研究者詳細 - 北尾　彰朗

2025/10/28 更新

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キタオ　アキオ

北尾　彰朗

KITAO AKIO

所属

生命理工学院教授

ホームページ

http://www.kitao.life.isct.ac.jp/

プロフィール

生物学に加えて物理学、化学、計算科学、情報科学を駆使し、分子レベルから生命現象を解明する研究に取り組んでいます

外部リンク

News & Topics

がん抑制タンパク質がDNAから解離する過程を可視化がん化に関係するアミノ酸変異との関係を解明

2022/03/31

掲載言語：日本語

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要点-がん抑制タンパク質p53がDNAから解離する過程をシミュレーションで可視化-p53とDNAの結合親和性を正確に計算することに成功-相互作用を安定化するアミノ酸とがん細胞において変異がよくみられるアミノ酸との関係を解明概要東京工業大学生命理工学院生命理工学系のモハメド・マルズーク・ソベー大学院生
Conformational Equilibria in GPCRs provides critical clues about activation mechanisms

2021/03/23

掲載言語：英語

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A multinational research team led by Dr. Adnan Sljoka (RIKEN), Prof. R. Scott Prosser (Univ. of Toronto) with collaborations with Dr. Duy Phuoc Tran a
Gタンパク質共役受容体活性化の鍵となる仕組みを解明受容体に複数の状態が共存することが明らかに

2021/03/23

掲載言語：日本語

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要点-様々な薬のターゲット分子であるヒトのアデノシンA2A受容体（A2AR）の活性化の鍵となる仕組みを解明-A2ARに複数の状態が共存し、その比率が活性化状態に依存して変化することを発見-A2ARのリガンド結合部位からGタンパク質への長距離の情報伝達経路を特定概要東京工業大学生命理工学院生命理工学系

学位

博士（理学）（ 1994年3月京都大学）
修士（理学）（ 1991年3月京都大学）
学士（理学）（ 1989年3月京都大学）

研究キーワード

タンパク質ダイナミクス、計算生物学、生物物理学、理論化学
molecular simulation
nano machine
Protein
分子論
相互作用
分子メカニズム
超並列計算
生体分子機械
エネルギー地形
水和
energy landscape
solvation
function
dynamics
機能
ダイナミクス
分子シミュレーション
ナノマシン
蛋白質
理論化学
計算化学
計算物理
化学物理
生物物理

研究分野

ナノテク・材料 / 基礎物理化学
自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理
ライフサイエンス / 生物物理学

学歴

京都大学大学院理学研究科化学専攻博士後期課程

1991年4月 - 1993年3月

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国名：日本国

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京都大学大学院理学研究科化学専攻修士課程

1989年4月 - 1991年3月

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国名：日本国

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京都大学理学部主に物理学及び化学

1985年4月 - 1989年3月

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国名：日本国

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経歴

東京科学大学生命理工学院教授

2024年10月 - 現在

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国名：日本国

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東京工業大学生命理工学院教授

2017年7月 - 2024年9月

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東京大学分子細胞生物学研究所委嘱教授

2017年7月 - 2018年3月

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量子科学技術研究開発機構客員研究員

2016年4月 - 現在

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自然科学研究機構分子科学研究所客員准教授

2008年4月 - 2009年3月

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東京大学分子細胞生物学研究所准教授

2007年4月 - 2017年6月

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日本原子力研究開発機構研究嘱託

2005年10月 - 2016年3月

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東京大学分子細胞生物学研究所助教授

2003年4月 - 2007年3月

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日本原子力研究所計算科学技術推進センター研究嘱託

2003年4月 - 2005年9月

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日本原子力研究所計算科学技術推進センター研究員

2002年2月 - 2003年3月

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Harvard Medical School Biological Chemistry & Molecular Biology, Gerhard Wagner group 文部省在外研究員

1998年4月 - 1999年3月

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国名：アメリカ合衆国

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京都大学大学院理学研究科化学専攻助手

1993年4月 - 2002年1月

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所属学協会

日本化学会

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日本蛋白質科学会

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日本物理学会

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米国生物物理学会

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日本生物物理学会

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日本分子シミュレーション学会

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米国化学会

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日本化学会ケモインフォマティクス部会

2018年 - 現在

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日本化学会情報化学部会

2018年

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溶液化学研究会

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委員歴

分子シミュレーション学会事務局長

2025年1月 - 現在

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団体区分：学協会

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日本物理学会代議員

2023年4月 - 現在

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団体区分：学協会

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日本物理学会領域１２領域代表

2023年4月 - 2024年3月

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団体区分：学協会

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日本物理学会領域委員会委員

2023年4月 - 2024年3月

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団体区分：学協会

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日本物理学会領域１２領域副代表

2022年4月 - 2023年3月

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団体区分：学協会

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第36回分子シミュレーション討論会実行委員長

2022年1月 - 2022年12月

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団体区分：学協会

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日本物理学会領域１２次期領域副代表

2021年4月 - 2022年3月

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団体区分：学協会

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日本シミュレーション学会編集委員長

2021年1月 - 2024年12月

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団体区分：学協会

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日本生物物理学会欧文誌編集委員会委員

2020年1月 - 2023年12月

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団体区分：学協会

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日本生物物理学会出版委員

2019年6月 - 2021年6月

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団体区分：学協会

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日本生物物理学会理事

2019年6月 - 2021年6月

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団体区分：学協会

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日本生物物理学会選挙管理委員長

2018年

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分子シミュレーション研究会幹事

2016年1月 - 2019年12月

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団体区分：学協会

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日本生物物理学会 HP編集委員長

2015年1月 - 2016年12月

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団体区分：学協会

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日本生物物理学会代議員

2015年 - 2016年

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団体区分：学協会

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日本生物物理学会学会委員

2013年 - 2014年

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団体区分：学協会

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日本生物物理学会 HP編集委員

2012年1月 - 2014年12月

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団体区分：学協会

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日本生物物理学会分野別専門委員

2010年 - 2014年

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団体区分：学協会

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日本蛋白質科学会男女共同参画ワーキンググループ

2008年 - 2025年9月

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団体区分：学協会

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日本物理学会領域12世話人

2008年 - 2009年

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団体区分：学協会

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日本生物物理学会地区編集委員

2004年 - 2005年

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団体区分：学協会

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日本生物物理学会分野別専門委員

1999年 - 2009年

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団体区分：学協会

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論文

Tandem Allosteric Effects of Reactant and Product that Promote Deacetylation Cycles in Sir2 査読

Zhen Bai, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

Journal of Chemical Information and Modeling 2025年10月

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担当区分：最終著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jcim.5c01755

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RNA Binding Mechanism of the FUS Zinc Finger in Concert with Its Flanking Intrinsically Disordered Region 査読

Soichiro Kijima, Akio Kitao

Journal of Chemical Information and Modeling 2025年8月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： kijima-kitao-2025-rna-binding-mechanism-of-the-fus-zinc-finger-in-concert-with-its-flanking-intrinsically-disordered.pdf

DOI： 10.1021/acs.jcim.5c01059

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Balancing G protein selectivity and efficacy in the adenosine A2A receptor 査読国際共著国際誌

Louis-Philippe Picard, Alexander Orazietti, Duy Phuoc Tran, Andrejs Tucs, Sari Hagimoto, Zhenzhou Qi, Shuya Kate Huang, Koji Tsuda, Akio Kitao, Adnan Sljoka, R. Scott Prosser

Nature Chemical Biology 21 ( 1 ) 71 - 79 2024年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

DOI： 10.1038/s41589-024-01682-6

PubMed

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その他リンク： https://www.nature.com/articles/s41589-024-01682-6
PaCS-Toolkit: Optimized Software Utilities for Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) Simulations and Subsequent Analyses 招待査読国際誌

Shinji Ikizawa, Tatsuki Hori, Tegar Nurwahyu Wijaya, Hiroshi Kono, Zhen Bai, Tatsuhiro Kimizono, Wenbo Lu, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

The Journal of Physical Chemistry B 128 3631 - 3642 2024年4月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： ikizawa-et-al-2024-pacs-toolkit-optimized-software-utilities-for-parallel-cascade-selection-molecular-dynamics-(pacs.pdf

DOI： 10.1021/acs.jpcb.4c01271

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Energetic and Kinetic Origins of CALB Interfacial Activation Revealed by PaCS-MD/MSM 招待査読

Tegar N. Wijaya, Akio Kitao

The Journal of Physical Chemistry B 127 7431 - 7441 2023年8月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： acs.jpcb.3c02041.pdf

DOI： 10.1021/acs.jpcb.3c02041

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Principal Component Analysis and Related Methods for Investigating the Dynamics of Biological Macromolecules 招待査読

Akio Kitao

J 5 ( 2 ) 298 - 317 2022年6月

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担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：{MDPI} {AG}

添付ファイル： J-05-00021-v2.pdf

DOI： 10.3390/j5020021

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Inhibition of the hexamerization of SARS-CoV-2 endoribonuclease and modeling of RNA structures bound to the hexamer 査読国際誌

Duy Phuoc Tran, Yuta Taira, Takumi Ogawa, Ryoga Misu, Yoshiki Miyazawa, Akio Kitao

Scientific Reports 12 ( 1 ) 3860 2022年3月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

<title>Abstract</title>Non-structural protein 15 (Nsp15) of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) forms a homo hexamer and functions as an endoribonuclease. Here, we propose that Nsp15 activity may be inhibited by preventing its hexamerization through drug binding. We first explored the stable conformation of the Nsp15 monomer as the global free energy minimum conformation in the free energy landscape using a combination of parallel cascade selection molecular dynamics (PaCS-MD) and the Markov state model (MSM), and found that the Nsp15 monomer forms a more open conformation with larger druggable pockets on the surface. Targeting the pockets with high druggability scores, we conducted ligand docking and identified compounds that tightly bind to the Nsp15 monomer. The top poses with Nsp15 were subjected to binding free energy calculations by dissociation PaCS-MD and MSM (dPaCS-MD/MSM), indicating the stability of the complexes. One of the identified pockets, which is distinctively bound by inosine analogues, may be an alternative binding site to stabilize viral RNA binding and/or an alternative catalytic site. We constructed a stable RNA structure model bound to both UTP and alternative binding sites, providing a reasonable proposed model of the Nsp15/RNA complex.

添付ファイル： ae60aa98-1bf7-4bdb-ae2d-e32b028cc28e.pdf

DOI： 10.1038/s41598-022-07792-2

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その他リンク： https://www.nature.com/articles/s41598-022-07792-2
Dissociation Pathways of the p53 DNA Binding Domain from DNA and Critical Roles of Key Residues Elucidated by dPaCS-MD/MSM 査読

Mohamed Marzouk Sobeh, Akio Kitao

Journal of Chemical Information and Modeling 2022年3月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jcim.1c01508

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Binding free energy of protein/ligand complexes calculated using dissociation Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics and Markov state model 査読国際誌

Hiroaki Hata, Duy Phuoc Tran, Mohamed Marzouk Sobeh, Akio Kitao

Biophysics and Physicobiology 18 305 - 316 2021年12月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Biophysical Society of Japan

添付ファイル： 18_bppb-v18.037.pdf

DOI： 10.2142/biophysico.bppb-v18.037

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The role of the half-turn in determining structures of Alzheimer's Aβ wild-type and mutants. 査読国際共著国際誌

Steven Hayward, Akio Kitao

Journal of structural biology 213 ( 4 ) 107792 - 107792 2021年9月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Half-turns are shown to be the main determinants of many experimental Alzheimer's Aβ fibril structures. Fibril structures contain three half-turn types, βαRβ, βαLβ and βεβ which each result in a ∼90° bend in a β-strand. It is shown that only these half-turns enable cross-β stacking and thus the right-angle fold seen in fibrils is an intrinsic feature of cross-β. Encoding a strand as a conformational sequence in β, αR, αL and ε(βL), pairwise combination rules for consecutive half-turns are used to decode this sequence to give the backbone path. This reveals how structures would be dramatically affected by a deletion. Using a wild-type Aβ(42) fibril structure and the pairwise combination rules, the Osaka deletion is predicted to result in exposure of surfaces that are mutually shielding from the solvent. Molecular dynamics simulations on an 11-mer β-sheet of Alzheimer's Aβ(40) of the Dutch (E22Q), Iowa (D23N), Arctic (E22G), and Osaka (E22Δ) mutants, show the crucial role glycine plays in the positioning of βαRβ half-turns. Their "in-phase" positions along the sequence in the wild-type, Dutch mutant and Iowa mutant means that the half-folds all fold to the same side creating the same closed structure. Their out-of-phase positions in Arctic and Osaka mutants creates a flatter structure in the former and an S-shape structure in the latter which, as predicted, exposes surfaces on the inside in the closed wild-type to the outside. This is consistent with the gain of interaction model and indicates how domain swapping might explain the Osaka mutant's unique properties.

添付ファイル： 1-s2.0-S1047847721000976-main.pdf

DOI： 10.1016/j.jsb.2021.107792

PubMed

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Delineating the conformational landscape of the adenosine A2A receptor during G protein coupling 査読国際誌

Shuya Kate Huang, Aditya Pandey, Duy Phuoc Tran, Nicolas L. Villanueva, Akio Kitao, Roger K. Sunahara, Adnan Sljoka, R. Scott Prosser

Cell 184 ( 7 ) 1884 - 1894 2021年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier BV

G-protein-coupled receptors (GPCRs) represent a ubiquitous membrane protein family and are important drug targets. Their diverse signaling pathways are driven by complex pharmacology arising from a conformational ensemble rarely captured by structural methods. Here, fluorine nuclear magnetic resonance spectroscopy (19F NMR) is used to delineate key functional states of the adenosine A2A receptor (A2AR) complexed with heterotrimeric G protein (Gαsβ1γ2) in a phospholipid membrane milieu. Analysis of A2AR spectra as a function of ligand, G protein, and nucleotide identifies an ensemble represented by inactive states, a G-protein-bound activation intermediate, and distinct nucleotide-free states associated with either partial- or full-agonist-driven activation. The Gβγ subunit is found to be critical in facilitating ligand-dependent allosteric transmission, as shown by 19F NMR, biochemical, and computational studies. The results provide a mechanistic basis for understanding basal signaling, efficacy, precoupling, and allostery in GPCRs.

DOI： 10.1016/j.cell.2021.02.041

PubMed

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Kinetic Selection and Relaxation of the Intrinsically Disordered Region of a Protein upon Binding 査読国際誌

Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

Journal of Chemical Theory and Computation 16 2835 - 2845 2020年3月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

添付ファイル： TranKitaoJCTC2020.pdf

DOI： 10.1021/acs.jctc.9b01203

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Dissociation Process of a MDM2/p53 Complex Investigated by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics and the Markov State Model 査読

Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

The Journal of Physical Chemistry B 123 ( 11 ) 2469 - 2478 2019年3月

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担当区分：最終著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b10309

PubMed

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ColDock: Concentrated Ligand Docking with All-Atom Molecular Dynamics Simulation 査読

Kazuhiro Takemura, Chika Sato, Akio Kitao

The Journal of Physical Chemistry B 122 ( 29 ) 7191 - 7200 2018年7月

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担当区分：最終著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b02756

PubMed

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Binding free energy analysis of protein-protein docking model structures by evERdock 査読

Kazuhiro Takemura, Nobuyuki Matubayasi, Akio Kitao

The Journal of Chemical Physics 148 ( 10 ) 105101 2018年3月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：{AIP} Publishing

DOI： 10.1063/1.5019864

Scopus

PubMed

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Protein–Ligand Dissociation Simulated by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics 査読

Duy Phuoc Tran, Kazuhiro Takemura, Kazuo Kuwata, Akio Kitao

Journal of Chemical Theory and Computation 14 ( 1 ) 404 - 417 2018年1月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

添付ファイル： acs.jctc.7b00504.pdf

DOI： 10.1021/acs.jctc.7b00504

Scopus

PubMed

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Electron Fate and Mutational Robustness in the Mechanism of (6-4)Photolyase-Mediated DNA Repair 査読

Hisham M. Dokainish, Daichi Yamada, Tatsuya Iwata, Hideki Kandori, Akio Kitao

ACS CATALYSIS 7 ( 7 ) 4835 - 4845 2017年7月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： acscatal.7b00751.pdf

DOI： 10.1021/acscatal.7b00751

Web of Science

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Salt Bridge Formation between the I-BAR Domain and Lipids Increases Lipid Density and Membrane Curvature 査読

Kazuhiro Takemura, Kyoko Hanawa-Suetsugu, Shiro Suetsugu, Akio Kitao

SCIENTIFIC REPORTS 7 ( 1 ) 2017年7月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： s41598-017-06334-5.pdf

DOI： 10.1038/s41598-017-06334-5

Web of Science

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High anisotropy and frustration: the keys to regulating protein function efficiently in crowded environments 査読

Akio Kitao, Kazuhiro Takemura

CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY 42 50 - 58 2017年2月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： 1-s2.0-S0959440X16301798-main.pdf

DOI： 10.1016/j.sbi.2016.10.014

Web of Science

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-5221-0806
Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) to generate conformational transition pathway. 査読

Harada R, Kitao A

The Journal of chemical physics 139 ( 3 ) 035103 2013年7月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： 1.4813023.pdf

DOI： 10.1063/1.4813023

Web of Science

PubMed

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Evaluation of protein-protein docking model structures using all-atom molecular dynamics simulations combined with the solution theory in the energy representation. 査読

Takemura K, Guo H, Sakuraba S, Matubayasi N, Kitao A

The Journal of chemical physics 137 ( 21 ) 215105 2012年12月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.4768901

Web of Science

PubMed

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Water model tuning for improved reproduction of rotational diffusion and NMR spectral density. 査読

Takemura K, Kitao A

The journal of physical chemistry. B 116 ( 22 ) 6279 - 6287 2012年6月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp301100g

Web of Science

PubMed

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Screw Motion Regulates Multiple Functions of T4 Phage Protein Gene Product 5 during Cell Puncturing 査読

Wataru Nishima, Shuji Kanamaru, Fumio Arisaka, Akio Kitao

JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 133 ( 34 ) 13571 - 13576 2011年8月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/ja204451g

Web of Science

PubMed

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-5221-0806
Switch interactions control energy frustration and multiple flagellar filament structures. 査読

Kitao A, Yonekura K, Maki-Yonekura S, Samatey FA, Imada K, Namba K, Go N

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 103 ( 13 ) 4894 - 4899 2006年3月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.0510285103

Web of Science

PubMed

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Protein boson peak originated from hydration-related multiple minima energy landscape. 査読

Joti Y, Kitao A, Go N

Journal of the American Chemical Society 127 ( 24 ) 8705 - 8709 2005年6月

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/ja0425886

Web of Science

PubMed

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A space-time structure determination of human CD2 reveals the CD58-binding mode. 査読

Kitao A, Wagner G

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 97 ( 5 ) 2064 - 2068 2000年2月

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.030540397

Web of Science

PubMed

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Investigating protein dynamics in collective coordinate space. 招待査読

Kitao A, Go N

Current opinion in structural biology 9 ( 2 ) 164 - 169 1999年4月

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語

DOI： 10.1016/S0959-440X(99)80023-2

Web of Science

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Energy landscape of a native protein: jumping-among-minima model. 査読

Kitao A, Hayward S, Go N

Proteins 33 ( 4 ) 496 - 517 1998年12月

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/(SICI)1097-0134(19981201)33:4<496::AID-PROT4>3.0.CO;2-1

Web of Science

PubMed

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Effects of solvent on the conformation and the collective motions of a protein. 3. Free energy analysis by the extended RISM theory 査読

Akio Kitao, Fumio Hirata, Nobuhiro Go

The Journal of Physical Chemistry 97 ( 39 ) 10231 - 10235 1993年9月

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/j100141a053

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The effects of solvent on the conformation and the collective motions of protein: Normal mode analysis and molecular dynamics simulations of melittin in water and in vacuum 招待査読

Akio Kitao, Fumio Hirata, Nobuhiro Go

Chemical Physics 158 ( 2-3 ) 447 - 472 1991年12月

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/0301-0104(91)87082-7

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Conformational dynamics of polypeptides and proteins in the dihedral angle space and in the cartesian coordinate space: Normal mode analysis of deca-alanine 査読

Akio Kitao, Nobuhiro Go

Journal of Computational Chemistry 12 ( 3 ) 359 - 368 1991年4月

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Wiley

DOI： 10.1002/jcc.540120309

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Interactive Docking Workshop: Docking the Anticancer Drug Belinostat to Its Cellular Histone Deacetylase (HDAC) Target 査読

Georgios Iakovou, L. Palmer, A. Ganesan, Akio Kitao, Stephen D. Laycock, Steven Hayward

Journal of Chemical Education 2025年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jchemed.4c01347

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The strategy used by naïve anti-PEG antibodies to capture flexible and featureless PEG chains 査読国際誌

Yiwei Liu, Takahiro Mori, Yusei Ito, Kimiko Kuroki, Seiichiro Hayashi, Daisuke Kohda, Taro Shimizu, Tatsuhiro Ishida, Steve R. Roffler, Mika K. Kaneko, Yukinari Kato, Takao Arimori, Takamasa Teramoto, Kazuhiro Takemura, Kenta Ishibashi, Yoshiki Katayama, Katsumi Maenaka, Yoshimitsu Kakuta, Akio Kitao, Takeshi Mori

Journal of Controlled Release 380 396 - 403 2025年4月

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.jconrel.2025.02.001

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Precision spatiotemporal analysis of large-scale compound–protein interactions through molecular dynamics simulation 査読

Shigeyuki Matsumoto, Yuta Isaka, Ryo Kanada, Biao Ma, Mitsugu Araki, Shuntaro Chiba, Atsushi Tokuhisa, Hiroaki Iwata, Shoichi Ishida, Yoshinobu Akinaga, Kei Terayama, Ryosuke Kojima, Yohei Harada, Kazuhiro Takemura, Teruki Honma, Akio Kitao, Yasushi Okuno

PNAS Nexus 2025年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)

Abstract

Biological systems are composed of and regulated by intricate and diverse biomolecular interactions. Experimental and computational approaches have been developed to elucidate the mechanisms of these interactions; however, owing to cost, time, and accuracy issues, large-scale spatiotemporal analyses of molecular pairs remains challenging. Thus, the molecular recognition mechanisms underlying these diverse interactions remain unclear. We successfully simulated the large-scale molecular dynamics (MD) of 4,275 protein–compound pairs by combining a method to accelerate the MD simulations with the supercomputer Fugaku. Our spatiotemporal analysis of generated big MD data revealed universal features underlying molecular recognition and binding processes. This study expands our understanding of the concept of MD simulations from a technique to investigate the dynamic properties of individual protein–drug pairs to an approach to perform large-scale spatiotemporal analysis and compound screening. This study opens an avenue in biological research for subsequent drug discovery.

DOI： 10.1093/pnasnexus/pgaf094

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Molecular Simulation to Investigate Open–Close Motion of a Flagellar Export Apparatus Protein FlhAC 招待査読

Akio Kitao

Methods in Molecular Biology 27 - 34 2023年2月

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担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者記述言語：英語出版者・発行元：Springer {US}

DOI： 10.1007/978-1-0716-3060-0_3

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Engineering of an in-cell protein crystal for fastening a metastable conformation of a target miniprotein 査読

Mariko Kojima, Satoshi Abe, Tadaomi Furuta, Duy Phuoc Tran, Kunio Hirata, Keitaro Yamashita, Yuki Hishikawa, Akio Kitao, Takafumi Ueno

Biomaterials Science 2023年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Royal Society of Chemistry (RSC)

A protein crystal capturing a ten-amino acid miniprotein was constructed in living cells. The miniprotein immobilized in the scaffold crystal was trapped in a metastable state, which is induced by the intermolecular interactions with the scaffold crystal.

DOI： 10.1039/d2bm01759h

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Molecular dynamics 招待査読

Kazuhiro Takemura, Akio Kitao

Plasma Membrane Shaping 431 - 443 2023年

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担当区分：筆頭著者,　最終著者出版者・発行元：Elsevier

DOI： 10.1016/b978-0-323-89911-6.00024-8

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Structure of MotA, a flagellar stator protein, from hyperthermophile 査読

Tatsuro Nishikino, Norihiro Takekawa, Duy Phuoc Tran, Jun-ichi Kishikawa, Mika Hirose, Sakura Onoe, Seiji Kojima, Michio Homma, Akio Kitao, Takayuki Kato, Katsumi Imada

Biochemical and Biophysical Research Communications 631 78 - 85 2022年11月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier BV

DOI： 10.1016/j.bbrc.2022.09.072

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Conserved GYXLI Motif of FlhA Is Involved in Dynamic Domain Motions of FlhA Required for Flagellar Protein Export 査読

Tohru Minamino, Miki Kinoshita, Yumi Inoue, Akio Kitao, Keiichi Namba

Microbiology Spectrum 2022年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Society for Microbiology

<jats:p>
Many motile bacteria employ the flagellar type III secretion system (fT3SS) to construct flagella beyond the cytoplasmic membrane. The C-terminal cytoplasmic domain of FlhA (FlhA
<jats:sub>C</jats:sub>
), a transmembrane subunit of the fT3SS, provides binding sites for export substrates and flagellar export chaperones to coordinate flagellar protein export with assembly.
</jats:p>

DOI： 10.1128/spectrum.01110-22

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Dependence of Vibrational Energy Transfer on Distance in a Four-Helix Bundle Protein: Equidistant Increments with the Periodicity of α Helices 査読

Satoshi Yamashita, Misao Mizuno, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao, Yasuhisa Mizutani

The Journal of Physical Chemistry B 126 ( 17 ) 3283 - 3290 2022年5月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jpcb.2c00956

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Regulatory Switching by Concerted Motions on the Microsecond Time Scale of the Oxygen Sensor Protein FixL. 査読国際誌

Takeo Yamawaki, Misao Mizuno, Haruto Ishikawa, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao, Yoshitsugu Shiro, Yasuhisa Mizutani

The journal of physical chemistry. B 2021年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Signal transduction proteins perceive external stimuli in their sensor module and regulate the biological activities of the effector module, allowing cellular adaptation in response to environmental changes. FixL is a dimeric heme protein kinase that senses the oxygen level in plant root nodules to regulate the transcription of nitrogen fixation genes via the phosphorylation of its cognate transcriptional activator. Dissociation of oxygen from the heme induces conformational changes in the protein, converting it from the inactive form for phosphorylation to the active form. However, how FixL undergoes conformational change to regulate kinase activity upon oxygen dissociation remains poorly understood. Here we report time-resolved ultraviolet resonance Raman spectra showing conformational changes for FixL from Sinorhizobium meliloti. We observed spectral changes with a time constant of about 3 μs, which were oxygen-specific. Furthermore, we found that the conformational changes in the sensor and kinase domains are coupled, enabling allosteric control of kinase activity. Our results demonstrate that concerted structural changes on the microsecond time scale serve as the regulatory switch in FixL.

DOI： 10.1021/acs.jpcb.1c01885

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Using molecular dynamics simulations to prioritize and understand AI-generated cell penetrating peptides 査読

Duy Phuoc Tran, Seiichi Tada, Akiko Yumoto, Akio Kitao, Yoshihiro Ito, Takanori Uzawa, Koji Tsuda

Scientific Reports 11 ( 1 ) 2021年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

<title>Abstract</title>Cell-penetrating peptides have important therapeutic applications in drug delivery, but the variety of known cell-penetrating peptides is still limited. With a promise to accelerate peptide development, artificial intelligence (AI) techniques including deep generative models are currently in spotlight. Scientists, however, are often overwhelmed by an excessive number of unannotated sequences generated by AI and find it difficult to obtain insights to prioritize them for experimental validation. To avoid this pitfall, we leverage molecular dynamics (MD) simulations to obtain mechanistic information to prioritize and understand AI-generated peptides. A mechanistic score of permeability is computed from five steered MD simulations starting from different initial structures predicted by homology modelling. To compensate for variability of predicted structures, the score is computed with sample variance penalization so that a peptide with consistent behaviour is highly evaluated. Our computational pipeline involving deep learning, homology modelling, MD simulations and synthesizability assessment generated 24 novel peptide sequences. The top-scoring peptide showed a consistent pattern of conformational change in all simulations regardless of initial structures. As a result of wet-lab-experiments, our peptide showed better permeability and weaker toxicity in comparison to a clinically used peptide, TAT. Our result demonstrates how MD simulations can support de novo peptide design by providing mechanistic information supplementing statistical inference.

添付ファイル： s41598-021-90245-z.pdf

DOI： 10.1038/s41598-021-90245-z

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その他リンク： http://www.nature.com/articles/s41598-021-90245-z
High pressure inhibits signaling protein binding to the flagellar motor and bacterial chemotaxis through enhanced hydration 査読国際誌

Hiroaki Hata, Yasutaka Nishihara, Masayoshi Nishiyama, Yoshiyuki Sowa, Ikuro Kawagishi, Akio Kitao

Scientific Reports 10 ( 1 ) 2351 - 2351 2020年12月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

High pressure below 100 MPa interferes inter-molecular interactions without causing pressure denaturation of proteins. In Escherichia coli, the binding of the chemotaxis signaling protein CheY to the flagellar motor protein FliM induces reversal of the motor rotation. Using molecular dynamics (MD) simulations and parallel cascade selection MD (PaCS-MD), we show that high pressure increases the water density in the first hydration shell of CheY and considerably induces water penetration into the CheY-FliM interface. PaCS-MD enabled us to observe pressure-induced dissociation of the CheY-FliM complex at atomic resolution. Pressure dependence of binding free energy indicates that the increase of pressure from 0.1 to 100 MPa significantly weakens the binding. Using high-pressure microscopy, we observed that high hydrostatic pressure fixes the motor rotation to the counter-clockwise direction. In conclusion, the application of pressure enhances hydration of the proteins and weakens the binding of CheY to FliM, preventing reversal of the flagellar motor.

添付ファイル： s41598-020-59172-3.pdf

DOI： 10.1038/s41598-020-59172-3

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Erratum: Edge expansion parallel cascade selection molecular dynamics simulation for investigating large-amplitude collective motions of proteins (Journal of Chemical Physics (2020) 152 (225101) DOI: 10.1063/5.0004654)

Kenichiro Takaba, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

Journal of Chemical Physics 153 ( 17 ) 2020年11月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/5.0032465

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Regulation of caveolae through cholesterol-depletion-dependent tubulation mediated by PACSIN2 査読国際誌

Aini Gusmira, Kazuhiro Takemura, Shin Yong Lee, Takehiko Inaba, Kyoko Hanawa-Suetsugu, Kayoko Oono-Yakura, Kazuma Yasuhara, Akio Kitao, Shiro Suetsugu

Journal of Cell Science 133 ( 19 ) jcs246785 - jcs246785 2020年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：The Company of Biologists

<title>ABSTRACT</title>The membrane-shaping ability of PACSIN2 (also known as syndapin II), which is mediated by its F-BAR domain, has been shown to be essential for caveolar morphogenesis, presumably through the shaping of the caveolar neck. Caveolar membranes contain abundant cholesterol. However, the role of cholesterol in PACSIN2-mediated membrane deformation remains unclear. Here, we show that the binding of PACSIN2 to the membrane can be negatively regulated by cholesterol. We prepared reconstituted membranes based on the lipid composition of caveolae. The reconstituted membrane with cholesterol had a weaker affinity for the F-BAR domain of PACSIN2 than a membrane without cholesterol. Consistent with this, upon depletion of cholesterol from the plasma membrane, PACSIN2 localized at tubules that had caveolin-1 at their tips, suggesting that cholesterol inhibits membrane tubulation mediated by PACSIN2. The tubules induced by PACSIN2 could be representative of an intermediate of caveolae endocytosis. Consistent with this, the removal of caveolae from the plasma membrane upon cholesterol depletion was diminished in the PACSIN2-deficient cells. These data suggest that PACSIN2-mediated caveolae internalization is dependent on the amount of cholesterol, providing a mechanism for cholesterol-dependent regulation of caveolae.

<uri xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xlink:href="https://doi.org/10.1242/jcs.254656">This article has an associated First Person interview with the first author of the paper.</uri>

DOI： 10.1242/jcs.246785

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Edge expansion parallel cascade selection molecular dynamics simulation for investigating large-amplitude collective motions of proteins 査読

Kenichiro Takaba, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

The Journal of Chemical Physics 152 ( 22 ) 225101 - 225101 2020年6月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：AIP Publishing

DOI： 10.1063/5.0004654

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An Efficient Timer and Sizer of Biomacromolecular Motions 査読

Justin Chan, Kazuhiro Takemura, Hong-Rui Lin, Kai-Chun Chang, Yuan-Yu Chang, Yasumasa Joti, Akio Kitao, Lee-Wei Yang

Structure 28 ( 2 ) 259 - 269.e8 2020年2月

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier BV

DOI： 10.1016/j.str.2019.10.020

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evERdock BAI: Machine-learning-guided selection of protein-protein complex structure 国際誌

Kei Terayama, Ai Shinobu, Koji Tsuda, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao

The Journal of Chemical Physics 151 ( 21 ) 215104 - 215104 2019年12月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：AIP Publishing

Computational techniques for accurate and efficient prediction of protein-protein complex structures are widely used for elucidating protein-protein interactions, which play important roles in biological systems. Recently, it has been reported that selecting a structure similar to the native structure among generated structure candidates (decoys) is possible by calculating binding free energies of the decoys based on all-atom molecular dynamics (MD) simulations with explicit solvent and the solution theory in the energy representation, which is called evERdock. A recent version of evERdock achieves a higher-accuracy decoy selection by introducing MD relaxation and multiple MD simulations/energy calculations; however, huge computational cost is required. In this paper, we propose an efficient decoy selection method using evERdock and the best arm identification (BAI) framework, which is one of the techniques of reinforcement learning. The BAI framework realizes an efficient selection by suppressing calculations for nonpromising decoys and preferentially calculating for the promising ones. We evaluate the performance of the proposed method for decoy selection problems of three protein-protein complex systems. Their results show that computational costs are successfully reduced by a factor of 4.05 (in the best case) compared to a standard decoy selection approach without sacrificing accuracy.

DOI： 10.1063/1.5129551

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Phagocytosis is mediated by two-dimensional assemblies of the F-BAR protein GAS7 査読国際誌

Hanawa-Suetsugu K, Itoh Y, Ab Fatah M, Nishimura T, Takemura K, Takeshita K, Kubota S, Miyazaki N, Wan Mohamad, Noor WNI, Inaba T, Nguyen NTH, Hamada-Nakahara S, Oono-Yakura K, Tachikawa M, Iwasaki K, Kohda D, Yamamoto M, Kitao A, Shimada A, Suetsugu S

Nature Communications 10 ( 1 ) 4763 - 4763 2019年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： s41467-019-12738-w.pdf

DOI： 10.1038/s41467-019-12738-w

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Impact of key residues within chloroplast thioredoxin-f on recognition for reduction and oxidation of target proteins. 査読

Yokochi Y, Sugiura K, Takemura K, Yoshida K, Hara S, Wakabayashi KI, Kitao A, Hisabori T

The Journal of biological chemistry 294 ( 46 ) 17437 - 17450 2019年11月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.ra119.010401

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More efficient screening of protein-protein complex model structures for reducing the number of candidates 招待査読

Kazuhiro Takemura, Akio Kitao

Biophysics and Physicobiology 16 295 - 303 2019年8月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Biophysical Society of Japan

添付ファイル： 16_295.pdf

DOI： 10.2142/biophysico.16.0_295

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Essential ion binding residues for Na+ flow in stator complex of the Vibrio flagellar motor 査読国際誌

Onoue Y, Iwaki M, Shinobu A, Nishihara Y, Iwatsuki H, Terashima H, Kitao A, Kandori H, Homma M

Scientific Reports 9 ( 1 ) 11216 - 11216 2019年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： s41598-019-46038-6.pdf

DOI： 10.1038/s41598-019-46038-6

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Enhancing Biomolecular Sampling with Reinforcement Learning: A Tree Search Molecular Dynamics Simulation Method 査読国際誌

Kento Shin, Duy Phuoc Tran, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao, Kei Terayama, Koji Tsuda

ACS Omega 4 ( 9 ) 13853 - 13862 2019年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

添付ファイル： acsomega.9b01480.pdf

DOI： 10.1021/acsomega.9b01480

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Molecular dynamics simulation of proteins under high pressure: Structure, function and thermodynamics 査読国際誌

Hiroaki Hata, Masayoshi Nishiyama, Akio Kitao

Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 1864 ( 2 ) 129395 - 129395 2019年7月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bbagen.2019.07.004

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Universality and Structural Implications of the Boson Peak in Proteins 招待査読

Hiroshi Nakagawa, Yasumasa Joti, Akio Kitao, Osamu Yamamuro, Mikio Kataoka

Biophysical Journal 117 ( 2 ) 229 - 238 2019年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier BV

DOI： 10.1016/j.bpj.2019.06.007

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Haptic-Assisted Interactive Molecular Docking Incorporating Receptor Flexibility 査読

Nick Matthews, Akio Kitao, Stephen Laycock, Steven Hayward

Journal of Chemical Information and Modeling 59 ( 6 ) 2900 - 2912 2019年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jcim.9b00112

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Structural Insights into the Substrate Specificity Switch Mechanism of the Type III Protein Export Apparatus 査読国際誌

Inoue Y, Ogawa Y, Kinoshita M, Terahara N, Shimada M, Kodera N, Ando T, Namba K, Kitao A, Imada K, Minamino T

Structure 27 ( 6 ) 965 - 976.e6 2019年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.str.2019.03.017

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Multi-strand β-sheet of Alzheimer Aβ(1-40) folds to β-strip helix: Implication for protofilament formation. 査読

Hayward S, Kitao A

Journal of biomolecular structure & dynamics 37 ( 8 ) 2143 - 2153 2019年5月

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担当区分：最終著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Informa {UK} Limited

DOI： 10.1080/07391102.2018.1477626

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Cancellation between auto- and mutual correlation contributions of protein/water dynamics in terahertz time-domain spectra 招待査読

Yasumasa Joti, Akio Kitao

Biophysics and Physicobiology 16 240 - 247 2019年

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Biophysical Society of Japan

DOI： 10.2142/biophysico.16.0_240

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Membrane Deformation Switching of an Endocytic Protein by Membrane Electrostatic Charge and Packing

Kazuki Kida, Manabu Kitamata, Kazutaka Ikeda, Kazuhiro Takemura, Takehiko Inaba, Yugo Hayashi, Kyoko Hanawa-Suetsugu, Hironari Kamikubo, Akio Kitao, Makoto Arita, Shiro Suetsugu

SSRN Electronic Journal 2019年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier BV

DOI： 10.2139/ssrn.3471315

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Refining evERdock: Improved selection of good protein-protein complex models achieved by MD optimization and use of multiple conformations 査読

Ai Shinobu, Kazuhiro Takemura, Nobuyuki Matubayasi, Akio Kitao

The Journal of Chemical Physics 149 ( 19 ) 194101 - 195101 2018年12月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.5055799

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Similarities and Differences between Thymine(6-4)Thymine/Cytosine DNA Lesion Repairs by Photolyases. 査読

Dokainish HM, Kitao A

The journal of physical chemistry. B 122 ( 36 ) 8537 - 8547 2018年9月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b07048

Web of Science

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Vibrational Energy Transfer from Heme through Atomic Contacts in Proteins. 査読

Yamashita S, Mizuno M, Tran DP, Dokainish H, Kitao A, Mizutani Y

The journal of physical chemistry. B 122 ( 22 ) 5877 - 5884 2018年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b03518

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Molecular dynamics simulation of bacterial flagella 査読

Akio Kitao, Hiroaki Hata

Biophysical Reviews 10 ( 2 ) 617 - 629 2018年4月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：英語出版者・発行元：Springer Nature

DOI： 10.1007/s12551-017-0338-7

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Origins of biological function in DNA and RNA hairpin loop motifs from replica exchange molecular dynamics simulation 招待査読

Jacob B. Swadling, Kunihiko Ishii, Tahei Tahara, Akio Kitao

Physical Chemistry Chemical Physics 20 ( 5 ) 2990 - 3001 2018年

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Royal Society of Chemistry ({RSC})

添付ファイル： Jake.pdf

DOI： 10.1039/c7cp06355e

DOI： 10.1039/C7CP06355E

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High quality rendering of protein dynamics in space filling mode 査読

Nick Matthews, Robert Easdon, Akio Kitao, Steven Hayward, Stephen Laycock

JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING 78 158 - 167 2017年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.jmgm.2017.09.017

Web of Science

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Molecular Dynamics Study of Nitrogen-Pyramidalized Bicyclic beta-Proline Oligomers: Length-Dependent Convergence to Organized Structures 査読

Yuko Otani, Satoshi Watanabe, Tomohiko Ohwada, Akio Kitao

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 121 ( 1 ) 100 - 109 2017年1月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jpcb.6b10668

Web of Science

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Computational Assignment of the Histidine Protonation State in (6-4) Photolyase Enzyme and Its Effect on the Protonation Step 査読

Dokainish Hisham M, Kitao Akio

Acs Catalysis 6 ( 8 ) 5500 - 5507 2016年

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： acscatal.6b01094.pdf

DOI： 10.1021/acscatal.6b01094

Web of Science

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Functional Conversion of CPD and (6-4) Photolyases by Mutation 査読

Yamada D, Dokainish H. M, Iwata T, Yamamoto J, Ishikawa T, Todo T, Iwai S, Getzoff E. D, Kitao A, Kandori H

Biochemistry 55 ( 30 ) 4173 - 4183 2016年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.biochem.6b00361

Web of Science

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Eritoran inhibits S100A8-mediated TLR4/MD-2 activation and tumor growth by changing the immune microenvironment 査読

Deguchi A, Tomita T, Ohto U, Takemura K, Kitao A, Akashi-Takamura S, Miyake K, Maru Y

Oncogene 35 ( 11 ) 1445 - 1456 2016年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/onc.2015.211

Web of Science

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Dynamic profile analysis to characterize dynamics-driven allosteric sites in enzymes 招待査読

Taguchi Junko, Kitao Akio

Biophysics and Physicobiology 13 ( 0 ) 117 - 126 2016年

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

<p>We examine the dynamic features of non-trivial allosteric binding sites to elucidate potential drug binding sites. These allosteric sites were previously found to be allosteric after determination of the protein-drug co-crystal structure. After comprehensive search in the Protein Data Bank, we identify 10 complex structures with allosteric ligands whose structures are very similar to their functional forms. Then, possible pockets on the protein surface are searched as potential ligand binding sites. To mimic ligand binding to the pocket, complex models are generated to fill out each pocket with pseudo ligand blocks consisting of spheres. Normal mode analysis of the elastic network model is performed for the complex models and unbound structures to assess the change of protein dynamics induced by ligand binding. We examine nine profiles to describe the dynamic and positional characteristics of the pockets, and identify the change of fluctuation around the ligand, ΔMSF_bs, as the best profile for distinguishing the allosteric sites from the other sites in 8 structures. These cases should be considered as examples of dynamics-driven allostery, which accompanies significant changes in protein dynamics. ΔMSF_bs is suggested to be used for the search of potential dynamics-driven allosteric sites in proteins for drug discovery.</p>

添付ファイル： 13_117.pdf

DOI： 10.2142/biophysico.13.0_117

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Gate-controlled proton diffusion and protonation-induced ratchet motion in the stator of the bacterial flagellar motor. 査読

Nishihara Y, Kitao A

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 112 ( 25 ) 7737 - 7742 2015年6月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.1502991112

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Design, synthesis and structure-activity relationship studies of novel sirtuin 2 (SIRT2) inhibitors with a benzamide skeleton. 査読

Sakai T, Matsumoto Y, Ishikawa M, Sugita K, Hashimoto Y, Wakai N, Kitao A, Morishita E, Toyoshima C, Hayashi T, Akiyama T

Bioorganic & medicinal chemistry 23 ( 2 ) 328 - 339 2015年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bmc.2014.11.027

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Drug Targeting Based on a New Concept-Targeting Against TLR4 as an Example. 査読

Maru Y, Tomita T, Deguchi A, Ieguchi K, Takita M, Tsukahara F, Takemura K, Kitao A, Gusovsky F

Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets 15 ( 2 ) 83 - 87 2015年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Nontargeted Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Enhancing the Conformational Sampling of Proteins 査読

Harada Ryuhei, Kitao Akio

Journal of Chemical Theory and Computation 11 ( 11 ) 5493 - 5502 2015年

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jctc.5b00723

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Monte Carlo Sampling with Linear Inverse Kinematics for Simulation of Protein Flexible Regions 査読

Hayward Steven, Kitao Akio

Journal of Chemical Theory and Computation 11 ( 8 ) 3895 - 3905 2015年

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jctc.5b00215

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TRPV4 channel activity is modulated by direct interaction of the ankyrin domain to PI(4,5)P-2 査読

Nobuaki Takahashi, Sayaka Hamada-Nakahara, Yuzuru Itoh, Kazuhiro Takemura, Atsushi Shimada, Yoshifumi Ueda, Manabu Kitamata, Rei Matsuoka, Kyoko Hanawa-Suetsugu, Yosuke Senju, Masayuki X. Mori, Shigeki Kiyonaka, Daisuke Kohda, Akio Kitao, Yasuo Mori, Shiro Suetsugu

NATURE COMMUNICATIONS 5 4994 2014年9月

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： ncomms5994.pdf

DOI： 10.1038/ncomms5994

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Ligand-Induced Protein Responses and Mechanical Signal Propagation Described by Linear Response Theories 査読

Lee-Wei Yang, Akio Kitao, Bang-Chieh Huang, Nobuhiro Go

BIOPHYSICAL JOURNAL 107 ( 6 ) 1415 - 1425 2014年9月

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bpj.2014.07.049

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Mechanism of deep-sea fish α-actin pressure tolerance investigated by molecular dynamics simulations. 査読

Wakai N, Takemura K, Morita T, Kitao A

PloS one 9 ( 1 ) e85852 2014年1月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： pone.0085852.pdf

DOI： 10.1371/journal.pone.0085852

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-5221-0806
MuSTAR MD: Multi-scale sampling using temperature accelerated and replica exchange molecular dynamics (vol 139, 145105, 2013) 査読

Yu Yamamori, Akio Kitao

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 139 ( 22 ) 2013年12月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語

添付ファイル： 1.4844235.pdf

DOI： 10.1063/1.4844235

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MuSTAR MD: multi-scale sampling using temperature accelerated and replica exchange molecular dynamics. 査読

Yamamori Y, Kitao A

The Journal of chemical physics 139 ( 14 ) 145105 2013年10月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： 1.4823743.pdf

DOI： 10.1063/1.4823743

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CyClus: A fast, comprehensive cylindrical interface approximation clustering/reranking method for rigid-body protein-protein docking decoys. 査読

Omori S, Kitao A

Proteins 81 ( 6 ) 1005 - 1016 2013年6月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/prot.24252

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Inhibition of a type III secretion system by the deletion of a short loop in one of its membrane proteins. 査読

Meshcheryakov VA, Kitao A, Matsunami H, Samatey FA

Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography 69 812 - 820 2013年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1107/S0907444913002102

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A theoretical study of the two binding modes between lysozyme and tri-NAG with an explicit solvent model based on the fragment molecular orbital method. 査読

Ishikawa T, Burri RR, Kamatari YO, Sakuraba S, Matubayasi N, Kitao A, Kuwata K

Physical chemistry chemical physics : PCCP 15 ( 10 ) 3646 - 3654 2013年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/c3cp42761g

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Free-energy analysis of lysozyme-triNAG binding modes with all-atom molecular dynamics simulation combined with the solution theory in the energy representation 査読

Takemura Kazuhiro, Burri Raghunadha Reddy, Ishikawa Takeshi, Ishikura Takakazu, Sakuraba Shun, Matubayasi Nobuyuki, Kuwata Kazuo, Kitao Akio

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 559 94 - 98 2013年2月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2012.12.063

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The fast-folding mechanism of villin headpiece subdomain studied by multiscale distributed computing 査読

Harada R, Kitao A

Journal of Chemical Theory and Computation 8 ( 1 ) 290 - 299 2012年

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/ct200363h

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-5221-0806
Erratum: Multi-Scale Free Energy Landscape calculation method by combination of coarse-grained and all-atom models (Chemical Physics Letters (2011) 503 (145-152)) 査読

Ryuhei Harada, Akio Kitao

Chemical Physics Letters 516 ( 1-3 ) 113 2011年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2011.09.006

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Multi-Scale Free Energy Landscape calculation method by combination of coarse-grained and all-atom models (vol 503, pg 145, 2011) 査読

Ryuhei Harada, Akio Kitao

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 516 ( 1-3 ) 113 - 113 2011年11月

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記述言語：英語

DOI： 10.1016/j.cplett.2011.09.006

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-5221-0806
Transform and relax sampling for highly anisotropic systems: Application to protein domain motion and folding (vol 135, 045101, 2011) 査読

Akio Kitao

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 135 ( 11 ) 2011年9月

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担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者記述言語：英語

DOI： 10.1063/1.3642607

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-5221-0806
Transform and relax sampling for highly anisotropic systems: Application to protein domain motion and folding 査読

Akio Kitao

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 135 ( 4 ) 045101 2011年7月

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担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.3613676

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-5221-0806
Exploring the folding free energy landscape of a β-hairpin miniprotein, chignolin, using multiscale free energy landscape calculation method. 査読

Harada R, Kitao A

The journal of physical chemistry. B 115 ( 27 ) 8806 - 8812 2011年7月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp2008623

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-5221-0806
Multi-Scale Free Energy Landscape calculation method by combination of coarse-grained and all-atom models 査読

Ryuhei Harada, Akio Kitao

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 503 ( 1-3 ) 145 - 152 2011年2月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2011.01.017

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-5221-0806
Enhanced resolution of molecular recognition to distinguish structurally similar molecules by different conformational responses of a protein upon ligand binding 査読

Mariko Higuchi, Jumpei Fujii, Yoshiteru Yonetani, Akio Kitao, Nobuhiro Go

JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY 173 ( 1 ) 20 - 28 2011年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.jsb.2010.09.022

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-5221-0806
Detecting coupled collective motions in protein by independent subspace analysis. 査読

Sakuraba S, Joti Y, Kitao A

The Journal of chemical physics 133 ( 18 ) 185102 2010年11月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.3498745

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The effect of end constraints on protein loop kinematics. 査読

Hayward S, Kitao A

Biophysical journal 98 ( 9 ) 1976 - 1985 2010年5月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bpj.2010.01.017

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-5221-0806
Structure of the cytoplasmic domain of FlhA and implication for flagellar type III protein export. 査読

Saijo-Hamano Y, Imada K, Minamino T, Kihara M, Shimada M, Kitao A, Namba K

Molecular microbiology 76 ( 1 ) 260 - 268 2010年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/j.1365-2958.2010.07097.x

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-5221-0806
Mechanical unfolding of bacterial flagellar filament protein by molecular dynamics simulation. 査読

Chng CP, Kitao A

Journal of molecular graphics & modelling 28 ( 6 ) 548 - 554 2010年2月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.jmgm.2009.11.007

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Collective dynamics of periplasmic glutamine binding protein upon domain closure. 査読

Loeffler HH, Kitao A

Biophysical journal 97 ( 9 ) 2541 - 2549 2009年11月

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担当区分：最終著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bpj.2009.08.019

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Multiple Markov transition matrix method: obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations. 査読

Sakuraba S, Kitao A

Journal of computational chemistry 30 ( 12 ) 1850 - 1858 2009年9月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/jcc.21186

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Principal component analysis of native ensembles of biomolecular structures (PCA_NEST): insights into functional dynamics (vol 25, pg 606, 2009)

Lee-Wei Yang, Eran Eyal, Ivet Bahar, Akio Kitao

BIOINFORMATICS 25 ( 16 ) 2147 - 2147 2009年8月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語

添付ファイル： btp396.pdf

DOI： 10.1093/bioinformatics/btp396

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DTA: dihedral transition analysis for characterization of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins. 査読

Nishima W, Qi G, Hayward S, Kitao A

Bioinformatics (Oxford, England) 25 ( 5 ) 628 - 635 2009年3月

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： btp032.pdf

DOI： 10.1093/bioinformatics/btp032

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Principal component analysis of native ensembles of biomolecular structures (PCA_NEST): insights into functional dynamics. 査読

Yang LW, Eyal E, Bahar I, Kitao A

Bioinformatics (Oxford, England) 25 ( 5 ) 606 - 614 2009年3月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

添付ファイル： btp023.pdf

DOI： 10.1093/bioinformatics/btp023

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Hydration effect on low-frequency protein dynamics observed in simulated neutron scattering spectra. 査読

Joti Y, Nakagawa H, Kataoka M, Kitao A

Biophysical journal 94 ( 11 ) 4435 - 4443 2008年6月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1529/biophysj.107.118042

Web of Science

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Thermal unfolding simulations of bacterial flagellin: insight into its refolding before assembly. 査読

Chng CP, Kitao A

Biophysical journal 94 ( 10 ) 3858 - 3871 2008年5月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1529/biophysj.107.123927

Web of Science

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Hydration-dependent protein dynamics revealed by molecular dynamics simulation of crystalline staphylococcal nuclease. 査読

Joti Y, Nakagawa H, Kataoka M, Kitao A

The journal of physical chemistry. B 112 ( 11 ) 3522 - 3528 2008年3月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp710039p

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Hydration affects both harmonic and anharmonic nature of protein dynamics

Nakagawa, H., Joti, Y., Kitao, A., Kataoka, M.

Biophysical Journal 95 ( 6 ) 2008年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1529/biophysj.107.128546

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Effects of water model and simulation box size on protein diffusional motions. 査読

Takemura K, Kitao A

The journal of physical chemistry. B 111 ( 41 ) 11870 - 11872 2007年10月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp0756247

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Picosecond fluctuating protein energy landscape mapped by pressure temperature molecular dynamics simulation. 査読

Meinhold L, Smith JC, Kitao A, Zewail AH

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 104 ( 44 ) 17261 - 17265 2007年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.0708199104

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Non-Gaussian behavior of elastic incoherent neutron scattering profiles of proteins studied by molecular dynamics simulation. 査読

Tokuhisa A, Joti Y, Nakagawa H, Kitao A, Kataoka M

Physical review. E, Statistical, nonlinear, and soft matter physics 75 ( 4,Pt.1 ) 041912 2007年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1103/PhysRevE.75.041912

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Gap compression/extension mechanism of bacterial flagellar hook as the molecular universal joint. 招待査読

Furuta T, Samatey FA, Matsunami H, Imada K, Namba K, Kitao A

Journal of structural biology 157 ( 3 ) 481 - 490 2007年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.jsb.2006.10.006

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Dynamical heterogeneity of protein dynamics studied by elastic incoherent neutron scattering and molecular simulations 査読

H. Nakagawa, A. Tokuhisa, H. Kamikubo, Y. Joti, A. Kitao, M. Kataoka

MATERIALS SCIENCE AND ENGINEERING A-STRUCTURAL MATERIALS PROPERTIES MICROSTRUCTURE AND PROCESSING 442 ( 1-2 ) 356 - 360 2006年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.msea.2005.12.082

Web of Science

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Molecular dynamics simulations of NAD+-induced domain closure in horse liver alcohol dehydrogenase. 査読

Hayward S, Kitao A

Biophysical journal 91 ( 5 ) 1823 - 1831 2006年9月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1529/biophysj.106.085910

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Amplitudes and directions of internal protein motions from a JAM analysis of 15N relaxation data. 招待査読

Kitao A, Wagner G

Magnetic resonance in chemistry : MRC 44 Spec No S130 - 42 2006年7月

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/mrc.1839

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Structure of the bacterial flagellar hook and implication for the molecular universal joint mechanism. 査読

Samatey FA, Matsunami H, Imada K, Nagashima S, Shaikh TR, Thomas DR, Chen JZ, Derosier DJ, Kitao A, Namba K

Nature 431 ( 7012 ) 1062 - 1068 2004年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/nature02997

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Molecular simulation study to examine the possibility of detecting collective motion in protein by inelastic neutron scattering 査読

Joti, Y., Kitao, A., Go, N.

Physica B: Condensed Matter 350 ( 1-3 SUPPL. 1 ) E627 - E630 2004年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier BV

DOI： 10.1016/j.physb.2004.03.167

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How can free energy component analysis explain the difference in protein stability caused by amino acid substitutions? Effect of three hydrophobic mutations at the 56th residue on the stability of human lysozyme. 査読

Funahashi J, Sugita Y, Kitao A, Yutani K

Protein Engineering 16 ( 9 ) 665 - 671 2003年9月

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)

DOI： 10.1093/protein/gzg083

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The Effects of Solvent and Anharmonicity on Incoherent Inelastic Neutron Scattering Spectra of Proteins 査読

Akio Kitao, Masaki Takeda

Journal of Neutron Research 10 ( 3-4 ) 143 - 147 2002年1月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Test accounts

DOI： 10.1080/1023816021000020608

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Multidimensional replica-exchange method for free-energy calculations 査読

Yuji Sugita, Akio Kitao, Yuko Okamoto

The Journal of Chemical Physics 113 ( 15 ) 6042 - 6051 2000年10月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：AIP Publishing

We have developed a new simulation algorithm for free-energy calculations. The method is a multidimensional extension of the replica-exchange method. While pairs of replicas with different temperatures are exchanged during the simulation in the original replica-exchange method, pairs of replicas with different temperatures and/or different parameters of the potential energy are exchanged in the new algorithm. This greatly enhances the sampling of the conformational space and allows accurate calculations of free energy in a wide temperature range from a single simulation run, using the weighted histogram analysis method.

DOI： 10.1063/1.1308516

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Molecular dynamics simulation shows large volume fluctuations of proteins. 査読

Tama F, Miyashita O, Kitao A, Go N

European biophysics journal : EBJ 29 ( 7 ) 472 - 480 2000年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s002490000103

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Dependence of protein stability on the structure of the denatured state: free energy calculations of I56V mutation in human lysozyme. 査読

Sugita Y, Kitao A

Biophysical journal 75 ( 5 ) 2178 - 2187 1998年11月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0006-3495(98)77661-1

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Improved protein free energy calculation by more accurate treatment of nonbonded energy: application to chymotrypsin inhibitor 2, V57A. 査読

Sugita Y, Kitao A

Proteins 30 ( 4 ) 388 - 400 1998年3月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/(SICI)1097-0134(19980301)30:4<388::AID-PROT6>3.0.CO;2-F

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Protein electron transfer reorganization energy spectrum from normal mode analysis. 1. Theory 査読

G Basu, A Kitao, A Kuki, N Go

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 102 ( 11 ) 2076 - 2084 1998年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Protein Electron Transfer Reorganization Energy Spectrum from Normal Mode Analysis. 2. Application to Ru-Modified Cytochromec 査読

Gautam Basu, Akio Kitao, Atsuo Kuki, Nobuhiro Go

The Journal of Physical Chemistry B 102 ( 11 ) 2085 - 2094 1998年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/jp972847w

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Computational analysis of thermal stability: effect of Ile-->Val mutations in human lysozyme. 査読

Sugita Y, Kitao A, Go N

Folding & design 3 ( 3 ) 173 - 181 1998年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Web of Science

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Model-free methods of analyzing domain motions in proteins from simulation: A comparison of normal mode analysis and molecular dynamics simulation of lysozyme 査読

Hayward, S., Kitao, A., Berendsen, H.J.C.

Proteins: Structure, Function and Genetics 27 ( 3 ) 425 - 437 1997年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/(SICI)1097-0134(199703)27:3<425::AID-PROT10>3.0.CO;2-N

Web of Science

PubMed

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Harmonicity and anharmonicity in protein dynamics: a normal mode analysis and principal component analysis. 査読

Hayward S, Kitao A, Go N

Proteins 23 ( 2 ) 177 - 186 1995年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/prot.340230207

Web of Science

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A Collective Motion Description of the 310-/.alpha.-Helix Transition: Implications for a Natural Reaction Coordinate 査読

Gautam Basu, Akio Kitao, Fumio Hirata, Nobuhiro Go

Journal of the American Chemical Society 116 ( 14 ) 6307 - 6315 1994年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/ja00093a034

Scopus

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Harmonic and anharmonic aspects in the dynamics of BPTI: a normal mode analysis and principal component analysis. 査読

Hayward S, Kitao A, Go N

Protein science : a publication of the Protein Society 3 ( 6 ) 936 - 943 1994年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/pro.5560030608

Web of Science

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Comparison of normal mode analyses on a small globular protein in dihedral angle space and Cartesian coordinate space 査読

Kitao, A., Hayward, S., Go, N.

Biophysical Chemistry 52 ( 2 ) 107 - 114 1994年

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/0301-4622(94)00070-0

Web of Science

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Effects of solvent on the conformation and the collective motions of a protein. 2. Structure of hydration in melittin 査読

Akio Kitao, Fumio Hirata, Nobuhiro Go

The Journal of Physical Chemistry 97 ( 39 ) 10223 - 10230 1993年9月

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)

DOI： 10.1021/j100141a052

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Effect of solvent on collective motions in globular protein 査読

Hayward, S., Kitao, A., Hirata, F., Go, N.

Journal of Molecular Biology 234 ( 4 ) 1207 - 1217 1993年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1006/jmbi.1993.1671

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書籍等出版物

in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術

畑宏明、北尾彰朗（担当：分担執筆範囲: 第2節スーパーコンピュータへの分子動力計算の最適化）

技術情報協会 2018年1月（ ISBN:9784861046889 ）

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総ページ数：540p 記述言語：日本語

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The Bacterial Flagellum

Akio Kitao, Yasutaka Nishihara（担当：分担執筆範囲: Structure of the MotA/B Proton Channel）

Springer 2017年4月

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揺らぎ・ダイナミクスと生体機能 : 物理化学的視点から見た生体分子

北尾彰朗、城地保昌（担当：分担執筆範囲: 7章理論 7.1分子動力学シミュレーションの基礎）

化学同人 2013年9月（ ISBN:9784759815108 ）

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総ページ数：x, 347p, 図版8p 記述言語：日本語

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シミュレーション辞典

日本シミュレーション学会（担当：分担執筆範囲: 「計算力学（バイオ）」の項）

コロナ社 2012年2月（ ISBN:9784339024586 ）

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総ページ数：xxiii, 415p, 図版 [8] p 記述言語：日本語

CiNii Books

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Normal mode analysis : theory and applications to biological and chemical systems

Akio Kitao（担当：分担執筆範囲: Jumping-Among-Minima Model and their Applications to Experimental Data Analysis）

Chapman & Hall/CRC 2006年（ ISBN:158488472X ）

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総ページ数：xxiv, 406 p., [16]p. of plates 記述言語：英語

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化学フロンティア『生体系のコンピュータシミュレーション』（岡本祐幸・岡崎進編）12章蛋白質のダイナミクス北尾彰朗

化学同人 2002年

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シリーズニューバイオフィジックス1「蛋白質のかたちと物性」第3章蛋白質の動的特性 3-2分子シミュレーションによるダイナミックスの観察北尾彰朗

共立出版 1997年

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MISC

高圧力による細菌べん毛モーターの回転制御

畑宏明, 北尾彰朗

高圧力の科学と技術 33 ( 2 ) 2023年

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J-GLOBAL

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FlhAcの高速原子間力顕微鏡画像の解析

大沢陸輝, 寺原直矢, 古寺哲幸, 今田勝巳, 南野徹, 北尾彰朗

分子シミュレーション討論会講演要旨集 36th 2022年

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J-GLOBAL

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Calculation of Binding Free Energy and Kinetic Rates with Flexible Protein Docking 招待査読

Duy Phuoc TRAN, Akio KITAO

Seibutsu Butsuri 61 ( 6 ) 398 - 399 2021年

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担当区分：最終著者記述言語：英語出版者・発行元：Biophysical Society of Japan

DOI： 10.2142/biophys.61.398

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最近の研究から PaCS-MD/MSM : Parallel Cascade Selection Molecular Dynamic Simulation in Combination with Markov State Model as an Efficient non-Bias Sampling Method 招待

アンサンブル 22 ( 2 ) 151 - 156 2020年

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記述言語：英語出版者・発行元：分子シミュレーション学会

DOI： 10.11436/mssj.22.151

CiNii Research

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タンパク質複合体構造の形成・解離メカニズムと予測査読

竹村和浩, 畑宏明, 北尾彰朗

日本物理学会誌 74 ( 8 ) 533 - 541 2019年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

<p>ノイズが多くエネルギーが散逸しやすい生物環境の中で，タンパク質などの生体分子は効率的かつ特異的に機能を発揮するシステムとして，その物理的なメカニズムが注目を集めている．タンパク質は特定の分子と強く相互作用して複合体を形成あるいは解消することで，その機能を変化させることができる．しかし，このような複合体構造の形成・解離の素過程を実験的に観察することは容易ではない．また形成される複合体構造には，安定性が高いものばかりではなく過渡的なものも含まれているので，結晶解析などによる構造決定が困難なものも多い．このため，物理的なシミュレーション法を応用したタンパク質複合体構造の予測や形成・解離メカニズムの研究に大きな期待が寄せられている．</p><p>近年，分子動力学などを応用した分子シミュレーション法の発展は目覚ましく，計算機パワーの向上とともにこの分野の研究が長足の進歩を遂げている．具体的には，多数の分子動力学計算を組み合わせた計算法や長時間分子動力学によって，複合体構造の形成・解離の経路の解析や，結合自由エネルギー計算，速度係数計算等が可能になり，これらのメカニズムに関する研究が推進されるようになってきた．また複合体構造予測（いわゆるドッキング）においても構造モデルの分類や高速な結合自由エネルギー評価によって，予測の信頼性がより高まっている．</p><p>タンパク質–低分子系の複合体立体構造予測においては，タンパク質の大部分を剛体として扱い，タンパク質に当てはまる低分子構造を探索してスコアリング関数で評価する方法が広く使われてきた．我々は低分子をタンパク質の周囲に高濃度で配置した条件下で全原子分子動力学計算を行うことで，タンパク質と低分子の柔軟性を考慮しつつ比較的短時間で低分子を自発的にドッキングさせるConcentrated ligand Docking（ColDock）を開発し，その有用性を示した．</p><p>タンパク質–タンパク質系の複合体立体構造予測では，正解に近い構造を含む大量のタンパク質–タンパク質複合体立体構造モデル群を生成することが従来可能であったが，正解に近い構造を正しく評価して選び出すことは容易ではなかった．そこで我々はエネルギー表示（Energy Representation, ER）法を応用して，大量の複合体立体構造モデル間の結合自由エネルギー差を全原子モデルで計算するevERdock（evaluation with the ER method of docking generated decoys）法を開発し，尤もらしい立体構造モデルを高精度・高効率で選び出すことを可能にした．</p><p>タンパク質複合体の形成・解離の素過程を観察しようとすると，その時間は分子動力学で到達可能な時間よりも遥かに長いことがある．我々は並列カスケード選択分子動力学（Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics, PaCS-MD）を用いることで短時間の分散シミュレーションで複合体を解離させ，更に得られた結果をマルコフ状態モデルで解析することで，結合自由エネルギーや結合速度定数・解離速度定数などの量を計算する方法を開発した．</p><p>今後これらのシミュレーション法を用いることで，生体分子が結合・解離する過程の物理的な機構の解明が進んでいくことが期待される．</p>

DOI： 10.11316/butsuri.74.8_533

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カスケード型超並列シミュレーションで見るタンパク質間結合の圧力依存性

畑宏明, 西原泰孝, 西山雅祥, 川岸郁朗, 北尾彰朗

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 18th 131 2018年5月

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記述言語：日本語

J-GLOBAL

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Complex molecular systems: a frontier of molecular science 査読

Tahara Tahei, Kitao Akio, Mizutani Yasuhisa, Kandori Hideki, Fujii Masaaki

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 20 ( 5 ) 2945 - 2946 2018年2月

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記述言語：英語

DOI： 10.1039/c8cp90010h

Web of Science

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Function conversion between CPD and (6-4) photolyases

D. Yamada, H. M. Dokainish, T. Iwata, J. Yamamoto, T. Ishikawa, T. Todo, S. Iwai, E. D. Getzoff, K. Yura, A. Kitao, H. Kandori

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 46 S82 - S82 2017年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

Web of Science

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Function conversion between CPD and (6-4) photolyases

D. Yamada, H. M. Dokainish, T. Iwata, J. Yamamoto, T. Ishikawa, T. Todo, S. Iwai, E. D. Getzoff, K. Yura, A. Kitao, H. Kandori

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 46 S276 - S276 2017年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

Web of Science

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Protein-Protein Complex Structure Prediction using the Solution Theory in the Energy Representation 査読

Takemura Kazuhiro, Kitao Akio, Matubayasi Nobuyuki

BIOPHYSICAL JOURNAL 112 ( 3 ) 53A - 54A 2017年2月

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DOI： 10.1016/j.bpj.2016.11.327

Web of Science

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Pressure Effects on Dissociation of CheY-FliM Complex Studied by Molecular Dynamics Simulations 査読

Hata Hiroaki, Nishihara Yasutaka, Nishiyama Masayoshi, Kawagishi Ikuro, Kitao Akio

BIOPHYSICAL JOURNAL 112 ( 3 ) 33A - 33A 2017年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

DOI： 10.1016/j.bpj.2016.11.213

Web of Science

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Structure of the MotA/B Proton Channel. 査読

Kitao Akio, Nishihara Yasutaka

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 1593 133 - 145 2017年

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記述言語：英語

DOI： 10.1007/978-1-4939-6927-2_10

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-5221-0806
Obtaining Binding Free Energy from a Path Sampling without Force Bias 査読

Duy Phuoc Tran, Kitao Akio

Biophysical Journal 110 ( 3 ) 642A - 642A 2016年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

DOI： 10.1016/j.bpj.2015.11.3436

Web of Science

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Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Efficient Conformational Sampling and Free Energy Calculation of Proteins 査読

Kitao Akio, Harada Ryuhei, Nishihara Yasutaka, Duy Phuoc Tran

PROCEEDINGS OF THE INTERNATIONAL CONFERENCE OF COMPUTATIONAL METHODS IN SCIENCES AND ENGINEERING 2016 (ICCMS-2016) 1790 020013 2016年

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記述言語：英語

DOI： 10.1063/1.4968639

Web of Science

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TRPV4ｲｵﾝﾁｬﾈﾙのｱﾝｷﾘﾝﾘﾋﾟ−ﾄﾄﾞﾒｲﾝとPI(4,5)P2の相互作用による新たな制御機構査読

末次志郎, 高椅重成, 伊藤弓弦, 竹村和浩, 嶋田睦, 北尾彰朗, 森泰生

生物物理 55 ( 5 ) 262 - 265 2015年7月

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記述言語：日本語出版者・発行元：The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

DOI： 10.2142/biophys.55.262

CiNii Books

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JLC/20015396233?from=CiNii
Cascade-type Massive Parallel Simulation for Protein Conformation Transition Pathway Search 招待査読

Nishihara Yasutaka, Harada Ryuhei, Kitao Akio

PROCEEDINGS OF THE INSTITUTE OF STATISTICAL MATHEMATICS 62 ( 2 ) 273 - 284 2014年12月

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記述言語：日本語

要旨あり生体高分子の揺らぎとダイナミクス－シミュレーションと実験の統計解析－研究詳解

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Ligand-Induced Protein Responses and Mechanical Signal Propagation Described by Linear Response Theories (vol 107, pg 1415, 2014)

L. Yang, A. Kitao, B. Huang, N. Go

BIOPHYSICAL JOURNAL 107 ( 8 ) 2001 - 2001 2014年10月

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記述言語：英語

DOI： 10.1016/j.bpj.2014.09.012

Web of Science

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30pAA-7 Parallel cascade selection molecular dynamicsとMarkov state modelを用いたタンパク質構造変化の自由エネルギー計算(30pAA 生物物理3,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

西原泰孝, 原田隆平, 若井信彦, 北尾彰朗

日本物理学会講演概要集 69 ( 1 ) 437 - 437 2014年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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Molecular Simulation Methods to Enhance Soft Protein Motions 招待査読

Harada Ryuhei, Kitao Akio

SEIBUTSU BUTSURI 54 ( 3 ) 167 - 171 2014年3月

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DOI： 10.2142/biophys.54.167

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Multi-Scale Sampling using Temperature Accelerated and Replica Exchange Molecular Dynamics

Yamamori Yu, Akio Kitao

BIOPHYSICAL JOURNAL 106 ( 2 ) 461A - 461A 2014年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

Web of Science

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A Molecular Simulation Study to Investigate Actin Filament Elongation Mechanism

Nobuhiko Wakai, Yasutaka Nishihara, Kazuhiro Takemura, Takashi Fujii, Keiichi Namba, Akio Kitao

BIOPHYSICAL JOURNAL 106 ( 2 ) 768A - 768A 2014年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

Web of Science

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Free Energy Calculation of Protein Conformational Changes using Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulation and Markov State Model

Yasutaka Nishihara, Ryuhei Harada, Akio Kitao

BIOPHYSICAL JOURNAL 106 ( 2 ) 408A - 408A 2014年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

Web of Science

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膠芽腫幹細胞を標的としたsirtuin2阻害剤の創製研究

境太希, 若井信彦, 松本洋太郎, 林寛敦, 石川稔, 杉田和幸, 北尾彰朗, 秋山徹, 橋本祐一

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 134th ROMBUNNO.29AMS-092 2014年

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記述言語：日本語

J-GLOBAL

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1P072 Large time step molecular dynamics using Torsion Angle Molecular Dynamics(01D. Protein : Function,Poster,The 52nd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan(BSJ2014))

Yamamori Yu, Kitao Akio

生物物理 54 ( 1 ) S152 2014年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.54.S152_6

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1P152 細菌べん毛モーター固定子複合体のイオン透過メカニズム(11. 分子モーター,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Nishihara Yasutaka, Kitao Akio

生物物理 54 ( 1 ) S166 2014年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.54.S166_2

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Conformational Transition Pathway and Free Energy Analyses of Proteins by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) 査読

Harada Ryuhei, Nishihara Yasutaka, Wakai Nobuhiko, Kitao Akio

PROCEEDINGS OF THE INTERNATIONAL CONFERENCE OF COMPUTATIONAL METHODS IN SCIENCES AND ENGINEERING 2014 (ICCMS-2014) 1618 86 - 89 2014年

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記述言語：英語

DOI： 10.1063/1.4897682

Web of Science

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未来の光・テラヘルツの魅力分子シミュレーシヨンによるタンパク質ダイナミクスとテラヘルツ分光

城地保昌, 北尾彰朗

化学工業 64 ( 11 ) 815 - 821 2013年11月

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記述言語：日本語出版者・発行元：小峰工業出版

CiNii Books

J-GLOBAL

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1P139 アクチンフィラメントの伸長メカニズムを解明するための分子シミュレーション(10.筋肉,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Wakai Nobuhiko, Takemura Kazuhiro, Fujii Takashi, Namba Keiichi, Kitao Akio

生物物理 53 ( 1 ) S128 2013年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.53.S128_6

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グリオブラストーマ治療を目指したsirtuin2阻害剤の探索

境太希, 若井信彦, 松本洋太郎, 林寛敦, 石川稔, 杉田和幸, 北尾彰朗, 秋山徹, 橋本祐一

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 133rd ROMBUNNO.29PMA-120 2013年

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記述言語：日本語

J-GLOBAL

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1P147 細菌べん毛モーター固定子複合体MotA/Bチャネルのプロトン透過メカニズム(11.分子モーター,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Nishihara Yasutaka, Kitao Akio

生物物理 53 ( 1 ) S130 2013年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.53.S130_2

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2PT132 T4ゲノムパッケージングモーターの分子ダイナミクス(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

Takemura Kazuhiro, Kitao Akio

生物物理 52 S127 2012年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.52.S127_3

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23pGN-5 機能を生み出すタンパク質の異方的ダイナミクス(23pGN 領域12シンポジウム:ハイ・パフォーマンス・コンピューティング(HPC)を使った生体分子のシミュレーション:その現状と課題,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

北尾彰朗

日本物理学会講演概要集 66 ( 2 ) 333 - 333 2011年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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23aGN-4 Transform and Relax Samplingによるタンパク質の構造変化解析(23aGN 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

北尾彰朗

日本物理学会講演概要集 66 ( 2 ) 323 - 323 2011年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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28aGV-5 異方性の高いシステムのためTransform and Relax Sampling(28aGV 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

北尾彰朗

日本物理学会講演概要集 66 ( 1 ) 416 - 416 2011年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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3G1334 細菌べん毛モーター固定子MotA/MotB複合体の構造モデリング(3G 蛋白質_構造4,日本生物物理学会第49回年会)

Nishihara Yasutaka, Kitao Akio

生物物理 51 S131 2011年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.51.S131_1

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3G1148 P15 溶媒和自由エネルギーを用いた蛋白質-蛋白質ドッキング複合体の評価(3G 蛋白質_構造3,日本生物物理学会第49回年会)

Takemura Kazuhiro, Guo Hao, Sakuraba Shun, Matubayashi Nobuyuki, Kitao Akio

生物物理 51 S130 2011年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.51.S130_4

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3G1322 Docking study to investigate the interaction of p53 domains with Mdm2 and Azurin(3G Protein: Structure 4,The 49th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

Burri Raghunadha Reddy, Kitao Akio

生物物理 51 S130 2011年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.51.S130_5

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3G1136 Molecular Dynamics Simulation of Protein Using Robot Dynamics Algorithm(3G Protein: Structure 3,The 49th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

Yamamori Yu, Takemura Kazuhiro, Kitao Akio

生物物理 51 S130 2011年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.51.S130_3

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3E0912 高圧下におけるαアクチン構造安定性の理論的解析(3E 筋肉1,日本生物物理学会第49回年会)

Wakai Nobuhiko, Takemura Kazuhiro, Morita Takami, Kitao Akio

生物物理 51 S121 - S122 2011年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.51.S121_5

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2P017 分子動力学シミュレーションによる高圧における深海魚のαアクチンの構造変化の解析(蛋白質-構造,第48回日本生物物理学会年会)

Wakai Nobuhiko, Takemura Kazuyuki, Morita Takami, Kitao Akio

生物物理 50 ( 2 ) S84 - S85 2010年8月

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記述言語：英語出版者・発行元：日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.50.S84_6

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3P070 Multi-scale free energy calculation method with the combination of coarse-grained and all-atom models.(Protein: Property,The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

Harada Ryuhei, Kitao Akio

生物物理 50 ( 2 ) S157 2010年8月

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記述言語：英語出版者・発行元：日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.50.S157_2

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2P034 Docking study to investigate the complex between p53 domains and Azurin(The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

Raghunadha Reddy Burri, Kitao Akio

生物物理 50 ( 2 ) S88 2010年8月

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記述言語：英語出版者・発行元：日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.50.S88_1

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20pEC-1 タンパク質が引き起こす生体膜変形のダイナミクス(20pEC 領域12,領域11合同シンポジウム:ナノからマイクロスケールまでの生体膜の変形・相分離ダイナミクス,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

北尾彰朗

日本物理学会講演概要集 65 ( 1 ) 367 - 367 2010年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：社団法人日本物理学会

CiNii Books

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20aED-2 中性子非弾性散乱によるタンパク質の低エネルギーダイナミクスに対する水和効果(20aED 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

中川洋, 城地保昌, 北尾彰朗, 片岡幹雄

日本物理学会講演概要集 65 ( 1 ) 361 - 361 2010年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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1P243 1I1450 I-BARドメインの膜結合および膜変形分子ダイナミクス(生体膜・人工膜-ダイナミクス,口頭発表,第48回日本生物物理学会年会)

Takemura Kazuhiro, Suetsugu Shiro, Kitao Akio

生物物理 50 ( 2 ) S62 2010年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.50.S62_3

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3P149 細菌べん毛モーター固定子MotA/MotB複合体の分子モデリング(分子モーター,第48回日本生物物理学会年会)

Nishihara Yasutaka, Kitao Akio

生物物理 50 ( 2 ) S171 2010年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.50.S171_2

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1P-021 The effect of bound water molecules on binding orientations in CDK2 inhibitors(Protein:Structure & Function, The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

Burri Raghunadha Reddy, Kitao Akio

生物物理 49 ( 1 ) S66 2009年9月

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記述言語：英語出版者・発行元：日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.49.S66_6

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3P-103 蛋白質の調和運動と非調和運動に対する水和効果(水・水和/電解質,第47回日本生物物理学会年会)

Nakagawa Hiroshi, Joti Yasumasa, Kitao Akio, Kataoka Mikio

生物物理 49 ( 1 ) S168 2009年9月

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記述言語：英語出版者・発行元：日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.49.S168_4

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27aVC-8 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発(27aVC 光応答・光散乱・化学反応・状態変化・シミュレーション手法,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

原田隆平, 北尾彰朗

日本物理学会講演概要集 64 ( 1 ) 356 - 356 2009年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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28pVC-4 分子シミュレーションで探る蛋白質のテラヘルツ時間領域分光データー(28pVC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

城地保昌, 北尾彰朗

日本物理学会講演概要集 64 ( 1 ) 372 - 372 2009年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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3P-186 I-BARドメインの膜結合分子ダイナミクス(生体膜・人工膜-ダイナミクス,口頭発表,第47回日本生物物理学会年会)

竹村和浩, Suetsugu Shiro, Kitao Akio

生物物理 49 S182 2009年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.49.S182_5

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2P-059 膜変形タンパク質ドメインの分子ダイナミクス(蛋白質・構造機能相関(2),第46回日本生物物理学会年会)

Takemura Kazuhiro, Suetsugu Shiro, Kitao Akio

生物物理 48 ( 1 ) S84 2008年10月

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記述言語：英語出版者・発行元：日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.48.S84_2

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3S1-5 レア・イベントとしてのタンパク質ダイナミクスと複合体形成(3S1 レア・イベントから創薬へ,第46回日本生物物理学会年会)

北尾彰朗

生物物理 48 ( 1 ) S16 2008年10月

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記述言語：英語出版者・発行元：日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.48.S16_1

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3P-116 蛋白質動力学転移における水和水の構造とダイナミクス(水・水和/電解質,第46回日本生物物理学会年会)

Nakagawa Hiroshi, Joti Yasumasa, Kitao Akio, Kataoka Mikio

生物物理 48 ( 1 ) S145 2008年10月

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記述言語：英語出版者・発行元：日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.48.S145_4

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22aWB-5 分子シミュレーションと中性子干渉性散乱による蛋白質表面における水の集団運動の観察(22aWB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

城地保昌, 中川洋, 片岡幹雄, 北尾彰朗

日本物理学会講演概要集 63 ( 2 ) 323 - 323 2008年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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2P-039 時間依存・非依存線形応答理論を用いた誘導適合のメカニズムの解明(蛋白質・構造機能相関(2),第46回日本生物物理学会年会)

Yang Lee-Wei, Kitao Akio, Go Nobuhiro

生物物理 48 S81 2008年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.48.S81_2

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3P-064 分子シミュレーションと溶液散乱で探る蛋白質の立体構造変化(蛋白質・計測,解析の方法論,第46回日本生物物理学会年会)

Joti Yasumasa, Kitao Akio

生物物理 48 S137 2008年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.48.S137_3

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3P-059 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系の効率的自由エネルギー地形探索(蛋白質・計測,解析の方法論,第46回日本生物物理学会年会)

Harada Ryuhei, Kitao Akio

生物物理 48 S136 2008年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.48.S136_4

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細菌べん毛繊維は分子間相互作用とフラストレーションを利用して超らせん構造の変化を制御する

北尾彰朗, 今田勝巳, 難波啓一

生物物理 48 ( 1 ) 011 - 017 2008年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

The bacterial flagellar filament controls the swimming mode of bacteria by its polymorphic structural change. We investigated dynamics of the flagellar filament by massive molecular dynamic simulation and found that three types of inter-molecular interactions, permanent, sliding and switch interactions, play essential roles in the structural change. The polymorphic structure of the flagellar filament is thought to be due to energy frustration between intra- and inter-molecular interactions.<br>

DOI： 10.2142/biophys.48.011

CiNii Books

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00305201560?from=CiNii
1P007 タンパク質ユビキチンのNMR緩和と分子シミュレーション(蛋白質(構造・構造機能相関),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

竹村和浩, 北尾彰朗

生物物理 47 ( 1 ) S25 2007年11月

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記述言語：英語出版者・発行元：日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.47.S25_2

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2P285 バクテリオファージT4の感染初期過程(生体膜・人工膜,口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

二島渉, 金丸周司, 有坂文雄, 北尾彰朗

生物物理 47 ( 1 ) S184 2007年11月

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記述言語：英語出版者・発行元：日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.47.S184_2

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2P013 Dynomics portal : An integral effort on developing and organizing dynamics web servers/databases(Proteins-structure and structure-function relationship,Oral Presentations)

Yang Lee-Wei, 二島渉, 北尾彰朗

生物物理 47 ( 1 ) S116 2007年11月

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記述言語：英語出版者・発行元：日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.47.S116_2

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21pTC-6 生体分子を対象とした新規アンブレラサンプリング法の開発(化学物理一般(光応答・電子状態・シミュレーション),領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)

桜庭俊, 北尾彰朗

日本物理学会講演概要集 62 ( 1 ) 376 - 376 2007年2月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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19pTC-4 非干渉性中性子散乱によるタンパク質の動力学転移における水和水の挙動解析(生物物理,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)

中川洋, 城地保昌, 北尾彰朗, 柴田薫, 郷信広, 片岡幹雄

日本物理学会講演概要集 62 ( 0 ) 342 - 342 2007年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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1P046 生体分子の自由エネルギー地形の解析(蛋白質(機能・計測解析の方法論・蛋白質工学),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

桜庭俊, 北尾彰朗

生物物理 47 S35 2007年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.47.S35_1

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1P079 分子シミュレーションと中性子干渉性散乱で探る蛋白質の協奏的運動(蛋白質(計測解析の方法論),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)

城地保昌, 北尾彰朗

生物物理 47 S43 2007年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.47.S43_2

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Hydration-coupled protein boson peak measured by incoherent neutron scattering 査読

Nakagawa, H., Kataoka, M., Joti, Y., Kitao, A., Shibata, K., Tokuhisa, A., Tsukushi, I., Go, N.

Physica B: Condensed Matter 385-386 871 - 873 2006年11月

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記述言語：英語出版者・発行元：Elsevier BV

DOI： 10.1016/j.physb.2006.05.130

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2P071 The Ligand-Binding Mechanism of the Glutamine Binding Protein(30. Protein function (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Loeffler Hannes H, Kitao Akio

生物物理 46 ( 2 ) S313 2006年10月

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記述言語：英語出版者・発行元：日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.46.S313_3

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1P045 Gap compression/extension mechanism of bacterial flagellar hook as the molecular universal joint(1. Protein structure and dynamics (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Furuta Tadaomi, Samatey Fadel A, Matsunami Hideyuki, Imada Katsumi, Namba Keiichi, Kitao Akio

生物物理 46 ( 2 ) S158 2006年10月

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記述言語：英語出版者・発行元：日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.46.S158_1

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1P038 Molecular simulation study of the origin of non-Gaussian behavior on the elastic incoherent neutron scattering from protein dynamics(1. Protein structure and dynamics (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Tokuhisa Atsush, Joti Yasumasa, Nakagawa Hiroshi, Kitao Akio, Kataoka Mikio

生物物理 46 ( 2 ) 2006年10月

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記述言語：英語出版者・発行元：日本生物物理学会

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23pRC-6 蛋白質の非干渉性中性子弾性散乱データに関する理論的考察(23pRC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

城地保昌, 徳久淳師, 中川洋, 片岡幹雄, 北尾彰朗

日本物理学会講演概要集 61 ( 2 ) 249 - 249 2006年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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Protein energy landscape and dynamics studied by molecular simulations and neutron scattering 査読

Joti, Y., Kitao, A.

Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme. 51 ( 8 ) 972 - 978 2006年7月

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出版者・発行元：8

Scopus

PubMed

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Mechanism of Flagellar Hook Bending Flexibility Revealed by Molecular Dynamic Simulation of the Protofilament Extension and Compression 招待査読

Samatey FA, Matsunami H, Imada K, Nagashima S, Kitao A, Namba K

FEBS Journal 272 345 - 345 2006年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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27aTH-8 分子シミュレーションで探る中性子干渉性散乱による蛋白質のドメイン運動観測の可能性(27aTH 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

城地保昌, 北尾彰朗

日本物理学会講演概要集 61 ( 1 ) 348 - 348 2006年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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蛋白質の効率的機能を支えるメカニズム

城地保昌, 北尾彰朗

蛋白質核酸酵素 51 ( 8 ) 972 - 978 2006年

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非干渉性中性子非弾性散乱によるタンパク質ダイナミクスの水和効果

中川洋, 城地保昌, 北尾彰朗, 柴田薫, 郷信広, 片岡幹雄

日本中性子科学会年会講演概要集 6th 43 2006年

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記述言語：日本語

J-GLOBAL

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中性子散乱で見るタンパク質の低エネルギーダイナミクス

中川洋, 城地保昌, 北尾彰郎, 柴田薫, 郷信広, 片岡幹雄

NSL News Lett ( 2006-2 ) 10 2006年

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記述言語：日本語

J-GLOBAL

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非干渉性中性子非弾性散乱によるタンパク質ダイナミクスの水和効果

中川洋, 城地保昌, 北尾彰朗, 柴田薫, 郷信広, 片岡幹雄

NSL News Lett ( 2007-2 ) ABUSUTORAKUTO6,51-54 2006年

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記述言語：日本語

J-GLOBAL

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23pRC-5 中性子非弾性散乱によるタンパク質ダイナミクスの水和効果(23pRC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

中川洋, 城地保昌, 北尾彰朗, 柴田薫, 郷信広, 片岡幹雄

日本物理学会講演概要集 61 ( 0 ) 248 - 248 2006年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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分子シミュレーションと中性子散乱による蛋白質ダイナミクスの研究

城地保昌, 北尾彰朗

アンサンブル 44 - 47 2006年

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DOI： 10.11436/mssj1998.8.35_44

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2P087 Hydration Structure Change of Protein upon Ligand Induced Domain Closure(30. Protein function (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Kitao Akio, Hayward Steven

生物物理 46 ( 2 ) S317 2006年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.46.S317_3

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1P586 Protein conformational change derived from simulated coherent neutron scattering data(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Joti Yasumasa, Kitao Akio

生物物理 46 ( 2 ) S293 2006年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.46.S293_2

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1P037 Hydration related protein dynamics studied by incoherent neutron inelastic scattering(1. Protein structure and dynamics (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Nakagawa Hiroshi, Joti Yasumasa, Kitao Akio, Shibata Kaoru, Go Nobuhiro, Kataoka Mikio

生物物理 46 ( 2 ) S156 2006年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.46.S156_1

researchmap
2P262 Molecular structure and dynamics of cytoplasmic domain of FlhA, a subunit of the flagellar type III protein export apparatus(39. Cell motility,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Saijo-Hamano Yumiko, Imada Katsumi, Minamino Tohru, Kihara May, Kitao Akio, Namba Keiichi

生物物理 46 ( 2 ) S361 2006年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.46.S361_2

researchmap
21pXG-4 分子シミュレーションで探る中性子準弾性散乱による蛋白質の非調和運動観測の可能性(生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

城地保昌, 北尾彰朗

日本物理学会講演概要集 60 ( 2 ) 243 - 243 2005年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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Universal joint of biological supramolecule: mechanism of bacterial flagellar hook investigated in silico 査読

Kitao, A., Samatey, F.A., Matsunami, H., Imada, K., Namba, K.

Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme 50 ( 10 Suppl ) 1335 - 1340 2005年8月

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出版者・発行元：10 Suppl

Scopus

PubMed

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[Structure, function and self-assembly of the bacterial flagellum]. 査読

Imada K, Samatey FA, Matsunami H, Nagashima S, Kitao A, Yonekura K, Maki-Yonekuraz S, Namba K

Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme 50 ( 10 Suppl ) 1328 - 1334 2005年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：10 Suppl

PubMed

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3P038 分子シミュレーションによる蛋白質のボゾンピーク研究(蛋白質 C) 物性(安定性、折れたたみなど)))

城地保昌, 北尾彰朗, 郷信広

生物物理 45 S213 2005年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.45.S213_2

researchmap
1P100 リガンド結合とドメイン運動に伴う蛋白質の水和構造変化(蛋白質 D) 機能(反応機構、生物活性など)))

北尾彰朗, Hayward Steven

生物物理 45 S56 2005年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.45.S56_4

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1P037 MutTの基質結合にともなう構造変化と基質認識(蛋白質 B) 構造・機能相関))

樋口真理子, 石田恒, 北尾彰朗, 山縣ゆり子, 郷信広

生物物理 45 S41 2005年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.45.S41_1

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3P063 非干渉性弾性中性子散乱実験に見られる非ガウス性からの蛋白質ダイナミクス情報抽出の試み(蛋白質 C) 物性(安定性、折れたたみなど)))

徳久淳師, 城地保昌, 上久保裕生, 中川洋, 北尾彰朗, 片岡幹雄

生物物理 45 ( 0 ) S219 2005年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.45.S219_3

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生体超分子のユニバーサルジョイント―in silicoで探る細菌べん毛フックのメカニズム

北尾彰朗, Fadel A. Samatey, 松波秀行

蛋白質核酸酵素 50 ( 10 ) 1335 - 1340 2005年

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記述言語：日本語出版者・発行元：共立出版

CiNii Books

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その他リンク： http://search.jamas.or.jp/link/ui/2006022478
べん毛による細菌の泳ぎ方と方向転換の分子機構

北尾彰朗

蛋白質核酸酵素 50 ( 10 ) 1328 - 1334 2005年

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記述言語：日本語出版者・発行元：共立出版(株)

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その他リンク： https://search.jamas.or.jp/index.php?module=Default&action=Link&pub_year=2005&ichushi_jid=J00808&link_issn=&doc_id=20050801270007&doc_link_id=40006857289&url=http%3A%2F%2Fci.nii.ac.jp%2Fnaid%2F40006857289&type=CiNii&icon=https%3A%2F%2Fjk04.jamas.or.jp%2Ficon%2F00003_1.gif
3P198 Dynamic residue paring for the universal joint mechanism of the flagellar hook

Fadel Samatey, 松波秀行, 今田勝巳, 長島重広, 北尾彰朗, 難波啓一

生物物理 45 S253 2005年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.45.S253_2

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15aTA-1 分子シミュレーションによる蛋白質のボゾンピーク研究(生物物理, 領域 12)

城地保昌, 北尾彰朗, 郷信広

日本物理学会講演概要集 59 ( 2 ) 309 - 309 2004年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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Slow protein dynamics to be detected in inelastic neutron scattering spectra studied by molecular simulation 査読

Y Joti, A Kitao, N Go

SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS 708 358 - 359 2004年

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記述言語：英語

Web of Science

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3P098 非干渉性弾性中性子散乱プロファイルと蛋白質ダイナミクスの相関(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)

徳久淳師, 城地保昌, 上久保裕生, 中川洋, 北尾彰朗, 片岡幹雄

生物物理 44 S214 2004年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.44.S214_2

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1P080 分子シミュレーションで探る蛋白質中性子非弾性散乱実験の可能性(蛋白質 E) 計測・解析の方法論)

城地保昌, 北尾彰朗, 郷信広

生物物理 44 S49 2004年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.44.S49_4

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1P056 分子動力学シミュレーションによる細菌べん毛繊維の超らせん構造変化(蛋白質 B) 構造・機能相関)

北尾彰朗, 米倉功治, 眞木さおり, Samatey FadelA, 今田勝巳, 難波啓一, 郷信広

生物物理 44 S43 2004年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.44.S43_4

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2P135 Mechanism of flagellar hook bending flexibility revealed by molecular dynamic simulation of protofilament extension and compression

Samatey Fadel, 北尾彰朗, 今田勝巳, 松波秀行, 長島重広, 難波啓一

生物物理 44 S143 2004年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.44.S143_3

researchmap
生物用非弾性散乱装置(DYANA)II

柴田薫, 佐藤卓, 筑紫格, 川北至信, 金谷利治, 片岡幹雄, 北尾彰朗, MIDDENDORF H D, 新村信雄

日本中性子科学会年会講演概要集 3rd 87 2003年12月

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記述言語：日本語

J-GLOBAL

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分子動力学計算を用いた活性部位の動的性質の解明

徳久淳師, 中川洋, 上久保裕生, 城地保昌, 北尾彰朗, 片岡幹雄

生物物理 43 S54 2003年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.43.S54_4

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大規模分子動力学法で観る細菌べん毛繊維の構造変化

北尾彰朗, 米倉功治, 眞木さおり, Samatey FadelA, 今田勝巳, 難波啓一, 郷信広

生物物理 43 S11 2003年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.43.S11_1

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さまざまな観点からのタンパク質MDのトラジェクトリ必要長の計算

目次正一, 北尾彰朗, 郷信弘

生物物理 43 S74 2003年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.43.S74_3

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分子動力学法によるMutTの8-oxo-dGMP認識機構解明

樋口真理子, 石田恒, 北尾彰朗, 山縣ゆり子, 郷信広

生物物理 43 S50 2003年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.43.S50_2

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3K0945 分子動力学シミュレーションによるべん毛タンパク質flagellinのダイナミクス(1.蛋白質(B)構造・機能相関,一般講演,日本生物物理学会第40回年会)

北尾彰朗, Samatey Fadel A., 今田勝巳, 難波啓一, 郷信広

生物物理 42 ( 2 ) S179 2002年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.42.S179_4

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主成分分析を使って眺めた蛋白質のエネルギー地形

北尾彰朗

ゲノムニュース ( 4 ) 61 - 62 2002年

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分子シミュレーションと中性子散乱による蛋白質のダイナミクス研究

北尾彰朗

日本中性子科学会学会誌「波紋」 12 ( 2 ) 80 - 84 2002年

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記述言語：日本語出版者・発行元：The Japanese Society for Neutron Science

DOI： 10.5611/hamon.12.80

CiNii Books

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00388627066?from=CiNii
1J1600 分子シミュレーションによる生体高分子の中性子散乱スペクトル解析 : 蛋白質の協奏的運動は(Q,w)-spaceのどこで観測できるのか?(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

城地保昌, 北尾彰朗, 郷信広

生物物理 42 ( 2 ) S58 2002年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.42.S58_2

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1K1615 多次元パラボラエネルギーモデルによるタンパク質MDのトラジェクトリ必要長の計算(1.蛋白質(C)物性(E)計測・解析の方法論,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

目次正一, 北尾彰朗, 郷信広

生物物理 42 ( 2 ) S65 2002年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.42.S65_2

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S1E01蛋白質のダイナミクスをどのように観るか?

北尾彰朗

生物物理 41 S5 2001年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.41.S5_2

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2P058多次元パラボラエネルギーモデルを用いたタンパク質立体構造サンプリング問題へのアプローチ

目次正一, 北尾彰朗, 郷信広

生物物理 41 S110 2001年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.41.S110_2

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2P030中性子散乱スペクトルの理論的解析 : 蛋白質の動的構造に対する溶媒とポテンシャル面非調和性の効果

武田正樹, 北尾彰朗

生物物理 41 S103 2001年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.41.S103_2

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主成分分析を使って眺めた蛋白質のエネルギー地形

北尾彰朗

統計数理 49 ( 1 ) 43 - 56 2001年

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記述言語：日本語出版者・発行元：統計数理研究所

要旨あり地図を描く・風景を眺める－主成分分析・多次元尺度法とその周辺－研究詳解

CiNii Books

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22pXA-1 中性子非弾性散乱から蛋白質ダイナミクスのどのような情報が得られるか?

北尾彰朗, 武田正樹, 郷信広

日本物理学会講演概要集 55 ( 2 ) 281 - 281 2000年9月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会

CiNii Books

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実験と理論から機能に関わるタンパク質のダイナミクスを観る

北尾彰朗

生物物理 40 ( 3 ) 167 - 172 2000年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

A novel method has been developed in order to determine both structure and dynamics of proteins using a molecular simulation and experimental data. This is based on the concept of the Jumping-Among-Minima model. In this method, inter-substate fluctuations are determined by molecular simulation and inter-substate motions are determined so as to reproduce experimental data. Slow dynamics of proteins and its relation to protein functions are discussed.

DOI： 10.2142/biophys.40.167

CiNii Books

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00089128503?from=CiNii
1D0945 新しい立体構造精密化法を用いてTCRの溶液中の構造とダイナミクスを探る

北尾彰朗, Hare Brian, Wagner Gerhard

生物物理 40 S26 2000年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.40.S26_4

CiNii Books

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1D1600 中性子散乱スペクトルの理論的解析

武田正樹, 北尾彰朗, 郷信広

生物物理 40 S31 2000年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.40.S31_3

CiNii Books

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理論計算から変性状態の構造を探る

杉田有治, 北尾彰朗

生物物理 40 ( 6 ) 368 - 373 2000年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

The role of the denatured state in protein stability is studied by theoretical methods based on molecular dynamics simulations. The results show that the free energy differences depend significantly on the denatured-state structures in the case of thermal denaturation. By modeling the denatured-state structures in various denaturation conditions, more quantitative analyses of protein stability and folding will be possible.

DOI： 10.2142/biophys.40.368

CiNii Books

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00090289477?from=CiNii
2PA056 NMRと分子シミュレーションから生体高分子の立体構造とダイナミックスを決定するための新たな方法

北尾彰朗, Wagner Gerhard

生物物理 39 S114 1999年

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.39.S114_4

CiNii Books

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Val-Ala変異型蛋白質の安定性変化に関する理論的解析

杉田有治, 北尾彰朗, 横山茂之, 郷信広

生物物理 38 ( 2 ) S176 1998年9月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

CiNii Books

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天然状態における蛋白質のダイナミックスとエネルギーランドスケープ

北尾彰朗, Hayward Steven, 郷信広

生物物理 37 S102 1997年10月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

CiNii Books

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SH 3ドメインの基質認識におけるループの働き

石田和博, 北尾彰朗, 杉田有治, 郷信広

生物物理 37 S22 1997年10月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

CiNii Books

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lysozyme結晶のラマンスペクトルの基準振動による解析

黒田薫, 北尾彰朗, 郷信広

生物物理 37 S17 1997年10月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

CiNii Books

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蛋白質の安定性と変性状態の構造

杉田有治, 北尾彰朗, 郷信広

生物物理 37 S33 1997年10月

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

CiNii Books

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Normal mode analysis of electron transfer reorganization energy of proteins

N Go, A Kitao, A Kuki, G Basu

PROGRESS IN BIOPHYSICS & MOLECULAR BIOLOGY 65 PE309 - PE309 1996年

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

Web of Science

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Free energy calculations on protein stability

Y Sugita, A Kitao, N Go

PROGRESS IN BIOPHYSICS & MOLECULAR BIOLOGY 65 PA422 - PA422 1996年

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

Web of Science

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Conformational transition in protein dynamics

A Kitao, S Hayward, N Go

PROGRESS IN BIOPHYSICS & MOLECULAR BIOLOGY 65 PA306 - PA306 1996年

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

Web of Science

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The Effect of Water on the Low Frequency Motions in BPTI. Steven Hayward, Akio Kitao, Fumio Hirata and Nobuhiro Go

Computer Aided Innovation of New MaterialsII, edited by M. Doyama, J. Kihara, M. Tanaka and R. Yamamoto 1211-1214 1993年

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The effects of Solvent on the conformation and the collective motions of a protein. Akio Kitao, Fumio Hirata and Nobuhiro Go

A KITAO, F HIRATA, N GO

Computer Aided Innovation of New Matherial Ⅱ, edited by M.Doyama, J. Kihara, M. Tanaka and R.Yamamoto 1207-1210 1211 - 1214 1993年

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記述言語：英語

Web of Science

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中性子散乱による蛋白質分子のダイナミックス

北尾彰朗, 郷信広

波紋 3, 22-25 ( 3 ) 22 - 25 1993年

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記述言語：日本語出版者・発行元：The Japanese Society for Neutron Science

DOI： 10.5611/hamon.3.3_22

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蛋白質・水系の階層的ダイナミクス

北尾彰朗

物性研究 60, 239-268 ( 3 ) 239 - 268 1993年

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記述言語：日本語出版者・発行元：物性研究刊行会

CiNii Books

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その他リンク： http://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/10937208

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講演・口頭発表等

PaCS-MDによるアクトミオシンの結合解離予測

尾川拓巳, Tran Phuoc Duy, 藤井高志, 難波啓一, 北尾彰朗

第９回日本生物物理学会関東支部会 2020年3月

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開催年月日： 2020年3月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

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PaCS-MDによるタンパク質−タンパク質複合体の解離シミュレーション

宮澤佳希, Tran Phuoc Duy, 竹村和浩, 北尾彰朗

第９回日本生物物理学会関東支部会 2020年3月

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開催年月日： 2020年3月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

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Pressure effects on protein-protein interactions studied by molecular dynamics simulations

畑宏明, 西原泰孝, 西山雅祥, 川岸郁朗, 北尾彰朗

第57日本生物物理学会年会 2019年9月

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開催年月日： 2019年9月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

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Calculation of binding free energy and kinetic rates with flexible protein docking 招待

Duy Tran, Akio Kitao

57th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan 2019年9月

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開催年月日： 2019年9月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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An efficient screening, an accurate evaluation, and a simple prediction of protein complex structures 招待

竹村和浩, 北尾彰朗

第57日本生物物理学会年会 2019年9月

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開催年月日： 2019年9月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

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圧力感受性変異YFPの圧力応答の構造基盤招待

今田勝巳, 辻井美香, 永江峰幸, 畑宏明, 渡邉朋信, 西山雅祥, 北尾彰朗, 渡邉信久

第57日本生物物理学会年会 2019年9月

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開催年月日： 2019年9月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

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Simulating Protein Complex Formation and Dissociation 招待

Akio Kitao

10th Toyota Riken International Workshop Science of Life Phenomena Woven by Water and Biomolecules 2019年9月

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開催年月日： 2019年9月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Simulating protein complex formation and dissociation 招待

Akio Kitao

TSRC workshop on ‘Protein Dynamics 2019年7月

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開催年月日： 2019年7月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Simulating dissociation and association processes of protein complexes 招待

Akio Kitao

TSRC workshop on Fluctuations and Dynamics in Biomolecular Function 2019年1月

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開催年月日： 2019年1月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Softness-function relationship in large molecules and molecular assemblies investigated at atomic resolution

Akio Kitao

KAKENHI International Symposium on “Studying the Function of Soft Molecular Systems” 2017年6月

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開催年月日： 2017年6月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

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Dynamic structure of bacterial flagellar proteins observed in silico

Akio Kitao

Bacterial Flagella, Injectisomes & Type III Secretion Systems 2017年3月

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開催年月日： 2017年3月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

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1P147 細菌べん毛モーター固定子複合体MotA/Bチャネルのプロトン透過メカニズム(11.分子モーター,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Nishihara Yasutaka, Kitao Akio

生物物理 2013年一般社団法人日本生物物理学会

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開催年月日： 2013年

記述言語：英語

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1P139 アクチンフィラメントの伸長メカニズムを解明するための分子シミュレーション(10.筋肉,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Wakai Nobuhiko, Takemura Kazuhiro, Fujii Takashi, Namba Keiichi, Kitao Akio

生物物理 2013年一般社団法人日本生物物理学会

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開催年月日： 2013年

記述言語：英語

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2PT132 T4ゲノムパッケージングモーターの分子ダイナミクス(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

Takemura Kazuhiro, Kitao Akio

生物物理 2012年一般社団法人日本生物物理学会

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開催年月日： 2012年

記述言語：英語

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1P-021 The effect of bound water molecules on binding orientations in CDK2 inhibitors(Protein:Structure & Function, The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

Burri Raghunadha Reddy, Kitao Akio

生物物理 2009年9月日本生物物理学会

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開催年月日： 2009年9月

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

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3P-103 蛋白質の調和運動と非調和運動に対する水和効果(水・水和/電解質,第47回日本生物物理学会年会)

Nakagawa Hiroshi, Joti Yasumasa, Kitao Akio, Kataoka Mikio

生物物理 2009年9月日本生物物理学会

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開催年月日： 2009年9月

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

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Motional correlation in protein dynamics, 招待

Akio Kitao

The Telluride Science Research Center Workshop on Protein Dynamics

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開催年月日： 2009年8月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

researchmap
2P-059 膜変形タンパク質ドメインの分子ダイナミクス(蛋白質・構造機能相関(2),第46回日本生物物理学会年会)

Takemura Kazuhiro, Suetsugu Shiro, Kitao Akio

生物物理 2008年10月日本生物物理学会

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開催年月日： 2008年10月

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

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3S1-5 レア・イベントとしてのタンパク質ダイナミクスと複合体形成(3S1 レア・イベントから創薬へ,第46回日本生物物理学会年会)

北尾彰朗

生物物理 2008年10月日本生物物理学会

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開催年月日： 2008年10月

記述言語：英語

researchmap
3P-116 蛋白質動力学転移における水和水の構造とダイナミクス(水・水和/電解質,第46回日本生物物理学会年会)

Nakagawa Hiroshi, Joti Yasumasa, Kitao Akio, Kataoka Mikio

生物物理 2008年10月日本生物物理学会

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開催年月日： 2008年10月

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

researchmap
1P007 タンパク質ユビキチンのNMR緩和と分子シミュレーション(蛋白質(構造・構造機能相関),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

竹村和浩, 北尾彰朗

生物物理 2007年11月日本生物物理学会

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開催年月日： 2007年11月

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

researchmap
2P285 バクテリオファージT4の感染初期過程(生体膜・人工膜,口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

二島渉, 金丸周司, 有坂文雄, 北尾彰朗

生物物理 2007年11月日本生物物理学会

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開催年月日： 2007年11月

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

researchmap
2P013 Dynomics portal : An integral effort on developing and organizing dynamics web servers/databases(Proteins-structure and structure-function relationship,Oral Presentations)

Yang Lee-Wei, 二島渉, 北尾彰朗

生物物理 2007年11月日本生物物理学会

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開催年月日： 2007年11月

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

researchmap
19pTC-4 非干渉性中性子散乱によるタンパク質の動力学転移における水和水の挙動解析(生物物理,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)

中川洋, 城地保昌, 北尾彰朗, 柴田薫, 郷信広, 片岡幹雄

日本物理学会講演概要集 2007年一般社団法人日本物理学会

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開催年月日： 2007年

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

researchmap
1P038 Molecular simulation study of the origin of non-Gaussian behavior on the elastic incoherent neutron scattering from protein dynamics(1. Protein structure and dynamics (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Tokuhisa Atsush, Joti Yasumasa, Nakagawa Hiroshi, Kitao Akio, Kataoka Mikio

生物物理 2006年10月日本生物物理学会

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開催年月日： 2006年10月

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

researchmap
2P071 The Ligand-Binding Mechanism of the Glutamine Binding Protein(30. Protein function (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Loeffler Hannes H, Kitao Akio

生物物理 2006年10月日本生物物理学会

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開催年月日： 2006年10月

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

researchmap
1P045 Gap compression/extension mechanism of bacterial flagellar hook as the molecular universal joint(1. Protein structure and dynamics (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Furuta Tadaomi, Samatey Fadel A, Matsunami Hideyuki, Imada Katsumi, Namba Keiichi, Kitao Akio

生物物理 2006年10月日本生物物理学会

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開催年月日： 2006年10月

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

researchmap
23pRC-5 中性子非弾性散乱によるタンパク質ダイナミクスの水和効果(23pRC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

中川洋, 城地保昌, 北尾彰朗, 柴田薫, 郷信広, 片岡幹雄

日本物理学会講演概要集 2006年一般社団法人日本物理学会

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開催年月日： 2006年

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

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Protein Energy Landscape Investigated by Jumping-Among-Minima Model 招待

Akio Kitao

Workshop on Slow Dynamics of Soft-matter and Biological Macromolecules studied by Neutron Scattering 2002年3月

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開催年月日： 2002年3月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Hydration effect on protein dynamics: simulation and neutron scattering 招待

Akio Kitao

The 2nd International Symposium on Organized Research Combination System (ORCS), Development of New Structural Biology Including Hydrogen and Hydration 2000年10月

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開催年月日： 2000年10月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

researchmap
Jumping-Among-Minima Model to Investigate Protein Structure and Dynamics 招待

Akio Kitao

A CECAM Workshop on Molecular modeling methods for the development of NMR in structural biology 2000年10月

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開催年月日： 2000年10月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Hydration Effect on Protein Structure and Dynamics 招待

Akio Kitao

Japan-China Joint Symposium on Molecular Biophysics Protein Physics and Hydration Effects 1999年11月

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開催年月日： 1999年11月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Jumping-Among-Minima Model: Computational and Experimental Studies to Investigate Protein Dynamics 招待

Akio Kitao

IMS Mini International Workshop on Protein Folding Simulations 1999年10月

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開催年月日： 1999年10月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Stability and dynamics of human lysozyme 招待

Akio Kitao

Energetic basis of Structural Biology: Molecular Insight from Thermodynamics Applied to Macromolecules in Water 1996年8月

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開催年月日： 1996年8月 - 1996年9月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Conformational Transition Pathway;Free Energy Analyses of;Proteins by Parallel;Cascade Selection Molecular Dynamics;PaCS-MD 招待

Akio Kitao

ICCMSE 2014 “Calculating Changes in Free Energy in Computer Simulations: Methods and Applications" 2014年4月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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柔らかさを利用したタンパク質とその集合体の機能制御招待

北尾彰朗

日本化学会第９４春季年会中長期企画講演 2014年3月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Enhancement of soft protein dynamics and efficient free energy calculation by molecular dynamics simulation 招待

Akio Kitao

The Telluride Science Research Center Workshop on Protein Dynamics 2011年8月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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構造変化が生みだすタンパク質機能：理論からのアプローチ招待

北尾彰朗

日本化学会第91春季年会先端ウォッチング「高次分子システムのための分子科学：実験と理論による機能発現の分子論的理解」 2011年3月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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T4ファージタンパク質gp5の脂質２重膜貫通シミュレーション招待

北尾彰朗

第3回バイオスーパーコンピューティングシンポジウム 2011年2月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Expectation to detect correlated dynamics in protein 招待

Akio Kitao

nDDB Workshop Grenoble, 2011年1月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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可塑性を巧緻に利用するタンパク質の構造機能制御, 招待

北尾彰朗

第10回生命・情報セミナー 2010年11月

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記述言語：日本語会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

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蛋白質界面と分子間相互作用のダイナミクス招待

北尾彰朗

ワークショップ「ソフト界面と水」 2010年8月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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生体超分子の立体構造変化と機能招待

北尾彰朗

「巨大計算新手法の開発と分子・物質シミュレーション中核拠点の形成」第6回連携研究会 2010年2月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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分子シミュレーションによるテラヘルツ領域での蛋白質ダイナミクス－計算による中性子散乱・テラヘルツ分光スペクトル－招待

北尾彰朗

第1回「テラヘルツーバイオ研究会」 2010年2月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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大規模分子動力学によるバイオナノマシンの機能シミュレーション招待

北尾彰朗

スーパーコンピュータワークショップ2010 大規模並列分子シミュレーションの最前線 2010年1月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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タンパク質ダイナミクスと機能における水和の役割招待

北尾彰朗

理研シンポジウム動的水和構造と分子過程ＩＩＩ 2009年11月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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水とタンパク質の構造揺らぎの理論解析招待

北尾彰朗

新学術領域「揺らぎと生体機能」「水和とATP」合同公開シンポジウム「ゆらぎと水−生命のエネルギーと機能の分子機構を探る」 2012年9月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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タンパク質機能に関わるダイナミクスの分子シミュレーションによる観察, 招待

北尾彰朗

日本化学会第91春季年会先端ウォッチング「高次分子システムのための分子科学：実験と理論の挑戦」 2012年3月

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記述言語：日本語会議種別：シンポジウム・ワークショップパネル（指名）

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タンパク質ソフトモードのサンプリングと相関解析招待

北尾彰朗

「高次元のサンプリングとデータ解析からみたシミュレーション科学」 2012年3月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Finding Function-relevant Dynamics in Proteins 招待

新学術領域「揺らぎと生体機能」第５回公開シンポジウム 2012年1月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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生体超分子の構造変化を制御する分子メカニズム招待

北尾彰朗

分子研研究会「実験と理論による高次分子システムの機能発現の分子論的理解」 2011年11月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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分子シミュレーションによるタンパク質ダイナミクスとテラヘルツ分光招待

北尾彰朗

日本分光学会テラヘルツ分光部会シンポジウム「テラヘルツ分光法の最先端V」~バイオテラヘルツ分光~ 2011年9月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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機能を生み出すタンパク質の異方的ダイナミクス招待

北尾彰朗

,日本物理学会秋季大会シンポジウム 2011年9月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Membrane deformation induced by I-BAR domain 招待

Akio Kitao

IMS workshop 2014年4月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Molecular Mechanisms That Control Structure of Flexible Bio-nanomachines 招待

Akio Kitao

The 1st International Conference of the Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience 2008年6月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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やわらかい生体分子が形を制御する仕組み招待

北尾彰朗

2008年度物性セミナー 2008年5月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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分子シミュレーションで探る生体高分子系のダイナミクス招待

北尾彰朗

応用物理学関係連合講演会 2008年3月

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大規模計算機シミュレーションで探る生体超分子構造形成から分子機能まで招待

北尾彰朗

第２４回ライフサイエンス&HPC天城セミナー 2008年3月

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大規模計算機シミュレーションで探る生体超分子構造形成から分子機能まで招待

北尾彰朗

ナノテク研究会平成１９年度シンポジウム「近未来ナノテクノロジ技術シーズ 2008年3月

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大規模分子動力学シミュレーションで探るべん毛繊維とフックの構造多型招待

北尾彰朗

2008べん毛研究交流会ICORP超分子ナノマシンプロジェクト終了報告会 2008年3月

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大規模分子動力学法による生体超分子の立体構造変化と機能招待

北尾彰朗

スーパーコンピューターワークショップ2008大規模計算と分子のダイナミクス 2008年2月

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Polymorphic Supercoiling of Bacterial Flagellar Filament and Hook 招待

Akio Kitao

Conformational changes in proteins and nucleic acids which constitute biological macro-molecules、Japan-UK Symposium 2007年12月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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サブマイクロ秒領域での蛋白質に揺らぎと機能招待

北尾彰朗

第一回論理創薬研究会 2007年12月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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中性子散乱と分子シミュレーションによる蛋白質の立体構造ダイナミクス－現状と今後への期待－招待

北尾彰朗

ＪＳＮＳ2009-中性子科学会/第９回年会 2009年11月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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分子シミュレーションで探るバイオの世界：蛋白質から生体超分子まで招待

北尾彰朗

公開セミナー「第19回バイオインフォマティクスへの招待」 2009年6月

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記述言語：日本語会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

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Characterization of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins 招待

Akio Kitao

Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations 2009年3月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Effect of hydration, temperature and pressure on protein dynamics, 招待

Akio Kitao

5th International HPBB 2008 2008年9月

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バイオナノマシンの構造機能制御招待

北尾彰朗

CRESTナノバーチャル領域横断シンポジウム 2006年11月

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凝縮系で効率的機能制御を可能にするダイナミクス―蛋白質から生体超分子まで― 招待

北尾彰朗

第５回テラヘルツ波による物質・生命の化学と応用に関する研究開発専門委員会 2006年9月

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67. 細菌べん毛繊維多型とフラストレーション招待

北尾彰朗

第６回日本蛋白質科学会 2006年4月

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バイオナノマシンの機能制御原理を探る―生体超分子動力学によるアプローチ― 招待

北尾彰朗

第４回ナノサイエンス実証研究公開シンポジウム 2006年4月

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分子シミュレーションでみる蛋白質と生体超分子のダイナミクス招待

北尾彰朗

北里大学理学部セミナー 2006年2月

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記述言語：日本語会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

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生体超分子における相互作用とフラストレーション：細菌べん毛繊維多型招待

北尾彰朗

早稲田大学理工学部物理学科セミナー講演 2005年12月

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記述言語：日本語会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

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SARS-CoV-2タンパク質のオリゴマー化を阻害する薬剤候補分子の探索招待

北尾彰朗

新型コロナウイルス感染症対応HPCI臨時課題の最前線 2020年8月

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記述言語：日本語会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

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Role of energy frustration in function of protein and supramolecule 招待

Akio Kitao

The 7th KIAS - Soongsil Conference on Protein Structure and Function 2007年10月

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Polymorphic Supercoiling Mechanism of Bacterial Flagellar Filament and Hook 招待

Akio Kitao

Theoretical Colloquia Series, Los Alamos National Laboratories 2007年6月

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蛋白質・生体超分子におけるエネルギーフラストレーションと構造多型招待

北尾彰朗

生体分子における構造・ダイナミクス・機能の最適化問題：電子状態から巨大超分子まで 2007年3月

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大規模シミュレーションによる生体超分子ダイナミクス招待

北尾彰朗

次世代スーパーコンピュータプロジェクト/次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発/第１回公開シンポジウム 2007年3月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Exploring protein dynamics in collective coordinate space, 招待

Akio Kitao

Canada’s Prion Research Conference 2007 2007年2月

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Molecular mechanism of polymorphic supercoiling: molecular dynamics study of bacterial flagellar filament and hook 招待

Akio Kitao

3rd JAPANESE-FRENCH SEMINAR ON STRUCTURAL DYNAMICS OF PROTEINS 2007年1月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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細菌べん毛の超らせん構造多型を可能にする分子間相互作用とフラストレーション招待

北尾彰朗

２１世紀COEセミナー 2006年12月

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記述言語：日本語会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

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並列分子動力学シミュレーションによる生体超分子研究招待

北尾彰朗

第３回ITBLシンポジウム 2003年2月

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蛋白質集合体の大規模シミュレーション招待

北尾彰朗

生体分子シミュレーションワークショップ 2003年1月

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計算から予測するタンパク質複合体招待

北尾彰朗

2019年度日本生化学会関東支部例会内シンポジウム「生化学と先端技術」 2019年6月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Protein dynamics investigated by the combination of JAM model and experiments 招待

Akio Kitao

La relation dynamique-function chez les proteines-Frontieres de la biologie structurale- 2000年12月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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コンピュータで観るタンパク質複合体の形成と解離

北尾彰朗

シンポジウム「理論生物物理学の現在と未来」 2019年2月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

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Investigating dissociation and association mechanisms of protein complexes 招待

Akio Kitao

2nd workshop on Advances in Theory and Computation of Complex Systems --- Biological Systems 2018年12月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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蛋白質のやわらかさと機能招待

北尾彰朗

第10回理論化学シンポジウム 2000年8月

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Investigating protein complex formation and dissociation in silico 招待

Akio Kitao

WRHI International Workshop on Advanced Laser Spectroscopy for Soft Molecular Systems 2018年11月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Computational approach to investigate protein complex formation and dissociation 招待

Akio Kitao

Computational Biophysics at the Molecular and Mesoscales 2018年10月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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原子解像度で探る巨大分子・分子集合体の柔らかさと機能の関係

北尾彰朗

新学術領域「柔らかな分子系」成果公開シンポジウム 2018年6月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

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The Role of Conformational Substates and Viscosity in Picosecond Processes 招待

Akio Kitao

US/JAPAN joint seminar on Molecular Dynamics of Ligand Binding to Myoglobins and Related Heme Proteins 1997年3月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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PaCS-MDによるタンパク質のダイナミクスと離合招待

北尾彰朗

物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の今と未来」 2018年4月

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蛋白質のエネルギー地形とボゾンピークの起源招待

北尾彰朗

東京大学大学院理学研究科物理学専攻生物物理セミナー 2005年6月

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生体超分子の機能を生み出す分子間相互作用とダイナミクス招待

北尾彰朗

分子科学研究シンポジウム分子科学コア領域と関連領域の最先端 2005年6月

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スーパーコンピュータによる生体超分子系のシミュレーション招待

北尾彰朗

自然科学研究機構計算科学研究センタースーパーコンピュータワークショップ 2005年3月

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長時間ダイナミクス法と標的分子ネットワーク招待

北尾彰朗

第7回重点課題１ワークショップ 2020年2月

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Molecular Interaction and Dynamics in Biological Supramolecules 招待

Akio Kitao

Open Workshop GenProC 2005: Strategies for the acquirement of functional diversity of proteins 2005年1月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

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計算で予測するタンパク質複合体立体構造と結合親和性招待

北尾彰朗

第7回生命理工オープンイノベーションハブ（LiHub）フォーラム ―メゾスケール分子と創薬― 2019年11月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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柔らかい蛋白質の集合体である超分子の構造と機能はどのように制御されているのか？招待

北尾彰朗

東京大学大学院理学研究科物理学専攻生物物理セミナー 2004年3月

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Association and dissociation mechanisms of proteins and peptides 招待

Akio Kitao

WRHI International Workshop on Advanced Laser Spectroscopy for Soft Molecular Systems 2019年11月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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大規模分子シミュレーションで観る細菌べん毛の構造変化招待

北尾彰朗

第２回シークエンス・構造データベースワークショップ；生体分子シミュレーションワークショップ 2004年2月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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コンピュータで観察する生物の中の分子招待

北尾彰朗

石川県高等学校文化連盟理科部「高校生のための秋の実験・実習セミナー」 2019年11月

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記述言語：日本語会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

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蛋白質の振動モード解析と機能との関連招待

北尾彰朗

生命科学と光源技術の接点―タンパクの機能分光に向けたテラヘルツと各種線源の応用― 2004年1月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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コンピュータで観た細菌べん毛の構造変化招待

北尾彰朗, 米倉功治, 眞木さおり, Fadel A. Samatey, 今田勝巳, 難波啓一, 郷信広

第２６回日本分子生物学会年会 2003年12月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Jumping-Among-Minima Model : United View for Energy Landscape of Native Proteins 招待

Akio Kitao

4th East Asian Biophysics Symposium, Academia Sinica 2003年11月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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大規模分子シミュレーションで迫る生体超分子の作動機構招待

北尾彰朗, 城地保昌, 石田恒, 郷信広

第３回日本蛋白質科学会 2003年6月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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原子解像度で探る巨大分子・分子集合体の柔らかさと機能の関係

北尾彰朗

新学術領域「柔らかな分子系」第4回公開シンポジウム 2016年10月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

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Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Efficient Conformational Sampling of Biomoleculer Systems 招待

Akio Kitao

The 4th International Conference on Molecular Simulation 2016年10月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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タンパク質との相互作用による脂質膜の構造変化ダイナミクス招待

北尾彰朗

第８９回日本生化学大会 1F09 計算科学、有機化学と生化学の融合による脂質膜の形態形成の理解 2016年9月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Efficient Conformational Sampling and Free Energy Calculation of Proteins 招待

Akio Kitao

ICCMSE2016, Computational Chemistry (CC) Symposium 2016年3月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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並列カスケード選択MDによる効率的立体構造サンプリングと長時間ダイナミクス招待

北尾彰朗

ＣＢＩ学会講演会「京」からポスト「京」へ－革新的創薬基盤の構築に向けた取り組み 2016年1月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Structure, dynamics, and function of bacterial flagella investigated by molecular dynamics simulation 招待

Akio Kitao

ymposium in Pacifichem2015 “Interplay between Chemistry and Dynamics in Biomolecular Machines”, 2015年12月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Solvation effects on protein interaction with other molecules, 招待

Akio Kitao

symposium of 53rd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2015年9月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) to explore conformational spaces of proteins efficiently 招待

Akio Kitao

Workshop on Kinetics of Enzymes and Molecular Machines, Beijing Computer Science Research Center, 2015年8月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Proton permeation mechanisms in the stator of bacterial flagellar motor 招待

Akio Kitao

Telluride Science Research Center Workshop on Protein Dynamics 2015年8月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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コンピュータでタンパク質の柔らかさに触れよう

北尾彰朗

高校生のためのサイエンス体験柔らかな分子を観察しよう 2015年7月

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会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

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柔らかな分子ってなんだろう

北尾彰朗

高校生のためのサイエンス体験 2017年11月

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記述言語：日本語会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

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Catalytic mechanism of DNA photolyase 招待

Akio Kitao

WRHI International Workshop on Advanced Laser Spectroscopy for Soft Molecular Systems 2017年10月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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生体高分子の離合集散ダイナミクス招待

北尾彰朗

第66回高分子討論会 2017年9月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Dissociation and Association Dynamics of Proteins 招待

Akio Kitao

TSCR Workshop on Protein Dynamics 2017年7月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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PaCS-MDでみる蛋白質の柔らかさ・離合集散と機能招待

北尾彰朗

第１７回日本蛋白質科学会年会ワークショップ1WE蛋白質の柔らかさと機能 2017年6月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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分子シミュレーションによる細菌べん毛モーターの分子機構招待

北尾彰朗

日本物理学会第72回年次大会領域12シンポジウム 18aB13 一分子計測・電子顕微鏡・理論計算で探る分子モーターの構造と機能 2017年3月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Target DNA sequence search mechanism of p53 studied by single-molecule experiments and molecular dynamics simulations (2) 招待

日本化学会第９７春季年会中長期企画公演複雑系のための分子科学ー理論、計測、合成の連携で拓く柔らかな分子の新機能 2017年3月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Simulating biomolecular interactions and functions 招待

Akio Kitao

International Symposium on Research and Education of Computational Science 2016年11月

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蛋白質の動的構造解析招待

北尾彰朗

第６回CAMMアカデミー研究会 1993年9月

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Analysis of soft molecular systems 招待

Akio Kitao

The 1st Workshop“What is soft molecular system?” 2014年3月

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バイオ分子が働く様子をコンピュータでみてみよう招待

北尾彰朗

化学への招待−講演会コンピュータ化学で物質の振舞いや生命現象を「見る」 2014年1月

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記述言語：日本語会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

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巨大生体超分子の構造転移制御メカニズム招待

北尾彰朗

HPCI戦略プログラム分野１×分野２シンポジウム in 名大「生体分子複合システムを計算する―相互作用は何をもたらすのか― 」 2013年12月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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柔らかな分子系解析招待

北尾彰朗

新学術領域「柔らかな分子系」第１回シンポジウム 2013年10月

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会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Exploring protein conformational transition pathways with efficient molecular simulation method 招待

Akio Kitao

TSRC Workshop on Protein Dynamics 2013年8月

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分子シミュレーションによる大腸菌べん毛モーター固定子MotA/Bの立体構造モデリングとプロトン透過メカニズム招待

北尾彰朗

第3回分子モーター討論会 2013年7月

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How can soft molecular machinery be well-regulated? Structure and function of bacterial flagella 招待

Akio Kitao

15th Japan-Korea Symposium on Molecular Science, Hierarchical structure from quantum to functions of biological systems 2013年7月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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蛋白質構造ダイナミクスと機能の関係を探るより効率的な分子シミュレーション招待

北尾彰朗

第13回日本蛋白質科学会年会ワークショップ 2013年6月

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柔らかい部品を組み上げて働くバイオナノマシン招待

北尾彰朗

第3回学融合セミナー 2013年6月

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Structure modeling of the stator in bacterial flagellar motor and implication for selective permeation mechanism of proton 招待

Akio Kitao

4-th France-Japan Joint Seminar: Imaging of spatiotemporal hierarchies in living cells – an overview of dynamics from molecules to cells – 2013年1月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Softness-function relationship in large molecules and molecular assemblies investigated at atomic resolution 招待

Akio Kitao

International Symposium on Studying the Function of Soft Molecular Systems by Concerted Use of Theory and Experiment, 2015年5月

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Toward a better prediction of protein complex structure, 招待

Akio Kitao

Seminar at National Tsinghua University 2015年5月

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Dynamics and Function of Bacterial Flagella Investigated by Molecular Simulation, 招待

Akio Kitao

The 20th Biophysics Conference, Academia Sinica 2015年5月

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細菌べん毛モーター固定子のイオン透過メカニズム招待

西原泰孝, 北尾彰朗

分子研研究会「膜タンパク質内部のプロトン透過を考える」 2015年4月

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原子解像度で探る巨大分子・分子集合体の柔らかさと機能の関係招待

北尾彰朗

新学術領域「柔らかな分子系」第２回公開シンポジウム 2014年11月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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Regulating structure formation and function of biomolecular systems with softness 招待

Akio Kitao

52nd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2014年9月

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Molecular simulation of proteins: Pressure tolerance of deep-sea fish actin and membrane deformation induced by I-BAR domain 招待

Akio Kitao

1st SPIRITS Workshop “Manipulation of Integrated Molecular Reaction Processes in living cell” 2014年9月

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

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産業財産権

FLAGELLAR AN DNEEDLE COMPLEX（INJECTOSOME）LOOP AS ANTI BACTERIAL DRUG TARGET,

Fadel Alexis SAMATEY, Vladimir A MESHCHERYAKOV, Hideyuki MATSUNAMI, Akio KITAO

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出願番号：特願WO2014133197A1 出願日：2014年9月

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Works（作品等）

PaCS-Toolkit

Shinji Ikizawa, Tatsuki Hori, Tegar Nurwahyu Wijaya, Hiroshi Kono, Zhen Bai, Tatsuhiro Kimizono, Wenbo Lu, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

2024年2月 - 現在

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作品分類：ソフトウェア

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eePaCS-MD (Edge expansion parallel cascade selection molecular dynamics)

Kenichiro Takaba, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

2020年6月

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作品分類：ソフトウェア

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a/dPaCS-MD (association and dissociation PaCS-MD)

Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

2020年3月

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作品分類：ソフトウェア

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evERdock BAI (Machine-learning-guided selection of protein-protein complex structure)

Kei Terayama, Ai Shinbu, Koji Tsuda, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao

2019年12月

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作品分類：ソフトウェア

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dPaCS-MD/MSM

Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

2019年1月

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作品分類：ソフトウェア

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PaCS-MD/MSM

Duy Phuoc Tran, Kazuhiro Takemura, Kazuo Kuwata, Akio Kitao

2018年9月

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作品分類：ソフトウェア

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ColDock (Concentrated Lingand Docking)

Kazuhiro Takemura, Chika Sato, Akio Kitao

2018年7月

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作品分類：ソフトウェア

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evERdock (evaluation with the ER method of docking generated decoys)

Kazuhiro Takemura, Nobuyuki Matubayasi, Akio Kitao

2018年3月

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作品分類：ソフトウェア

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CyClus (A fast, comprehensive cylindrical interface approximation clustering/reranking method for rigid-body protein-protein docking decoys)

Satoshi Omori, Kazuhiro Takemura, Hiroaki Hata, Akio Kitao

2017年

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作品分類：ソフトウェア

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nt-PaCS-MD (nontargeted parallel cascade selection molecular dynamics)

Ryuhei Harada, Akio Kitao

2015年11月

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作品分類：ソフトウェア

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MuSTAR MD ((Multi-scale sampling using temperature accelerated and replica exchange molecular dynamics)

Yu Yamamori, Akio Kitao

2013年10月

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作品分類：ソフトウェア

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PaCS-MD (Parallel cascade selection molecular dynamics)

Ryuhei Harada, Akio Kitao

2013年7月

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作品分類：ソフトウェア

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TRS (Transform and Relax Sampling)

Akio Kitao

2011年7月

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作品分類：ソフトウェア

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MSFEL (Multi-Scale Free Energy Landscape calculation method by combination of coarse-grained and all-atom model)

Ryuhei Harada, Akio Kitao

2011年2月

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作品分類：ソフトウェア

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Independent Subspace Analysis (ISA) with SJADE

Shun Sakuraba, Yasumasa Joti, Akio Kitao

2010年

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作品分類：ソフトウェア

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PCA_NEST

ee-Wei Yang, Eran Eyal, Ivet Bahar, Akio Kitao

2009年3月

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作品分類：Web Service

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DTA app (Dihedral Transition Analysis application)

Wataru Nishima, Guoying Qi, Steven Hayward, Akio Kitao

2009年3月

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作品分類：Web Service

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DTA DATABASE (Dihedral Transition Analysis database)

Wataru Nishima, Guoying Qi, Steven Hayward, Akio Kitao

2009年3月

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作品分類：Web Service

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Transform and Relax Mechanism

Akio Kitao, Koji Yonekura, Saori Maki-Yonekura, Fadel A Samatey, Katsumi Imada, Keiichi Namba, Nobuhiro Go

2006年3月

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作品分類：ソフトウェア

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SCUBA (Simulation Code for hUge Biomolecular Assembly)

Hisashi Ishida, Yasumasa Joto, Mariko Higuchi, Takuma Kano, Akio Kitao, Nobuhiro Go

2004年

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作品分類：ソフトウェア

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JAM Moldel (Jumping-Among-Minima Model)

Akio Kitao, Steven Hayward, Nobuhiro Go

1998年12月

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共同研究・競争的資金等の研究課題

分子シミュレーションを用いたタンパク質分子機能の生成的デザイン

研究課題/領域番号：24H02259 2024年4月 - 2029年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A)

林重彦, 北尾彰朗

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配分額：106730000円（直接経費：82100000円、間接経費：24630000円）

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高効率分子シミュレーションで調べる非ドメイン型バイオポリマーの分子作動機構

研究課題/領域番号：24H01357 2024年4月 - 2026年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A)

北尾彰朗

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配分額：9620000円（直接経費：7400000円、間接経費：2220000円）

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翻訳後修飾と天然変性領域が制御するp53の分子相互作用を先端シミュレーションで探る

研究課題/領域番号：23K27138 2023年4月 - 2027年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B)

北尾彰朗, TRAN PHUOC・DUY

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配分額：18850000円（直接経費：14500000円、間接経費：4350000円）

本年度は、p53の天然変性領域が翻訳後修飾を経て、異なる立体構造を取りながら多様なタンパク質と相互作用し、それぞれの複合体を形成する個別のメカニズムを先端的な分子シミュレーションを用いて明らかにする。まずp53のN末端領域にある2つの転写活性化ドメイン（TAD）を対象にした研究に関しては、リン酸化の有無や変異体の解離定数が得られており、伸びた状態で結合している２番目のTAD（TAD2）と他のタンパク質との複合体構造を最初のターゲットとした。具体的には、Ser46とThr55がリン酸化され伸びたヒモ状の構造をとるp53-TAD2と転写因子p62との複合体（PDB: 2ruk）、およびリン酸化されてα構造をとるp53-TAD2とp62のホモログであるTfb1との複合体（PDB: 2gs0）の二つの複合体について、分子動力学シミュレーションを行った。p53とp62またはTfb1の結合における残基の相互作用を分析した結果、p62の方が相互作用する残基が多く、リン酸化された残基も相互作用していることが分かった。これらの結果から、p53のリン酸化はp53の結合能向上のための重要な役割を果たしていることが示唆された。
アセチル化を受けるp53のC末端ドメイン（p53-CTD）に関しては、複数のタンパク質との複合体立体構造が得られているNLS II付近に注目し、SIRT1（ヒトSir2）との相互作用を対象に研究を行った。MDシミュレーションでは、Sir2がアセチル化されたp53に結合すると、ループ領域が開いた状態になることが観察された。逆に、非アセチル化p53に結合すると、ループ領域は閉じた状態になった。この観察結果は、アセチル化がSirと結合するNAD+の結合ポケット入口の開閉状態に関与するメカニズムを示唆している。この選択メカニズムは、Sir2の効率を高めるものであると考えられる。

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味覚受容体による「多対多」の化学物質認識メカニズムの構造生物学的究明

研究課題/領域番号：23K27117 2023年4月 - 2026年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B)

山下敦子, 北尾彰朗

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配分額：18720000円（直接経費：14400000円、間接経費：4320000円）

これまで味覚受容体T1rについては、組換え試料調製系が確立できているメダカT1r2a/T1r3リガンド結合ドメイン(LBD)を中心とした研究を進めてきたが、この他に7種のT1rヘテロ二量体の試料調製を新たに達成した。このうちの5種について、示差走査蛍光測定により既知T1rリガンドを中心とした結合スクリーニングを実施した結果、3種がメダカT1r2a/T1r3同様幅広いアミノ酸を認識するのに対し、2種が特定のアミノ酸に極めて高い親和性を示す、異なる基質特異性を持つことを明らかにした。また、すでに試料調製系を確立していた別の1種について、変異体を作製とアミノ酸結合解析を行った結果、この受容体がメダカT1r2a/T1r3とは異なる基質特異性を示す構造要因を明らかにした。さらに、メダカT1r2a/T1r3については、これまでにアミノ酸の他に塩化物イオンもリガンドとなることを報告していたが、塩化物イオン以外のハロゲンイオンも同受容体LBDに結合することを確認し、蛍光融合タンパク質を用いた蛍光共鳴エネルギー移動測定から、これらのハロゲンイオンの結合も、LBDの構造変化を引き起こすことを明らかにした。加えて、メダカT1r2a/T1r3とは基質特異性が異なる別のT1rについても、ハロゲンイオン結合能を確認し、ハロゲンイオン認識能がT1r間で保存されていることを示唆する結果を得た。加えて、2種のT1rヘテロ二量体についてクライオ電子顕微鏡単粒子解析による構造解析に着手した。
また、これらのT1rによる基質認識の詳細を明らかにするため、メダカT1r2a/T1r3などのT1rLBD構造を用いた分子動力学シミュレーションを実施し、複数の異なるアミノ酸リガンドについて、解離過程のシミュレーションを実施し、標準結合自由エネルギー、解離／結合速度定数を計算した。

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最先端シミュレーションによる物質共生に関わる相互作用の定量的予測

研究課題/領域番号：23H04058 2023年4月 - 2025年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A)

北尾彰朗

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配分額：7800000円（直接経費：6000000円、間接経費：1800000円）

この領域の森グループとの共同研究として行ったポリエチレングリコール（PEG）と抗PEG抗体の相互作用の解析に進展があった。抗体の抗原結合部位１個に対してPEG鎖1本の系に関しては、PEG鎖が抗体の結合部位上をスライドしながら相互作用をしていることを明らかにし、スライドに要する拡散係数は、T細胞依存（TI）抗原とT細胞非依存（TD）抗原によって得られた抗体間で大きく異なっていることも示すことができた。これらの結果については論文投稿段階に至っている。さらに複数の相互作用の総和としてのAvidityの効果を調べるため、抗体の抗原結合部位１個に対してPEG鎖が複数本ある系についても改良を行い、脂質の結合したPEG鎖を用意することで順調にMD計算の実行を開始し、その後計算を進めている。
前仲グループとの共同研究として行った、単純ヘルペスウイルス（HSV-1）が免疫細胞の攻撃を抑える際に用いるglycoprotein B (gB)と宿主の免疫細胞表面にあってこれと結合する抑制化型PILRαとの相互作用についても進展があった。具体的にはgB 由来のGalNAc型のグリコペプチドとGlcNAc型のグリコペプチドに注目し、ダイナミクスやPILRαとの水素結合の違いを詳しく調べた。その結果、特定のヒスチジン残基との有意な相互作用の違いがみられた。これが分子認識において重要な効果をもたらしていると考えられる。
更にタンパク質が結合する分子の微細な違いを区別し、異なる応答をする仕組みを調べた。うまみ受容体と異なるアミノ酸の結合能の違いは、結合自由エネルギー計算から再現することができた。微細な糖の違いを認識し輸送するナトリウム―グルコース共輸送体SGLTに関しては、新しく実験で得られた立体構造に基づいてシミュレーションを再実行し、結合親和性の計算を進めた。

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高速分子動画を補完する構造変化の自由エネルギー地形と経路・流量の解析

研究課題/領域番号：22H04745 2022年4月 - 2024年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型)

北尾彰朗

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配分額：6630000円（直接経費：5100000円、間接経費：1530000円）

画研究の清中グループとの共同研究としてアデノシンA2a受容体とリガンドの結合に関する研究に新たに取り組み、分子シミュレーションを用いた結合親和性を解析した。具体的には、パーキンソン病の治療薬として開発されたIstradefyllineと野生型および変異体アデノシンA2a受容体との結合自由エネルギーの違いや解離する際の経路の違いを分子動力学シミュレーションとdPaCS-MD/MSMを用いて解析した。変異型ではπ―π相互作用などによってIstradefyllineとの相互作用が強化されることや、解離経路が狭くなることで結合が強くなり解離しにくくなっていることが明らかになった。これが変異体における結合の強さにも反映されていると考えられる。
更に10マイクロメーターにも及ぶ巨大なタンパク質複合体である細菌べん毛の回転軸であるロッドとそれを支えるLP-リングについての研究も行った。回転に関わる自由エネルギー変化とロッドとLP-リング間の相互作用の解析からは、自由エネルギー変化がロッドとLP-リング間の水素結合・塩橋数と相関していることが明らかになった。回転する際には、ロッドとLP-リングのそれぞれにベアリングのように回転方向に並んでいる極性残基が水素結合・塩橋を付け替えながら回転していることで、エネルギー障壁の低いスムーズな回転を可能にしていることを示すことができた。これに対して、軸方向へのロッドの大きな動きを行うためには多数の水素結合・塩橋を破壊する必要がある。これはエネルギー的に非常に難しいので、ロッドが軸方向に抜けることを防止していると言える。
このように本研究では、タンパク質機能ダイナミクス解明：得られた結果を統合して、タンパク質立体構造が変化する時系列を多面的に解析し、機能を発揮するメカニズムを解明することができた。

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最先端シミュレーションによる「弱い相互作用」がもたらす効果の定量的予測

研究課題/領域番号：21H05510 2021年9月 - 2023年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A)

北尾彰朗

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配分額：7800000円（直接経費：6000000円、間接経費：1800000円）

本研究では、先端的な分子シミュレーションを用いて、生体内で「弱い相互作用」によって形成される分子複合体を予測する方法を開発し、リガンドやナノマテリアルが細胞表面受容体などと形成する複合体立体構造予測に応用することを目指している。また先端的な分子シミュレーションを用いて、結合自由エネルギーや結合・解離速度定数などを予測することで「弱い相互作用」を定量的に評価する方法を確立し、この領域で実験研究の対象となる複合体の結合親和性を予測する。更に予測された複合体の分子シミュレーションから、「弱い相互作用」が及ぼす分子レベルでの効果を予測する方法を開発し、リガンドやナノマテリアルが細胞表面受容体やその下流に与える影響を解明することを目指している。そのために、本年度は複合体立体構造から解離を行うdPaCS-MD/MSM法、解離状態から結合・解離サイクルを繰り返すa/dPaCS-MD/MSM法やColDock法、evERdock法をタンパク質とナノマテリアルの複合体などの立体構造予測にも利用できるようにシミュレーション法やモデルの開発・改良を行った。また領域内の共同研究を中心として様々な分子複合体を対象に研究を展開した。具体的には、ヘルペスウイルスのglycoprotein BとPILRαの相互作用、物質共生に大きくかかわるPEG-PEG抗体の弱い相互作用、味覚受容体のアミノ酸認識、GLUTやSGLTによる糖の選択的認識、アデノシン A2A 受容体と低分子化合物の相互作用などの研究を領域内の共同研究者と協力しながら開始した。

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プレシジョンメディスンを加速する創薬ビッグデータ統合システムの推進

2020年4月 - 2023年3月

文部科学省「富岳」成果創出加速プログラム

奥野恭史

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担当区分：研究分担者

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高速分子動画を補完する構造変化の自由エネルギー地形と経路・流量の解析

研究課題/領域番号：20H05439 2020年4月 - 2022年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型)

北尾彰朗

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配分額：6890000円（直接経費：5300000円、間接経費：1590000円）

昨年度に引き続き、COVID-19の原因となるSARS-CoV-2ウイルスのエンドヌクレアーゼNsp15を阻害する化合物の探索をおこなった。Nsp15は機能状態で6量体を形成するが、単量体に結合・安定化し、6量体化を阻害する化合物によってNsp15の機能を阻害し、感染能を低下させることを目指したものである。PaCS-MD/MSM法を用いて単量体の自由エネルギー地形を調べ、単量体が最も取りやすい立体構造を明らかにし、これをターゲットとしてバーチャルスクリーニングを行い、有力な化合物を選び出し、dPaCS-MD/MSMによって化合物の標準結合自由エネルギーを評価した結果、非常に強い結合能をもつ化合物を発見することができた。この研究成果について原著論文にまとめ、Scientific Reports誌に掲載した（Inhibition of the hexamerization of SARS-CoV-2 endoribonuclease and modeling of RNA structures bound to the hexamer. DP Tran, Y Taira, T Ogawa, R Misu, Y Miyazawa, A Kitao, Scientific reports 12 (1), 1-15, (2022)）。
また昨年度から引き続いて本領域の名古屋大学清中グループとの共同研究でGタンパク質共役受容体mGlu1とリガンドの相互作用解析を進めた。アミノ酸変異やリガンドのわずかな違いによって生じるmGlu1への効果の違いを評価するためにMD計算によって動的立体構造に生じる違いの評価を進めた。具体的にはFMPTとFPETという2つのリガンドのわずかな違いによってトグルスイッチと呼ばれる部位のダイナミクスに有意な違いが生み出されることを見出した。

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先端シミュレーションで低分子結合が制御するGPCR活性化のメカニズムを探る

研究課題/領域番号：19H03191 2019年4月 - 2023年3月

文部科学省科学研究費補助金（基盤研究（B)）基盤研究(B)

北尾彰朗

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

本研究では、アデノシンによって活性化されるGタンパク質共役受容体であるヒトA2Aアデノシン受容体（A2AR）を研究対象とし、様々なリガンドが結合したときのダイナミクスの違いを調べ、結合親和性を予測する計算法を開発した。また、A2ARにリガンド（NECA）と3つのサブユニットから構成されるフルGタンパク質（GsとGo）が結合した活性化状態の最先端分子シミュレーションを行い、構造のダイナミクスにどのような違いが表れるかを明らかにすることができた。

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理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学

研究課題/領域番号：18H05201 2018年4月 - 2019年3月

文部科学省新学術領域研究（研究領域提案型）新学術領域研究(研究領域提案型)

田原太平

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資金種別：競争的資金

研究成果の取りまとめを以下に３つを骨子として行った。
１. 成果公開シンポジウムの開催：５年間の成果を取りまとめ、それを広く発信するために、2018年６月6日－7日の2日間に渡り、埼玉県和光市の理化学研究所和光キャンパス鈴木梅太郎ホールで成果公開シンポジウムを開催した。全ての研究成果を概観できるポスターセッションでの発表を全班員が行うとともに、計画班員および特に顕著な研究活動を行った公募班員が口頭発表を行った。これらをもとに今後の展開のための議論を行うとともに、本領域で構築された研究ネットワークを強化することができた。
２. 研究成果に関する最終報告書の作成と配布：５年間の研究成果を取りまとめた領域の最終報告書を製作した。その準備のために、田原、北尾、水谷、神取、藤井が数回一同に集まって議論と作業を行った。完成した最終報告書と関連資料をCD化して各方面に配布し、成果の公開を行った。
３. ホームページを利用した研究成果の発信：本領域では5年にわたり、研究論文、新聞発表、受賞、国際会議運営、若手研究者の海外派遣などを記事としたニュースレターを毎月1号発行し、配信してきた。2018年9月に全体のまとめのニュースレターの最終号を発行し、あわせてこれをホームページに掲載することで成果の発信を行なった。ホームページは国際発信の最も効率的な重要な手段であるので、成果取りまとめに合わせてこれを更新した。
これら研究成果の取りまとめは、新学術領域「柔らかな分子系」の推進を総括班として担った田原（領域代表；本取りまとめ研究の研究代表者）、北尾、水谷、神取、藤井（班長および事務局；同研究分担者）が中心となり、「柔らかな分子系」の計画班員の補佐を受けて実行した。また、柔らかな分子系の公募班員全員にも参画してもらった。研究取りまとめの事務作業は「柔らかな分子系」の事務局を引き続き維持してそこで進めた。

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回転分子モーター制御機構解明への再構成的アプローチ

研究課題/領域番号：17KT0026 2017年7月 - 2020年3月

文部科学省科学研究費補助金（基盤研究（B)）基盤研究(B)

川岸郁朗

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資金種別：競争的資金

シグナル伝達タンパク質CheYが細菌べん毛モーターの回転方向を制御するメカニズムの解明を目指した．まず，大腸菌モーターの回転が，高圧力下で一方向に固定される現象に着目した．変異体を用いた実験とMDシミュレーションにより，この現象がCheYとモータータンパク質FliMの親和性の低下に起因することが示され，この相互作用が回転制御の決定的ステップであると結論された．つぎに，コレラ菌極べん毛モーターに関して，キメラFliMとその変異体を大腸菌内で発現させる，構成的アプローチを用いて解析した．その結果，極毛性細菌の忌避応答は，モーター回転方向制御の協同性が低く調整されることにより実現されると結論された．

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理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学の国際活動支援

研究課題/領域番号：15K21740 2015年11月 - 2018年3月

文部科学省新学術領域（研究領域提案型）新学術領域研究(研究領域提案型)

田原太平

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資金種別：競争的資金

「柔らかな分子系」では次世代の研究を支える若手の人材育成のため国際活動支援班を組織し、①若手海外派遣プログラム、②共同研究のための研究者派遣および外国人研究者の招へいを行った。①については総括班予算によりすでに平成25年度から行ってきたが、本予算により20名の若手を国際会議に派遣した。派遣に際しては研究室訪問など積極的な研究交流を強く推奨したが、その成果は報告を義務付けた領域ニュースレターでの若手の活き活きとした姿からうかがい知ることができる。②については6件の派遣と7件の招へいを行い、その結果としてNat. Commun., PNASなどに6報の国際共同研究論文を発表することができた。

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マルチドメインタンパク質のフレキシビリティ・相互作用と機能制御機構

研究課題/領域番号：15H04357 2015年4月 - 2019年3月

文部科学省科学研究費補助金(基盤研究(B)) 基盤研究(B)

北尾彰朗

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

配分額：5460000円（直接経費：4200000円、間接経費：1260000円）

マルチドメインタンパク質のフレキシビリティを高度な分子シミュレーションによって予測するために、PaCS-MD法を用いて効率的に立体構造のバリエーションを生成し、遷移のパスウェイや自由エネルギー地形を計算する方法を確立した。この方法を細菌べん毛輸送装置タンパク質FlhAcに応用した研究では、温度感受性変異体であるG368Cでは、300Kでは自由エネルギーにはそれほど大きな変化はないものの、315Kではドメイン２と４が近づいたクローズ構造が安定であることを見出した。オープン構造の存在は輸送装置としての機能に関係しており、変異体ではクローズ構造の安定化によって機能が抑制されていると考えられる。

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生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築

2014年1月 - 2020年3月

文部科学省ポスト「京」重点課題１「健康長寿社会の実現」

奥野恭史

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担当区分：研究分担者

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原子解像度で探る巨大分子・分子集合体の柔らかさと機能の関係

研究課題/領域番号：25104002 2013年6月 - 2018年3月

文部科学省科学研究費補助金(新学術領域研究(研究領域提案型)) 新学術領域研究(研究領域提案型)

北尾彰朗

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

配分額：73580000円（直接経費：56600000円、間接経費：16980000円）

本研究では、柔らかさの特徴を織り込んだ理論開発と柔らかさと機能の関係解明を進めている。また理論と実験の比較に基づく理論計算の改良と柔らかさの統合的な理解を目指した研究を行い、更に柔らかさを考慮した立体構造・分子機能の予測と設計を目指している。２５年度は、下記に関して、研究に大きな進展があった。第1に、構造遷移パスウェイを効率的に探索するParallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD)を開発した。ミニタンパク質シニョリンのフォールディング・アンフォールディングやT4リゾチームのオープン・クローズ繊維を効率的に観察できることを示した。第2に、集団座標の関数として自由エネルギー地形を高効率で計算するMuSTAR MD (Multi-scale Sampling using Temperature Accelerated and Replica exchange Molecular Dynamics)を開発した。このシミュレーションでは従来の方法より効率的にエネルギーが高い構造空間も探索できることを実証した。第3に、深海魚のアクチンが圧力耐性圧力耐

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理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学

研究課題/領域番号：25104001 2013年6月 - 2018年3月

文部科学省科学研究費補助金(新学術領域研究(研究領域提案型)) 新学術領域研究(研究領域提案型)

田原太平

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資金種別：競争的資金

「柔らかな分子系」では計1066報の論文発表に代表される大変高い研究成果があがった。この内56報は共同研究の成果であり、様々な企画を通じて行った努力によって理論、計測、創成を融合した研究が実現できた。国際学会で班員による13の基調講演を含む456もの招待講演が行われ、英国王立化学会の学術雑誌、Phys. Chem. Chem. Phys.に複雑分子系研究に関する特集号を発刊し、強力な国際発信ができた。若手研究者の育成を行い、大学の教授、准教授、助教を始めとした職に73名がついた。これらによって複雑系の分子科学の新しい学術領域と分野横断的研究ネットワークを予想を超えた高いレベルで創造できた。

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変異体情報に基づく回転モーター固定子タンパク質の立体構造モデリングと機能解析

研究課題/領域番号：23370066 2011年

文部科学省科学研究費補助金(基盤研究(B)) 基盤研究(B)

北尾彰朗

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

配分額：6630000円（直接経費：5100000円、間接経費：1530000円）

我々はアミノ酸変異情報に基づいてプロトン駆動型べん毛回転モーターMotA/B複合体の膜貫通部位の立体構造モデリングを行い、プロトン透過のメカニズムを分子シミュレーションから明らかにした。MotA/Bは内部に疎水性のチャネルを持ち、プロトンはこの内部をヒドロニウムイオンとして透過することが明らかになった。細胞質ドメインが剛体的に運動すると仮定するとプロトン化・非プロトン化のサイクルによって、ラチェット的動きを誘起できることも示した。この研究成果は、現在はProc Natl Acad Sci USAに印刷中である。

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タンパク質複合体形成・解離に関わるモードカップリング解析法開発

研究課題/領域番号：23107705 2011年

文部科学省科学研究費補助金(新学術領域研究(研究領域提案型)) 新学術領域研究(研究領域提案型)

北尾彰朗

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

配分額：3380000円（直接経費：2600000円、間接経費：780000円）

本研究では、タンパク質の複合体形成や解離のメカニズムを、構成する原子の集団的自由度（モード）間のカップリングというコンセプトを踏まえて、従来よりも詳細なレベルで明らかにするシミュレーション手法を開発することを目指してきた。
第1の研究成果として、分子シミュレーションを応用した構造変化を効率的にサンプリングする手法の開発と自由エネルギー地形計算に進展があったことがあげられる。開発した効率的にサンプリングする手法の１つがTransform and Relax Sampling (TRS)と呼ぶシミュレーション法である。この手法は、シミュレーション中にシステムにランダムな摂動を与えることで、タンパク質のソフトモードを励起するシミュレーション法である。この手法は、複合体形成・解離にカップリングすると思われるモードをタンパク質が持っている本質的に性質に注目することで効率的に抽出することを可能にしたものだと解釈できる。また、粗視化モデルと全原子モデルを組み合わせて効率的な超並列シミュレーションを行うMSFEL法を用いた自由エネルギー計算をいくつかのシステムで実行した。
次に２つの状態間をつなぐトラジェクトリを生成するPaCS-MD の開発を進めた。これは完全に独立な複数のトラジェクトリからターゲット構造に近いものを選択するプロセスを繰り返すことで、システムにバイアスをかけることなしに2状態間を接続するトラジェクトリを生成するものである。このシミュレーション法はタンパク質のフォールディング・アンフォールディングやドメイン運動、更に複合体形成時の構造変化を研究するために有効であることが明らかになった。
更にタンパク質が形成する複合体モデルを生成し、エネルギー計算からこれらを評価する手法を開発した。これ以外にも、本領域に参画することで、いくつかの重要な共同研究が生まれた。

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X線散漫散乱による生体分子の動的構造決定に向けた理論基盤の構築

研究課題/領域番号：21023006 2009年 - 2010年

文部科学省科学研究費補助金(特定領域研究) 特定領域研究

城地保昌, 北尾彰朗

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担当区分：連携研究者資金種別：競争的資金

配分額：4800000円（直接経費：4800000円）

蛋白質が担う分子機能を物理化学的に理解するには、蛋白質分子の協奏的な揺らぎを調べることが重要である。X線結晶回折データは、Bragg回折と散漫散乱に分けられる。蛋白質の協奏的揺らぎは、散漫散乱データに含まれる。しかし、その解析方法が確立されていないため、X線散漫散乱は、蛋白質の結晶構造解析では通常無視される。本研究は、X線散漫散乱データを利用して蛋白質の機能解析を行うため理論基盤を構築することを目的とする。平成21年度は、次の成果を得た。1. 理想系での取扱として、蛋白質分子の基準振動解析を行い、その結果から蛋白質結晶のX線散漫散乱データをシミュレートした。大きさの異なる4種類の蛋白質'(T4リゾチーム、マルトース結合蛋白質、ABC蛋白質MalK、グルタミン酸脱水素酵素)を用いて解析を行ったところ、分子サイズの大きく揺らぎが大きい蛋白質結晶では、散漫散乱強度が大きいことが明らかになった。さらに、結晶内のsolvent channelに存在する水

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バイオ分子間相互作用形態の階層的モデリング

2007年 - 2012年

JST戦略的創造研究推進制度（研究チーム型）（戦略的基礎研究推進事業：CREST）

北尾彰朗

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

マルチスケール・マルチフィジクスのシミュレーションを用いて蛋白質ー蛋白質および蛋白質ーリガンド複合体の構造予測をおこない、更に作用メカニズムを解明する

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サブミリ秒領域で探る超異方的ダイナミクスとフラストレーションの蛋白質機能への役割

研究課題/領域番号：19370062 2007年 - 2010年

文部科学省科学研究費補助金(基盤研究(B)) 基盤研究(B)

北尾彰朗, 城地保昌

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

配分額：18200000円（直接経費：14000000円、間接経費：4200000円）

広い時空間で蛋白質分子機能の詳細な原理を解明するため、ナノからサブマイクロ秒領域のダイナミクスに注目し、分子シミュレーションを用いて機能と密接に結びつく蛋白質ダイナミクスを観察し、超異方性とフラストレーションという観点から研究を行った。超並列シミュレーションによって自由エネルギー地形を計算する手法や複雑な多次元ダイナミクスから有意に相関する自由度を抽出する手法を開発しこれを用いることで、蛋白質ダイナミクスの機能との相関を明らかにした。

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分子シミュレーションで探るABCトランスポーターの膜輸送動力発生機構

研究課題/領域番号：19042005 2007年 - 2008年

文部科学省科学研究費補助金(特定領域研究) 特定領域研究

城地保昌, 北尾彰朗

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担当区分：連携研究者資金種別：競争的資金

配分額：6400000円（直接経費：6400000円）

本研究は、原子レベルの分子動力学計算を用いてABC蛋白質MalKのエネルギー地形を解析し、その動力発生機構を物理化学的に解明することを目的とする。ABC蛋白質MalKは、ATPの結合・加水分解に伴い立体構造変化することでABCトランスポーターの膜輸送動力を担っている。平成20年度は次の成果を得た。1. 状態変化によるMalKの応答(非平衡構造転移)のメカニズムを明らかにするために、Targeted Molecular Dynamics(TMD)の手法を用いて、強制的にMalKの構造転移をコンピュータ上に実現した。open⇔semi-openの素過程を観察したところ、基質結合部位とは異なる局所部位に蓄積されたフラストレーションが、構造転移にとって重要な役割を果たしていることが明らかになった。基質結合とこの部位の相関メカニズム解明は、今後の課題である。2. 平成20年度は、長時間分子動力学計算結果から蛋白質のエネルギー地形を記述する方法論の開発も行った。分子動力学計算結果を用いて蛋白質のエネルギー地形を

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実験び理論的アプローチから得られる蛋白質ダイナミクス情報の相関マッピング

研究課題/領域番号：07F07146 2007年 - 2008年

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費

北尾彰郎, 北尾彰朗, YANG Lee-Wei, YANG Lee Wei

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配分額：2200000円（直接経費：2200000円）

本研究では、理論モデルと実験的に得られる時間で平均したオブザーバブルによって特徴付けられる動的事象のタイムスケールを明らかにすることを目指してきた。具体的には、同じ蛋白質に関して得られたX線結晶解析による立体構造の温度困子やNMRオーダパラメータ、およびNMRで得られた構造分布に注目して研究を行ってきた。
今年度は、X線結晶解析・NMRや分子シミュレーションによって得られた天然構造蛋白質の立体構造アンサンブルを主成分分析等の手法を使って解析するオンラインサーバーPCA_MESTを開発した(Yang et al.,Bioinformatics,25,606-614 2009)。酵素蛋白質の活性部位や保存残基はこのサーバーを用いて解析できる構造ダイナミクスと強く相関しており、活性部位を予測するのに主成分分析に基づいた情報が有用であることが示された。
また、我々はタンパク質の配位子によって誘発された応答のスケールに興味を持ち、ミオグロビンがCO解離でどう反応するかを明らかにするため、時間依存の線形応答理論を導出した。MDシミュレーションを用いて、分光データと比較しながら応答のスケールを解析した。今年度は、MD計算によって得られた相関関数を用いる現実的モデルに加えて、多次元調和ポテンシャル上でのLangevin振動子を用いて摩擦の寄与も考慮した理想的モデルについても計算をおこなった。両方の方法論によって得られたスケールはラマンデータと比較をおこなった(現在投稿準備中)。

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既知ナノ生体物質の機能メカニズム解明」

2006年 - 2010年

文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクトナノ分野グランドチャレンジ研究

北尾彰朗

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担当区分：研究分担者

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構造変化における蛋白質のエネルギー地形階層性と水和の役割

研究課題/領域番号：18031006 2006年 - 2007年

文部科学省科学研究費補助金(特定領域研究) 特定領域研究

城地保昌, 北尾彰朗

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担当区分：連携研究者資金種別：競争的資金

配分額：5300000円（直接経費：5300000円）

本研究では、分子シミュレーションと中性子散乱により、蛋白質のエネルギー地形と水和の役割を研究している。本年度は水和状態(h=0.49g protein/g D_2O)と乾燥状態(h=0.09g protein/g D_2O)のStaphylococcal Nuclease結晶の分子動力学シミュレーションを100Kから300Kの6種類の温度で行い、その解析結果から以下の成果を得た。1.平均2乗揺らぎの温度依存性を水和状態と乾燥状態で比較した結果、水和状態の方が蛋白質のガラス性転移が顕著であることがわかった。水和状態では、300Kで水の平均2乗揺らぎが蛋白質と比べて2桁大きな値をとっており、水が蛋白質ダイナミクスに対して潤滑油の役割を果たしていると考えられる。一方、乾燥状態では、常温で水分子が主に蛋白質分子と水素結合し、お互いの揺らぎを制限している。以上のように、蛋白質のガラス性転移の起源には、蛋白質分子間相互作用と水分子の動きやすさが重要な役割を果たしている。2.通常の中性子散乱実験では、重水(D_2O)により水和さ

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生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構

研究課題/領域番号：16087101 2004年 - 2009年

文部科学省科学研究費補助金(特定領域研究) 特定領域研究

月原冨武, 大村敏博, 難波啓一, 有坂文雄, 福森義宏, 吉川信也, 佐藤主税, 北尾彰朗, 難波啓一, 有坂文雄, 大村敏博, 永田宏次, 神谷信夫

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担当区分：連携研究者資金種別：競争的資金

配分額：48900000円（直接経費：48900000円）

X線結晶構造解析と電子顕微鏡構造解析に加えて、両者を組み合わせた方法を開発して、結晶化困難な生体超分子も含めてそれらの原子分解能での構造決定に取り組んだ。また,X線結晶構造解析による高分解能解析に加えて、理論計算による実験的に追跡できない解析法を開発した。広範な生物科学研究者と構造研究者とが密接な連携協力して、これらの最先端の手法を活用し、生体超分子による高度な働きの仕組みの解明を行った。多くの成果を得て超分子構造生物学の発展に寄与できた。

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生体超分子立体構造・機能解析のためのシミュレーション法開発

研究課題/領域番号：16087202 2004年 - 2009年

文部科学省科学研究費補助金(特定領域研究) 特定領域研究

北尾彰朗

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

配分額：81100000円（直接経費：81100000円）

分子シミュレーションによって生体超分子の機能発現の素過程を観測するために、超並列計算機を最大限に活用して高解像度で生体超分子の機能発現の素過程をコンピュータ上で実現するための手法・ソフトウエアシステムを開発した。また、実験データを基に分子シミュレーションを用いて立体構造を構築し、エネルギー的に安定な立体構造へと精密化する方法を開発した。更に、より効率的に機能のメカニズムを研究するためのシミュレーション法を創出した。

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分子認識における蛋白質のエネルギー地形階層性と水和構造変化の役割

研究課題/領域番号：16041208 2004年 - 2005年

文部科学省科学研究費補助金(特定領域研究) 特定領域研究

北尾彰朗, 城地保昌

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

配分額：15200000円（直接経費：15200000円）

本研究では、昨年度に引き続き「段階的分子認識モデル」が既に示されているアルコール脱水素酵素等を主なターゲットとして以下の3つのことを明らかにすることを目指している。すなわち、(1)分子認識過程のシミュレーション、(2)分子認識過程におけるエネルギー地形の変化、(3)分子認識における水和構造変化の役割、である。本年度は昨年度に引き続き(1)(2)の解明をまず重点に研究をおこなった。「開」構造で結合ドメインにリガンドが結合した状態(結合中間状態)をシミュレーションの初期構造としてモデリングし、分子動力学シミュレーションを行い、リガンドが存在することによって開閉ドメインが移動し「閉」構造が出現する過程をシミュレートした。このシミュレーションの詳しい解析により、2量体で機能するアルコール脱水素酵素はドメインの動きに相関が見られることが明らかになった。これは一種のアロステリックが効果と考えられる。この成果は現在投稿中である(H

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分子認識における蛋白質のエネルギー地形階層性と水和構造変化の役割

研究課題/領域番号：16041208 2003年 - 2007年

日本学術振興会科学研究費補助金特定領域研究

北尾彰朗

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

本研究では、昨年度に引き続き「段階的分子認識モデル」が既に示されているアルコール脱水素酵素等を主なターゲットとして以下の3つのことを明らかにすることを目指している。すなわち、(1)分子認識過程のシミュレーション、(2)分子認識過程におけるエネルギー地形の変化、(3)分子認識における水和構造変化の役割、である。
本年度は昨年度に引き続き(1)(2)の解明をまず重点に研究をおこなった。「開」構造で結合ドメインにリガンドが結合した状態(結合中間状態)をシミュレーションの初期構造としてモデリングし、分子動力学シミュレーションを行い、リガンドが存在することによって開閉ドメインが移動し「閉」構造が出現する過程をシミュレートした。このシミュレーションの詳しい解析により、2量体で機能するアルコール脱水素酵素はドメインの動きに相関が見られることが明らかになった。これは一種のアロステリックが効果と考えられる。この成果は現在投稿中である(Hayward and Kitao)。(3)に関しては、これらのドメイン運動と水和構造変化の関係を明らかにするため解析を進行中である。
また、分子シミュレーションを用いて、構造ゆらぎのパターンと非干渉性中性子非弾性散乱実験データの関係を解析し、論文に発表した(Joti, Kitao, Go, J.Am.Chem.Soc, 2005)。これにより150K以下の低温で観測されるボゾンピークの起源は水和によるエネルギー面の微細構造であることを明らかにし、機能と密接に関与しているといわれているガラス転移との関係も示した

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大規模分子動力学法で探るバイオナノマシンの作動原理

研究課題/領域番号：15300103 2003年 - 2006年

文部科学省科学研究費補助金(基盤研究(B)) 基盤研究(B)

北尾彰朗, 石田恒, 城地安昌

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

配分額：15900000円（直接経費：15900000円）

本研究では、大規模分子動力学シミュレーションによって様々な実験データを満足する原子レベルの超らせん構造を構築すると共に、構造多型の分子メカニズムを解明することに成功した。超らせん構造構築のメカニズムには以下の3種類の相互作用が鍵となることがわかった。パーマネント相互作用は様々な超らせん構造において常に保たれる。スライディング相互作用は可変な疎水性および親水性アミノ酸残基ペアの間で形成され、大きなエネルギー変化なしに蛋白質サブユニット間のずれを許容する。スイッチ相互作用の形成と解消はサブユニット問相互作用とサブユニット内相互作用をそれぞれ安定化する。我々は構造多型の原因は両者の相互作用のフラストレーションであると結論付けた。超らせん構造間の転移は「変形=>緩和」機構によって起こる。すなわち、繊維構造は幾何学的に急速に変形させられ、その後相互作用を再構成しながら徐々にエネルギー的準安定状態へ緩和す

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大規模分子動力学法で探るバイオナノマシンの作動原理

研究課題/領域番号：15300103 2002年 - 2006年

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(B)

北尾彰朗, 城地安昌, 石田恒

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資金種別：競争的資金

本研究では、大規模分子動力学シミュレーションによって様々な実験データを満足する原子レベルの超らせん構造を構築すると共に、構造多型の分子メカニズムを解明することに成功した。超らせん構造構築のメカニズムには以下の3種類の相互作用が鍵となることがわかった。パーマネント相互作用は様々な超らせん構造において常に保たれる。スライディング相互作用は可変な疎水性および親水性アミノ酸残基ペアの間で形成され、大きなエネルギー変化なしに蛋白質サブユニット間のずれを許容する。スイッチ相互作用の形成と解消はサブユニット問相互作用とサブユニット内相互作用をそれぞれ安定化する。我々は構造多型の原因は両者の相互作用のフラストレーションであると結論付けた。超らせん構造間の転移は「変形=>緩和」機構によって起こる。すなわち、繊維構造は幾何学的に急速に変形させられ、その後相互作用を再構成しながら徐々にエネルギー的準安定状態へ緩和することを明らかにし為。また、細菌べん毛繊維の構築メカニズムの探るため、べん毛繊維蛋白質フラジェリンのアンフォールディングメカニズムに注目した研究を行った。フラジェリンは細胞質内で作られたあと、輸送システムによってべん毛繊維内部の空隙を通ってその末端まで輸送され、末端に会合することが知られている。べん毛繊維繊維内の空隙はフォールドしたモノマーより小さいため、フラジェリンは輸送される際に構造を変化させ、部分的あるいは全体がアンフォールドする必要があると考えられる。輸送前の構造解消と輸送後の構造再構成の仕組みを探るため、熱変性によるアンフォールディングシミュレーションをおこない、比較的硬い部位と構造が変化しにくい部位・しやすい部位を明らかにすることができた。具体的には、ドメインD2とD3には「コア」的な部位があることが示された。現在、更に詳細な解析を進めている。

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タンパク質複合体の立体構造と機能の予測

研究課題/領域番号：13208010 2001年 - 2004年

文部科学省科学研究費補助金(特定領域研究(C), 特定領域研究) 特定領域研究(C), 特定領域研究

木寺詔紀, 北尾彰朗, 池口満徳

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担当区分：連携研究者資金種別：競争的資金

配分額：64400000円（直接経費：64400000円）

立体構造のデータベース解析(1)All-βタンパク質の立体構造分類:トポロジーの‘Ring'型の構造と‘Zipper'型の構造に注目する新規のAll-βタンパク質の立体構造分類法を提案した。実際、All-βタンパク質の92%が‘Ring'型を、60%が‘Zipper'型の構造を取っている。この分類結果は、大きなcontact orderを持つAll-βタンパク質のフォールディング経路との関わりがある。(2)確率的アラインメント法:アミノ酸配列と立体構造を確率的に表現する確率的アラインメント法を開発した。有限温度におけるエントロピーのバイアスは周期境界条件によって防がれている。この方法を用いて、円順列配列を持つTIM-barrelとβ-trefbil構造の内部対称性と、遠い進化的類縁関係を正しく検出することができた。分子機能のシミュレーション解析(1)超並列高速分子動力学計算ソフトウェアMARBLEの開発1超並列計算機で高速な計算を可能にする分子動力学計算プログラムを開発した。そこでは、部分剛体法がsymplecticな積分の元で

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構造ゲノム情報からの蛋白質のやわらかさと機能の関係を探る

研究課題/領域番号：12208027 2000年

文部科学省科学研究費補助金(特定領域研究(C)) 特定領域研究(C)

北尾彰朗

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

蛋白質の立体構造のパターンは数千程度と予想されている。これから類推すると蛋白質機能のパターンも同程度のオーダーであると考えるのが妥当であろう。蛋白質の機能のメカニズムを理解するためには、蛋白質の立体構造を静的にとらえるのでは不十分であり、動的立体構造すなわちゆらぎが重要である。蛋白質の機能メカニズムのパターンを系統的に調べるために、ゆらぎのパターンを調べることが必要となってくる。将来的にはすべてのゆらぎのパターンを調べることが重要であるが、本研究ではまず免疫系の蛋白質の多くに含まれているイムノグロブリンドメインに注目することにした。ひとつの蛋白質のゆらぎのパターンにおいても、局所的なものからドメインのゆらぎまで様々なレベルのものがあるが、ここでは(1)いわゆるドメインのゆらぎ、(2)実際に観測されるのゆらぎや構造変化(複数の結晶構造や分子シミュレーションから得られるもの)から定義されるリジッドな構造

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蛋白質中の化学反応はどのように構造変化を引き起こすエネルギーに変換されるか

研究課題/領域番号：11480192 1999年 - 2001年

文部科学省科学研究費補助金(基盤研究(B)) 基盤研究(B)

木寺詔紀, 北尾彰朗, 木下賢吾

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担当区分：連携研究者資金種別：競争的資金

配分額：13500000円（直接経費：13500000円）

蛋白質の非線形な運動を捉える試みとして、弱い摂動としての非線形運動の蛋白質におけるあり方を探る研究を行った。具体的には、非線型性の効果が抑えられている0K近傍と有限の温度でのミオグロビンの分子動力学シミュレーションを行い、振動エネルギー緩和の様子を解析した。0Kでは、非線型運動の基礎となるモードカップリングは、単純な低分子系と同じ3次のカップリングに基づいたフェルミ共鳴で記述できることが分かった。これは、運動エネルギーが移動していく先のモードが、(1)周波数の関係ω=ω1+ω2のようなフェルミ共鳴条件を満たす、(2)モードが立体構造上オーバーラップしている(これはそのまま3次のカップリング係数が大きいことと等価である)の2条件によって選択されていることからの知見である。有限温度では、0Kとは異なり、共鳴型のエネルギー移動は観測されず、3次以上のモードカップリングによるエネルギー移動が観測された。これは、共鳴型のエネルギ

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免疫系におけるCD2/CD58複合体形成の分子メカニズム

研究課題/領域番号：11680657 1999年 - 2001年

文部科学省科学研究費補助金(基盤研究(C)) 基盤研究(C)

北尾彰朗

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

配分額：3600000円（直接経費：3600000円）

本研究では、CD2とCD58の複合体形成のメカニズムを解明するため、実験データ(主にNMR)及び分子シミュレーションを用い、以下の3点を明らかにすることを目標としている。目的1、CD2/CD58複合体形成に伴う蛋白質の構造及びダイナミックスの変化を原子レベルで解明する。目的2、CD2/CD58複合体が、どの残基のどの化学基がどのような相互作用(静電相互作用・疎水相互作用等)によって安定化されているかを、アミノ酸置換に伴う結合エネルギーの変化から定量的に評価する。目的3、1と2の結果を踏まえ、CD2/CD58複合体形成のシグナル伝達における役割を解明する。本年度の実績は以下のとおりである。目的1に関しては構造精密化の方法において大きな進展があった。構造精密化においては、多数の立体構造に関してその近傍でのゆらぎを明らかにする必要がある。そのために分子動力学法を用いて構造のサンプリングをおこなってきた。この段階で通常の分子動力学法ではなく、アンブレラサン

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タンパク質のエネルギー面階層性とモードカップリング

研究課題/領域番号：09640461 1997年 - 1998年

文部科学省科学研究費補助金(基盤研究(C)) 基盤研究(C)

北尾彰朗

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

配分額：2100000円（直接経費：2100000円）

今年度は、タンパク質エネルギ-面の階層性について重点的に研究を行った。まず溶液中で1ナノ秒間のヒト・リゾチ-ムのダイナミックスを分子動力学を用いて再現した。タンパク質は自由度が多いため、そのダイナミックスをモ-ドに分解して観察する必要がある。このような方法のうち最も代表的なものは、我々が提唱してきた、2次モ-メントを用いてタンパク質の異方性をよく再現する集団座標を用いる方法である。この方法を更に発展させ、タンパク質の固有の物理的な仮定を導入することで、物理的な描像を与えることを可能にしたのがJAMモデルである。このモデルでは、各エネルギ-極小点近傍での揺らぎと極小間のジャンプを区別して解析することが可能になる。この分布の解析から、極小点は多数のモ-ドの軸方向にまんべんなく分布しているのではなく、少数のモ-ド(全体の5%)の軸方向にのみ広く分布し、他の95%の軸方向には、極小点が1つしか存在しないことが明らかになった

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タンパク質立体構造の構築原理研究の総括

研究課題/領域番号：07280102 1995年 - 1999年

文部科学省科学研究費補助金(重点領域研究, 特定領域研究(A), 重点領域研究) 重点領域研究, 特定領域研究(A), 重点領域研究

郷信広, 野口俊之, 大島泰郎, 阿久津秀雄, 郷通子, 北尾彰朗, 中村春木, 桑嶋邦博, 油谷克英, 木寺詔紀, 輪湖博, 北尾彰郎

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担当区分：連携研究者資金種別：競争的資金

配分額：49700000円（直接経費：49700000円）

4年間の研究期間で始められたこの特定領域研究の目標は、「蛋白質のアミノ酸配,列に立体構造と機能に関する情報がいかに書き込まれているか」を、生物進化的および物理化学的観点の両面から明らかにすることであった。研究の発足時には、蛋白質立体構造の基本型が1000個程度の有限な数に限られるとの見通しの下に、立体構造未知のアミノ酸配列を既知の立体構造に乗せ、その適合性を判定することによって立体構造を予測するプログラムが想定された。4年間の研究の成果は、予測と言う実用的目標に関しては、じわじわと進歩しているものの、快刀乱麻とは行かず、問題の複雑さが明らかになった。その様な最先端の研究を組織できたと同時に、わが国のこの分野の研究の活性化に大きな寄与をした。年1回開いてきた本研究主催の公開ワークショップには、400人を超える参加者があり、200件を超える一般ポスター発表が行なわれた。平成11年度には、得られた多様な成果を取りま

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タンパク質立体構造の安定性・ダイナミックス・折れたたみ機構

研究課題/領域番号：07280103 1995年 - 1998年

文部科学省科学研究費補助金(重点領域研究, 特定領域研究(A), 重点領域研究) 重点領域研究, 特定領域研究(A), 重点領域研究

油谷克英, 城所俊一, 後藤祐児, 伊倉貞吉, 北尾彰朗, 櫛田孝司, 山縣ゆり子, 片岡幹雄, 熊谷泉, 城所俊一, 木寺詔紀

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担当区分：連携研究者資金種別：競争的資金

配分額：244200000円（直接経費：244200000円）

本計画研究班では、「蛋白質立体構造の構築原理」の物理・化学的側面を解明する。「構築原理」の物理・化学的側面を解明するために、(1)ヒト・リゾチームを集中的に研究する課題と(2)種々の蛋白質を用いて立体構造の安定性・ダイナミックス・折れたたみ機構に関するそれぞれの重要な問題を解決する課題に分かれている。(1)の課題(油谷、山縣、北尾)は、系統的で網羅的なヒトリゾチーム変異型を作成し(100種以上)、得られた全ての変異型について、カロリメトリーにより熱変性の熱力学的パラメータを求めると同時にX線結晶構造解析を行い変異に伴う構造変化を調べた。蓄積されたデータを基に、変異蛋白質の安定性の変化と構造の変化の相関を検討し、個々の安定化因子の定量化に成功した。そこでは、二次構造の傾向性、水分子の導入、水素結合の形成と消失、極性基(polar)なびに非極性基(non-polar)の変性に伴う表面露出面積の差(DDASA)などを考慮した。これらの結果は、非極性基

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チトクロ-ムb5における電子伝達反応のダイナミックス

研究課題/領域番号：06680650 1994年 - 1995年

文部科学省科学研究費補助金(一般研究(C)) 一般研究(C)

北尾彰朗, 郷信広

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担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

配分額：2200000円（直接経費：2200000円）

本研究では、非断熱電子伝達反応の反応速度定数を決定している電子カップリング因子とFrank-Condon因子のうち、後者を決定する方法を外国人共同研究者のゴ-タム・バス-氏と協力して開発してきた。平成6年度は、規準振動モ-ドからから反応座標を決定してFrank-Condon因子を計算する手法の開発をおこなうと共に試行計算として溶媒の効果を考慮しないケ-スに検討を加えた。また、本研究は当初チトクロ-ムb5を対象としていたが、まず溶液構造がNMRにより決定されているチトクロ-ムcについて計算をおこなうことにした。これらの計算を詳しく分析した結果、我々の扱っている系においては溶媒環境からの寄与の重要性が改めた明らかになった。そこで平成7年度は、前年度に構築した理論的枠組みに更に溶媒効果を取り入れる方法を導入することにした。溶媒の影響を取り込む方法としては、タンパク質分子近傍の水分子をあらわに考慮した分子動力学計算が一般的であるが、これまで構築し

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タンパク質のダイナミックス

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資金種別：競争的資金

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蛋白質分子の設計

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資金種別：競争的資金

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タンパク質の複合体形成原理

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資金種別：競争的資金

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タンパク質の立体構造安定性

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資金種別：競争的資金

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担当経験のある科目（授業）

生命情報学２

2025年7月 - 現在機関名：東京科学大学

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生命情報学３

2025年7月 - 現在機関名：東京科学大学

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基盤データサイエンス

2022年12月 - 2023年2月機関名：東京工業大学

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物理化学第三

2019年9月 - 現在機関名：東京工業大学生命理工学院

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生命情報学

2019年3月 - 現在機関名：東京工業大学生命理工学院

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基礎実験

2018年4月 - 現在機関名：東京工業大学生命理工学院

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生物計算科学

2017年9月 - 現在機関名：東京工業大学生命理工学院

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生物情報科学特別講義

2005年 - 2009年機関名：東京大学理学部生物情報学科

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情報生命科学輪講

2005年機関名：東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻

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生物物理学II

機関名：東京大学理学部物理学科

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生物物理学特論

機関名：東京大学大学院理学系研究科物理学専攻

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物理学特別講義ＡＸＶ

機関名：東京大学大学院理学系研究科物理学専攻

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蛋白質立体構造解析学

機関名：東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻

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全学自由研究ゼミナール

機関名：東京大学教養学部

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情報生命科学特別研究

機関名：東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻

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情報生命科学演習

機関名：東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻

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応用物理学第１

機関名：慶應義塾大学

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化学演習（熱力学・統計力学）

機関名：京都大学理学部化学科

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化学演習（量子・統計）

機関名：京都大学理学部化学科

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現代化学セミナー

機関名：京都大学理学部化学科

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量子化学研究特論

機関名：京都大学大学院理学研究科化学専攻

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化学実験

機関名：京都大学理学部化学科

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計算機演習

機関名：京都大学理学部化学科

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生命と情報

機関名：筑波大学第三学類工学システム学類

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物理学特別講義A

機関名：慶應義塾大学大学院理工学研究科物理学専攻

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生体高分子動力学

機関名：京都大学大学院理学研究科化学専攻

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メディア報道

Clarifying the mechanisms that are the "key to activation" of G protein coupled receptors Results from Tokyo Institute of Technology, RIKEN, and others Receptors in which multiple states coexist, with changing ratios インターネットメディア

Science Japan 2021年6月

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Gタンパク質共役受容体「活性化の鍵」仕組み解明新聞・雑誌

科学新聞 2面 2021年4月

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執筆者：本人以外

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Conformational equilibria in GPCRs provides critical clues about activation mechanisms インターネットメディア

AAAS EurekAlert! 2021年3月

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GAS7 protein allows cells to eat インターネットメディア

Science Daily Science Daily 2019年10月

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執筆者：本人以外

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TRPV4イオンチャネルのアンキリンリピートドメインとPI(4,5)P2の相互作⽤による新たな制御機構【生物物理】インターネットメディア

メディカルオンライン 2015年10月

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執筆者：本人以外

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東大、大腸菌のべん毛モーターのイオン透過機構を解明新聞・雑誌

日経プレスリリース 2015年6月

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タンパク質の柔らかな運動を誘起する分子シミュレーション【⽣物物理】インターネットメディア

メディカルオンライン 2014年6月

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Virus uses 'Swiss Army Knife' protein to cause infection インターネットメディア

ACS News Service Weekly PressPac 2011年8月

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