2025/09/30 更新

写真a

ヤツナミ　リエ
八波　利恵
YATSUNAMI RIE
所属
生命理工学院 准教授
職名
准教授
ホームページ
http://www.nakamura.bio.titech.ac.jp
外部リンク

学位

  • 工学博士 （ 東京工業大学 ）

研究キーワード

  • 極限環境微生物

  • 分子生物学

  • タンパク質工学

  • 代謝工学

  • 極限酵素

研究分野

  • ものづくり技術（機械・電気電子・化学工学） / バイオ機能応用、バイオプロセス工学

  • ライフサイエンス / 応用微生物学

  • ライフサイエンス / 分子生物学

学歴

  • 東京工業大学   生命理工学研究科   バイオテクノロジー専攻

    1997年4月 - 2000年3月

    　 詳細を見る

    国名： 日本国

    researchmap

  • 長崎大学   大学院工学研究科

    1993年4月 - 1995年3月

    　 詳細を見る

  • 長崎大学   工学部   工業化学科

    1989年4月 - 1993年3月

    　 詳細を見る

    国名： 日本国

    researchmap

経歴

  • 東京工業大学   生命理工学院   准教授

    2016年4月 - 現在

    　 詳細を見る

  • 東京工業大学   大学院生命理工学研究科 生物プロセス専攻   准教授

    2015年11月 - 2016年3月

    　 詳細を見る

  • 東京工業大学   大学院生命理工学研究科 生物プロセス専攻   助教

    2007年4月 - 2015年10月

    　 詳細を見る

  • 東京工業大学   大学院生命理工学研究科 生物プロセス専攻

    2001年4月 - 2007年3月

    　 詳細を見る

  • 北陸先端科学技術大学院大学   材料科学研究科

    2000年4月 - 2001年3月

    　 詳細を見る

  • 東京工業大学   生命理工学部   ティーチングアシスタント

    1997年4月 - 2000年3月

    　 詳細を見る

  • 東京工業大学   生命理工学部   研究員

    1996年10月 - 1997年3月

    　 詳細を見る

  • 艶金興業株式会社

    1995年4月 - 1996年9月

    　 詳細を見る

▼全件表示

所属学協会

▼全件表示

委員歴

  • 日本農芸化学会   ダイバーシティー推進委員会委員  

    2021年 - 現在   

    　 詳細を見る

    団体区分：学協会

    researchmap

  • Microbes & Environments   associate editor  

    2019年 - 現在   

    　 詳細を見る

    団体区分：学協会

    researchmap

  • 酵素工学研究会   幹事  

    2017年 - 現在   

    　 詳細を見る

    団体区分：学協会

    researchmap

  • 日本農芸化学会   和文誌編集委員  

    2017年 - 2020年   

    　 詳細を見る

    団体区分：学協会

    researchmap

  • 極限環境生物学会   学術幹事  

    2013年 - 現在   

    　 詳細を見る

    団体区分：学協会

    researchmap

論文

  • Characterization of a xylanase belonging to the glycoside hydrolase family 5 subfamily 35 from Paenibacillus sp. H2C. 査読 国際誌

    Yusuke Hagiwara, Tomohiro Okeda, Keiko Okuda, Rie Yatsunami, Satoshi Nakamura

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry   87 ( 1 )   54 - 62   2022年12月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Corn xylan is resistant to enzymatic hydrolysis due to its complex structure. We characterized PsXyn5A, an enzyme highly active for corn xylan, isolated from Paenibacillus sp. H2C. PsXyn5A is a modular xylanase with a catalytic domain belonging to the glycoside hydrolase family 5 subfamily 35 (GH5_35) and a carbohydrate-binding module family 13 (CBM13) domain. The substrate recognition mechanism of GH5_35 xylanase has not been reported. Analysis of the hydrolysate from rye arabinoxylan (RAX) has shown that the GH5_35 catalytic domain of PsXyn5A recognizes an arabinofuranosyl (Araf) side residue and cleaves the reducing terminal side of Araf-linked xylopyranose. This cleavage specificity is the same as reported for the GH5_34 xylanase from Hungateiclostridium thermocellum (HtXyl5A). Unlike HtXyl5A, PsXyn5A produced Araf-xylopyranose from RAX and did not hydrolyze 33-α-l-Araf-xylotetraose. Deletion of the CBM13 domain significantly decreased the activity toward insoluble corn xylan, indicating that CBM13 plays an essential role in hydrolyzing corn xylan.

    DOI： 10.1093/bbb/zbac175

    PubMed

    researchmap

  • Characterization of 3-isopropylmalate dehydrogenase from extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica. 査読 国際誌

    Shintaro Nagaoka, Noriko Sugiyama, Rie Yatsunami, Satoshi Nakamura

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry   85 ( 9 )   1986 - 1994   2021年8月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    3-Isopropylmalate dehydrogenase (IPMDH) catalyzes oxidative decarboxylation of (2R, 3S)-3-isopropylmalate to 2-oxoisocaproate in leucine biosynthesis. In this study, recombinant IPMDH (HjIPMDH) from an extremely halophilic archaeon, Haloarcula japonica TR-1, was characterized. Activity of HjIPMDH increased as KCl concentration increased, and the maximum activity was observed at 3.0 m KCl. Analytical ultracentrifugation revealed that HjIPMDH formed a homotetramer at high KCl concentrations, and it dissociated to a monomer at low KCl concentrations. Additionally, HjIPMDH was thermally stabilized by higher KCl concentrations. This is the first report on haloarchaeal IPMDH.

    DOI： 10.1093/bbb/zbab122

    PubMed

    researchmap

  • The mutation of Thr315 to Asn of GH10 xylanase XynR increases the alkaliphily but decreases the alkaline resistance. 査読 国際誌

    Kohei Kuwata, Manami Suzuki, Teisuke Takita, Rie Yatsunami, Satoshi Nakamura, Kiyoshi Yasukawa

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry   85 ( 8 )   1853 - 1860   2021年7月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    XynR is a thermophilic and alkaline GH10 xylanase, identified in the culture broth of alkaliphilic and thermophilic Bacillus sp. strain TAR-1. We previously selected S92E as a thermostable variant from a site saturation mutagenesis library. Here, we attempted to select the alkaliphilic XynR variant from the library and isolated T315N. In the hydrolysis of beechwood xylan, T315N and S92E/T315N exhibited a broader bell-shaped pH-dependent activity than the wild-type (WT) XynR and S92E. The optimal pH values of T315N and S92E/T315N were 6.5-9.5 while those of WT and S92E were 6.5-8.5. On the other hand, T315N and S92E/T315N exhibited a narrower bell-shaped pH dependence of stability: the pHs at which the activity was stable after the incubation at 37 °C for 24 h were 6.0-8.5 for T315N and S92E/T315N, but 6.0-10.0 for WT and S92E. These results indicated that the mutation of Thr315 to Asn increased the alkaliphily but decreased the alkaline resistance.

    DOI： 10.1093/bbb/zbab102

    PubMed

    researchmap

  • Characterization of a GlgC homolog from extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica. 査読 国際誌

    Rin Sueda, Kento Yoshida, Masahiko Onodera, Toshiaki Fukui, Rie Yatsunami, Satoshi Nakamura

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry   85 ( 6 )   1441 - 1447   2021年5月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Glycogen synthesis in bacteria is mainly organized by the products of glgB, glgC, and glgA genes comprising the widely known glg operon. On the genome of extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica, there was a gene cluster analogous to the bacterial glg operon. In this study, we focused on a GlgC homolog of Ha. japonica, and its recombinant enzyme was prepared and characterized. The enzyme showed highest activity toward GTP and glucose-1-phosphate as substrates in the presence of 2.6 m KCl and predicted to be work as "GDP-glucose pyrophosphorylase" in Ha. japonica.

    DOI： 10.1093/bbb/zbab050

    PubMed

    researchmap

  • Functional expression of the reverse transcriptase αβ heterodimer from avian myeloblastosis virus in Escherichia coli. 査読 国際誌

    Yuriko Makino, Hiroshi Sato, Atsushi Noguchi, Teruhiko Ide, Rie Yatsunami, Satoshi Nakamura

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry   85 ( 6 )   1464 - 1467   2021年5月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    The α subunit of avian myeloblastosis virus reverse transcriptase (AMV-RT) is generated from the β-subunit by proteolysis, and the αβ heterodimer represents the active form. The codon-optimized gene was expressed in Escherichia coli, and an active αβ heterodimer was generated. The RNA amplification activity of the purified recombinant AMV-RT αβ heterodimer was similar to that of the native one.

    DOI： 10.1093/bbb/zbab057

    PubMed

    researchmap

  • Insight into the mechanism of thermostabilization of GH10 xylanase from Bacillus sp. strain TAR-1 by the mutation of S92 to E. 査読 国際誌

    Manami Suzuki, Teisuke Takita, Kohei Kuwata, Kota Nakatani, Tongyang Li, Yuta Katano, Kenji Kojima, Kimihiko Mizutani, Bunzo Mikami, Rie Yatsunami, Satoshi Nakamura, Kiyoshi Yasukawa

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry   85 ( 2 )   386 - 390   2021年2月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    The mechanism of thermostabilization of GH10 xylanase, XynR, from Bacillus sp. strain TAR-1 by the mutation of S92 to E was investigated. Thermodynamic analysis revealed that thermostabilization was driven by the decrease in entropy change of activation for thermal inactivation. Crystallographic analysis suggested that this mutation suppressed the fluctuation of the amino acid residues at position 92-95.

    DOI： 10.1093/bbb/zbaa003

    PubMed

    researchmap

  • Isolation of four xylanases capable of hydrolyzing corn fiber xylan from Paenibacillus sp. H2C. 査読 国際誌

    Yusuke Hagiwara, Yasuhiro Mihara, Koichi Sakagami, Ryuta Sagara, Undramaa Bat-Erdene, Rie Yatsunami, Satoshi Nakamura

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry   84 ( 3 )   640 - 650   2020年3月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Corn fibre xylan (CX) shows high resistance to enzymatic hydrolysis due to its densely decorated side chains. To find enzymes capable of hydrolyzing CX, we isolated a bacterial strain (named H2C) from soil, by enrichment culture using non-starch polysaccharides of corn as the sole carbon source. Analysis based on the 16S rRNA sequence placed strain H2C within genus Paenibacillus. Enzymes were purified from supernatant of culture broth of strain H2C based on solubilizing activities toward CX. Four enzymes, Xyn5A, Xyn10B, Xyn11A, and Xyn30A, were successfully identified, which belong to glycoside hydrolase (GH) families, 5, 10, 11, and 30, respectively. Phylogenetic analysis classified Xyn5A in subfamily 35 of GH family 5, a subfamily of unknown function. Their activities toward beechwood xylan and/or wheat arabinoxylan indicated that these enzymes are β-1,4-xylanases. They showed high solubilizing activities toward a feed material, corn dried distiller's grains with solubles, compared to five previously characterized xylanases.Abbreviations : CX: corn fibre xylan; DDGS: corn dried distiller's grains with solubles.

    DOI： 10.1080/09168451.2019.1693253

    PubMed

    researchmap

  • Characterization of novel arabinofuranosidases from Paenibacillus sp. strain H2C 査読

    K. Okuda, K. Ito, Y. Hagiwara, T. Okeda, R. Yatsunami, T. Fukui, S. Nakamura

    J. Jpn. Soc. Extremophiles   16   37 - 45   2020年

    　詳細を見る

    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    researchmap

  • The novel potent TEAD inhibitor, K-975, inhibits YAP1/TAZ-TEAD protein-protein interactions and exerts an anti-tumor effect on malignant pleural mesothelioma. 査読 国際誌

    Ayumi Kaneda, Toshihiro Seike, Tomohiro Danjo, Takahiro Nakajima, Nobumasa Otsubo, Daisuke Yamaguchi, Yoshiro Tsuji, Kaori Hamaguchi, Mai Yasunaga, Yoichi Nishiya, Michihiko Suzuki, Jun-Ichi Saito, Rie Yatsunami, Satoshi Nakamura, Yoshitaka Sekido, Kiyotoshi Mori

    American journal of cancer research   10 ( 12 )   4399 - 4415   2020年

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    The Hippo signaling pathway regulates cell fate and organ development. In the Hippo pathway, transcriptional enhanced associate domain (TEAD) which is a transcription factor is activated by forming a complex with yes-associated protein 1 (YAP1) or transcriptional coactivator with PDZ-binding motif (TAZ, also called WWTR1). Hyper-activation of YAP1/TAZ, leading to the activation of TEAD, has been reported in many cancers, including malignant pleural mesothelioma (MPM). Therefore, the YAP1/TAZ-TEAD complex is considered a novel therapeutic target for cancer treatment. However, few reports have described YAP1/TAZ-TEAD inhibitors, and their efficacy and selectivity are poor. In this study, we performed a high-throughput screening of a neurofibromin 2 (NF2)-deficient MPM cell line and a large tumor suppressor kinase 1/2 (LATS1/2)-deficient non-small-cell lung cancer cell line using a transcriptional reporter assay. After screening and optimization, K-975 was successfully identified as a potent inhibitor of YAP1/TAZ-TEAD signaling. X-ray crystallography revealed that K-975 was covalently bound to an internal cysteine residue located in the palmitate-binding pocket of TEAD. K-975 had a strong inhibitory effect against protein-protein interactions between YAP1/TAZ and TEAD in cell-free and cell-based assays. Furthermore, K-975 potently inhibited the proliferation of NF2-non-expressing MPM cell lines compared with NF2-expressing MPM cell lines. K-975 also suppressed tumor growth and provided significant survival benefit in MPM xenograft models. These findings indicate that K-975 is a strong and selective TEAD inhibitor with the potential to become an effective drug candidate for MPM therapy.

    PubMed

    researchmap

  • Increase in the thermostability of GH11 xylanase XynJ from Bacillus sp. strain 41M-1 using site saturation mutagenesis. 査読 国際誌

    Teisuke Takita, Kota Nakatani, Yuta Katano, Manami Suzuki, Kenji Kojima, Naoki Saka, Bunzo Mikami, Rie Yatsunami, Satoshi Nakamura, Kiyoshi Yasukawa

    Enzyme and microbial technology   130   109363 - 109363   2019年11月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    GH11 xylanase XynJ from Bacillus sp. strain 41M-1 has a β-jellyroll fold composed of eight β strands with a deep active-site cleft. We hypothesized that the thermostability of XynJ will increase if the flexibility of the β strands in the jellyroll structure is decreased without impairing activity. To verify this hypothesis, we introduced random mutations into Tyr13-Arg104 and Gly169-Tyr194, both of which are located in the β-jellyroll fold of XynJ, to construct a site saturation mutagenesis library. By screening 576 clones followed by site saturation mutation analysis of Thr82, T82A was selected as the most thermostable variant. In the hydrolysis of beechwood xylan at pH 7.8, the temperatures required to reduce initial activity by 50% in 15 min were 61 °C for the wild-type XynJ (WT) and 65 °C for T82A. The optimum hydrolysis temperatures were 60 °C for WT and 65 °C for T82A. There was little difference in the kcat and Km values and the pH dependence of activity between WT and T82A. Crystallographic analysis of WT and T82A revealed that thermostabilization by the T82A mutation might result from the removal of unfavorable van der Waals interactions. Thus, a highly thermostable XynJ variant was generated without impairing activity using this mutation strategy.

    DOI： 10.1016/j.enzmictec.2019.109363

    PubMed

    researchmap

  • Increase in the thermostability of Bacillus sp. strain TAR-1 xylanase using a site saturation mutagenesis library. 査読 国際誌

    Kota Nakatani, Yuta Katano, Kenji Kojima, Teisuke Takita, Rie Yatsunami, Satoshi Nakamura, Kiyoshi Yasukawa

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry   82 ( 10 )   1715 - 1723   2018年10月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    UNLABELLED: Site saturation mutagenesis library is a recently developed technique, in which any one out of all amino acid residues in a target region is substituted into other 19 amino acid residues. In this study, we used this technique to increase the thermostability of a GH10 xylanase, XynR, from Bacillus sp. strain TAR-1. We hypothesized that the substrate binding region of XynR is flexible, and that the thermostability of XynR will increase if the flexibility of the substrate binding region is decreased without impairing the substrate binding ability. Site saturation mutagenesis libraries of amino acid residues Tyr43-Lys115 and Ala300-Asn325 of XynR were constructed. By screening 480 clones, S92E was selected as the most thermostable one, exhibiting the residual activity of 80% after heat treatment at 80°C for 15 min in the hydrolysis of Remazol Brilliant Blue-xylan. Our results suggest that this strategy is effective for stabilization of GH10 xylanase. ABBREVIATIONS: DNS: 3,5-dinitrosalicylic acid; RBB-xylan: Remazol Brilliant Blue-xylan.

    DOI： 10.1080/09168451.2018.1495550

    PubMed

    researchmap

  • Complete Biosynthetic Pathway of the C-50 Carotenoid Bacterioruberin from Lycopene in the Extremely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica 査読 国際誌

    Ying Yang, Rie Yatsunami, Ai Ando, Nobuhiro Miyoko, Toshiaki Fukui, Shinichi Takaichi, Satoshi Nakamura

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY   197 ( 9 )   1614 - 1623   2015年5月

    　詳細を見る

    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/JB.02523-14

    Web of Science

    PubMed

    researchmap

  • Identification of carotenoids from the extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica 査読 国際誌

    Rie Yatsunami, Ai Ando, Ying Yang, Shinichi Takaichi, Masahiro Kohno, Yuriko Matsumura, Hiroshi Ikeda, Toshiaki Fukui, Kaoru Nakasone, Nobuyuki Fujita, Mitsuo Sekine, Tomonori Takashina, Satoshi Nakamura

    FRONTIERS IN MICROBIOLOGY   5 ( 5 )   100 - 104   2014年3月

    　詳細を見る

    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.3389/fmicb.2014.00100

    Web of Science

    PubMed

    researchmap

  • Combination of site-directed mutagenesis and calcium ion addition for enhanced production of thermostable MBP-fused heparinase I in recombinant Escherichia coli. 査読 国際誌

    Shuo Chen, Ziliang Huang, Jingjun Wu, Yin Chen, Fengchun Ye, Chong Zhang, Rie Yatsunami, Satoshi Nakamura, Xin-Hui Xing

    Applied microbiology and biotechnology   97 ( 7 )   2907 - 16   2013年4月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Heparinase I (HepI), which specifically cleaves heparin and heparan sulfate, is one of the most extensively studied glycosaminoglycan lyases. Low productivity of HepI has largely hindered its industrial and pharmaceutical applications. Loss of bacterial HepI enzyme activity through poor thermostability during its expression and purification process in production can be an important issue. In this study, using a thermostabilization strategy combining site-directed mutagenesis and calcium ion addition during its production markedly improved the yield of maltose-binding protein-fused HepI (MBP-HepI) from recombinant Escherichia coli. Substitution of Cys297 to serine in MBP-HepI offered a 30.6% increase in the recovered total enzyme activity due to a mutation-induced thermostabilizing effect. Furthermore, upon addition of Ca2+ as a stabilizer at optimized concentrations throughout its expression, extraction, and purification process, purified mutant MBP-HepI showed a specific activity of 56.3 IU/mg, 206% higher than that of the wild type obtained without Ca2+ addition, along with a 177% increase in the recovered total enzyme activity. The enzyme obtained through this novel approach also exhibited significantly enhanced thermostability, as indicated by both experimental data and the kinetic modeling. High-yield production of thermostable MBP-HepI using the present system will facilitate its applications in laboratory-scale heparin analysis as well as industrial-scale production of low molecular weight heparin as an improved anticoagulant substitute.

    DOI： 10.1007/s00253-012-4145-6

    PubMed

    researchmap

  • Gene Analysis, Expression, and Characterization of an Intracellular alpha-Amylase from the Extremely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica 査読 国際誌

    Masahiko Onodera, Rie Yatsunami, Wataru Tsukimura, Toshiaki Fukui, Kaoru Nakasone, Tomonori Takashina, Satoshi Nakamura

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   77 ( 2 )   281 - 288   2013年2月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.120693

    Web of Science

    PubMed

    researchmap

  • Gene expression and characterization of aerotaxis transducer HemAT from extremely halohilic archaeon Haloarcula japonica TR-1 査読

    T. Tadikara, T. Matsubara, Y. Kubota, T. Kosaka, T. Ozawa, W. Tsukimura, R. Yatsunami, T. Fukui, K. Nakasone, T. Takashina, S. Nakamura

    J. Jpn. Soc. Extremophiles   12   29 - 32   2013年

    　詳細を見る

    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    researchmap

  • Mutational Analysis of a CBM Family 5 Chitin-Binding Domain of an Alkaline Chitinase from Bacillus sp J813 査読 国際誌

    Fumiya Uni, Sunmi Lee, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Satoshi Nakamura

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   76 ( 3 )   530 - 535   2012年3月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.110835

    Web of Science

    PubMed

    researchmap

  • Biochemical analysis and kinetic modeling of the thermal inactivation of MBP-fused heparinase I: implications for a comprehensive thermostabilization strategy. 査読 国際誌

    Shuo Chen, Fengchun Ye, Yang Chen, Yu Chen, Hongxin Zhao, Rie Yatsunami, Satoshi Nakamura, Fumio Arisaka, Xin-Hui Xing

    Biotechnology and bioengineering   108 ( 8 )   1841 - 51   2011年8月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Enzymatic degradation of heparin by heparin lyases has not only largely facilitated heparin structural analysis and contamination detection, but also showed great potential to be a green and cost-effective way to produce low molecular weight heparin (LMWH). However, the commercial use of heparinase I (HepI), one of the most studied heparin lyases, has been largely hampered by its low productivity and extremely poor thermostability. Here we report the thermal inactivation mechanism and strategic thermal stabilization of maltose-binding protein (MBP)-HepI, a fusion HepI produced in E. coli with high yield, solubility and activity. Biochemical studies demonstrated that the thermal inactivation of MBP-HepI involves an unfolding step that is temperature-dependently reversible, followed by an irreversible dimerization step induced by intermolecular disulfide bonds. A good consistency between the kinetic modeling and experimental data of the inactivation was obtained within a wide range of temperature and enzyme concentration, confirming the adequacy of the proposed inactivation model. Based on the inactivation mechanism, a comprehensive strategy was proposed for the thermal stabilization of MBP-HepI, in which Ca(2+) and Tween 80 were used to inhibit unfolding while site mutation at Cys297 and DTT were employed to suppress dimerization. The engineered enzyme exhibits remarkably improved storage and operational thermostability, for example, 16-fold increase in half-life at its optimum temperature of 30 °C and 8-fold increase in remaining activity of 95% after 1-week storage at 4 °C, and therefore shows great potential as a commercial biocatalyst for heparin degradation in the pharmaceutical industry.

    DOI： 10.1002/bit.23144

    PubMed

    researchmap

  • A Calcium-Dependent Xylan-Binding Domain of Alkaline Xylanase from Alkaliphilic Bacillus sp Strain 41M-1 査読 国際誌

    Risa Yazawa, Jun Takakura, Tomoko Sakata, Ihsanawati, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Takashi Kumasaka, Nobuo Tanaka, Satoshi Nakamura

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   75 ( 2 )   379 - 381   2011年2月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.100730

    Web of Science

    PubMed

    researchmap

  • 高度好塩性古細菌Haloarcula japonica由来新規グルコアミラーゼの発現と組換え酵素の性質検討

    清原 三絵, 小野寺 雅彦, 八波 利恵, 福居 俊昭, 仲宗根 薫, 藤田 信之, 関根 光雄, 高品 知典, 中村 聡

    Journal of Applied Glycoscience Supplement   2010   38 - 38   2010年

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本応用糖質科学会  

    DOI： 10.11541/jsag.2010.0.38.0

    CiNii Research

    researchmap

  • Characterization of a Haloarchaeal GH family 18 Chitinase with Additional Acidic Amino Acids on Its Protein Surface 査読

    Y. Zhang, R. An, R. Yatsunami, M. Sato, K. Orishimo, Y. Hatori, T. Fukui, S. Nakamura

    J. Jpn. Soc. Extremophiles   9   72 - 74   2010年

    　詳細を見る

    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    researchmap

  • 高度好塩性古細菌 Haloarcula japonica 由来菌体内 α-アミラーゼの遺伝子解析および組換え酵素の性質検討

    小野寺 雅彦, 八波 利恵, 福居 俊昭, 仲宗根 薫, 藤田 信之, 関根 光雄, 高品 知典, 中村 聡

    Journal of Applied Glycoscience Supplement   2010   37 - 37   2010年

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本応用糖質科学会  

    DOI： 10.11541/jsag.2010.0.37.0

    CiNii Research

    researchmap

  • Gene expression and characterization of a novel GH family 18 chitinase from extremely halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1 査読

    Yatsunami R, Sato M, Orishimo K, Hatori Y, Zhang Y, Takashina T, Fukui T, Nakamura S

    極限環境微生物学会誌   9 ( 1 )   19 - 24   2010年

    　詳細を見る

    記述言語：英語   出版者・発行元：THE JAPANESE SOCIETY FOR EXTREMOPHILES  

    An open reading frame encoding a chitinase homolog (ChiN1) was found in the genome of extremely halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1. ChiN1 is a multidomain enzyme consisting of a chitin-binding domain, a polycystic kidney disease domain and a catalytic domain belonging to glycoside hydrolase family 18. chiN1 gene was successfully expressed in extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica TR-1 by employing the promoter sequence of its cell surface glycoprotein gene. A large amount of recombinant ChiN1 was secreted into the culture supernatant. The Ha. japonica-produced ChiN1 was purified and characterized. The optimal pH and temperature of ChiN1 are pH 4.5 and 55°C, respectively. ChiN1 was most active at 1.0 M NaCl and stable over a wide range of NaCl concentration from 1.0 to 4.5 M. This is the first report on a chitinase from extremely halophilic archaeon.

    DOI： 10.3118/jjse.9.19

    researchmap

    その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00357868582?from=CiNii

  • Additional Carbohydrate-Binding Modules Enhance the Insoluble Substrate-Hydrolytic Activity of beta-1,3-Glucanase from Alkaliphilic Nocardiopsis sp F96 査読 国際誌

    Naoya Koizumi, Sumiko Masuda, Kiyoe Maeda, Yuya Isoda, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Satoshi Nakamura

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   73 ( 5 )   1078 - 1082   2009年5月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.80846

    Web of Science

    PubMed

    researchmap

  • Improvement of Alkaliphily of Bacillus Alkaline Xylanase by Introducing Amino Acid Substitutions Both on Catalytic Cleft and Protein Surface 査読 国際誌

    Hirohito Umemoto, Ihsanawati, Mayuko Inami, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Takashi Kumasaka, Nobuo Tanaka, Satoshi Nakamura

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   73 ( 4 )   965 - 967   2009年4月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.80869

    Web of Science

    PubMed

    researchmap

  • Role of exposed aromatic residues in substrate-binding of CBM family 5 chitin-binding domain of alkaline chitinase. 国際誌

    Fumiya Uni, Sunmi Lee, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Satoshi Nakamura

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 53 )   311 - 2   2009年

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Chitinase J (ChiJ) from alkaliphilic Bacillus sp. strain J813 has a multidomain structure containing a catalytic domain (CatD), a fibronectin type III like domain (FnIIID) and a chitin-binding domain (ChBD). It has been shown that the ChBD binds to an insoluble chitin and enhances its degradation by the CatD. Further binding study of the ChBD was performed with a glutathione-S-transferase fusion protein. This fusion protein showed binding abilities to insoluble chitin and chitosan. Two surface-exposed aromatic residues (Trp541 and Trp542) were found in the tertiary-structure model of ChBD and targeted for mutational analysis. Single and double mutations of the two aromatic residues decreased the chitin- and chitosan-binding abilities. It was revealed that these residues would be important for substrate-binding of the ChBD.

    DOI： 10.1093/nass/nrp156

    PubMed

    researchmap

  • Contribution of salt bridges to alkaliphily of Bacillus alkaline xylanase. 国際誌

    Hirohito Umemoto, Ihsanawati, Mayuko Inami, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Takashi Kumasaka, Nobuo Tanaka, Satoshi Nakamura

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 51 )   461 - 2   2007年

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Xylanase J (XynJ) from alkaliphilic Bacillussp. strain 41M-1 is an alkaline xylanase. Structure comparison indicated that there were several specific salt bridges in the catalytic cleft of XynJ compared with neutral xylanases. Mutant enzymes were prepared by substituting several amino acids comprising the salt bridges. Some mutants exhibited acidophilic shift in optimum pH, whereas another showed alkaliphilic shift. These results suggested that the characteristic salt bridges could contribute to the alkaliphily of XynJ.

    PubMed

    researchmap

  • Characterization of Nocardiopsis beta-1,3-glucanase with additional carbohydrate-binding domains. 国際誌

    Naoya Koizumi, Yuya Isoda, Kiyoe Maeda, Sumiko Masuda, Gunter Fibriansah, Takashi Kumasaka, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Satoshi Nakamura

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 51 )   459 - 60   2007年

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    beta-1,3-Glucanase F (BglF) from alkaliphilic Nocardiopsis sp. F96 is a single domain enzyme composed of only a catalytic domain. Chimeric BglFs with some carbohydrate-binding domains were constructed and characterized. By connecting the C-terminal additional domain of beta-1,3-glucanase H from Bacillus circulans IAM1165 and the chitin-binding domain of chitinase J from alkaliphilic Bacillus sp. J813, binding ability and hydrolyzing activity toward insoluble beta-1,3-glucans were both improved.

    PubMed

    researchmap

  • 変異型キシラン結合ドメインを利用したキシラナーゼの機能向上

    阪田 朋子, 宮久保 博幸, 長田 悠子, 和田 理恵子, 高橋 秀典, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｇｌｙｃｏｓｃｉｅｎｃｅ   53 ( 2 )   131 - 136   2006年4月

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：日本応用糖質科学会  

    好アルカリ性Bacillus sp. 41M-1株は，アルカリ性領域に反応の至適を有する新規なキシラナーゼ(キシラナーゼJと命名)を生産する．キシラナーゼJはマルチドメイン酵素であり，GHファミリー11に属する触媒ドメインと機能未知ドメインから構成される．キシラナーゼJのタンパク質工学検討により，この機能未知ドメインはCBMファミリー36に軸するキシラン結合ドメイン(XBD)であることがわかった．また，キシラナーゼJのXBDは不溶性キシランに結合し，それに連結した触媒ドメインによる不溶性キシランの加水分解を促進する機能を有していることが明らかとなった．キシラナーゼJのXBDのファージディスプレイを行い，不溶性キシランへの結合能を有する組換えファージの取得に成功した．次に，XBD遺伝子にランダム変異を導入し，野生型XBD提示ファージに比べて不溶性キシラン結合能が低下したファージを取得した．得られた変異体ファージの塩基配列解析の結果，Phe284，Asp286，Asp313，Trp317およびAsp318が不溶性キシランへの結合に関与していることが考えられた．また，T316Iアミノ酸置換(Thr316のIleへの置換を表す)を有するXBDを提示した変異体ファージは，野生型XBD提示ファージに比して不溶性キシラン結合能が向上していることがわかった．さらに，T316Iのアミノ酸置換の導入により，キシラナーゼJの不溶性キシラン加水分解活性が向上することが明らかとなった．

    DOI： 10.5458/jag.53.131

    DOI： 10.1271/bbb.100730_references_DOI_Yq8iGTz6ThCLdBu4SgY2etvWhvd

    CiNii Books

    CiNii Research

    researchmap

    その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00279786049?from=CiNii

  • Improvement of binding activity of xylan-binding domain by amino acid substitution. 国際誌

    Tomoko Sakata, Jun Takakura, Hiroyuki Miyakubo, Yuko Osada, Rieko Wada, Hidenori Takahashi, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Satoshi Nakamura

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 50 )   253 - 4   2006年

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Xylanase J (XynJ) of alkaliphilic Bacillus sp. strain 41M-1 is a multi-domain enzyme and consists of a glycoside hydrolase (GH) family 11 catalytic domain and an additional xylan-binding domain (XBD) belonging to carbohydrate-binding module (CBM) family 36. Random mutations were introduced into the XBD gene and the repertoire was cloned for display on the surface of filamentous phage. The mutant XBD with amino acid substitution T316I (Thr317 was replaced by Ile) showed higher xylan-binding activity compared to the wild-type XBD. Furthermore, hydrolyzing activity of XynJ toward insoluble xylan was also improved by introducing the mutation T316I.

    PubMed

    researchmap

  • Molecular identification of a novel β-1,3-glucanase from alkaliphilic Nocardiopsis sp. strain F96 査読 国際誌

    Sumiko Masuda, Kimiko Endo, Naoya Koizumi, Tokusuke Hayami, Tetsuya Fukazawa, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Satoshi Nakamura

    Extremophiles   10 ( 3 )   251 - 255   2006年

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s00792-006-0514-3

    Web of Science

    PubMed

    researchmap

  • Structural basis of the substrate subsite and the highly thermal stability of xylanase 10B from Thermotoga maritima MSB8. 査読 国際誌

    Ihsanawati, Takashi Kumasaka, Tomonori Kaneko, Chihiro Morokuma, Rie Yatsunami, Takao Sato, Satoshi Nakamura, Nobuo Tanaka

    Proteins   61 ( 4 )   999 - 1009   2005年12月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    The crystal structure of xylanase 10B from Thermotoga maritima MSB8 (TmxB), a hyperthermostable xylanase, has been solved in its native form and in complex with xylobiose or xylotriose at 1.8 A resolution. In order to gain insight into the substrate subsite and the molecular features for thermal stability, we compared TmxB with family 10 xylanase structures from nine microorganisms. As expected, TmxB folds into a (beta/alpha)8-barrel structure, which is common among the glycoside hydrolase family 10. The enzyme active site and the environment surrounding the xylooligosaccharide of TmxB are highly similar to those of family 10 xylanases. However, only two xylose moieties were found in its binding pocket from the TmxB-xylotriose complex structure. This finding suggests that TmxB could be a potential biocatalyst for the large-scale production of xylobiose. The result of structural analyses also indicated that TmxB possesses some additional features that account for its thermostability. In particular, clusters of aromatic residues together with a lack of exposed hydrophobic residues are characteristic of the TmxB structure. TmxB has also a significant number of ion pairs on the protein surface that are not found in other thermophilic family 10 xylanases.

    PubMed

    researchmap

  • Gene cloning, expression and partial characterization of cell division protein FtsZ1 from extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica strain TR-1 査読 国際誌

    K Ozawa, T Harashina, R Yatsunami, S Nakamura

    EXTREMOPHILES   9 ( 4 )   281 - 288   2005年8月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s00792-005-0443-6

    Web of Science

    PubMed

    researchmap

  • Molecular cloning of transducer gene hjtB from extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica. 国際誌

    Takayuki Kosaka, Takatoshi Ozawa, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Satoshi Nakamura

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 49 )   315 - 6   2005年

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    A transducer gene, hjtB, was cloned from genomic DNA of extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica. The structural gene consisted of an open reading frame of 984 nucleotides encoding 328 amino acids. RT-PCR analysis revealed that this gene was transcribed in Ha. japonica.

    PubMed

    researchmap

  • Role of an N-terminal domain found in the ferredoxin from extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica 査読

    N. Hirota, T. Matsuo, A. Ikeda, R. Yatsunami, T. Fukui, S. Nakamura

    J. Jpn. Soc. Extremophiles   4   14 - 24   2005年

    　詳細を見る

    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    researchmap

  • Crystal structure of family GH-8 chitosanase with subclass II specificity from Bacillus sp K17 査読 国際誌

    W Adachi, Y Sakihama, S Shimizu, T Sunami, T Fukazawa, M Suzuki, R Yatsunami, S Nakamura, A Takenaka

    J. Mol. Biol.,   343 ( 3 )   785 - 795   2004年10月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.jmb.2004.08.028

    Web of Science

    PubMed

    researchmap

  • Crystallizations and Preliminary X-ray Analyses of the Active and the Inactive Forms of Family GH-8 Chitosanase with Subclass II Specificity from Bacillus sp. Strain K17 査読 国際誌

    Y. Sakihama, W. Adachi, S. Shimizu, T. Sunami, T. Fukazawa, M. Suzuki, R. Yatsunami, S. Nakamura, A. Takenaka

    Acta Cryst.,   D60 ( Pt 11 )   2081 - 2083   2004年

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1107/S0907444902042668

    Web of Science

    PubMed

    researchmap

  • A novel bacteriorhodopsin-like protein from Haloarcula japonica strain TR-1: Gene cloning, squencing and transcript analysis 査読

    R. Yatsunami, T. Kawakami, H. Ohtani, S. Nakamura

    Extremophiles   4   109-144 - 144   2000年

    　詳細を見る

    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    researchmap

▼全件表示

書籍等出版物

  • ビギナーのための微生物実験ラボガイド : microbiological experiment

    中村, 聡, 中島, 春紫, 伊藤, 政博, 道久, 則之, 八波, 利恵

    講談社  2019年5月  （ ISBN:9784065135990 ）

    　詳細を見る

    総ページ数：x, 213p   記述言語：日本語  

    CiNii Books

    researchmap

  • 好塩菌に備わった分子ポンプ

    化学装置  2003年 

    　詳細を見る

  • 生体分子と自己修復

    化学と教育  2001年 

    　詳細を見る

  • クジラ DNA に刻まれた生命の起源

    化学と工業  1998年 

    　詳細を見る

  • SINE 配列に学ぶ生命の進化

    化学と生物  1998年 

    　詳細を見る

MISC

  • 高度好塩性古細菌Haloarcula japonica由来走気性トランスデューサーの親株における発現と機能解析—Expression and Functional Analysis of Aerotaxis Transducers from Extremely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica

    田力 鉄平, 松原 惇高, 久保田 芳弘, 小坂 貴幸, 小澤 孝俊, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    沼津工業高等専門学校研究報告 National Institute of Technology Numazu College research annual   ( 56 )   1 - 6   2022年2月

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：沼津工業高等専門学校  

    CiNii Books

    CiNii Research

    researchmap

  • 好アルカリ性Bacillus sp. J813株由来アルカリキチナーゼの指向性進化による比活性の向上—Improvement of Specific Activity of an Alkaline Chitinase from Alkaliphilic Bacillus sp. J813 by Directed Evolution

    齋藤 圭祐, 宇仁 文哉, 渡部 俊樹, 深沢 徹也, 長尾 由里, 三瓶 全次郎, 大竹 潤, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    沼津工業高等専門学校研究報告 National Institute of Technology Numazu College research annual   ( 55 )   1 - 5   2021年1月

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：沼津工業高等専門学校  

    CiNii Books

    CiNii Research

    researchmap

  • 好アルカリ性放線菌Nocardiopsis sp.F96由来GHファミリー18キチナーゼChiF1およびChiF3の性質検討

    遠山絹華, 三須大樹, 梶谷嶺, 遠藤きみ子, 深沢徹也, 八波利恵, 伊藤武彦, 福居俊昭, 中村聡

    キチン・キトサン研究   22 ( 2 )   2016年

    　詳細を見る

  • 古細菌のカロテノイド生合成経路(<特集>カロテノイド研究開発の現状と展望)—特集 カロテノイド研究開発の現状と展望

    八波 利恵

    生物工学会誌 / 日本生物工学会 編   93 ( 7 )   394 - 396   2015年

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：日本生物工学会  

    CiNii Books

    CiNii Research

    researchmap

    その他リンク： http://id.ndl.go.jp/bib/026636340

  • 極限環境微生物が合成するカロテノイド : バクテリオルベリン(バイオミディア)

    八波,利恵

    生物工学会誌 : Seibutsu-kogaku Kaishi   90 ( 11 )   738   2012年11月

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：日本生物工学会  

    CiNii Books

    CiNii Research

    researchmap

  • GHファミリー18アルカリキチナーゼの進化分子工学検討 : ハイスループットスクリーニング系の確立と変異型酵素の性質検討

    齋藤 圭祐, 宇仁 文哉, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   18 ( 2 )   136 - 137   2012年7月

    　詳細を見る

  • 極限環境微生物学会研究奨励賞受賞研究 高度好塩性古細菌に由来する機能性タンパク質の解析—Analysis of Functional Proteins from Extremely Halophilic Archaea

    八波 利恵

    極限環境生物学会誌 = Journal of Japanese Society for Extremophiles   10 ( 1 )   17 - 22   2011年9月

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：[極限環境生物学会] 学会事務局  

    CiNii Research

    researchmap

  • 高度好塩性古細菌 Haloarcula japonica 由来菌体内デンプン関連酵素 MalA の糖転移活性

    小野寺 雅彦, 八波 利恵, 福居 俊昭, 仲宗根 薫, 藤田 信之, 関根 光雄, 高品 知典, 中村 聡

    Journal of Applied Glycoscience Supplement   2011   56 - 56   2011年

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本応用糖質科学会  

    DOI： 10.11541/jsag.2011.0.56.0

    CiNii Research

    researchmap

  • キチン質分解酵素の抗真菌活性に及ぼすキチン結合ドメイン付加の効果

    山本公隆, 前田聖恵, 小泉直也, 中峯由香子, 崎濱由梨, 深沢徹也, 八波利恵, 福居俊昭, 中村聡

    日本農芸化学会関東支部講演要旨集   2011 ( Oct )   2011年

    　詳細を見る

  • 分子表面に存在する芳香族アミノ酸を改変したCBMファミリー5キチン結合ドメインの性質検討

    宇仁 文哉, 李 善美, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   16 ( 2 )   200 - 200   2010年6月

    　詳細を見る

  • ループ領域を改変した Bacillus sp. K17 株由来GHファミリー8キトサナーゼの基質特異性

    中峯 由香子, 崎濱 由梨, 鈴木 麻美絵, 深沢 徹也, 八波 利恵, 福居 俊昭, 竹中 章郎, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   16 ( 2 )   172 - 173   2010年6月

    　詳細を見る

  • 立体構造に基づくアルカリキシラナーゼの機能ドメイン解析と好アルカリ性向上

    梅本 博仁, 谷澤 里沙, 高倉 淳, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｇｌｙｃｏｓｃｉｅｎｃｅ   57 ( 2 )   145 - 150   2010年

    　詳細を見る

    記述言語：英語   出版者・発行元：日本応用糖質科学会  

    好アルカリ性 Bacillus sp. 41M-1株が分泌するキシラナーゼ J(XynJ)は，反応の最適をアルカリ性域に有する新規な好アルカリ性のキシラナーゼである．本酵素はマルチドメイン酵素であり，糖質加水分解酵素(GH)ファミリー11に属する触媒ドメインおよび糖質結合モジュール(CBM)ファミリー36に属するキシラン結合ドメイン(XBD)からなる．GHファミリー11中性キシラナーゼとの立体構造比較の結果，XynJの触媒クレフト内部にはいくつかの特徴的塩橋が存在することがわかった．特徴的塩橋を構成する残基にアミノ酸置換を導入した変異型酵素を調製し，性質検討を行った．塩橋を破壊した変異型酵素においては反応最適pHの酸性側へのシフトが観察され，特徴的塩橋はXynJの好アルカリ性に重要であることが明らかとなった．一方，触媒クレフトに存在する特徴的塩橋の強化により，野生型酵素ではpH 8.5にあった反応の最適がpH 9.0にまでシフトした．さらに，タンパク質分子表面への過剰のArgの導入もXynJの好アルカリ性向上に効果的であった．グルタチオン-S-トランスフェラーゼとXBDとの融合タンパク質を用い，アミノ酸置換を導入した変異型XBDのキシラン結合能を調べた．さらに，XynJのXBD領域に同様なアミノ酸置換を導入し，それらの不溶性キシラン加水分解活性を調べた．その結果，いくつかのAsp，TrpおよびTyr残基がXBDのキシラン結合活性に重要であることがわかり，不溶性キシラン加水分解活性はキシラン結合活性とよく相関していた．

    DOI： 10.5458/jag.57.145

    DOI： 10.5458/jag.jag.jag-2011_001_references_DOI_GDe00KHSKuS7qpbDxmR6q3DIDpR

    CiNii Books

    CiNii Research

    researchmap

    その他リンク： http://www.jstage.jst.go.jp/article/jag/57/2/57_2_145/_pdf

  • 好アルカリ性放線菌 Nocardiopsis sp. F96 株由来GHファミリー18キチナーゼの大腸菌での菌体外分泌におけるシグナルペプチドンおよび成熟タンパク質領域の役割

    石田 俊晴, 康 斐, 松島 純也, 遠藤 きみ子, 森口 学, 深沢 徹也, 八波 利恵, 福居 俊昭, 熊坂 崇, 田中 信夫, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   15 ( 2 )   110 - 111   2009年7月

    　詳細を見る

  • 高度好塩性古細菌 Halobacterium salinarum NRC-1 株由来GHファミリー18キチナーゼにおける酸性アミノ酸分布と耐塩性

    八波 利恵, 張 楊, 羽鳥 由信, 佐藤 元亮, 折下 圭太, 福居 俊昭, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   15 ( 2 )   108 - 109   2009年7月

    　詳細を見る

  • バシラス属細菌由来キトサナーゼのループ領域改変に基づく基質特異性の変換

    中峯由香子, 崎濱由梨, 鈴木麻美絵, 深沢徹也, 八波利恵, 福居俊昭, 竹中章郎, 中村聡

    触媒討論会討論会A予稿集   104th   2009年

    　詳細を見る

  • 種々のCBMファミリー5キチン結合ドメインを付加した好アルカリ性放線菌GHファミリー18キチナーゼの性質

    前田 聖恵, 小泉 直也, 遠藤 きみ子, 深沢 徹也, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   14 ( 2 )   231 - 231   2008年7月

    　詳細を見る

  • Bacillus sp. K17 株由来ファミリー8/サブクラスIIキトサナーゼの表面電荷の改変

    中峯 由香子, 張 楊, 崎濱 由梨, 鈴木 麻美絵, 深沢 徹也, 安達 渉, 八波 利恵, 福居 俊昭, 竹中 章郎, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   14 ( 2 )   232   2008年7月

    　詳細を見る

  • バシラス属細菌由来キトサナーゼの活性に及ぼす表面電荷の改変および基質結合ドメイン付加の影響

    中峯由香子, 前田聖恵, 小泉直也, 張楊, 崎濱由梨, 深沢徹也, 八波利恵, 福居俊昭, 中村聡

    触媒討論会討論会A予稿集   102nd   2008年

    　詳細を見る

  • キチン結合ドメインを付加した好アルカリ性放線菌由来ファミリー18キチナーゼの性質検討

    前田 聖恵, 小泉 直也, 遠藤 きみ子, 深沢 徹也, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   13 ( 2 )   194 - 194   2007年8月

    　詳細を見る

  • Bacillus sp. K17株由来ファミリー8/サブクラス II キトサナーゼのサブサイトの同定

    中峯 由香子, 崎濱 由梨, 鈴木 麻美絵, 深沢 徹也, 安達 渉, 八波 利恵, 福居 俊昭, 竹中 章郎, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   13 ( 2 )   192   2007年8月

    　詳細を見る

  • 高度好塩性古細菌キチナーゼに対する有機溶媒添加効果

    八波 利恵, 羽鳥 由信, 張 楊, 佐藤 元亮, 折下 圭太, 福居 俊昭, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   13 ( 2 )   154 - 155   2007年8月

    　詳細を見る

  • キチナーゼ機能ドメインを利用したキチンを基盤とする組織培養用マトリックスの創製

    深川 聡子, 三瓶 全次郎, 長尾 由里, 松尾 高稔, 深沢 徹也, 遠藤 きみ子, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   12 ( 2 )   106 - 107   2006年7月

    　詳細を見る

  • ドメインシャフリングを施した好アルカリ性 Bacillus sp. J813 株ファミリー18キチナーゼの性質検討

    大竹 潤, 三瓶 全次郎, 長尾 由里, 崎濱 由梨, 深沢 徹也, 深川 聡子, 遠藤 きみ子, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   12 ( 2 )   202   2006年7月

    　詳細を見る

  • 高度好塩性古細菌 Halobacterium salinarum NRC-1 株組換え型ファミリー18キチナーゼの性質検討

    羽鳥 由信, 佐藤 元亮, 折下 圭太, 八波 利恵, 遠藤 きみ子, 福居 俊昭, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   12 ( 2 )   201 - 201   2006年7月

    　詳細を見る

  • 好アルカリ性放線菌 Nocardiopsis sp. F96 株キチナーゼの大腸菌での分泌発現におけるシグナルペプチドの役割

    八波 利恵, 松島 純也, 遠藤 きみ子, 森口 学, 深沢 徹也, 福居 俊昭, 松居 勉, 佐藤 孝雄, 熊坂 崇, 田中 信夫, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   12 ( 2 )   108 - 109   2006年7月

    　詳細を見る

  • 好アルカリ性バシラス属細菌キチナーゼのドメインシャフリングと変異型酵素の性質検討

    大竹潤, 三瓶全次郎, 長尾由里, 崎濱由梨, 深沢徹也, 深川聡子, 遠藤きみ子, 八波利恵, 福居俊昭, 中村聡

    酵素工学研究会講演会講演要旨集   56th   2006年

    　詳細を見る

  • Bacillus sp. K17 株由来ファミリー8/サブクラスIIキトサナーゼの機能部位解析

    崎濱 由梨, 鈴木 麻美絵, 深沢 徹也, 遠藤 きみ子, 八波 利恵, 福居 俊昭, 安達 渉, 清水 真次, 角南 智子, 角田 大, 竹中 章郎, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   11 ( 2 )   102 - 103   2005年7月

    　詳細を見る

  • 好アルカリ性 Bacillus sp. J813 株ファミリー18キチナーゼに存在するキチン結合ドメインの組織培養用マトリックスへの応用

    深川 聡子, 三瓶 全次郎, 長尾 由里, 松尾 高稔, 深沢 徹也, 遠藤 きみ子, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   11 ( 2 )   217 - 217   2005年7月

    　詳細を見る

  • 好アルカリ性 Nocardiopsis sp. F96 株ファミリー18キチナーゼの触媒機構ならびに大腸菌における菌体外分泌機構

    松島 純也, 遠藤 きみ子, 森口 学, 深沢 徹也, 八波 利恵, 福居 俊昭, 松居 勉, 佐藤 孝雄, 熊坂 崇, 田中 信夫, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   11 ( 2 )   218 - 218   2005年7月

    　詳細を見る

  • 好アルカリ性 Bacillus sp. J813 株ファミリー18キチナーゼの触媒残基近傍に酸性アミノ酸を導入した変異型酵素の性質検討

    大竹 潤, 三瓶 全次郎, 長尾 由里, 崎濱 由梨, 深沢 徹也, 深川 聡子, 遠藤 きみ子, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   11 ( 2 )   219 - 219   2005年7月

    　詳細を見る

  • 高度好塩性古細菌 Halobacterium sp. NRC-1 株ファミリー18キチナーゼの機能ドメイン解析

    羽鳥 由信, 佐藤 元亮, 折下 圭太, 八波 利恵, 遠藤 きみ子, 福居 俊昭, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   11 ( 2 )   220 - 220   2005年7月

    　詳細を見る

  • 好アルカリ性 Bacillus sp. J813 株由来キチナーゼの機能ドメイン解析

    三瓶 全次郎, 長尾 由里, 深沢 徹也, 深川 聡子, 松尾 高稔, 遠藤 きみ子, 八波 利恵, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   10 ( 2 )   114 - 115   2004年7月

    　詳細を見る

  • Halobacterium sp. NRC-1 株キチナーゼ遺伝子の高度好塩性古細菌における発現と組換えタンパク質の性質検討

    八波 利恵, 佐藤 元亮, 折下 圭太, 遠藤 きみ子, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   10 ( 2 )   108 - 109   2004年7月

    　詳細を見る

  • Gene Cloning and Deletion Analysis of Chitinase J from Alkaliphilic Bacillus sp. Strain J813 国際誌

    Rie Yatsunami

    Nucleic Acids Symp. Ser.,   48 ( 48 )   167 - 168   2004年

    　詳細を見る

    記述言語：英語  

    Alkaliphilic Bacillus sp. strain J813 produces a novel chitinase (chitinase J). The gene encoding chitinase J (chij) was cloned and sequenced. Deduced amino acid sequence revealed that Chij contained a family 18 catalytic domain, a fibronectin type III-like domain and a chitin-binding domain. Analysis of deletion derivatives indicated that the chitin-binding domain was important for binding to chitin and it enhanced the hydrolysis of insoluble chitin. The subsites existing in the catalytic domain of Chij was thought to bind to insoluble chitosan, although Chij did not hydrolyze chitosan. Some amino acid-substituted mutants were prepared and characterized, suggesting that Glu198 should be the catalytic residue of Chij.

    PubMed

    researchmap

  • Molecular cloning of a chitinase gene from newly isolated alkaliphilic Nocardiopsis sp. strain F96

    Kimiko Endo, Tetsuya Fukazawa Rie Yatsunami, Satoshi Nakamura

    Extremophiles   2004年

    　詳細を見る

  • Various Chitosanase Developed from Different Structural Kingdoms

    Rie Yatsunami

    Chitin Chitosan Res.,   2004年

    　詳細を見る

  • Isolation of crtI Homolog from Extremely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica Strain TR-1

    R. Yatsunami, S. Takaichi, S. Nakamura

    Nucleic Acids Symp. Ser.,   48   193 - 194   2004年

    　詳細を見る

  • Molecular Cloning of Transducer Genes hjtA and hjtC from Extremely Halophilic Archaeon <I>Haloarcula japonica<I>

    Rie Yatsunami

    Nucleic Acids Symp. Ser.,   48   169 - 170   2004年

    　詳細を見る

  • Gene Cloning and Deletion Analysis of Chitinase J from Alkaliphilic Bacillus sp. Strain J813

    Rie Yatsunami

    Nucleic Acids Symp. Ser.,   48   167 - 168   2004年

    　詳細を見る

  • Various Chitosanase Developed from Different Structural Kingdoms

    Rie Yatsunami

    Chitin Chitosan Res.,   2004年

    　詳細を見る

  • Isolation of crtI Homolog from Extremely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica Strain TR-1 国際誌

    R. Yatsunami, S. Takaichi, S. Nakamura

    Nucleic Acids Symp. Ser.,   48 ( 48 )   193 - 194   2004年

    　詳細を見る

    記述言語：英語  

    Halobacterium sp. strain NRC-1 possesses phytoene dehydrogenase genes (crtIs). A crtI2 homolog was cloned from Haloarcula japonica strain TR-1. Nucleotide sequencing analysis of the possible crtI2 revealed that the structural gene consisted of an open reading frame of 1,521 nucleotides encoding 507 amino acids. Transcription of crtI2 in Ha. japonica was confirmed by RT-PCR.

    PubMed

    researchmap

  • Molecular Cloning of Transducer Genes hjtA and hjtC from Extremely Halophilic Archaeon <I>Haloarcula japonica<I> 国際誌

    Rie Yatsunami

    Nucleic Acids Symp. Ser.,   48 ( 48 )   169 - 170   2004年

    　詳細を見る

    記述言語：英語  

    The genes encoding putative taxis transducers hjtA and hjtC were cloned from triangular disc-shaped extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica strain TR-1. Nucleotide sequencing analysis revealed that HjtA and HjtC consisted of 438 and 630 amino acids, respectively. HjtA and HjtC have the highly conserved sequence which is commonly found in signaling domains of bacterial and archaeal transducers.

    PubMed

    researchmap

  • 好アルカリ性放線菌 Nocardiopsis sp. F96 株からのファミリー18キチナーゼ遺伝子のクローニング

    遠藤 きみ子, 深沢 徹也, 八波 利恵, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   9 ( 2 )   150 - 151   2003年6月

    　詳細を見る

  • 好塩菌に備わった分子ポンプ—特集1 バイオと化学産業の接点 ; 第2章 バイオマテリアル

    八波 利恵, 中村 聡

    化学装置   45 ( 4 )   66 - 68   2003年4月

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：工業通信  

    CiNii Books

    CiNii Research

    researchmap

  • Directed evolution of xylanase J from alkaliphilic Bacillus sp. strain 41M-1: restore of alkaliphiliy of a mutant with an acidic pH optimum 国際誌

    M. Inami, C. Morokuma, A. Sugio, H. Tamanoi, R, Yatsunami, S. Nakamura

    Nucleic Acid Res. Suppl.   ( 3 )   315 - 316   2003年

    　詳細を見る

    記述言語：英語  

    Alkaliphilic Bacillus sp. strain 41M-1 produces an alkaliphilic xylanase (xylanase J). The newly constructed mutant E177Q deltaJC had an acidic pH optimum and showed almost no activity at pH 8.0. The alkaliphily of the enzyme was restored by directed evolution. The evolved mutants, Y176S/E177Q deltaJC and G32V/Y176D/E177Q deltaJC, retained about 30% and 43% activity of their maximal activities at pH 6.0, respectively.

    PubMed

    researchmap

  • Cloning and expression of bglF gene from alkaliphilic Nocardiopsis sp. strain F96 国際誌

    S. Masuda, K. Endo T, Hayami T, Fukazawa R, Yatsunami, S. Nakamura

    Nucleic Acid Res. Suppl.   ( 3 )   317 - 318   2003年

    　詳細を見る

    記述言語：英語  

    The gene encoding a novel beta-1,3-glucanase was cloned from alkaliphilic Nocardiopsis sp. F96 and sequenced. The gene contained an open reading frame of 936 bp. The deduced amino acid sequence of the beta-1,3-glucanase exhibited highest homology to those of family 16 glucanases, suggesting that the enzyme belonged to family 16. The beta-1,3-glucanase gene was functionally expressed in Escherichia coli.

    PubMed

    researchmap

  • A brp homolog of Haloarcula japonica : gene cloning and transcriptional analysis

    R. Yatsunami, M. Iwamoto, S. Ito, S. Nakamura

    Nucleic Acid Res. Suppl.   ( 3 )   267 - 268   2003年

    　詳細を見る

  • Gene cloning of ftsZ homolog from extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica

    K. Ozawa, R, Yatsunami, S. Nakamura

    Nucleic Acid Res. Suppl.   ( 3 )   313 - 314   2003年

    　詳細を見る

  • Directed evolution of xylanase J from alkaliphilic Bacillus sp. strain 41M-1: restore of alkaliphiliy of a mutant with an acidic pH optimum

    M. Inami, C. Morokuma, A. Sugio, H. Tamanoi, R, Yatsunami, S. Nakamura

    Nucleic Acid Res. Suppl.   ( 3 )   315 - 316   2003年

    　詳細を見る

  • Cloning and expression of bglF gene from alkaliphilic Nocardiopsis sp. strain F96

    S. Masuda, K. Endo T, Hayami T, Fukazawa R, Yatsunami, S. Nakamura

    Nucleic Acid Res. Suppl.   ( 3 )   317 - 318   2003年

    　詳細を見る

  • A brp homolog of Haloarcula japonica : gene cloning and transcriptional analysis 国際誌

    R. Yatsunami, M. Iwamoto, S. Ito, S. Nakamura

    Nucleic Acid Res. Suppl.   ( 3 )   267 - 268   2003年

    　詳細を見る

    記述言語：英語  

    The gene encoding a homolog of Halobacterium salinarum bacterioopsin-related protein (Brp) was cloned from Haloarcula japonica strain TR-1. Nucleotide sequencing analysis of the possible brp gene revealed that the structural gene consisted of an open reading frame of 1,062 nucleotides encoding 354 amino acids. Transcription of the brp homolog in Ha. japonica was confirmed by RT-PCR.

    PubMed

    researchmap

  • Gene cloning of ftsZ homolog from extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica 国際誌

    K. Ozawa, R, Yatsunami, S. Nakamura

    Nucleic Acid Res. Suppl.   ( 3 )   313 - 314   2003年

    　詳細を見る

    記述言語：英語  

    The gene encoding FtsZ1 was cloned from triangular disc-shaped extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica strain TR-1. Nucleotide sequencing analysis of the possible ftsZ1 gene revealed that the structural gene consisted of an open reading frame of 1,038 nucleotides encoding 346 amino acids. Transcription of the ftsZ1 gene in Ha. japonica was confirmed by RT-PCR.

    PubMed

    researchmap

  • A Novel Chitosanase from Bacillus sp. Strain K17: Gene Cloning and Expression in Escherichia coil. 国際誌

    R. Yatsunami, Y. Sakihama, M, Suzuki T. Fukazawa, S. Shimizu, T. Sunami, K. Endo, A. Takenaka, S. Nakamura

    Nucleic Acids Res. Suppl   2 ( 2 )   227 - 228   2002年

    　詳細を見る

    記述言語：英語  

    The gene encoding a novel chitosanase from Bacillus sp. strain K17 was cloned and sequenced. The nucleotide sequence of the gene contained an open reading frame corresponded to a protein of 453 amino acids. The deduced amino acid sequence of the K17 chitosanase exhibited the highest homology to those of family 8 glycanases, suggesting that the enzyme belonged to family 8.

    PubMed

    researchmap

  • A Novel Chitosanase from Bacillus sp. Strain K17: Gene Cloning and Expression in Escherichia coil. 国際誌

    R. Yatsunami, Y. Sakihama, M, Suzuki T. Fukazawa, S. Shimizu, T. Sunami, K. Endo, A. Takenaka, S. Nakamura

    Nucleic Acids Res. Suppl   2 ( 2 )   227 - 228   2002年

    　詳細を見る

    記述言語：英語  

    PubMed

    researchmap

  • Bacillus sp. K17 株からのキトサナーゼ遺伝子のクローニングと解析

    鈴木 麻美絵, 深沢 徹也, 八波 利恵, 長友 健太郎, 遠藤 きみ子, 中村 聡

    キチン・キトサン研究 = Chitin and chitosan research   7 ( 2 )   156 - 157   2001年7月

    　詳細を見る

  • 生体内分子と自己修復(化学と自己修復)

    八波 利恵, 中村 聡

    化学と教育   49 ( 3 )   122 - 125   2001年

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：公益社団法人 日本化学会  

    生物における情報の源であるDNAは, 複製ミスあるいは紫外線照射といった損傷の危機に常に曝されている。その損傷の修復なしに, 生命機能を維持することはできない。そのため, DNA修復系はあらゆる生物に備わっており, 重要な細胞機能として位置づけられている。本稿では, 初めにDNAの構造について述べ, ついで生物がいかにして損傷したDNAを修復しているかについて概説する。また, DNA複製と老化・発ガンとの関連にも言及する。

    DOI： 10.20665/kakyoshi.49.3_122

    CiNii Books

    CiNii Research

    researchmap

  • Gene Clusters Encoding ATP synthase of Haloarcula japonica Strain TR-1

    R. Yatsunami, M. Iwamoto, K. Ihara, S. Nakamura

    Nucleic Acids Res. Suppl   1   51 - 52   2001年

    　詳細を見る

  • Gene Clusters Encoding ATP synthase of Haloarcula japonica Strain TR-1

    R. Yatsunami, M. Iwamoto, K. Ihara, S. Nakamura

    Nucleic Acids Res. Suppl   1   51 - 52   2001年

    　詳細を見る

  • The Gene Encoding a Novel Halorhodopsin-like Protein of Extremely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica Strain TR-1

    R. Yatsunami, S. Aono, S. Nakamura

    Nucleic Acids Symp. Ser.   44   1 - 2   2000年

    　詳細を見る

  • A Novel Bacterio-Rhodopsin like Protein from Haloarcula japonica Strain TR-1: Gene Cloning, Sequencing and Transcript Analysis

    R. Yatsunami, T. Kawakami, H. Ohtani, S. Nakamura

    Extremophiles   4 ( 2 )   109 - 114   2000年

    　詳細を見る

  • Cloning and Sequencing of ftsZ Homolog from Extermely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica Strain TR-1

    Rie Yatsunami

    Nucleic Acids Symp. Ser.   44   155 - 156   2000年

    　詳細を見る

  • The Gene Encoding a Novel Halorhodopsin-like Protein of Extremely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica Strain TR-1

    R. Yatsunami, S. Aono, S. Nakamura

    Nucleic Acids Symp. Ser.   44   1 - 2   2000年

    　詳細を見る

  • Cloning and Sequencing of ftsZ Homolog from Extermely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica Strain TR-1

    Rie Yatsunami

    Nucleic Acids Symp. Ser.   44   155 - 156   2000年

    　詳細を見る

  • Molocular Cloning of A1-ATPase Gene from Extremely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica Strain TR-1

    Rie Yatsunami

    Nucleic Acids Symp. Ser.   42   75 - 76   1999年

    　詳細を見る

  • Transcriptional Regulation of Cruxrhodopsin Gene from Extremely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica Strain TR-1

    R. Yatsunami, T. Kawakami, H. Ohtani, S. Nakamura

    Nucleic Acids Symp. Ser.   42   73 - 74   1999年

    　詳細を見る

  • Molocular Cloning of A1-ATPase Gene from Extremely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica Strain TR-1

    Rie Yatsunami

    Nucleic Acids Symp. Ser.   42   75 - 76   1999年

    　詳細を見る

  • Transcriptional Regulation of Cruxrhodopsin Gene from Extremely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica Strain TR-1

    R. Yatsunami, T. Kawakami, H. Ohtani, S. Nakamura

    Nucleic Acids Symp. Ser.   42   73 - 74   1999年

    　詳細を見る

  • クジラDNAに刻まれた生命の起源

    八波 利恵

    化学と工業 = Chemistry and chemical industry   51 ( 6 )   918   1998年6月

    　詳細を見る

  • ＳＩＮＥ配列に学ぶ生命の進化

    八波 利恵

    化学と生物   36 ( 8 )   523 - 524   1998年

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：公益社団法人 日本農芸化学会  

    DOI： 10.1271/kagakutoseibutsu1962.36.523

    CiNii Research

    researchmap

  • Primary Structure of the Novel Bacterial Rhodopsin from Extremely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica Strain TR-1

    Rie Yatsunami

    Nucleic Acids Symp. Ser.   37   111 - 112   1997年

    　詳細を見る

  • Primary Structure of the Novel Bacterial Rhodopsin from Extremely Halophilic Archaeon Haloarcula japonica Strain TR-1

    Rie Yatsunami

    Nucleic Acids Symp. Ser.   37   111 - 112   1997年

    　詳細を見る

▼全件表示

講演・口頭発表等

  • 高度好塩性古細菌 Haloarcula japonica 由来菌体内 α-アミラーゼの遺伝子解析および組換え酵素の性質検討

    小野寺 雅彦, 八波 利恵, 福居 俊昭, 仲宗根 薫, 藤田 信之, 関根 光雄, 高品 知典, 中村 聡

    Journal of Applied Glycoscience Supplement  2010年  日本応用糖質科学会

    　詳細を見る

    開催年月日： 2010年

    記述言語：日本語  

    researchmap

  • Role of exposed aromatic residues in substrate-binding of CBM family 5 chitin-binding domain of alkaline chitinase.

    Fumiya Uni, Sunmi Lee, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Satoshi Nakamura

    Nucleic acids symposium series (2004)  2009年 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2009年

    記述言語：英語  

    Chitinase J (ChiJ) from alkaliphilic Bacillus sp. strain J813 has a multidomain structure containing a catalytic domain (CatD), a fibronectin type III like domain (FnIIID) and a chitin-binding domain (ChBD). It has been shown that the ChBD binds to an insoluble chitin and enhances its degradation by the CatD. Further binding study of the ChBD was performed with a glutathione-S-transferase fusion protein. This fusion protein showed binding abilities to insoluble chitin and chitosan. Two surface-exposed aromatic residues (Trp541 and Trp542) were found in the tertiary-structure model of ChBD and targeted for mutational analysis. Single and double mutations of the two aromatic residues decreased the chitin- and chitosan-binding abilities. It was revealed that these residues would be important for substrate-binding of the ChBD.

    researchmap

  • 立体構造に基づくアルカリキシラナーゼの機能ドメイン解析と好アルカリ性向上

    梅本 博仁, 谷澤 里沙, 高倉 淳, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    Journal of Applied Glycoscience Supplement  2009年  日本応用糖質科学会

    　詳細を見る

    開催年月日： 2009年

    記述言語：日本語  

    researchmap

  • 分子表面電荷の改変に基づくGHファミリー 11キシラナーゼの好アルカリ性向上

    梅本 博仁, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    石油学会 年会・秋季大会講演要旨集  2009年  公益社団法人 石油学会

    　詳細を見る

    開催年月日： 2009年

    記述言語：日本語  

    好アルカリ性バシラス属細菌が分泌するキシラナーゼ J は糖質加水分解酵素(GH)ファミリー11に属し、反応至適pHをアルカリ性域に有する好アルカリ性の酵素である。キシラナーゼJの分子表面に塩基性アミノ酸を導入した変異型酵素を調製し、性質検討を行った。その結果、分子表面に5つの塩基性アミノ酸を導入した変異型酵素の反応至適pHが、野生型酵素に比してアルカリ性側にシフトすることを見出した。

    researchmap

  • Characterization of Nocardiopsis beta-1,3-glucanase with additional carbohydrate-binding domains.

    Naoya Koizumi, Yuya Isoda, Kiyoe Maeda, Sumiko Masuda, Gunter Fibriansah, Takashi Kumasaka, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Satoshi Nakamura

    Nucleic acids symposium series (2004)  2007年 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2007年

    記述言語：英語  

    beta-1,3-Glucanase F (BglF) from alkaliphilic Nocardiopsis sp. F96 is a single domain enzyme composed of only a catalytic domain. Chimeric BglFs with some carbohydrate-binding domains were constructed and characterized. By connecting the C-terminal additional domain of beta-1,3-glucanase H from Bacillus circulans IAM1165 and the chitin-binding domain of chitinase J from alkaliphilic Bacillus sp. J813, binding ability and hydrolyzing activity toward insoluble beta-1,3-glucans were both improved.

    researchmap

  • 好アルカリ性放線菌β-1,3-グルカナーゼの多糖結合ドメイン付加ならびに部位特異的変異導入による機能改変

    小泉 直也, 前田 聖恵, 磯田 裕也, 増田 澄子, フィブリアンサー グンター, 熊坂 崇, 八波 利恵, 福居 俊昭, 中村 聡

    石油学会 年会・秋季大会講演要旨集  2007年  公益社団法人 石油学会

    　詳細を見る

    開催年月日： 2007年

    記述言語：日本語  

    好アルカリ性放線菌が生産するβ-1,3-グルカナーゼBglFは、触媒ドメインのみから構成される。Bglfに他の酵素由来の多糖結合ドメインを付加したキメラ酵素を構築した。当該キメラ酵素においては，ある種の基質に対する結合能と加水分解活性の向上が認められた。また、BglFの基質結合に関与するアミノ酸残基に部位特異的変異を導入した変異型酵素を構築した。現在、当該変異型酵素の基質特異性を調べている。

    researchmap

  • Contribution of salt bridges to alkaliphily of Bacillus alkaline xylanase.

    Hirohito Umemoto, Ihsanawati, Mayuko Inami, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Takashi Kumasaka, Nobuo Tanaka, Satoshi Nakamura

    Nucleic acids symposium series (2004)  2007年 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2007年

    記述言語：英語  

    Xylanase J (XynJ) from alkaliphilic Bacillussp. strain 41M-1 is an alkaline xylanase. Structure comparison indicated that there were several specific salt bridges in the catalytic cleft of XynJ compared with neutral xylanases. Mutant enzymes were prepared by substituting several amino acids comprising the salt bridges. Some mutants exhibited acidophilic shift in optimum pH, whereas another showed alkaliphilic shift. These results suggested that the characteristic salt bridges could contribute to the alkaliphily of XynJ.

    researchmap

  • Improvement of binding activity of xylan-binding domain by amino acid substitution.

    Tomoko Sakata, Jun Takakura, Hiroyuki Miyakubo, Yuko Osada, Rieko Wada, Hidenori Takahashi, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Satoshi Nakamura

    Nucleic acids symposium series (2004)  2006年 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2006年

    記述言語：英語  

    Xylanase J (XynJ) of alkaliphilic Bacillus sp. strain 41M-1 is a multi-domain enzyme and consists of a glycoside hydrolase (GH) family 11 catalytic domain and an additional xylan-binding domain (XBD) belonging to carbohydrate-binding module (CBM) family 36. Random mutations were introduced into the XBD gene and the repertoire was cloned for display on the surface of filamentous phage. The mutant XBD with amino acid substitution T316I (Thr317 was replaced by Ile) showed higher xylan-binding activity compared to the wild-type XBD. Furthermore, hydrolyzing activity of XynJ toward insoluble xylan was also improved by introducing the mutation T316I.

    researchmap

  • Molecular cloning of transducer gene hjtB from extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica.

    Takayuki Kosaka, Takatoshi Ozawa, Rie Yatsunami, Toshiaki Fukui, Satoshi Nakamura

    Nucleic acids symposium series (2004)  2005年 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2005年

    記述言語：英語  

    A transducer gene, hjtB, was cloned from genomic DNA of extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica. The structural gene consisted of an open reading frame of 984 nucleotides encoding 328 amino acids. RT-PCR analysis revealed that this gene was transcribed in Ha. japonica.

    researchmap

▼全件表示

受賞

  • 2023年度農芸化学女性研究者賞

    2023年3月   日本農芸化学会   極限環境微生物が生産する極限酵素の機能解明とその応用

    　詳細を見る

  • 極限環境生物学会研究奨励賞

    2010年11月   極限環境生物学会   高度好塩性古細菌に由来する機能性タンパク質の解析

    　詳細を見る

  • 優秀講演賞

    2009年9月   日本化学会第3回関東支部大会優秀講演賞   高度好塩性古細菌由来キチナーゼの酸性アミノ酸分布と耐塩性との相関

    　詳細を見る

  • 手島記念研究賞博士論文賞

    2001年3月   東京工業大学   高度好塩性古細菌 Haloarcula japonicaに由来するクルックスロドプシン

    　詳細を見る

    受賞国：日本国

    researchmap

  • 鎌田泉博士論文賞

    2000年3月   東京工業大学   高度好塩性古細菌 Haloarcula japonicaに由来するクルックスロドプシン

    　詳細を見る

    受賞国：日本国

    researchmap

共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 難発現タンパク質の機能と進化能向上のための補強タグの開発

    研究課題/領域番号：24K21231  2024年6月 - 2027年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的研究(開拓)

    梅野 太輔, 八波 利恵

    　 詳細を見る

    配分額：25870000円 （ 直接経費：19900000円 、 間接経費：5970000円 ）

    researchmap

  • 海洋漂着プラスチックをエコフレンドリーな方法で分解する新技術の開発

    研究課題/領域番号：24K08678  2024年4月 - 2027年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    八波 利恵

    　 詳細を見る

    配分額：4550000円 （ 直接経費：3500000円 、 間接経費：1050000円 ）

    researchmap

  • カロテノイド生産工場の設計：高度好塩性古細菌を用いた多様なカロテノイドの大量合成

    研究課題/領域番号：16K06868  2016年4月 - 2020年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    八波 利恵

    　 詳細を見る

    配分額：4810000円 （ 直接経費：3700000円 、 間接経費：1110000円 ）

    本研究では，高度好塩性古細菌Haloarcula japonicaを用いて，高い抗酸化活性を持つ新規カロテノイドを大量合成することを目的とした。
    より抗酸化活性を持つカロテノイドを合成するために，共役二重結合数が15のテトラデヒドロリコペンを合成することを目指した。その合成にはカロテノイド不飽和化酵素（CrtD）に進化分工学的手法により変異を導入して用いた。変異を導入したCrtD遺伝子ライブラリーを解析したところ，リコペン合成に重要なアミノ酸残基を見出すことができた。

    researchmap

  • 耐塩化酵素を用いた超臨界二酸化炭素中における機能性オリゴ糖合成

    研究課題/領域番号：23550177  2011年4月 - 2015年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    八波 利恵

    　 詳細を見る

    配分額：5070000円 （ 直接経費：3900000円 、 間接経費：1170000円 ）

    本研究は、高度好塩性古細菌由来の耐塩化酵素ChiN1を超臨界二酸化炭素中における触媒として使用し、環境に負荷のかかる有機溶媒を使用することなく、機能性オリゴ糖を合成することを目的した。ChiN1の分子表面のリシン残基をアラニン残基あるいはアスパラギン酸に置換した種々の変異体を作製し、超臨界二酸化炭素中における酵素反応を行った。その結果、2つの変異型酵素が、反応中の失活が野生型酵素より抑えられており、効率的に酵素反応が進行していることが明らかとなり、超臨界二酸化炭素耐性酵素の作製が達成できた。

    researchmap

  • 高度好塩性古細菌キチナーゼの耐塩機構の解明と有機溶媒中での新規オリゴ糖創製

    研究課題/領域番号：16760630  2004年 - 2005年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  若手研究(B)

    八波 利恵

    　 詳細を見る

    配分額：3600000円 （ 直接経費：3600000円 ）

    既にゲノム解析により、高度好塩性古細菌Halobacterium sp. NRC-1株にはキチナーゼホモログをコードする遺伝子が存在することが報告されているが、タンパク質としての実態は明らかにされていない。本研究ではNRC-1株キチナーゼの酵素学的性質、耐塩機構の解明および工学応用を目指した研究を行った。以下1および2に実績の概要を示す。
    1.Haloarcula japonicaにおけるキチナーゼ遺伝子の発現と組換え型キチナーゼの精製
    高度好塩性古細菌用キチナーゼ遺伝子発現型プラスミドを構築し、発現型プラスミドを導入したH.japonica形質転換体より、培養上清を回収した。次に限外ろ過濃縮した後、ヒドロキシアパタイト・カラムクロマトグラフィーを行い、組換え型キチナーゼの精製を実施した。その結果、分子質量約70kDaの位置に単一バンドを示す精製標品が得られた。
    2.組換え型キチナーゼの性質検討
    組換え型キチナーゼ精製標品用いて、37℃における反応pH依存性およびpH6.0における反応温度依存性を調べた。その結果、本酵素はpH4.5付近に反応の至適を有し、至適温度は55℃であることがわかった。またpH6.0、37℃において、キチナーゼ活性のNaCl濃度依存性を調べたところ、組換え型キチナーゼは1M付近に反応の至適を有することが明らかとなった。.また、NaClが0M付近の活性は最大活性40%程度であり、活性発現に塩を必要とすることがわかった。

    researchmap

  • 高度好塩性古細菌に由来する新規古細菌型ロドプシンに関する研究

    研究課題/領域番号：00J04716  2000年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

    八波 利恵

    　 詳細を見る

    配分額：1200000円 （ 直接経費：1200000円 ）

    researchmap

  • Proteins Produced by Extremophiles

    　 詳細を見る

    資金種別：競争的資金

    researchmap

  • 極限環境微生物が生産する機能性タンパク質

    　 詳細を見る

    資金種別：競争的資金

    researchmap

▼全件表示