099/mgen.0.000001

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-8361-0730
The nuclear-encoded sigma factor SIG4 directly activates transcription of chloroplast psbA and ycf17 genes in the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Fujii, G., Imamura, S., Era, A., Miyagishima, S., Hanaoka, M., Tanaka, K.

Fems Microbiology Letters 362 ( 10 ) 2015年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/femsle/fnv063

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Construction of a URA5.3 deletion strain of the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae: A backgroundless host strain for transformation experiments 査読

Taki, K., Sone, T., Kobayashi, Y., Watanabe, S., Imamura, S., Tanaka, K.

Journal of General and Applied Microbiology 61 ( 5 ) 211 - 214 2015年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2323/jgam.61.211

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Metabolomic analysis reveals rewiring of Synechocystis sp PCC 6803 primary metabolism by ntcA overexpression 査読

Takashi Osanai, Akira Oikawa, Hiroko Iijima, Ayuko Kuwahara, Munehiko Asayama, Kan Tanaka, Masahiko Ikeuchi, Kazuki Saito, Masami Yokota Hirai

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY 16 ( 10 ) 3304 - 3317 2014年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/1462-2920.12554

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The Whole Set of Constitutive Promoters Recognized by RNA Polymerase RpoD Holoenzyme of Escherichia coli (vol 9, e90447, 2014) 査読

T. Shimada, Y. Yamazaki, K. Tanaka, A. Ishihama

PLOS ONE 9 ( 6 ) 2014年6月

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記述言語：英語

DOI： 10.1371/journal.pone.0100908

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The Whole Set of Constitutive Promoters Recognized by RNA Polymerase RpoD Holoenzyme of Escherichia coli 査読

Tomohiro Shimada, Yukiko Yamazaki, Kan Tanaka, Akira Ishihama

PLOS ONE 9 ( 3 ) 2014年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1371/journal.pone.0090447

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Capillary electrophoresis-mass spectrometry reveals the distribution of carbon metabolites during nitrogen starvation in Synechocystis sp PCC 6803 査読

Takashi Osanai, Akira Oikawa, Tomokazu Shirai, Ayuko Kuwahara, Hiroko Iijima, Kan Tanaka, Masahiko Ikeuchi, Akihiko Kondo, Kazuki Saito, Masami Yokota Hirai

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY 16 ( 2 ) 512 - 524 2014年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/1462-2920.12170

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Stable expression of a GFP-reporter gene in the red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Satoru Watanabe, Jun Sato, Sousuke Imamura, Mio Ohnuma, Yusaku Ohoba, Taku Chibazakura, Kan Tanaka, Hirofumi Yoshikawa

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 78 ( 1 ) 175 - 177 2014年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1080/09168451.2014.877823

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Optimization of polyethylene glycol (PEG)-mediated DNA introduction conditions for transient gene expression in the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Mio Ohnuma, Takashi Yokoyama, Takayuki Inouye, Yasuhiko Sekine, Tsuneyoshi Kuroiwa, Kan Tanaka

JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY 60 ( 4 ) 156 - 159 2014年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2323/jgam.60.156

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Increased bioplastic production with an RNA polymerase sigma factor SigE during nitrogen starvation in synechocystis sp. PCC 6803 査読

Takashi Osanai, Keiji Numata, Akira Oikawa, Ayuko Kuwahara, Hiroko Iijima, Yoshiharu Doi, Kan Tanaka, Kazuki Saito, Masami Yokota Hirai

DNA Research 20 ( 6 ) 525 - 535 2013年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dst028

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0001-7560-7884
Pleiotropic effect of sigE over-expression on cell morphology, photosynthesis and hydrogen production in Synechocystis sp PCC 6803 査読

Takashi Osanai, Ayuko Kuwahara, Hiroko Iijima, Kiminori Toyooka, Mayuko Sato, Kan Tanaka, Masahiko Ikeuchi, Kazuki Saito, Masami Yokota Hirai

PLANT JOURNAL 76 ( 3 ) 456 - 465 2013年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/tpj.12310

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Characterization of four nuclear-encoded plastid RNA polymerase sigma factor genes in the liverwort marchantia polymorpha: Blue-light-and multiple stress-responsive SIG5 was acquired early in the emergence of terrestrial plants 査読

Takehiko Kanazawa, Kimitsune Ishizaki, Takayuki Kohchi, Mitsumasa Hanaoka, Kan Tanaka

Plant and Cell Physiology 54 ( 10 ) 1736 - 1748 2013年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pct119

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0001-7560-7884
Nuclear-encoded chloroplast RNA polymerase sigma factor SIG2 activates chloroplast-encoded phycobilisome genes in a red alga, Cyanidioschyzon merolae 査読

Gaku Fujii, Sousuke Imamura, Mitsumasa Hanaoka, Kan Tanaka

FEBS LETTERS 587 ( 20 ) 3354 - 3359 2013年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.febslet.2013.08.031

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Expression of budding yeast FKBP12 confers rapamycin susceptibility to the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Sousuke Imamura, Aiko Ishiwata, Satoru Watanabe, Hirofumi Yoshikawa, Kan Tanaka

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 439 ( 2 ) 264 - 269 2013年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bbrc.2013.08.045

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Spatiotemporal dynamics of condensins I and II: evolutionary insights from the primitive red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Takayuki Fujiwara, Kan Tanaka, Tsuneyoshi Kuroiwa, Tatsuya Hirano

MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL 24 ( 16 ) 2515 - 2527 2013年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1091/mbc.E13-04-0208

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Circadian control of chloroplast transcription by a nuclear-encoded timing signal 査読

Zeenat B. Noordally, Kenyu Ishii, Kelly A. Atkins, Sarah J. Wetherill, Jelena Kusakina, Eleanor J. Walton, Maiko Kato, Miyuki Azuma, Kan Tanaka, Mitsumasa Hanaoka, Antony N. Dodd

Science 339 ( 6125 ) 1316 - 1319 2013年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Association for the Advancement of Science

DOI： 10.1126/science.1230397

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0001-7560-7884
The early days of plastid retrograde signaling with respect to replication and transcription 査読

Kan Tanaka, Mitsumasa Hanaoka

FRONTIERS IN PLANT SCIENCE 3 2013年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.3389/fpls.2012.00301

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Mitochondrial localization of ferrochelatase in a red alga cyanidioschyzon merolae 査読

Satoru Watanabe, Mitsumasa Hanaoka, Yusaku Ohba, Tomohiro Ono, Mio Ohnuma, Hirofumi Yoshikawa, Shigeru Taketani, Kan Tanaka

Plant and Cell Physiology 54 ( 8 ) 1289 - 1295 2013年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pct077

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0001-7560-7884
SIG1, a Sigma Factor for the Chloroplast RNA Polymerase, Differently Associates with Multiple DNA Regions in the Chloroplast Chromosomes in Vivo 査読

Mitsumasa Hanaoka, Maiko Kato, Misato Anma, Kan Tanaka

INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 13 ( 10 ) 12182 - 12194 2012年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.3390/ijms131012182

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Nitrogen assimilatory pathway and the regulation in a eukaryotic red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Kan Tanaka, Tsubasa Hosoya, Masaru Terashita, Yu Kanesaki, Sousuke Imamura

2012年10月

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RpaB, Another Response Regulator Operating Circadian Clock-dependent Transcriptional Regulation in Synechococcus elongatus PCC 7942 査読

Mitsumasa Hanaoka, Naoki Takai, Norimune Hosokawa, Masayuki Fujiwara, Yuki Akimoto, Nami Kobori, Hideo Iwasaki, Takao Kondo, Kan Tanaka

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 287 ( 31 ) 26321 - 26327 2012年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M111.338251

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External light conditions and internal cell cycle phases coordinate accumulation of chloroplast and mitochondrial transcripts in the red alga cyanidioschyzon merolae 査読

Kanesaki Yu, Sousuke Imamura, Ayumi Minoda, Tanaka Kan

DNA Research 19 ( 3 ) 289 - 303 2012年6月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dss013

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0001-7560-7884
Iodide Oxidation by a Novel Multicopper Oxidase from the Alphaproteobacterium Strain Q-1 査読

Suzuki, Mio, Eda, Yoshifumi, Ohsawa, Shiaki, Kanesaki, Yu, Yoshikawa, Hirofumi, Tanaka, Kan, Muramatsu, Yasuyuki, Yoshikawa, Jun, Sato, Ikuo, Fujii, Takaaki, Amachi, Seigo

Applied and Environmental Microbiology 78 ( 11 ) 3941 - 3949 2012年6月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/AEM.00084-12

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Nuclear-Encoded Plastid Sigma Factor SIG6 Exclusively Contributes to Chloroplast Differentiation in Plastid Differentiation of Arabidopsis thaliana 査読

Shunsuke Hirooka, Mitsumasa Hanaoka, Kazuhiko Enami, Takehiko Kanazawa, Toshiyuki Sone, Yuuta Imoto, Akikazu Ando, Haruko Kuroiwa, Tsuneyoshi Kuroiwa, Kan Tanaka

CYTOLOGIA 77 ( 1 ) 73 - 82 2012年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1508/cytologia.77.73

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External light conditions and internal cell cycle phases entrain accumulation of chloroplast and mitochondrial transcripts in the red alga Cyanidioschyzon merolae. 査読

Kanesaki, Y, Imamura, S, Minoda, A, Tanaka, K

DNAres. 19 289-303 2012年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Retrograde signals arise from reciprocal crosstalk within plastids. 査読国際誌

Kazuhiko Enami, Kan Tanaka, Mitsumasa Hanaoka

Plant signaling & behavior 7 ( 1 ) 142 - 4 2012年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Landes Bioscience

DOI： 10.4161/psb.7.1.18451

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Genetic Engineering of Group 2 sigma Factor SigE Widely Activates Expressions of Sugar Catabolic Genes in Synechocystis Species PCC 6803 査読

Takashi Osanai, Akira Oikawa, Miyuki Azuma, Kan Tanaka, Kazuki Saito, Masami Yokota Hirai, Masahiko Ikeuchi

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 286 ( 35 ) 30962 - 30971 2011年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M111.231183

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Plastid-to-Nucleus Retrograde Signals Are Essential for the Expression of Nuclear Starch Biosynthesis Genes during Amyloplast Differentiation in Tobacco BY-2 Cultured Cells 査読

Kazuhiko Enami, Tomoki Ozawa, Noriko Motohashi, Masayuki Nakamura, Kan Tanaka, Mitsumasa Hanaoka

PLANT PHYSIOLOGY 157 ( 1 ) 518 - 530 2011年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1104/pp.111.178897

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Optimization of cryopreservation conditions for the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Mio Ohnuma, Tsuneyoshi Kuroiwa, Kan Tanaka

JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY 57 ( 3 ) 137 - 143 2011年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2323/jgam.57.137

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A tetrapyrrole-regulated ubiquitin ligase controls algal nuclear DNA replication 査読

Yuki Kobayashi, Sousuke Imamura, Mitsumasa Hanaoka, Kan Tanaka

NATURE CELL BIOLOGY 13 ( 4 ) 483 - U307 2011年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/ncb2203

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A Response Regulator Rre37 and an RNA Polymerase Sigma Factor SigE Represent Two Parallel Pathways to Activate Sugar Catabolism in a Cyanobacterium Synechocystis sp PCC 6803 査読

Miyuki Azuma, Takashi Osanai, Masami Yokota Hirai, Kan Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 52 ( 2 ) 404 - 412 2011年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pcq204

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Utility of a GFP reporter system in the red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Satoru Watanabe, Mio Ohnuma, Jun Sato, Hirofumi Yoshikawa, Kan Tanaka

JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY 57 ( 1 ) 69 - 72 2011年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2323/jgam.57.69

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Comparative Study of Cyanobacterial and E. coli RNA Polymerases: Misincorporation, Abortive Transcription, and Dependence on Divalent Cations

Kan Tanaka

Genetics Research International 2011年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.4061/2011/572689

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Nucleus-Independent Control of the Rubisco Operon by the Plastid-Encoded Transcription Factor Ycf30 in the Red Alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Ayumi Minoda, Andreas P. M. Weber, Kan Tanaka, Shin-ya Miyagishima

PLANT PHYSIOLOGY 154 ( 3 ) 1532 - 1540 2010年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1104/pp.110.163188

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Nitrate Assimilatory Genes and Their Transcriptional Regulation in a Unicellular Red Alga Cyanidioschyzon merolae: Genetic Evidence for Nitrite Reduction by a Sulfite Reductase-Like Enzyme 査読

Sousuke Imamura, Masaru Terashita, Mio Ohnuma, Shinichiro Maruyama, Ayumi Minoda, Andreas P. M. Weber, Takayuki Inouye, Yasuhiko Sekine, Yuichi Fujita, Tatsuo Omata, Kan Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 51 ( 5 ) 707 - 717 2010年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pcq043

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The coiled-coil protein VIG1 is essential for tethering vacuoles to mitochondria during vacuole inheritance of Cyanidioschyzon merolae 査読

Takayuki Fujiwara, Haruko Kuroiwa, Fumi Yagisawa, Mio Ohnuma, Yamato Yoshida, Masaki Yoshida, Keiji Nishida, Osami Misumi, Satoru Watanabe, Kan Tanaka, Tsuneyoshi Kuroiwa

Plant Cell 22 ( 3 ) 772 - 781 2010年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1105/tpc.109.070227

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PubMed

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0001-7560-7884
The basics of cultivation and molecular genetic analysis of the unicellular red alga Cyanidoschyzon merolae. 査読

Kobayashi, Y, Ohnuma, M, Kuroiwa, T, Tanaka, K, Hnaoka, M

J. Endocytobiosis Cell Res. 20 53 - 61 2010年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Coordination of Nuclear and Plastid Gene Expression in Red Algae and Green Plants

Kan Tanaka

Symbioses and Stress: Joint Ventures in Biology 2010年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/978-90-481-3795-4_9

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シゾンの分子遺伝学解析法の開発招待査読

大沼みお, 吉田大和, 今村壮輔, 田中寛, 黒岩常祥

生物工学会誌 88 473 - 476 2010年

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Mg-protoporphyrin IX signaling in Cyanidioschyzon merolae Multiple pathways may involve the retrograde signaling in plant cells 査読

Kan Tanaka

Plant Signaling and Behavior 4 ( 12 ) 1190 - 1192 2009年12月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.4161/PSB.4.12.10061

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PubMed

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R2R3-type MYB transcription factor, Cm-MYB1, is a central nitrogen assimilation regulator in Cyanidioschyzon merolae (vol 106, pg 12548, 2009) 査読

Sousuke Imamura, Yu Kanesaki, Mio Ohnuma, Takayuki Inouye, Yasuhiko Sekine, Takayuki Fujiwara, Tsuneyoshi Kuroiwa, Kan Tanaka

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 106 ( 33 ) 14180 - 14180 2009年8月

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記述言語：英語

DOI： 10.1073/pnas.0908318106

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Transient gene suppression in a red alga, Cyanidioschyzon merolae 10D 査読

Mio Ohnuma, Osami Misumi, Takayuki Fujiwara, Satoru Watanabe, Kan Tanaka, Tsuneyoshi Kuroiwa

PROTOPLASMA 236 ( 1-4 ) 107 - 112 2009年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00709-009-0056-5

Web of Science

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R2R3-type MYB transcription factor, CmMYB1, is a central nitrogen assimilation regulator in Cyanidioschyzon merolae 査読

Sousuke Imamura, Yu Kanesaki, Mio Ohnuma, Takayuki Inouye, Yasuhiko Sekine, Takayuki Fujiwara, Tsuneyoshi Kuroiwa, Kan Tanaka

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 106 ( 30 ) 12548 - 12553 2009年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.0902790106

Web of Science

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ChlH, the H subunit of the Mg-chelatase, is an anti-sigma factor for SigE in Synechocystis sp PCC 6803 査読

Takashi Osanai, Masahiko Imashimizu, Asako Seki, Shusei Sato, Satoshi Tabata, Sousuke Imamura, Munehiko Asayama, Masahiko Ikeuchi, Kan Tanaka

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 106 ( 16 ) 6860 - 6865 2009年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.0810040106

Web of Science

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Periodic Gene Expression Patterns during the Highly Synchronized Cell Nucleus and Organelle Division Cycles in the Unicellular Red Alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Takayuki Fujiwara, Osami Misumi, Kousuke Tashiro, Yamato Yoshida, Keiji Nishida, Fumi Yagisawa, Sousuke Imamura, Masaki Yoshida, Toshiyuki Mori, Kan Tanaka, Haruko Kuroiwa, Tsuneyoshi Kuroiwa

DNA RESEARCH 16 ( 1 ) 59 - 72 2009年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsn032

Web of Science

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Tetrapyrrole signal as a cell-cycle coordinator from organelle to nuclear DNA replication in plant cells 査読

Yuki Kobayashi, Yu Kanesaki, Ayumi Tanaka, Haruko Kuroiwa, Tsuneyoshi Kuroiwa, Kan Tanaka

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 106 ( 3 ) 803 - 807 2009年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.0804270105

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Evolutionary history of ribosomal RNA synthetase in plants 査読

Imamura S, Hanaoka M, Tanaka K

Kagaku to Seibutsu 47 ( 11 ) 740 - 742 2009年

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Arabidopsis Replication Protein A 70a is Required for DNA Damage Response and Telomere Length Homeostasis 査読

Kan Tanaka

Plant and Cell Physiology 50 ( 11 ) 1965 - 1976 2009年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/PCP/PCP140

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Dynamics of RpaB-promoter interaction during high light stress, revealed by chromatin immunoprecipitation (ChIP) analysis in Synechococcus elongatus PCC 7942 査読

Mitsumasa Hanaoka, Kan Tanaka

PLANT JOURNAL 56 ( 2 ) 327 - 335 2008年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/j.1365-313X.2008.03600.x

Web of Science

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The plant-specific TFIIB-related protein, pBrp, is a general transcription factor for RNA polymerase I 査読

Sousuke Imamura, Mitsumasa Hanaoka, Kan Tanaka

EMBO JOURNAL 27 ( 17 ) 2317 - 2327 2008年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/emboj.2008.151

Web of Science

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Group 2 sigma factors in cyanobacteria 査読

Takashi Osanai, Masahiko Ikeuchi, Kan Tanaka

PHYSIOLOGIA PLANTARUM 133 ( 3 ) 490 - 506 2008年7月

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記述言語：英語

DOI： 10.1111/j.1399-3054.2008.01078.x

Web of Science

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Analyses on regulatory mechanism of nuclear and organelle ribosomal DNA transcription in a unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

S. Imamura, K. Tokunaga, A. Iseki, H. Nanamiya, F. Kawamura, K. Tanaka

FEBS JOURNAL 275 123 - 123 2008年6月

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記述言語：英語

Web of Science

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Functional analysis of the plastid and nuclear encoded CbbX proteins of Cyanidioschyzon merolae 査読

Kiyohito Fujita, Kan Tanaka, Yoshito Sadaie, Niji Ohta

GENES & GENETIC SYSTEMS 83 ( 2 ) 135 - 142 2008年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1266/ggs.83.135

Web of Science

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Molecular phylogeny and evolution of the plastid and nuclear encoded cbbX genes in the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Kiyohito Fujita, Shigeki Ehira, Kan Tanaka, Kei Asai, Niji Ohta

GENES & GENETIC SYSTEMS 83 ( 2 ) 127 - 133 2008年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1266/ggs.83.127

Web of Science

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Centromere structures highlighted by the 100%-complete Cyanidioschyzon merolae genome 査読

Kan Tanaka

Plant Signaling and Behavior 3 ( 2 ) 140 - 141 2008年2月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.4161/PSB.3.2.5066

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PubMed

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Polyethylene glycol (PEG)-mediated transient gene expression in a red alga, Cyanidioschyzon merolae 10D 査読

Mio Ohnuma, Takashi Yokoyama, Takayuki Inouye, Yasuhiko Sekine, Kan Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 49 ( 1 ) 117 - 120 2008年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pcm157

Web of Science

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Induction of a group 2 sigma factor, RPOD3, by high light and the underlying mechanism in Synechococcus elongatus PCC 7942 査読

Asako Seki, Mitsumasa Hanaoka, Yuki Akimoto, Susumu Masuda, Hideo Iwasaki, Kan Tanaka

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 282 ( 51 ) 36887 - 36894 2007年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M707582200

Web of Science

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Chloroplast ribosome release factor 1 (AtcpRF1) is essential for chloroplast development 査読

Reiko Motohashi, Takanori Yamazaki, Fumiyoshi Myouga, Takuya Ito, Koichi Ito, Masakazu Satou, Masatomo Kobayashi, Noriko Nagata, Shigeo Yoshida, Akitomo Nagashima, Kan Tanaka, Seiji Takahashi, Kazuo Shinozaki

PLANT MOLECULAR BIOLOGY 64 ( 5 ) 481 - 497 2007年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s11103-007-9166-7

Web of Science

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A 100%-complete sequence reveals unusually simple genomic features in the hot-spring red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Hisayoshi Nozaki, Hiroyoshi Takano, Osami Misumi, Kimihiro Terasawa, Motomichi Matsuzaki, Shinichiro Maruyama, Keiji Nishida, Fumi Yagisawa, Yamato Yoshida, Takayuki Fujiwara, Susumu Takio, Katsunori Tamura, Sung Jin Chung, Soichi Nakamura, Haruko Kuroiwa, Kan Tanaka, Naoki Sato, Tsuneyoshi Kuroiwa

BMC BIOLOGY 5 2007年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/1741-7007-5-28

Web of Science

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Keeping in touch with PII: PII-interacting proteins in unicellular cyanobacteria 査読

Takashi Osanai, Kan Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 48 ( 7 ) 908 - 914 2007年7月

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記述言語：英語

DOI： 10.1093/pcp/pcm072

Web of Science

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Cooperation of group 2 sigma factors, SigD and SigE for light-induced transcription in the cyanobacterium Synechocystis sp PCC 6803 査読

Tsutomu Yoshimura, Sousuke Imamura, Kan Tanaka, Makoto Shirai, Munehiko Asayama

FEBS LETTERS 581 ( 7 ) 1495 - 1500 2007年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.febslet.2007.03.010

Web of Science

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Centromere dynamics in the primitive red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Shinichiro Maruyama, Haruko Kuroiwa, Shin-ya Miyagishima, Kan Tanaka, Tsuneyoshi Kuroiwa

PLANT JOURNAL 49 ( 6 ) 1122 - 1129 2007年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/j.1365-313X.2006.03024.x

Web of Science

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Coordinated functions of plastid sigma factors in chloroplast development and gene expression 査読

T. Shiina, Y. Ishizaki, K. Ozono, C. Takenaka, M. Hanaoka, K. Kanamaru, K. Tanaka, Y. Nakahira

PHOTOSYNTHESIS RESEARCH 91 ( 2-3 ) 267 - 267 2007年2月

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記述言語：英語

Web of Science

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Development of nuclear transformation in red alga Cyanidioschyzon merolae 10D 査読

Mio Ohnuma, Takashi Yokoyama, Takayuki Inouye, Yasuhiko Sekine, Kan Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 48 S182 - S182 2007年

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記述言語：英語

DOI： 10.14841/jspp.2006.0.659.0

Web of Science

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0001-7560-7884
Sugar catabolism regulated by light- and nitrogen-status in the cyanobacterium Synechocystis sp PCC 6803 査読

Takashi Osanai, Miyuki Azuma, Kan Tanaka

PHOTOCHEMICAL & PHOTOBIOLOGICAL SCIENCES 6 ( 5 ) 508 - 514 2007年

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記述言語：英語

DOI： 10.1039/b616219n

Web of Science

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Global analysis of organelle gene expression in a primitive red alga, Cyanidioschyzon 査読

Yu Kanesaki, Tsuneyoshi Kuroiwa, Kan Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 48 S149 - S149 2007年

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記述言語：英語

DOI： 10.14841/jspp.2007.0.531.0

Web of Science

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Development of nuclear transformation in red alga Cyanidioschyzon merolae 10D 査読

Mio Ohnuma, Takashi Yokoyama, Takayuki Inouye, Yasuhiko Sekine, Kan Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 48 S182 - S182 2007年

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記述言語：英語

Web of Science

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Light-dependent transcription regulation in Cyanidioschyzon merolae chloroplasts 査読

Mitsumasa Hanaoka, Takayuki Kawakami, Kan Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 48 S149 - S149 2007年

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記述言語：英語

DOI： 10.14841/jspp.2007.0.532.0

Web of Science

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Interference expression at levels of the transcript and protein among group 1, 2, and 3 sigma factor genes in a cyanobacterium 査読

Masae Matsui, Tsutomu Yoshimura, Yuko Wakabayashi, Sousuke Imamura, Kan Tanaka, Hideo Takahashi, Munehiko Asayama, Makoto Shirai

MICROBES AND ENVIRONMENTS 22 ( 1 ) 32 - 43 2007年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1264/jsme2.22.32

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Analysis of mechanisms for coordination among three organelles DNA replication in a unicellular red alga Cyanidioschyzon. 査読

Yuki Kobayashi, Yu Kanesaki, Haruko Kuroiwa, Tsuneyoshi Kuroiwa, Kan Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 48 S149 - S149 2007年

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記述言語：英語

DOI： 10.14841/jspp.2007.0.530.0

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Proteomic characterization of the Cyanidioschyzon merolae ribosome 査読

Kazuma Tokunaga, Tadahiko Irisawa, Takahito Fukuda, Kan Tanaka, Tsuneyoshi Kuroiwa, Hideaki Nanamiya, Fujio Kawamura

GENES & GENETIC SYSTEMS 81 ( 6 ) 442 - 442 2006年12月

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記述言語：英語

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Nitrogen induction of sugar catabolic gene expression in Synechocystis sp PCC 6803 査読

Takashi Osanai, Sousuke Imamura, Munehiko Asayama, Makoto Shirai, Iwane Suzuki, Norio Murata, Kan Tanaka

DNA RESEARCH 13 ( 5 ) 185 - 195 2006年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/ds1010

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Cytoplasmic localization of the single glutamine synthetase in a unicellular red alga, Cyanidioschyzon merolae 10D 査読

Masaru Terashita, Shinichiro Maruyama, Kan Tanaka

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 70 ( 9 ) 2313 - 2315 2006年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1271/bbb.60174

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Light-responsive transcriptional regulation of the suf promoters involved in cyanobacterium Synechocystis sp PCC6803Fe-Scluster biogenesis 査読

Asako Seki, Takayuki Nakano, Hiroyuki Takahashi, Koji Matsumoto, Masahiko Ikeuchi, Kan Tanaka

FEBS LETTERS 580 ( 21 ) 5044 - 5048 2006年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.febslet.2006.08.027

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The cyanobacterial principal sigma factor region 1.1 is involved in DNA-binding in the free form and in transcription activity as holoenzyme 査読

M Imashimizu, M Hanaoka, A Seki, KS Murakami, K Tanaka

FEBS LETTERS 580 ( 14 ) 3439 - 3444 2006年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.febslet.2006.05.017

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Growth phase-dependent activation of nitrogen-related genes by a control network of group 1 and group 2 sigma factors in a cyanobacterium 査読

S Imamura, K Tanaka, M Shirai, M Asayama

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 281 ( 5 ) 2668 - 2675 2006年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M509639200

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Analysis of transcriptional regulation in Cyanidioschyzon melorae chloroplasts 査読

T Kawakami, M Hanaoka, A Minoda, K Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 47 S189 - S189 2006年

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記述言語：英語

DOI： 10.14841/jspp.2006.0.662.0

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Analyses of transcriptional mechanism of nitrogen assimilation-related gene expression in a red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

S Imamura, M Terashita, T Kuroiwa, K Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 47 S189 - S189 2006年

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記述言語：英語

DOI： 10.14841/jspp.2006.0.660.0

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Study oil mechanisms for coordination between cell cycle and organelle DNA replication in Cyanidioschyzon merolae. 査読

Y Kobayashi, Y Kanesaki, K Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 47 S189 - S189 2006年

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記述言語：英語

DOI： 10.14841/jspp.2006.0.661.0

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Cold stress-dependent expression of SIG6, plastid RNA polymerase sigma factor in Arabidopsis thaliana 査読

H Maeda, A Nagashima, M Hanaoka, R Motohashi, K Shinozaki, K Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 47 S38 - S38 2006年

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記述言語：英語

DOI： 10.14841/jspp.2006.0.056.0

Web of Science

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Chloroplast sigma factors, SIG2 and SIG6, are involved in oilseed development in Arabidopsis 査読

A Nagashima, H Maeda, M Hanaoka, T Takagi, N Nagata, R Motohashi, K Shinozaki, Nishida, I, T Sakai, K Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 47 S38 - S38 2006年

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記述言語：英語

DOI： 10.14841/jspp.2006.0.055.0

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Microarray profiling of plastid gene expression in a unicellular red alga, Cyanidioschyzon merolae 査読

A Minoda, K Nagasawa, M Hanaoka, M Horiuchi, H Takahashi, K Tanaka

PLANT MOLECULAR BIOLOGY 59 ( 3 ) 375 - 385 2005年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s11103-005-0182-1

Web of Science

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Identification of PamA as a PII-binding membrane protein important in nitrogen-related and sugar-catabolic gene expression in Synechocystis sp PCC 6803 査読

Osanai, T., Sato, S., Tabata, S., Tanaka, K.

Journal of Biological Chemistry 280 ( 41 ) 34684 - 34690 2005年10月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M507489200

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PubMed

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Bacterial luciferase activity and the intracellular redox pool in Escherichia coli 査読

K Koga, T Harada, H Shimizu, K Tanaka

MOLECULAR GENETICS AND GENOMICS 274 ( 2 ) 180 - 188 2005年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00438-005-0008-5

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Positive regulation of sugar catabolic pathways in the cyanobacterium Synechocystis sp PCC 6803 by the group 2 sigma factor sigE 査読

T Osanai, Y Kanesaki, T Nakano, H Takahashi, M Asayama, M Shirai, M Kanehisa, Suzuki, I, N Murata, K Tanaka

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 280 ( 35 ) 30653 - 30659 2005年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M505043200

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Glutamyl-tRNA mediates a switch in RNA polymerase use during chloroplast biogenesis 査読

M Hanaoka, K Kanamaru, M Fujiwara, H Takahashi, K Tanaka

EMBO REPORTS 6 ( 6 ) 545 - 550 2005年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/sj.embor.7400411

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Identification and characterization of cryptochromes from the primitive red alga cyanidioschyzon 査読

S Maruyama, K Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 46 S87 - S87 2005年

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記述言語：英語

DOI： 10.14841/jspp.2005.0.252.0

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Specific function of a plastid sigma factor for ndhF gene transcription 査読

JJ Favory, M Kobayshi, K Tanaka, G Peltier, M Kreis, JG Valay, S Lerbs-Mache

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 33 ( 18 ) 5991 - 5999 2005年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/nar/gki908

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Isolation of telomeres from red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

H Takano, O Misumi, M Matsuzaki, S Maruyama, K Tanaka, T Kuroiwa

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 46 S137 - S137 2005年

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記述言語：英語

DOI： 10.14841/jspp.2005.0.452.0

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Roles of chloroplast RNA polymerase sigma factors in chloroplast development and stress response in higher plants 査読

K Kanamaru, K Tanaka

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 68 ( 11 ) 2215 - 2223 2004年11月

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記述言語：英語

DOI： 10.1271/bbb.68.2215

Web of Science

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Improvement of culture conditions and evidence for nuclear transformation by homologous recombination in a red alga, cyanidioschyzon merolae 10D 査読

A Minoda, R Sakagami, F Yagisawa, T Kuroiwa, K Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 45 ( 6 ) 667 - 671 2004年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pch087

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Genome sequence of the ultrasmall unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 10D 査読

M Matsuzaki, O Misumi, T Shin-I, S Maruyama, M Takahara, SY Miyagishima, T Mori, K Nishida, F Yagisawa, K Nishida, Y Yoshida, Y Nishimura, S Nakao, T Kobayashi, Y Momoyama, T Higashiyama, A Minoda, M Sano, H Nomoto, K Oishi, H Hayashi, F Ohta, S Nishizaka, S Haga, S Miura, T Morishita, Y Kabeya, K Terasawa, Y Suzuki, Y Ishii, S Asakawa, H Takano, N Ohta, H Kuroiwa, K Tanaka, N Shimizu, S Sugano, N Sato, H Nozaki, N Ogasawara, Y Kohara, T Kuroiwa

NATURE 428 ( 6983 ) 653 - 657 2004年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/nature02398

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DNA microarray analysis of plastid gene expression in an Arabidopsis mutant deficient in a plastid transcription factor sigma, SIG2 査読

A Nagashima, M Hanaoka, R Motohashi, M Seki, K Shinozaki, K Kanamaru, H Takahashi, K Tanaka

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 68 ( 3 ) 694 - 704 2004年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1271/bbb.68.694

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SigC, the group 2 sigma factor of RNA polymerase, contributes to the late-stage gene expression and nitrogen promoter recognition in the cyanobacterium Synechocystis sp strain PCC 6803 査読

M Asayama, S Imamura, S Yoshihara, A Miyazaki, N Yoshida, T Sazuka, T Kaneko, O Ohara, S Tabata, T Osanai, K Tanaka, H Takahashi, M Shirai

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 68 ( 3 ) 477 - 487 2004年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1271/bbb.68.477

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The multiple-stress responsive plastid sigma factor, SIG5, directs activation of the psbD blue light-responsive promoter (BLRP) in Arabidopsis thaliana 査読

A Nagashima, M Hanaoka, T Shikanai, M Fujiwara, K Kanamaru, H Takahashi, K Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 45 ( 4 ) 357 - 368 2004年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pch050

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Cyanidioschyzon merolae as a model system for nitrogen metabolism in plant 査読

A Minoda, R Sakagami, K Nagasawa, S Maruyama, M Tsuzuki, H Takahashi, K Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 45 S210 - S210 2004年

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記述言語：英語

DOI： 10.14841/jspp.2004.0.724.0

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Analysis of the chloroplast RNA polymerase sigma factor, SIG5, in Arabidopsis thaliana: Roles in the stress-responsive chloroplast transcription. 査読

A Nagashima, M Hanaoka, M Fujiwara, T Shikanai, K Kanamaru, H Takahashi, K Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 45 S33 - S33 2004年

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記述言語：英語

DOI： 10.1093/pcp/pch050

Web of Science

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Transcription regulation of the chloroplast-encoded RuBisCo and phicobiliproteins in Cyanidioschyzon merolae 査読

A Minoda, H Takahashi, K Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 45 S33 - S33 2004年

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記述言語：英語

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Isolation of cycloheximide-resistant mutants of Cyanidioschyzon merolae. 査読

Yagisawa, F, Nishida, K, Okano, Y, Minoda, A, Tanaka, K, Kuroiwa, T

Cytologia 69 97 - 100 2004年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Identification and expression analysis of cDNA encoding a chloroplast recombination protein REC1, the chloroplast RecA homologue in Chlamydomonas reinhardtii 査読

E Nakazato, H Fukuzawa, S Tabata, H Takahashi, K Tanaka

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 67 ( 12 ) 2608 - 2613 2003年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1271/bbb.67.2608

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Molecular genetic analysis of chloroplast gene promoters dependent on SIG2, a nucleus-encoded sigma factor for the plastid-encoded RNA polymerase, in Arabidopsis thaliana 査読

M Hanaoka, K Kanamaru, H Takahashi, K Tanaka

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 31 ( 24 ) 7090 - 7098 2003年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/nar/gkg935

Web of Science

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Antagonistic dark/light-induced SigB/SigD, group 2 sigma factors, expression through redox potential and their roles in cyanobacteria 査読

S Imamura, M Asayama, H Takahashi, K Tanaka, H Takahashi, M Shirai

FEBS LETTERS 554 ( 3 ) 357 - 362 2003年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0014-5793(03)01188-8

Web of Science

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Thymine at -5 is crucial for cpc promoter activity of Synechocystis sp strain PCC 6714 査読

M Imashimizu, S Fujiwara, R Tanigawa, K Tanaka, T Hirokawa, Y Nakajima, J Higo, M Tsuzuki

JOURNAL OF BACTERIOLOGY 185 ( 21 ) 6477 - 6480 2003年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/JB.185.21.6477-6480.2003

Web of Science

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Effects of antibiotics that inhibit the bacterial peptidoglycan synthesis pathway on moss chloroplast division 査読

N Katayama, H Takano, M Sugiyama, S Takio, A Sakai, K Tanaka, H Kuroiwa, K Ono

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 44 ( 7 ) 776 - 781 2003年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pcg096

Web of Science

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Complete sequence and analysis of the plastid genome of the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae (vol 10, pg 67, 2003) 査読

N Ohta, M Matsuzaki, O Misumi, S Miyagishima, H Nozaki, K Tanaka, T Shini

DNA RESEARCH 10 ( 3 ) 2003年6月

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記述言語：英語

DOI： 10.1093/dnares/10.2.67

Web of Science

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Complete sequence and analysis of the plastid genome of the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

N Ohta, M Matsuzaki, O Misumi, S Miyagishima, H Nozaki, K Tanaka, T Shin-i, Y Kohara, T Kuroiwa

DNA RESEARCH 10 ( 2 ) 67 - 77 2003年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/10.2.67

Web of Science

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Purification, characterization, and gene expression of all sigma factors of RNA polymerase in a cyanobacterium 査読

S Imamura, S Yoshihara, S Nakano, N Shiozaki, A Yamada, K Tanaka, H Takahashi, M Asayama, M Shirai

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 325 ( 5 ) 857 - 872 2003年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0022-2836(02)01242-1

Web of Science

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Analysis of plastid gene expression during acclimation to the high light condition in Cyanidioschyzon 査読

A Minoa, K Tanaka, H Takahashi

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 44 S59 - S59 2003年

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記述言語：英語

DOI： 10.14841/jspp.2003.0.139.0

Web of Science

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Analysis of plastid gene expression during acclimination to the low CO2 condition in Cyanidioschyzon 査読

A Minoda, K Nagasawa, K Tanaka, H Takahashi

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 43 S174 - S174 2002年

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記述言語：英語

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Studies on heterogeneity of principal sigma factors in eubacteria 査読

K Tanaka

NIPPON NOGEIKAGAKU KAISHI-JOURNAL OF THE JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND AGROCHEMISTRY 76 ( 12 ) 1168 - 1175 2002年

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Monitoring the expression pattern of chloroplast-encoded protein in the albino and pale green mutants using the microarray 査読

T Yamazaki, R Motohashi, T Ito, T Kuromori, T Hirayama, M Seki, A Nagashima, K Tanaka, H Takahashi, H Kamada, K Shinozaki

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 43 S37 - S37 2002年

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記述言語：英語

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An Arabidopsis sigma factor (SIG2)-dependent expression of plastid-encoded tRNAs in chloroplasts 査読

K Kanamaru, A Nagashima, M Fujiwara, H Shimada, Y Shirano, K Nakabayashi, D Shibata, K Tanaka, H Takahashi

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 42 ( 10 ) 1034 - 1043 2001年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pce155

Web of Science

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Characterization of two plastid sigma factors, SigA1 and SigA2, that mainly function in matured chloroplasts in Nicotiana tabacum 査読

K Oikawa, M Fujiwara, E Nakazato, K Tanaka, H Takahashi

GENE 261 ( 2 ) 221 - 228 2000年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0378-1119(00)00505-9

Web of Science

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Chloroplast development in Arabidopsis thaliana requires the nuclear-encoded transcription factor Sigma B 査読

Y Shirano, H Shimada, K Kanamaru, M Fujiwara, K Tanaka, H Takahashi, K Unno, S Sato, S Tabata, H Hayashi, C Miyake, A Yokota, D Shibata

FEBS LETTERS 485 ( 2-3 ) 178 - 182 2000年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0014-5793(00)02216-X

Web of Science

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Chloroplast targeting, distribution and transcriptional fluctuation of AtMinD1, a eubacteria-type factor critical for chloroplast division 査読

K Kanamaru, M Fujiwara, M Kim, A Nagashima, E Nakazato, K Tanaka, H Takahashi

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 41 ( 10 ) 1119 - 1128 2000年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pcd037

Web of Science

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Three new nuclear genes, sigD, sigE and sigF, encoding putative plastid RNA polymerase sigma factors in Arabidopsis thaliana 査読

M Fujiwara, A Nagashima, K Kanamaru, K Tanaka, H Takahashi

FEBS LETTERS 481 ( 1 ) 47 - 52 2000年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0014-5793(00)01965-7

Web of Science

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A carboxy-terminal 16-amino-acid region of sigma(38) of Escherichia coli is important for transcription under high-salt conditions and sigma activities in vivo 査読

M Ohnuma, N Fujita, A Ishihama, K Tanaka, H Takahashi

JOURNAL OF BACTERIOLOGY 182 ( 16 ) 4628 - 4631 2000年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/JB.182.16.4628-4631.2000

Web of Science

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Specificity crosstalk among group 1 and group 2 sigma factors in the cyanobacterium Synechococcus sp PCC7942: in vitro specificity and a phylogenetic analysis 査読

A Goto-Seki, M Shirokane, S Masuda, K Tanaka, H Takahashi

MOLECULAR MICROBIOLOGY 34 ( 3 ) 473 - 484 1999年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1046/j.1365-2958.1999.01608.x

Web of Science

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Plastidic RNA polymerase sigma factors in Arabidopsis 査読

K Kanamaru, M Fujiwara, M Seki, T Katagiri, M Nakamura, N Mochizuki, A Nagatani, K Shinozaki, K Tanaka, H Takahashi

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 40 ( 8 ) 832 - 842 1999年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Web of Science

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High magnetic field enhances stationary phase-specific transcription activity of Escherichia coli 査読

K Tsuchiya, K Okuno, T Ano, K Tanaka, H Takahashi, M Shoda

BIOELECTROCHEMISTRY AND BIOENERGETICS 48 ( 2 ) 383 - 387 1999年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0302-4598(99)00023-9

Web of Science

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Cloning and characterization in Escherichia coli of the gene encoding the principal sigma factor of an extreme thermophile, Thermus thermophilus 査読

M Nishiyama, N Kobashi, K Tanaka, H Takahashi, M Tanokura

FEMS MICROBIOLOGY LETTERS 172 ( 2 ) 179 - 186 1999年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/j.1574-6968.1999.tb13467.x

Web of Science

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Induction of entry into the stationary growth phase in Pseudomonas aeruginosa by N-acylhomoserine lactone 査読

ZY You, J Fukushima, K Tanaka, S Kawamoto, K Okuda

FEMS MICROBIOLOGY LETTERS 164 ( 1 ) 99 - 106 1998年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/j.1574-6968.1998.tb13073.x

Web of Science

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Two types of differentially photo-regulated nuclear genes that encode sigma factors for chloroplast RNA polymerase in the red alga Cyanidium caldarium strain RK-1 査読

K Oikawa, K Tanaka, H Takahashi

GENE 210 ( 2 ) 277 - 285 1998年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0378-1119(98)00075-4

Web of Science

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Nuclear encoding of a plastid sigma factor in rice and its tissue- and light-dependent expression 査読

Y Tozawa, K Tanaka, H Takahashi, K Wakasa

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 26 ( 2 ) 415 - 419 1998年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/nar/26.2.415

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RNA polymerase sigma (sigma) factors of chloroplasts 査読

K Tanaka

NIPPON NOGEIKAGAKU KAISHI-JOURNAL OF THE JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND AGROCHEMISTRY 71 ( 11 ) 1170 - 1172 1997年11月

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記述言語：日本語

DOI： 10.1271/nogeikagaku1924.71.1170

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Inorganic polyphosphate and the induction of rpoS expression 査読

T Shiba, K Tsutsumi, H Yano, Y Ihara, A Kameda, K Tanaka, H Takahashi, M Munekata, NN Rao, A Kornberg

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 94 ( 21 ) 11210 - 11215 1997年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.94.21.11210

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Characterization of three cDNA species encoding plastid RNA polymerase sigma factors in Arabidopsis thaliana: Evidence for the sigma factor heterogeneity in higher plant plastids 査読

K Tanaka, Y Tozawa, N Mochizuki, K Shinozaki, A Nagatani, K Wakasa, H Takahashi

FEBS LETTERS 413 ( 2 ) 309 - 313 1997年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0014-5793(97)00906-X

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Molecular cloning of the gene encoding putative chloroplast RNA polymerase sigma subunit from rice. 査読

Y Tozawa, K Tanaka, K Wakasa

PLANT PHYSIOLOGY 114 ( 3 ) 1276 - 1276 1997年7月

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記述言語：英語

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Nuclear genes for the sigma factors of chloroplast RNA polymerase in a red alga are differentially photoregulated. 査読

K Oikawa, K Tanaka, H Takahashi

PLANT PHYSIOLOGY 114 ( 3 ) 1278 - 1278 1997年7月

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記述言語：英語

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Identification and analysis of the rpoS-dependent promoter of katE, encoding catalase HPII in Escherichia coli 査読

K Tanaka, K Handel, PC Loewen, H Takahashi

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENE STRUCTURE AND EXPRESSION 1352 ( 2 ) 161 - 166 1997年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0167-4781(97)00044-4

Web of Science

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A new sigma factor homolog in a cyanobacterium: Cloning, sequencing, and light-responsive transcripts of rpoD2 from Microcystis aeruginosa K-81 査読

M Asayama, A Suzuki, S Nozawa, A Yamada, K Tanaka, H Takahashi, T Aida, M Shirai

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENE STRUCTURE AND EXPRESSION 1351 ( 1-2 ) 31 - 36 1997年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0167-4781(97)00019-5

Web of Science

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The rpoD1 gene of Synechococcus sp strain PCC 7942 encodes the principal sigma factor of RNA polymerase 査読

Y Sugimoto, K Tanaka, S Masuda, H Takahashi

JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY 43 ( 1 ) 17 - 21 1997年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2323/jgam.43.17

Web of Science

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A new set of PCR primers for specific detection of the gene encoding the principal sigma factor in cyanobacteria 査読

M Asayama, A Yamada, K Tanaka, H Takahashi, M Shirai

JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY 42 ( 6 ) 511 - 515 1996年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2323/jgam.42.511

Web of Science

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Cloning, sequencing and characterization of the gene encoding a principal sigma factor homolog from the cyanobacterium Microcystis aeruginosa K-81 査読

M Asayama, K Tanaka, H Takahashi, A Sato, T Aida, M Shirai

GENE 181 ( 1-2 ) 213 - 217 1996年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0378-1119(96)00517-3

Web of Science

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The rpoD1 gene product is a principal sigma factor of RNA polymerase in Microcystis aeruginosa K-81 査読

M Asayama, H Suzuki, A Sato, T Aida, K Tanaka, H Takahashi, M Shirai

JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 120 ( 4 ) 752 - 758 1996年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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A hierarchical quorum-sensing cascade in Pseudomonas aeruginosa links the transcriptional activators LasR and RhIR (VsmR) to expression of the stationary-phase sigma factor RpoS 査読

A Latifi, M Foglino, K Tanaka, P Williams, A Lazdunski

MOLECULAR MICROBIOLOGY 21 ( 6 ) 1137 - 1146 1996年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1046/j.1365-2958.1996.00063.x

Web of Science

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A sigma factor that modifies the circadian expression of a subset of genes in cyanobacteria 査読

NF Tsinoremas, M Ishiura, T Kondo, CR Anderson, K Tanaka, H Takahashi, CH Johnson, SS Golden

EMBO JOURNAL 15 ( 10 ) 2488 - 2495 1996年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Web of Science

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Chloroplast RNA polymerase sigma subunit encoded by nuclear genome in a red alga 査読

Tanaka, K, Oikawa, K, Ohta, N, Kuroiwa, H, Kuroiwa, T, Takahashi, H

Science 272 1841 - 1944 1996年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Sequence analysis of a 50 kb region between spoOH and rrnH on the Bacillus subtilis chromosome

Yasumoto, K., Liu, HT, Jeong, SM, Ohashi, Y., Kakinuma, S., Tanaka, K., Kawamura, F., Yoshikawa, H., Takahashi, H.

Microbiology-Uk 142 1996年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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PURIFICATION AND CHARACTERIZATION OF RNA-POLYMERASE HOLOENZYME (E-SIGMA(B)) FROM VEGETATIVE-PHASE MYCELIA OF STREPTOMYCES-GRISEUS 査読

H SHINKAWA, N FUJITA, T SHIINA, K TANAKA, H TAKAHASHI, A ISHIHAMA, O NIMI

JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 118 ( 3 ) 488 - 493 1995年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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MUTATIONAL ANALYSIS OF THE FIC PROMOTER RECOGNIZED BG RPOS (SIGMA(38)) IN ESCHERICHIA-COLI 査読

R UTSUMI, T NAKAYAMA, N IWAMOTO, K KOHDA, M KAWAMUKAI, H TANABE, K TANAKA, H TAKAHASHI, M NODA

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 59 ( 8 ) 1573 - 1575 1995年8月

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記述言語：英語

DOI： 10.1271/bbb.59.1573

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PROMOTER DETERMINANTS FOR ESCHERICHIA-COLI RNA-POLYMERASE HOLOENZYME CONTAINING SIGMA(38) (THE RPOS GENE-PRODUCT) 査読

K TANAKA, S KUSANO, N FUJITA, A ISHIHAMA, H TAKAHASHI

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 23 ( 5 ) 827 - 834 1995年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/nar/23.5.827

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IDENTIFICATION AND MOLECULAR ANALYSIS OF LACTOCOCCUS-LACTIS RPOD OPERON 査読

T ARAYAKOJIMA, N ISHIBASHI, S SHIMAMURA, K TANAKA, H TAKAHASHI

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 59 ( 1 ) 73 - 77 1995年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1271/bbb.59.73

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CLONING, ANALYSIS AND EXPRESSION OF AN RPOS HOMOLOG GENE FROM PSEUDOMONAS-AERUGINOSA PAO1 査読

K TANAKA, H TAKAHASHI

GENE 150 ( 1 ) 81 - 85 1994年12月

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記述言語：英語

DOI： 10.1016/0378-1119(94)90862-1

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TRANSCRIPTION OF THE PRINCIPAL SIGMA-FACTOR GENES, RPOD AND RPOS, IN PSEUDOMONAS-AERUGINOSA IS CONTROLLED ACCORDING TO THE GROWTH-PHASE 査読

M FUJITA, K TANAKA, H TAKAHASHI, A AMEMURA

MOLECULAR MICROBIOLOGY 13 ( 6 ) 1071 - 1077 1994年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/j.1365-2958.1994.tb00498.x

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STRUCTURE OF THE 5' UPSTREAM REGION AND THE REGULATION OF THE RPOS GENE OF ESCHERICHIA-COLI 査読

Y TAKAYANAGI, K TANAKA, H TAKAHASHI

MOLECULAR & GENERAL GENETICS 243 ( 5 ) 525 - 531 1994年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/BF00284200

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REGULATION OF SPVR GENE-EXPRESSION OF SALMONELLA VIRULENCE PLASMID PKDSC50 IN SALMONELLA-CHOLERAESUIS SEROVAR CHOLERAESUIS 査読

A ABE, H MATSUI, H DANBARA, K TANAKA, H TAKAHASHI, K KAWAHARA

MOLECULAR MICROBIOLOGY 12 ( 5 ) 779 - 787 1994年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/j.1365-2958.1994.tb01064.x

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STATIONARY PHASE-SPECIFIC EXPRESSION OF THE FIC GENE IN ESCHERICHIA-COLI K-12 IS CONTROLLED BY THE RPOS GENE-PRODUCT (SIGMA(38)) 査読

R UTSUMI, S KUSAFUKA, T NAKAYAMA, K TANAKA, Y TAKAYANAGI, H TAKAHASHI, M NODA, M KAWAMUKAI

FEMS MICROBIOLOGY LETTERS 113 ( 3 ) 273 - 278 1993年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/0378-1097(93)90217-P

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CHARACTERISTICS OF DNA AND MULTIPLE RPOD HOMOLOGS OF MICROCYSTIS (SYNECHOCYSTIS) STRAINS 査読

T SAKAMOTO, M SHIRAI, M ASAYAMA, T AIDA, A SATO, K TANAKA, H TAKAHASHI, M NAKANO

INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY 43 ( 4 ) 844 - 847 1993年10月

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記述言語：英語

DOI： 10.1099/00207713-43-4-844

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HETEROGENEITY OF THE PRINCIPAL SIGMA-FACTOR IN ESCHERICHIA-COLI - THE RPOS GENE-PRODUCT, SIGMA(38), IS A 2ND PRINCIPAL SIGMA-FACTOR OF RNA-POLYMERASE IN STATIONARY-PHASE ESCHERICHIA-COLI (VOL 90, PG 3511, 1993) 査読

K TANAKA, Y TAKAYANAGI, N FUJITA, A ISHIHAMA, H TAKAHASHI

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 90 ( 17 ) 8303 - 8303 1993年9月

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記述言語：英語

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ORGANIZATION AND TRANSCRIPTION OF THE PRINCIPAL SIGMA-GENE (RPODA) OF PSEUDOMONAS-AERUGINOSA PAO1 - INVOLVEMENT OF A SIGMA-32-LIKE RNA-POLYMERASE IN RPODA GENE-EXPRESSION 査読

M FUJITA, K TANAKA, H TAKAHASHI, A AMEMURA

JOURNAL OF BACTERIOLOGY 175 ( 4 ) 1069 - 1074 1993年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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HETEROGENEITY OF THE PRINCIPAL SIGMA FACTOR OF ESCHERICHIA-COLI - THE RPOS GENE-PRODUCT, DELTA-38, IS A PRINCIPAL SIGMA FACTOR OF RNA-POLYMERASE IN STATIONARY PHASE ESCHERICHIA-COLI 査読

K TANAKA, Y TAKAYANAGI, N FUJITA, A ISHIHAMA, H TAKAHASHI

JOURNAL OF CELLULAR BIOCHEMISTRY 144 - 144 1993年2月

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記述言語：英語

DOI： 10.1073/pnas.90.8.3511

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GENETIC AND MOLECULAR ANALYSIS OF THE RPOD GENE FROM LACTOCOCCUS-LACTIS 査読

T ARAYA, N ISHIBASHI, S SHIMAMURA, K TANAKA, H TAKAHASHI

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 57 ( 1 ) 88 - 92 1993年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1271/bbb.57.88

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THE COMPLETE NUCLEOTIDE-SEQUENCE OF THE GENE (RPOD1) ENCODING THE PRINCIPAL SIGMA-FACTOR OF THE RNA-POLYMERASE FROM THE CYANOBACTERIUM SYNECHOCOCCUS SP STRAIN PCC7942 査読

K TANAKA, S MASUDA, H TAKAHASHI

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA 1132 ( 1 ) 94 - 96 1992年8月

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記述言語：英語

DOI： 10.1016/0167-4781(92)90060-D

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MULTIPLE RPOD-RELATED GENES OF CYANOBACTERIA 査読

K TANAKA, S MASUDA, H TAKAHASHI

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 56 ( 7 ) 1113 - 1117 1992年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1271/bbb.56.1113

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NUCLEOTIDE-SEQUENCE OF GENES HRDA, HRDC, AND HRDD FROM STREPTOMYCES-COELICOLOR A3(2) HAVING SIMILARITY TO RPOD GENES 査読

K TANAKA, T SHIINA, H TAKAHASHI

MOLECULAR & GENERAL GENETICS 229 ( 3 ) 334 - 340 1991年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/BF00267453

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SEQUENCE OF HRDB, AN ESSENTIAL GENE ENCODING SIGMA-LIKE TRANSCRIPTION FACTOR OF STREPTOMYCES-COELICOLOR A3(2) - HOMOLOGY TO PRINCIPAL SIGMA-FACTORS 査読

T SHIINA, K TANAKA, H TAKAHASHI

GENE 107 ( 1 ) 145 - 148 1991年10月

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記述言語：英語

DOI： 10.1016/0378-1119(91)90308-X

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CLONING AND ANALYSIS OF THE GENE (RPODA) FOR THE PRINCIPAL SIGMA-FACTOR OF PSEUDOMONAS-AERUGINOSA 査読

K TANAKA, H TAKAHASHI

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA 1089 ( 1 ) 113 - 119 1991年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/0167-4781(91)90092-Z

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NUCLEOTIDE-SEQUENCE OF THE GENE FOR A METALLOPROTEINASE INHIBITOR OF STREPTOMYCES-NIGRESCENS (SMPI) 査読

K TANAKA, H AOKI, K ODA, S MURAO, H SAITO, H TAKAHASHI

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 18 ( 21 ) 6433 - 6433 1990年11月

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記述言語：英語

DOI： 10.1093/nar/18.21.6433

Web of Science

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CLONING AND EXPRESSION OF THE METALLO-PROTEINASE INHIBITOR (S-MPI) GENE FROM STREPTOMYCES-NIGRESCENS 査読

K TANAKA, H SAITO, M ARAI, S MURAO, H TAKAHASHI

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 155 ( 1 ) 487 - 492 1988年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0006-291X(88)81113-6

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MISC

単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolaeの葉緑体に保存されたHIK-Ycf27/Ycf29二成分制御系の重要性

安田暉, 佐藤大地, 今村壮輔, 田中寛, 華岡光正, 華岡光正

日本農芸化学会関東支部講演要旨集(CD-ROM) 2022 2022年

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J-GLOBAL

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オイル生産性が飛躍的に向上した藻類株の作出：オイル生合成のチェックポイントキナーゼTORの発見とその応用、

今村壮輔, 田中寛

BIO INDUSTRY 36 ( 8 ) 9 - 19 2019年

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オイル生産性を飛躍的に高めた藻類株の作出ー藻類オイル生合成制御の理解とその応用ー

今村壮輔, 田中寛

配管技術 61 ( 6 ) 18 - 22 2019年

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オイル生産性が飛躍的に向上した藻類株の創出ー藻類オイル生合成制御の理解とその応用ー

今村壮輔, 田中寛

クリーンエネルギー 28 ( 2 ) 1 - 6 2019年

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Cyanidioschyzon merolae: A new model eukaryote for cell and organelle biology

Tsuneyoshi Kuroiwa, Shinya Miyagishima, Sachihiro Matsunaga, Naoki Sato, Hisayoshi Nozaki, Kan Tanaka, Osami Misumi

Cyanidioschyzon merolae: A New Model Eukaryote for Cell and Organelle Biology 1 - 365 2018年3月

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記述言語：英語出版者・発行元：Springer Singapore

DOI： 10.1007/978-981-10-6101-1

Scopus

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単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolaeの細胞質分裂におけるESCRTの役割

八木沢芙美, 藤原崇之, 藤原崇之, 竹村時空, 小林勇気, 宮城島進也, 宮城島進也, 中村宗一, 田中寛, 黒岩晴子, 黒岩常祥

日本植物学会大会研究発表記録 82nd 2018年

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J-GLOBAL

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未来のエネルギーを支える藻類バイオマスー石油に代わる炭素資源の開拓招待

山口渉, 田中寛, 今村壮輔

化学 72 ( 11 ) 72 - 73 2017年10月

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記述言語：日本語掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）

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藻類オイル生合成のチェックポイントキナーゼTOR 査読

今村壮輔, 田中寛

藻類由来バイオ燃料と有用物質 2016年10月

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出版者・発行元：シーエムシー出版

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シゾンの分子遺伝学的解析法の開発査読

大沼みお, 吉田大和, 今村壮輔, 田中寛, 黒岩常祥

生物工学会誌 2016年1月

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単細胞紅藻シゾンにおける葉緑体に依存した光応答転写制御

安藤洸幸, 小倉駿佑, 大原ひかる, 藤井岳, 今村壮輔, 田中寛, 五十嵐雅之, 内海龍太郎, 華岡光正

日本植物学会大会研究発表記録 78th 2014年

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J-GLOBAL

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単細胞紅藻シゾンの葉緑体光応答と転写制御機構

佐藤大地, 安藤洸幸, 小倉駿佑, 藤井岳, 今村壮輔, 田中寛, 華岡光正

日本植物学会大会研究発表記録 77th 2013年

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J-GLOBAL

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単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolaeにおける分裂期特異的なヒストンH3K9のアセチル化の解析

曾根俊之, 曾根俊之, 今村壮輔, 華岡光正, 黒岩常祥, 田中寛, 田中寛

日本植物生理学会年会要旨集 54th 2013年

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J-GLOBAL

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シゾン核コードシグマ因子SIG2による葉緑体フィコビリソーム遺伝子群の転写活性化

藤井岳, 藤井岳, 今村壮輔, 華岡光正, 田中寛, 田中寛

日本植物生理学会年会要旨集 54th 2013年

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Nitrogen assimilatory pathway and the regulation in a unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 査読

Tanaka kan, Imamura Sousuke

光合成研究 22 ( 3 ) 185 - 192 2012年

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3040-4757
単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolaeの光応答に関与する葉緑体二成分制御系の解析

佐藤大地, 安藤洸幸, 藤井岳, 藤井岳, 今村壮輔, 田中寛, 華岡光正

日本農芸化学会関東支部講演要旨集 2012 ( Oct ) 2012年

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単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolaeにおけるDET1相同遺伝子の機能解析

曾根俊之, 兼崎友, 華岡光正, 田中寛

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 2011 749 - 749 2011年

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出版者・発行元：日本植物生理学会

Cyanidioschyzon merolae（シゾン）は硫酸酸性の温泉に生息する光独立栄養性の単細胞紅藻であり、一細胞当たりに核、葉緑体、ミトコンドリアをそれぞれ一つずつ有する単純な細胞構造をとる。シゾンは核と葉緑体において多くの遺伝子が明暗により制御されることに加え、遺伝子構成が単純であることから、光情報伝達機構の解明に優れたモデル植物として期待される。<br>高等植物では、DET1は暗所において光応答性遺伝子発現を負に制御する因子として知られ、発生や分化など幅広い細胞機能に深く関わる。DET1はクロマチンと結合能を有し、Cul4-DDB1と複合体を形成してクロマチン構造を介した転写制御を行っていると予想されているがその詳細な機構は明らかとなっていない。<br>シゾンのゲノム上にはDET1が存在し、DET1が光応答性遺伝子群の発現調節に関わることが予測された。そこで、DET1が担う分子機構を解明することを目的とし、シゾンにおいてdet1破壊株を作製した。まず、この株を明暗条件下で培養したところ、増殖の阻害が認められた。次に明暗における光応答性の遺伝子についてノーザン解析を行ったところ、高等植物と同じように一部の核、葉緑体コードの遺伝子が暗条件においても高いレベルで蓄積していた。現在、転写抑制の代表的なマークであるヒストンH3K9のジメチル化とDET1との関連についての解析を進めている。

DOI： 10.14841/jspp.2011.0.0749.0

J-GLOBAL

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シロイヌナズナ細胞で誘導される色素体分化に伴った核遺伝子発現の制御機構

江波和彦, 小沢友希, 木山貴史, 田中寛, 華岡光正

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 2011 76 - 76 2011年

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出版者・発行元：日本植物生理学会

高等植物において色素体は組織や発達時期に応じて様々な形態へと分化する。我々の研究室では、シロイヌナズナ緑葉由来のT87培養細胞を遮光状態で培養して白化させた細胞をベースに、光照射の有無、あるいは加える植物ホルモンを調整することで、アミロプラストや葉緑体への分化を誘導する系を確立した。このうち、原色素体からアミロプラストへの分化誘導では、タバコBY-2細胞を用いた分化誘導系（Miyazawa et al., 1999）での知見と同様に、アミロプラスト分化を特徴づけるデンプン粒の蓄積が観察された。また、このデンプン蓄積は、カナマイシンなどの色素体遺伝子発現の阻害剤を加えることで有意に低下することが示された。BY-2細胞では、これら一連の分化誘導、阻害条件と連動して核ゲノムにコードされているデンプン合成遺伝子群の発現量が変動することが確認されている（本橋ら、本年会）。この現象は、核コードの光合成関連遺伝子LhcBの発現制御におけるプラスチドシグナルの関与と類似していると言える。本発表では、これまで葉緑体から核への情報伝達における役割を中心に研究が進められてきたプラスチドシグナルが、アミロプラストを含む多様な色素体への分化機構においても関与しているかについて、T87細胞への形質転換系を駆使したプラスチドシグナル関連遺伝子群の遺伝学的解析の結果も交えながら議論したい。

DOI： 10.14841/jspp.2011.0.0076.0

J-GLOBAL

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タバコBY-2細胞におけるアミロプラスト分化制御メカニズムの解析

本橋典子, 江波和彦, 小沢友希, 中邨真之, 田中寛, 華岡光正

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 2011 517 - 517 2011年

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出版者・発行元：日本植物生理学会

高等植物の色素体は、組織依存的に、また光などの環境変化に応答して多様に分化する。このうち、非光合成組織に存在するアミロプラストは、デンプン合成や蓄積に関わる色素体であるが、その分化機構については不明な点が多い。タバコBY-2細胞は通常オーキシン培地で増殖するが、加えるホルモンをサイトカイニンに置換すると色素体は原色素体からアミロプラストへ分化することが知られている。この際に、核コードのAGPSなどデンプン合成遺伝子の発現が誘導されることは示されているが、色素体遺伝子発現の関与や役割については不明であった。<br> 本研究ではまず、マイクロアレイ解析により色素体転写量の変化を調べたが、アミロプラスト分化時に顕著に誘導される遺伝子は見当たらなかった。しかし、分化誘導と同時に色素体の転写・翻訳阻害剤を添加すると、デンプン合成量が低下しアミロプラストへの分化が阻害された。また、この阻害はAGPSなど核コード遺伝子の発現が抑制されるためであることが示され、色素体での正常な遺伝子発現の情報が何らかのシグナルを介して核に伝わる可能性が予想された。そこで、色素体由来のシグナルとして既に知られているテトラピロール中間体やその合成阻害剤の影響を調べた結果、特にヘムが分化の制御に関与している可能性を示す結果が得られた。これらの結果から、アミロプラスト分化における核と色素体間の情報伝達系について議論したい。

DOI： 10.14841/jspp.2011.0.0517.0

J-GLOBAL

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単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolae における窒素飢餓応答機構の解析

今村壮輔, 細矢翼, 華岡光正, 田中寛

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 2011 700 - 700 2011年

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出版者・発行元：日本植物生理学会

植物にとって窒素は極めて重要な栄養素であり、植物における窒素同化の制御や調節の仕組みの解明は極めて重要である。我々は単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolae（シゾン）をモデル系として、光合成真核細胞における窒素飢餓応答の解析を進めている。今回我々は、窒素飢餓時におけるシゾン細胞の挙動について観察し、色素量の減少や細胞の小型化について解析したので報告する。また遺伝子発現レベルでの窒素飢餓応答機構についても解析した。DNAマイクロアレイ解析の結果、窒素枯渇条件下において窒素同化遺伝子群と共にR2R3型MYB転写因子遺伝子(CmMYB1）の発現が誘導されることが明らかになった。また、CmMYB1のタンパク質レベルでも窒素枯渇条件下で顕著な誘導が観察され、それらの核への局在が確認された。クロマチン免疫沈降・ゲルシフト解析の結果、CmMYB1が窒素枯渇下特異的に窒素同化遺伝子群のプロモーター領域に結合していることが明らかとなった。更に、CmMYB1遺伝子欠損株においては、窒素枯渇下における窒素同化遺伝子群の発現誘導は全く観察されなかった。これらのことから、CmMYB1が窒素枯渇下において窒素同化遺伝子群の発現を正に制御している転写因子であることが明らかになった(1)。<br>【参考文献】<br>(1) Imamura et al. (2009) PNAS 106, 12548-1255

DOI： 10.14841/jspp.2011.0.0700.0

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クロマチン免疫沈降法によるシロイヌナズナ葉緑体シグマ因子の機能解析

加藤麻衣子, 石井健雄, 東美由紀, 田中寛, 華岡光正

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 2011 723 - 723 2011年

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出版者・発行元：日本植物生理学会

葉緑体は、独自のDNAとその転写・翻訳システムを持っている。これまでに、葉緑体分化や環境応答に際した転写制御の研究が行われてきたが、その多くは目的因子の欠損株を用いた遺伝学的手法が中心であった。しかし、対象因子が生育に必須であったり、重複した機能を持つパラログにより欠損の影響が相補されたりするなど、解析が困難である場合も多く見られた。これらの問題点を解決する手法として、目的転写因子のin vivoでの結合状態を直接モニターすることが可能なクロマチン免疫沈降（ChIP）法が最近特に注目されている。<br>本研究では、ChIP法を利用してシロイヌナズナ葉緑体におけるシグマ因子の機能解析を行った。まず、ストレス応答シグマ因子SIG5とその標的遺伝子との関係を調べ、SIG5のターゲットとして既に知られているpsbAやpsbD BLRPに加え、新たにpsbBTなどのプロモーターにもSIG5が特異的に、かつストレスに応答して結合することを見いだした。また、シロイヌナズナでは必須のシグマ因子であるSIG1についても同様に解析を行い、イネでSIG1の標的として報告されているpsaABプロモーターなどへの特異的結合を確認することができた。以上の結果は、ChIP法が葉緑体の転写制御研究において有用であることを示しており、得られた結果をもとにストレス条件下でのSIG1とSIG5の機能分担について考察する。

DOI： 10.14841/jspp.2011.0.0723.0

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オルガネラ-核間に存在するDNA複製を協調させる分子機構の解析

小林勇気, 華岡光正, 田中寛

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 2011 ( Oct ) 868 - 868 2011年

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出版者・発行元：日本植物生理学会

植物細胞において、核DNA複製(nuclear DNA replication: NDR)とオルガネラDNA複製(organelle DNA replication: ODR)を協調させる機構については殆ど明らかにされていなかった。近年、我々は単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolaeおよびタバコ培養細胞BY2においてNDRがODRによって制御されていること、そしてオルガネラからNDRの開始を伝えるシグナルとしてテトラピロールの一種であるMg-ProtoIXが働いていることを明らかにした。NDRはMg-ProtoIXの蓄積によってCDKAが活性化される事によって行われる¹。しかし、Mg-ProtoIXによるCDKAの活性化がどのような分子機構によって行われているかは不明であった。前年会で我々はCDKAの活性化は、F-boxタンパク-Fbx3 によるCyclin 1のユビキチン化がMg-ProtoIXによって阻害されるために起こる事をin vitro実験系により明らかにした。今回、in vivoの実験系を用いて更なる検証を行ったので報告する。これらの実験結果をふまえたMg-ProtoIXによるNDRの開始機構のモデルを提示する。<br>1 Kobayashi, Y. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106, 803 (2009).

DOI： 10.14841/jspp.2011.0.0868.0

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単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolaeにおける葉緑体ヒスチジンキナーゼの機能解析

佐藤大地, 田中寛, 華岡光正

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 2011 869 - 869 2011年

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出版者・発行元：日本植物生理学会

葉緑体には、原始シアノバクテリアの細胞内共生に由来する独自のゲノムとその遺伝子発現系が残されている。しかし、共生後の長い進化の過程で多くの遺伝子が葉緑体から失われ、それと並行して環境応答などの制御系は核による支配を強く受けるようになった。本研究で用いた単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolae（シゾン）は、そのゲノム構造や転写制御系の解析から多くの原始的な特徴を保持していることが示されており、より自律的な環境応答・転写制御系が葉緑体に残されているものと予想される。我々はこれまでに、シゾンに唯一残されているヒスチジンキナーゼ（HIK）と葉緑体ゲノムに残されたレスポンスレギュレーターの1つであるYcf27が、光に自律応答した葉緑体の転写制御に関わることを明らかにしてきた。本研究ではHIKの機能解析を目的とし、まずHIKタンパク質の発現量を調べたところ、光条件に関係なく一定であることが示されたため、光依存的に活性が変化するセンサーとしての役割が予想された。そこで、光センシングに関わると考えられるN末端側のドメインをシアノバクテリアの系を用いて発現・精製した。このタンパク質を用いてZinc-blot解析を行った結果、明確なシグナルは得られなかったことから、フィコシアノビリンなどの開環テトラピロール化合物とは異なる別の分子が発色団として結合している可能性が示唆された。

DOI： 10.14841/jspp.2011.0.0869.0

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シゾンを用いたオルガネラによる細胞周期調節機構の解析

小林勇気, 兼崎友, 田中寛

生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi 88 ( 9 ) 477 - 480 2010年9月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本生物工学会

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糖異化グローバルレギュレーターSigEの過剰発現によるシアノバクテリア糖代謝の改変

小山内崇, 及川彰, 東美由紀, 田中寛, 斉藤和季, 平井優美, 池内昌彦

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 2010 ( 0 ) 4 - 4 2010年

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出版者・発行元：日本植物生理学会

近年、各国政府が二酸化炭素排出削減を打ち出すなど、炭素循環に高い注目が集まっている。これら要求に対しては、光合成生物の炭素代謝の理解と制御を目的とした基礎研究が必須である。これまでに我々は、単細胞性シアノバクテリア<I>Synechocystis</I> sp. PCC 6803のRNAポリメラーゼシグマ因子SigEが、糖異化遺伝子の発現を正に制御することを明らかにしてきた。今回我々は、SigEの過剰発現株を構築し、SigE過剰発現による糖代謝の改変を試みた。トランスクリプトーム解析の結果、<I>zwf</I>, <I>gnd</I>など酸化的ペントースリン酸経路の酵素の遺伝子や<I>glgX</I>, <I>glgP</I>などのグリコーゲン異化酵素の遺伝子が、SigE過剰発現により誘導されることが明らかになった。ペプチド抗体を作製し、ウエスタンブロット解析を行った結果、トランスクリプトーム解析の結果と一致して、グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼや6-ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼなどのタンパク質量が増加していた。また、グリコーゲンの減少やTCA回路の代謝産物の変動など、代謝産物レベルでもSigE過剰発現による改変が見られた。これらの解析結果をふまえ、本発表では、シアノバクテリアの糖代謝制御機構の理解および光合成微生物を用いた代謝工学への展開について考察する。

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シアノバクテリアSynechococcus elongatus PCC 7942におけるシグマ因子RpoD6を介した概日時計依存的な転写制御

秋元勇輝, 秋元勇輝, 華岡光正, 華岡光正, 中川毅史, 藤原正幸, 細川徳宗, 岩崎秀雄, 田中寛, 田中寛

日本農芸化学会大会講演要旨集 2010 2010年

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単細胞紅藻シゾンにおける細胞周期に依存したヒストンのアセチル化

曾根俊之, 今村壮輔, 華岡光正, 田中寛

日本農芸化学会関東支部講演要旨集 2010 ( Oct ) 2010年

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単細胞紅藻Cyanidioschzon merolaeにおけるオルガネラDNA複製の調節機構

岩崎義純, 小林勇気, 華岡光正, 田中寛

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 2010 562 - 562 2010年

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出版者・発行元：日本植物生理学会

単細胞紅藻Cyanidioschzon merolae(シゾン)において、暗所でG1期に同調した細胞に光を照射すると、まずオルガネラDNA複製(ODR)が起こり、その後に核DNA複製(NDR)が誘導される。この際、ODRを特異的に阻害するとNDRも同時に阻害されることから、ODRはNDRの誘導に必須であることが判る。我々のこれまでの研究で、色素体で合成されるMg-Protoporphyrin IXがODR後に細胞内に蓄積し、それに依存してCDKAが活性化されることでNDRが誘導されることが明らかになっている^{1, 2}。一方、光によりODRが活性化される分子機構については全く不明のままである。最近我々は、CDKの活性を広く阻害する薬剤(Roscovitine)を用いた解析から、未知のCDK複合体がODR開始に必須であることを見出した。本研究では光によるODR活性に関わるCDK複合体を同定するために、DNA合成期における各種のCDKとCyclinの発現について解析を行ったので報告する。<br>¹ Kobayashi et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 106:803-807 (2009)<br>² Kanesaki et al. Plant Signal. Behav. in press (2009)

DOI： 10.14841/jspp.2010.0.0562.0

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クロマチン免疫沈降法を利用したシロイヌナズナ葉緑体転写制御系の解析

華岡光正, 加藤麻衣子, 東美由紀, 田中寛

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 2010 355 - 355 2010年

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出版者・発行元：日本植物生理学会

葉緑体は独自のゲノムとその発現系を有しており、分化や環境応答に際した転写制御の解析が広く展開されてきたが、その多くは生化学、遺伝学的手法をベースとしている。しかし、前者ではin vivoでの機能の説明が難しく、また後者では転写因子の直接の制御の理解が難しい。さらに、必須遺伝子の場合や重複機能を持つ遺伝子が存在する場合は欠損の影響が明確ではなく、解析困難なケースも実際に多く見られた。これら問題点を解決する技術が、クロマチン免疫沈降（ChIP）法である。この手法は、細胞中のDNA-タンパク質間の結合を固定し目的のタンパク質の抗体で免疫沈降することで、in vivoでの転写因子の結合状態をモニターすることのできる画期的な解析法である。<br> 我々は、このChIP法をシロイヌナズナの葉緑体転写制御研究に導入し、従来の手法では見えてこなかった新しい制御系の理解を目指している。実験系の有効性を検証するため、ストレス応答シグマ因子SIG5とそのターゲット遺伝子との関係をChIP法により解析した。その結果、psbAやpsbD BLRPなどのプロモーター特異的に、また強光などのストレス依存的にSIG5の結合が検出された。この結果は、ChIP法が葉緑体転写制御系の解析において有力なツールとなることを示唆しており、欠損株のアレイ解析では同定されなかった新規ターゲット遺伝子の有無についても報告する。

DOI： 10.14841/jspp.2010.0.0355.0

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オルガネラ‐核間に存在するDNA複製協調機構の解析

小林勇気, 兼崎友, 田中歩, 黒岩晴子, 黒岩常祥, 田中寛

日本植物生理学会年会要旨集 50th 296 2009年3月

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記述言語：日本語

DOI： 10.14841/jspp.2009.0.0728.0

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オルガネラ‐核間に存在するDNA複製協調機構の解析

小林勇気, 兼崎友, 田中歩, 黒岩晴子, 黒岩常祥, 華岡光正, 田中寛

日本分子生物学会年会講演要旨集 32nd ( Vol.1 ) 135 2009年

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記述言語：日本語

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植物で明らかにされたリボソームRNA合成酵素の進化の道筋 -植物特異的な TFIIB 型基本転写因子 pBrp の機能解析-

今村壮輔, 華岡光正, 田中寛

化学と生物 47 ( 11 ) 740 - 742 2009年

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DOI： 10.1271/kagakutoseibutsu.47.740

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植物特異的な TFIIB 相同蛋白質 pBrp は RNA ポリメラーゼ I の基本転写因子である

今村壮輔, 華岡光正, 田中寛

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 2009 272 - 272 2009年

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出版者・発行元：日本植物生理学会

TFIIB とその相同蛋白質である BRF は、それぞれ RNA ポリメラーゼ II と RNA ポリメラーゼ III の転写開始に不可欠な基本転写因子である。しかし、菌類や動物を用いたこれまでの研究により、RNA ポリメラーゼ I（Pol I）に対応するTFIIB 型の転写因子は存在しない事が明らかになっている。最近、植物のゲノム解析や他の研究により、植物が TFIIB や BRF と異なる、第3の TFIIB 型転写因子 pBrp を持つ事が明らかにされたが、その機能についてはこれまで不明であった。<br> 本研究では、モデル植物である単細胞性紅藻 Cyanidioschyzon merolae （シゾン）を主に用い、pBrp の機能解析を行った。その結果、pBrp が Pol I に特異的な TFIIB 型転写因子であり、リボソーム DNA (rDNA) の転写に正に関わる事が明らかになった。更に、シロイヌナズナにおいても、pBrp が rDNA の転写に関わる証拠を得た。これらの事から、pBrp は植物において一般に、 Pol I と共に rDNA の転写に関わる基本転写因子であると結論付けた [1]。これらの結果を元に、TFIIB 型転写因子の進化過程について考察する。<br>[1] Imamura et al., (2008) EMBO J 27: 2317-2327

DOI： 10.14841/jspp.2009.0.0272.0

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単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolaeの葉緑体における光応答転写制御に関わる二成分制御系の役割

華岡光正, 川上隆之, 今村壮輔, 田中寛

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 2009 283 - 283 2009年

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出版者・発行元：日本植物生理学会

葉緑体の起源は原始シアノバクテリアによる細胞内共生であると考えられており、共生に由来する独自のゲノムとその遺伝子発現システムを継承している。しかしながら、共生当初の自律性はその後の長い年月を経る中で徐々に失われ、それに代わって様々な制御系は細胞核による支配を強く受けるようになった。本研究で用いた単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolae（シゾン）はそのゲノム構造や転写制御システムに多くの原始的な特徴が見られ、高等植物と比較してより自律的な遺伝子発現制御がなされているものと予想される。我々は、単離葉緑体を用いたRun-on転写系とクロマチン免疫沈降法（ChIP法）を展開し、光に自律応答した一群の光合成遺伝子の転写制御には、シゾンに唯一残されているヒスチジンキナーゼ（HIK）と葉緑体ゲノムにコードされているレスポンスレギュレーターの1つであるYcf27から構成される二成分制御系が関与することを明らかにした。また、光合成電子伝達阻害剤を用いた解析の結果、この転写制御にはプラストキノンの酸化還元状態に依存したレドックス制御は関与しない可能性が示唆された。HIKの構造的進化に関する知見も踏まえ、シゾン葉緑体における光に応答した転写制御のメカニズムについて考察する。

DOI： 10.14841/jspp.2009.0.0283.0

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単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolaeにおけるフェロキラターゼの局在解析

渡辺智, 渡辺智, 大沼みお, 華岡光正, 竹谷茂, 田中寛, 田中寛

生化学 2008年

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第3のTFIIB関連蛋白質pBrpはRNAポリメラーゼIの基本転写因子である

今村壮輔, 今村壮輔, 華岡光正, 田中寛, 田中寛

生化学 81回・31回 1T3 - 7 2008年

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記述言語：日本語出版者・発行元：(公社)日本生化学会

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タバコ培養細胞BY-2におけるアミロプラスト分化機構の解析

小沢友希, 華岡光正, 田中寛

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 2008 703 - 703 2008年

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出版者・発行元：日本植物生理学会

色素体は、細胞分化や環境変化に応答して葉緑体・有色体・白色体・アミロプラストなどへ分化する。アミロプラストは非光合成組織に存在し、デンプン合成に関わる色素体であるが、その分化機構の詳細についてはほとんど知見がない。タバコ培養細胞BY-2は通常オーキシン存在下で増殖するが、培地中のオーキシンをサイトカイニンに置換することでプロプラスチドからアミロプラストへ分化することが知られている。この分化の際に、核コードのADP-glucose pyrophosphatase（Agp）など、デンプン合成に関わる遺伝子の発現が誘導されることが示されているが、色素体遺伝子発現の関与については不明であった。<br>本研究ではまず、アミロプラスト分化における色素体遺伝子発現の変化をノーザン解析により検討したが、発現が変動する遺伝子は見いだされなかった。一方、分化誘導と同時に色素体の翻訳阻害剤スペクチノマイシンまたは転写阻害剤リファンピシンを添加すると、デンプン合成量の低下とともにアミロプラストへの分化が阻害された。さらにこの際、Agpなど核コードのデンプン合成に関わる遺伝子の発現が特異的に抑制されていることが明らかになった。以上の結果は、色素体での正常な転写や翻訳が、未知のシグナルを介してアミロプラスト分化に必須である可能性を示唆している。

DOI： 10.14841/jspp.2008.0.0703.0

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クロマチン免疫沈降法を用いたC. merolae葉緑体における光応答転写制御の解析

華岡光正, 川上隆之, 今村壮輔, 田中寛

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 2008 704 - 704 2008年

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出版者・発行元：日本植物生理学会

葉緑体には、原始シアノバクテリアの細胞内共生に由来する独自のゲノムとその発現系が残されているが、共生後の進化の過程で多くの遺伝子が失われたとともに、環境応答などの制御系は核による支配を強く受けるようになった。単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolaeは、その葉緑体ゲノムや転写制御系の解析から共生当初により近い状態を反映していると考えられ、核によるものとは別の、葉緑体自律的な制御系が今なお残されていると予想される。そこで本研究では、葉緑体ゲノムにコードされた原核型転写因子Ycf27の解析を通じて、C. merolaeの葉緑体における光に応答した特徴的な転写制御システムの解明を目的とした。<br> これまでに、暗条件下で培養した細胞から単離した葉緑体に対して光照射を行った結果、ycf27、psbDの転写活性が特異的に上昇することがrun-on転写系により示された。この制御には、二成分制御系のレスポンスレギュレーターであるYcf27が関与することが予想されたが、その詳細については不明であった。上記と同様の光条件下におけるYcf27の結合についてクロマチン免疫沈降法を用いて調べた結果、Ycf27のこれらプロモーターへの結合は暗条件下で強く、光照射により弱まることが分かった。この結果は、葉緑体が自律的な光応答系を介して特定の遺伝子群の転写を制御していることを強く示唆している。

DOI： 10.14841/jspp.2008.0.0704.0

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紅藻Cyanidioschyzon merolaeにおけるオルガネラDNA複製の同調機構の解析

小林勇気, 兼崎友, 黒岩晴子, 黒岩常祥, 田中寛

日本植物生理学会年会要旨集 48th 226 2007年3月

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記述言語：日本語

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The first 100% complete eukaryotic genome sequences from the red alga Cyanidioschyzon merolae 10D.

Nozaki, H, Takano, H, Misumi, O, Terasawa, K, Matuzaki, M, Maruyama, S, Nishida, K, Yagisawa, F, Yoshida, Y, Fujiwara, T, Takio, S, Tamura, K, Chung j-Chung, Nakamura, S, Kuroiwa, H, Tanaka, K, Sato, N, Kuroiwa, T

BMC Biology 5 No28 2007年

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シアノバクテリアSynechococcus PCC7942におけるグループ2シグマ因子RpoD3の強光ストレスによる転写発現調節

関麻子, 華岡光正, 秋元勇輝, 増田進, 岩崎秀雄, 田中寛

生化学 2007年

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Analyses of regulatory mechanism of nitrogen assimilation-related gene expression in a red alga Cyanidioschyzon merolae

Sousuke Imamura, Yu Kanesaki, Masam Terashita, Junko Nishida, Tsuneyoshi Kuroiwa, Tanaka Kan

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 48 S182 - S182 2007年

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

Web of Science

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The first 100% eukaryotic genome sequences from the red alga Cyanidioschyzon merolae 10D

NOZAKI Hisayoshi, TAKANO Hiroyoshi, MISUMI Osami, TERASAWA Kimihiro, MATUZAKI Motomichi, MARUYAMA Shinichiro, TAKIO Susumu, TAMURA Katsunori, CHUNG Sung Jin, NAKAMURA Soichi, KUROIWA Haruko, TANAKA Kan, SATO Naoki, KUROIWA Tsuneyoshi

J Plant Res 119 ( Supplement ) 181 2006年12月

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記述言語：英語

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Nitrogen control of sugar catabolic gene expression in Synechocystis sp PCC 6803.

T Osanai, S Imamura, M Asayama, M Shirai, M Kanehisa, Suzuki, I, N Murata, K Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 47 S235 - S235 2006年

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

Web of Science

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葉緑体シグマ因子二重変異体（sig2sig6）はアルビノになる

石崎陽子, 尾園加奈子, 竹中智佳子, 角山雄一, 中平洋一, 田中寛, 金丸研吾, 華岡光正, 椎名隆

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 47 S187 - S187 2006年

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

DOI： 10.14841/jspp.2006.0.653.0

Web of Science

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PamA, a novel PII binding protein, is involved in the transcriptions of nitrogen-related genes from phase-II.

T Osanai, S Sato, S Tabata, T Omata, K Tanaka

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 45 S195 - S195 2004年

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

Web of Science

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Transcriptional activation of NtcA-dependent promoters of Synechococcus sp PCC 7942 by 2-oxoglutarate in vitro

R Tanigawa, M Shirokane, S Maeda, T Omata, K Tanaka, H Takahashi, H Takahashi

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 99 ( 7 ) 4251 - 4255 2002年4月

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記述言語：英語

DOI： 10.1073/pnas.072587199

Web of Science

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PLASTID-ENCODED GENE EXPRESSION DEPENDING ON A NUCLEAR-ENCODED σFACTOR FOR TRANSLATION BURST IN DEVELOPING CHLOROPLASTS :

KANAMARU Kengo, TANAKA Kan, TAKAHASHI Hideo

Plant and cell physiology 42 s26 2001年

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記述言語：英語出版者・発行元：Japanese Society of Plant Physiologists

CiNii Books

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その他リンク： https://projects.repo.nii.ac.jp/?action=repository_uri&item_id=184564
シロイヌナズナの葉緑体転写制御におけるsigBの役割

華岡光正, 金丸研吾, 田中寛, 高橋秀夫

日本植物生理学会年会要旨集 41st 2001年

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Nuclear encoding of a chloroplast RNA polymerase sigma subunit in a red alga

Kan Tanaka, Kosuke Oikawa, Niji Ohta, Haruko Kuroiwa, Tsuneyoshi Kuroiwa, Hideo Takahashi

Science 272 ( 5270 ) 1932 - 1935 1996年6月

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記述言語：英語出版者・発行元：American Association for the Advancement of Science

DOI： 10.1126/science.272.5270.1932

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An RNA polymerase sigma subunit of chloroplast is encoded by the nulcear genome in a unicellular red alga, Cyanidium caldarium RK-1.

高橋秀夫, Tanaka, K, Oikawa, K, Ohta, N, Kuroiwa, T, Takahashi, H

Science 272 (1932-1935) 1996年

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Heterogeneity of the principal σ factor in Escherichia coli: The rpoS gene product, σ38, is a second principal σ factor of RNA polymerase in stationary-phase Escherichia coli

K. Tanaka, Y. Takayanagi, N. Fujita, A. Ishihama, H. Takahashi

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 90 ( 8 ) 3511 - 3515 1993年

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記述言語：英語

DOI： 10.1073/pnas.90.8.3511

Scopus

PubMed

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Biological significance of multiple principal sigma factors in eubacteria.

高橋秀夫, Takahashi, H, Tanaka, K, Shiina, T, Masuda, S

Genet. Indust. Microbiol. 7 (363-372) 1990年

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Multiple genes for principal sigma factor and morphological changes of Streptomyces coelicolor A3(2).

高橋秀夫, Takahashi, H, Tanaka, K, Shiina, T

J. Cell. Biochem. 14 97 1990年

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Multiple principal sigma factor homologs in eubacteria: Identification of the "rpoD box"

Kan Tanaka, Tetsuo Shiina, Hideo Takahashi

Science 242 ( 4881 ) 1040 - 1042 1988年

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記述言語：英語

DOI： 10.1126/science.3194753

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受賞

日本農芸化学会賞

2024年3月日本農芸化学会微生物における細胞制御の統合的理解

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日本農芸化学会奨励賞

2002年

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受賞国：日本国

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日本農学進歩賞

2002年

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受賞国：日本国

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共同研究・競争的資金等の研究課題

メガデヒドロゲナーゼ複合体が牽引するエネルギー獲得代謝モードとその制御

研究課題/領域番号：23K23503 2022年4月 - 2026年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B)

田中寛

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配分額：17550000円（直接経費：13500000円、間接経費：4050000円）

酢酸オーバーフローを欠損した大腸菌ではグルコース枯渇後に増殖が強く抑制され、その後に回復する二段階増殖が観察される。この原因は酢酸オーバーフローの欠損によりOGDHの活性化が大きく抑制されることにあり、実際、OGDH欠損株では二段階目の増殖が全く起こらない。本年度、これら増殖過程での酸素消費量について培地中の溶存酸素を測定することで検討を行い、グルコース枯渇後の酸素消費にOGDHが必須であることが判明した。また、PDHとOGDHの両方を欠損するE3（Lpd）欠損株では培養を通じて酸素消費が消失し、これは２種のNADHデヒドロゲナーゼを欠損した変異株とよく似た性質といえる。OGDH欠損株においても、グルコース枯渇後にリンゴ酸を添加すると増殖や酸素消費が回復することが見出されている。この回復はリンゴ酸からピルビン酸を生成するリンゴ酸酵素（Malic Enzyme）欠損株では見られないことが判明したことから、リンゴ酸はピルビン酸を介してPDH活性を維持するのに使われていることが考えられる。以上のことから、少なくとも２種のメガデヒドロゲナーゼ（MDH）のどちらかが活性を維持していることが増殖や、電子伝達系を介した酸素消費に必須であると言える。TCA回路のOGDH以外のNADHを生成する酵素、ICDやSDHの欠損株では同様の表現型は観察されず、このような性質はMDHに特有の性質ということができる。これはMDHが可溶性酵素であるにも拘らず、電子伝達系の一部であるかのような性質であり、膜電子伝達系との相互作用などを今後解明していく必要がある。

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活性酸素種による緑藻の光走性調節分子機構とその生理的意義の解明

研究課題/領域番号：23K23905 2022年4月 - 2025年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B)

若林憲一, 田中寛

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配分額：16250000円（直接経費：12500000円、間接経費：3750000円）

我々は緑藻クラミドモナスの光走性の正負が細胞質の活性酸素種（ROS）量に応じて調節されることを明らかにした。これを可能にする分子機構は何か？そして、この制御機構には光合成生物にとってどのような生理的意義があるのか？これらの問題を、解明することが本研究の目的である。本年度は以下の３つの実験を柱に研究を遂行した。
①2022年度に同定した、負の光走性を強く示す変異株の原因遺伝子はある種のキナーゼであるとわかった。そのターゲットの第一候補である光受容体のリン酸化状態を検証した。Phos-tagによるクラミドモナス全細胞タンパク質サンプルのリン酸化状態検証実験の条件検討を重ねた結果、この光受容体はターゲットではないことがわかった。今後リン酸化プロテオームなどを視野に入れたターゲット検証を行う。
②ROSシグナルの可視化を試みたが、いくつかのセンサータンパク質がどれも発現誘導できなかった。先行研究で開発されたものを購入したものだが、発現ベクターのDNA配列には問題がなく、いまのところ原因がはっきりしない。今後導入条件検討を重ねるとともに、別のセンサーを使うことを検討する。
③光走性が生残性に与える影響を、「野生株」「正の光走性しか示せない株」「負の光走性しか示せない株」「非運動性株」を用いて、致死的な強光下に日陰を設置して検証した。その結果、意外なことに株間で生残性の違いに大きな違いは見られなかった。今後光条件を再検討して、光走性の生理的意義を再検証する。

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Transcription Regulation in cyanobacteria and plastids Transcription Regulation in stationary phase Escherichia coli

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資金種別：競争的資金

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単細胞藻類を用いた真核細胞の基本調節機構

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資金種別：競争的資金

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シアノバクテリアと色素体における転写制御大腸菌における定常期転写制御

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資金種別：競争的資金

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