2026/03/27 更新

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ホンゴウ　ユウイチ
本郷　裕一
HONGOH Yuichi
所属
生命理工学院 教授
職名
教授
ホームページ
http://www.hongoh.bio.titech.ac.jp/
外部リンク

学位

  • 博士（理学） （ 東京大学大学院 ）

研究キーワード

  • Entomology

  • Microbiology

  • Molecular Ecology

  • Symbiology

  • 分子進化

  • 微生物生態

  • 難培養性微生物

  • Environmental Genomics

  • 昆虫

  • 環境ゲノム

  • 共生

  • 分子生態学

研究分野

  • ライフサイエンス / 多様性生物学、分類学

  • ライフサイエンス / 分子生物学

  • ライフサイエンス / ゲノム生物学

  • ライフサイエンス / 生態学、環境学

  • ライフサイエンス / 進化生物学

学歴

  • 東京大学   大学院理学系研究科   生物科学専攻 博士課程

    1996年4月 - 2000年3月

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    国名： 日本国

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  • University of Tokyo   Graduate School of Sciences   Depratment of Biological Sciences

    - 2000年

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  • 東京大学   大学院理学系研究科   生物科学専攻 修士課程

    1993年4月 - 1996年3月

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  • 東京大学   理学部   生物学科 動物学教室

    1989年4月 - 1993年3月

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    国名： 日本国

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  • 私立武蔵高校

    1985年4月 - 1988年3月

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経歴

  • 東京科学大学   生命理工学院   教授

    2024年10月 - 現在

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    国名：日本国

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  • 東京工業大学   生命理工学院   教授

    2014年11月 - 2024年9月

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    国名：日本国

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  • 東京工業大学   生命理工学研究科   准教授

    2009年 - 2014年

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  • 理化学研究所   協力研究員

    2007年 - 2009年

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  • 理化学研究所   基礎科学特別研究員

    2004年 - 2007年

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  • 科学技術振興事業団   国際共同研究プロジェクト   研究員（タイ駐在）

    2000年 - 2004年

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  • 日本学術振興事業団   特別研究員(DC2)

    1997年 - 1999年

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所属学協会

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委員歴

  • 日本共生生物学会   理事  

    2024年1月 - 現在   

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    団体区分：学協会

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  • 日本微生物生態学会   評議員  

    2022年1月 - 現在   

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    団体区分：学協会

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  • 日本ゲノム微生物学会   評議員  

    2020年 - 現在   

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    団体区分：学協会

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  • 国際微生物生態学会   The ISME Journal Editorial Board  

    2017年 - 2021年9月   

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    団体区分：学協会

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  • 日本微生物生態学会   評議員  

    2017年 - 2020年   

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    団体区分：学協会

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  • 日本微生物生態学会   評議員  

    2011年 - 2014年   

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    団体区分：学協会

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  • 日本農芸化学会   代議員  

    2010年 - 2011年   

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    団体区分：学協会

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論文

  • Reclassification of the genus Dysgonomonas and description of Dysgonomonas reticulitermitis sp. nov. and Viscerimonas tarda gen. nov., sp. nov. from the gut of the subterranean termite Reticulitermes speratus 査読

    K. Takahashi, A. Hisatom, K. Mori, M. Yuki, S. Noda, Y. Hongoh, M. Ohkuma, M. Sakamoto

    Int. J. Syst. Evol. Microbiol.   76 ( 1 )   2026年1月

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    記述言語：英語  

    DOI： 10.1099/ijsem.0.007031

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  • Field dynamics of the root endosphere microbiome assembly in paddy rice cultivated under no fertilizer input 査読 国際誌

    Asahi Adachi, John Jewish Dominguez, Yuniar Devi Utami, Masako Fuji, Sumire Kirita, Shunsuke Imai, Takumi Murakami, Yuichi Hongoh, Rina Shinjo, Takehiro Kamiya, Toru Fujiwara, Kiwamu Minamisawa, Naoaki Ono, Shigehiko Kanaya, Yusuke Saijo

    Plant And Cell Physiology   pcaf045   2025年6月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

    Abstract

    Plants accommodate diverse microbial communities, termed the microbiome, which can change dynamically during plant adaptation to varying environmental conditions. However, the direction of these changes and the underlying mechanisms driving them, particularly in crops adapting to the field conditions, are not well understood. Here, we investigate the root endosphere microbiome of rice (Oryza sativa ssp. japonica) across four consecutive cultivation seasons in a high-yield, non-fertilized, and pesticide-free paddy field, compared with a neighboring fertilized and pesticide-treated field. Using 16S rRNA amplicon and metagenome sequencing, we analyzed three Japonica cultivars—Nipponbare, Hinohikari, and Kinmaze. Our findings reveal that the root endosphere microbiomes diverge based on fertilization regime and plant developmental stages, while the effects of cultivar variation are less significant. Machine learning model and metagenomic analysis of nitrogenase (nif) genes suggest enhanced nitrogen fixation activity in the non-fertilized field-grown roots, highlighting a potential role of diazotrophic, iron-reducing bacteria Telmatospirillum. These results provide valuable insights into the assembly of the rice root microbiome in nutrient-poor soil, which can aid in managing microbial homeostasis for sustainable agriculture.

    DOI： 10.1093/pcp/pcaf045

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  • Functional division of labor in motility, lignocellulose digestion, and nitrogen metabolism revealed for the Mixotricha paradoxa holobiont

    Jieyang Fu, Yiting Liu, Takuya Yoshioka, Katsura Igai, Takako Mabuchi, Kumiko Kihara, Takumi Murakami, Nathan Lo, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh

    The ISME Journal   19 ( 1 )   2025年1月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

    Abstract

    Mixotricha paradoxa is a large cellulolytic flagellate present in the hindgut of the termite Mastotermes darwiniensis. This parabasalid flagellate is unique in its reliance on ectosymbiotic spirochetes for motility. We analyzed the transcriptome of M. paradoxa and the genomes of the ectosymbiotic spirochete Propulsinema mixotrichae (“Treponematales”), the rod-shaped ectosymbiont Synergitannerella mixotrichae (Bacteroidales), and the endosymbiont Endomicrobiellum mixotrichae (Endomicrobiales), all of which are obligately associated with M. paradoxa and were taxonomically described in this study. Mixotricha paradoxa highly expressed genes for diverse glycoside hydrolases (GHs) and likely ferments sugars to H2, CO2, acetate, ethanol, and glycerol. Similar to the case for parasitic parabasalids such as Trichomonas vaginalis, transcripts for biosynthesis of nucleotides and many amino acids were not detected in our analyses of M. paradoxa. Propulsinema mixotrichae possesses genes encoding proteins for the assembly of flagella and for those in pathways associated with chemotaxis and dinitrogen fixation. Such genes are absent in S. mixotrichae, which instead possesses numerous genes encoding glycoside hydrolase enzymes, which are largely complementary to the glycoside hydrolase repertoire of M. paradoxa. Endomicrobiellum mixotrichae appears to provide nucleotides and nine amino acids to its host, which in turn likely supplies three amino acids, including tryptophan, to E. mixotrichae. Because bacterial cells, in addition to wood particles, were observed in food vacuoles of M. paradoxa, these ecto- and endosymbionts may be digested by the flagellate host. Overall, the distinct roles of each symbiont highlight the efficient functional division of labor that has evolved in this holobiont.

    DOI： 10.1093/ismejo/wraf178

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    その他リンク： https://academic.oup.com/ismej/article-pdf/19/1/wraf178/64088606/wraf178.pdf

  • Facultative endosymbiosis between cellulolytic protists and methanogenic archaea in the gut of the Formosan termite Coptotermes formosanus 査読 国際誌

    Masayuki Kaneko, Tatsuki Omori, Katsura Igai, Takako Mabuchi, Miho Sakai-Tazawa, Arisa Nishihara, Kumiko Kihara, Tsuyoshi Yoshimura, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh

    ISME Communications   4 ( 1 )   ycae09   2024年7月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

    Abstract

    Anaerobic protists frequently harbour methanogenic archaea, which apparently contribute to the hosts’ fermentative metabolism by consuming excess H2. However, the ecological properties of endosymbiotic methanogens remain elusive in many cases. Here we investigated the ecology and genome of the endosymbiotic methanogen of the Cononympha protists in the hindgut of the termite Coptotermes formosanus. Microscopic and 16S rRNA amplicon sequencing analyses revealed that a single species, designated here “Candidatus Methanobrevibacter cononymphae”, is associated with both Cononympha leidyi and Cononympha koidzumii and that its infection rate in Cononympha cells varied from 0.0% to 99.8% among termite colonies. Fine-scale network analysis indicated that multiple 16S rRNA sequence variants coexisted within a single host cell and that identical variants were present in both Cononympha species and also on the gut wall. Thus, “Ca. Methanobrevibacter cononymphae” is a facultative endosymbiont, transmitted vertically with frequent exchanges with the gut environment. Indeed, transmission electron microscopy showed escape or uptake of methanogens from/by a Cononympha cell. The genome of “Ca. Methanobrevibacter cononymphae” showed features consistent with its facultative lifestyle: i.e., the genome size (2.7 Mbp) comparable to those of free-living relatives; the pseudogenization of the formate dehydrogenase gene fdhA, unnecessary within the non-formate-producing host cell; the dependence on abundant acetate in the host cell as an essential carbon source; and the presence of a catalase gene, required for colonization on the microoxic gut wall. Our study revealed a versatile endosymbiosis between the methanogen and protists, which may be a strategy responding to changing conditions in the termite gut.

    DOI： 10.1093/ismeco/ycae097

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    その他リンク： https://academic.oup.com/ismecommun/article-pdf/4/1/ycae097/58684733/ycae097.pdf

  • Transmission dynamics of symbiotic protist communities in the termite gut: association with host adult eclosion and dispersal 査読 国際誌

    Tatsuya Inagaki, Katsura Igai, Kazuki Takahashi, Yuichi Hongoh

    Royal Society Open Science   11 ( 5 )   231527   2024年5月

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    担当区分：最終著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：The Royal Society  

    The fidelity of vertical transmission is a critical factor in maintaining mutualistic associations with microorganisms. The obligate mutualism between termites and intestinal protist communities has been maintained for over 130 million years, suggesting the faithful transmission of diverse protist species across host generations. Although a severe bottleneck can occur when alates disperse with gut protists, how protist communities are maintained during this process remains largely unknown. In this study, we examined the dynamics of intestinal protist communities during adult eclosion and alate dispersal in the termite Reticulitermes speratus . We found that the protist community structure in last-instar nymphs differed significantly from that in workers and persisted intact during adult eclosion, whereas all protists disappeared from the gut during moults between worker stages. The number of protists in nymphs and alates was substantially lower than in workers, whereas the proportion of protist species exhibiting low abundance in workers was higher in nymphs and alates. Using a simulation-based approach, we demonstrate that such changes in the protist community composition of nymphs and alates improve the transmission efficiency of whole protist species communities. This study thus provides novel insights into how termites have maintained mutualistic relationships with diverse gut microbiota for generations.

    DOI： 10.1098/rsos.231527

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    その他リンク： https://royalsocietypublishing.org/doi/full-xml/10.1098/rsos.231527

  • Emergence of putative energy parasites within Clostridia revealed by genome analysis of a novel endosymbiotic clade 査読 国際誌

    Kazuki Takahashi, Hirokazu Kuwahara, Yutaro Horikawa, Kazuki Izawa, Daiki Kato, Tatsuya Inagaki, Masahiro Yuki, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh

    The ISME Journal   17 ( 11 )   1895 - 1906   2023年8月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

    Abstract

    The Clostridia is a dominant bacterial class in the guts of various animals and are considered to nutritionally contribute to the animal host. Here, we discovered clostridial endosymbionts of cellulolytic protists in termite guts, which have never been reported with evidence. We obtained (near-)complete genome sequences of three endosymbiotic Clostridia, each associated with a different parabasalid protist species with various infection rates: Trichonympha agilis, Pseudotrichonympha grassii, and Devescovina sp. All these protists are previously known to harbor permanently-associated, mutualistic Endomicrobia or Bacteroidales that supplement nitrogenous compounds. The genomes of the endosymbiotic Clostridia were small in size (1.0–1.3 Mbp) and exhibited signatures of an obligately-intracellular parasite, such as an extremely limited capability to synthesize amino acids, cofactors, and nucleotides and a disrupted glycolytic pathway with no known net ATP-generating system. Instead, the genomes encoded ATP/ADP translocase and, interestingly, regulatory proteins that are unique to eukaryotes in general and are possibly used to interfere with host cellular processes. These three genomes formed a clade with metagenome-assembled genomes (MAGs) derived from the guts of other animals, including human and ruminants, and the MAGs shared the characteristics of parasites. Gene flux analysis suggested that the acquisition of the ATP/ADP translocase gene in a common ancestor was probably key to the emergence of this parasitic clade. Taken together, we provide novel insights into the multilayered symbiotic system in the termite gut by adding the presence of parasitism and present an example of the emergence of putative energy parasites from a dominant gut bacterial clade.

    DOI： 10.1038/s41396-023-01502-0

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    その他リンク： https://www.nature.com/articles/s41396-023-01502-0

  • Insights into the physiological and genomic characterization of three bacterial isolates from a highly alkaline, terrestrial serpentinizing system 査読 国際共著 国際誌

    Jaclyn Thompson, Casey Barr, Lydia Babcock-Adams, Lina Bird, Eugenio La Cava, Arkadiy Garber, Yuichi Hongoh, Mark Liu, Kenneth H. Nealson, Akihiro Okamoto, Daniel Repeta, Shino Suzuki, Clarissa Tacto, Michelle Tashjian, Nancy Merino

    Frontiers in Microbiology   14   e1179857   2023年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Frontiers Media SA  

    The terrestrial serpentinite-hosted ecosystem known as “The Cedars” is home to a diverse microbial community persisting under highly alkaline (pH ~ 12) and reducing (Eh < −550 mV) conditions. This extreme environment presents particular difficulties for microbial life, and efforts to isolate microorganisms from The Cedars over the past decade have remained challenging. Herein, we report the initial physiological assessment and/or full genomic characterization of three isolates: Paenibacillus sp. Cedars (‘Paeni-Cedars’), Alishewanella sp. BS5-314 (‘Ali-BS5-314’), and Anaerobacillus sp. CMMVII (‘Anaero-CMMVII’). Paeni-Cedars is a Gram-positive, rod-shaped, mesophilic facultative anaerobe that grows between pH 7–10 (minimum pH tested was 7), temperatures 20–40°C, and 0–3% NaCl concentration. The addition of 10–20 mM CaCl2 enhanced growth, and iron reduction was observed in the following order, 2-line ferrihydrite > magnetite > serpentinite ~ chromite ~ hematite. Genome analysis identified genes for flavin-mediated iron reduction and synthesis of a bacillibactin-like, catechol-type siderophore. Ali-BS5-314 is a Gram-negative, rod-shaped, mesophilic, facultative anaerobic alkaliphile that grows between pH 10–12 and temperatures 10–40°C, with limited growth observed 1–5% NaCl. Nitrate is used as a terminal electron acceptor under anaerobic conditions, which was corroborated by genome analysis. The Ali-BS5-314 genome also includes genes for benzoate-like compound metabolism. Anaero-CMMVII remained difficult to cultivate for physiological studies; however, growth was observed between pH 9–12, with the addition of 0.01–1% yeast extract. Anaero-CMMVII is a probable oxygen-tolerant anaerobic alkaliphile with hydrogenotrophic respiration coupled with nitrate reduction, as determined by genome analysis. Based on single-copy genes, ANI, AAI and dDDH analyses, Paeni-Cedars and Ali-BS5-314 are related to other species (P. glucanolyticus and A. aestuarii, respectively), and Anaero-CMMVII represents a new species. The characterization of these three isolates demonstrate the range of ecophysiological adaptations and metabolisms present in serpentinite-hosted ecosystems, including mineral reduction, alkaliphily, and siderophore production.

    DOI： 10.3389/fmicb.2023.1179857

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  • Agarose gel microcapsules enable easy-to-prepare, picolitre-scale, single-cell genomics, yielding high-coverage genome sequences 査読 国際誌

    Hiroyoshi Aoki, Yuki Masahiro, Michiru Shimizu, Yuichi Hongoh, Moriya Ohkuma, Yutaka Yamagata

    Scientific Reports   12 ( 1 )   2022年10月

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    担当区分：最終著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/s41598-022-20923-z

    Web of Science

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    その他リンク： https://www.nature.com/articles/s41598-022-20923-z

  • Coevolution of Metabolic Pathways in Blattodea and Their Blattabacterium Endosymbionts, and Comparisons with Other Insect-Bacteria Symbioses 査読

    Yukihiro Kinjo, Thomas Bourguignon, Yuichi Hongoh, Nathan Lo, Gaku Tokuda, Moriya Ohkuma

    Microbiology Spectrum   2022年9月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Society for Microbiology  

    The long-term coevolution between insects and their obligate endosymbionts is accompanied by increasing levels of genome integration, sometimes to the point that metabolic pathways require enzymes encoded in two genomes, which we refer to as “collaborative pathways”. To date, collaborative pathways have only been reported from sap-feeding insects.

    DOI： 10.1128/spectrum.02779-22

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  • Improving the nutritional value and bioactivity of soybean meal in solid-state fermentation using Bacillus strains newly isolated from the gut of the termite Termes propinquus. 査読 国際誌

    Maneeploy Nualkul, Bundit Yuangsoi, Yuichi Hongoh, Akinori Yamada, Pinsurang Deevong

    FEMS Microbiology Letters   369 ( 1 )   2022年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    The present study aimed to isolate and characterize proteolytic Bacillus spp. from termite guts to test the possibility of application for improving the nutritional value and bioactivity of fermented soybean meal (FSBM). Aerobic endospore-forming bacteria were isolated from the gut of the termite Termes propinquus. Ten isolates with high levels of soy milk degradation were selected and tested for extracellular enzyme production. Among them, two isolates, Tp-5 and Tp-7, exhibited all tested hydrolytic enzyme activities (cellulase, xylanase, pectinase, amylase, protease, lipase and phytase), weak alpha hemolytic and also antagonistic activities against fish pathogenic species of Aeromonas and Streptococcus. Both phylogenetic and biochemical analyses indicated that they were closely related to Bacillus amyloliquefaciens. During solid-state fermentation of SBM, Tp-5 and Tp-7 exhibited the highest protease activity (1127.2 and 1552.4 U g-1, respectively) at 36 h, and the resulting FSBMs showed a significant increase in crude protein content and free radical-scavenging ability (P < 0.05), as well as an improvement in the composition of amino acids, metabolites and other nutrients, while indigestible materials such as fiber, lignin and hemicellulose were decreased. The potential strains, especially Tp-7, improved the nutritional value of FSBM by their strong hydrolytic and antioxidant activities, together with reducing antinutritional components.

    DOI： 10.1093/femsle/fnac044

    PubMed

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  • Fine‐scale genetic diversity and putative ecotypes of oxymonad protists coinhabiting the hindgut of Reticulitermes speratus 査読

    Katsura Igai, Osamu Kitade, Jieyang Fu, Kazumi Omata, Takahiro Yonezawa, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh

    Molecular Ecology   31 ( 4 )   1317 - 1331   2022年2月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/mec.16309

    Web of Science

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    その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1111/mec.16309

  • Increased Mutation Rate Is Linked to Genome Reduction in Prokaryotes. 査読 国際誌

    Thomas Bourguignon, Yukihiro Kinjo, Paula Villa-Martín, Nicholas V Coleman, Qian Tang, Daej A Arab, Zongqing Wang, Gaku Tokuda, Yuichi Hongoh, Moriya Ohkuma, Simon Y W Ho, Simone Pigolotti, Nathan Lo

    Current Biology : CB   30 ( 19 )   3848 - 3855   2020年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    The evolutionary processes that drive variation in genome size across the tree of life remain unresolved. Effective population size (Ne) is thought to play an important role in shaping genome size [1-3]-a key example being the reduced genomes of insect endosymbionts, which undergo population bottlenecks during transmission [4]. However, the existence of reduced genomes in marine and terrestrial prokaryote species with large Ne indicate that genome reduction is influenced by multiple processes [3]. One candidate process is enhanced mutation rate, which can increase adaptive capacity but can also promote gene loss. To investigate evolutionary forces associated with prokaryotic genome reduction, we performed molecular evolutionary and phylogenomic analyses of nine lineages from five bacterial and archaeal phyla. We found that gene-loss rate strongly correlated with synonymous substitution rate (a proxy for mutation rate) in seven of the nine lineages. However, gene-loss rate showed weak or no correlation with the ratio of nonsynonymous/synonymous substitution rate (dN/dS). These results indicate that genome reduction is largely associated with increased mutation rate, while the association between gene loss and changes in Ne is less well defined. Lineages with relatively high dS and dN, as well as smaller genomes, lacked multiple DNA repair genes, providing a proximate cause for increased mutation rates. Our findings suggest that similar mechanisms drive genome reduction in both intracellular and free-living prokaryotes, with implications for developing a comprehensive theory of prokaryote genome size evolution.

    DOI： 10.1016/j.cub.2020.07.034

    PubMed

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  • Parallel reductive genome evolution in Desulfovibrio ectosymbionts independently acquired by Trichonympha protists in the termite gut. 査読 国際誌

    Mariko Takeuchi, Hirokazu Kuwahara, Takumi Murakami, Kazuki Takahashi, Rei Kajitani, Atsushi Toyoda, Takehiko Itoh, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh

    The ISME Journal   14 ( 9 )   2288 - 2301   2020年9月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Several Trichonympha protist species in the termite gut have independently acquired Desulfovibrio ectosymbionts in apparently different stages of symbiosis. Here, we obtained the near-complete genome sequence of Desulfovibrio phylotype ZnDsv-02, which attaches to the surface of Trichonympha collaris cells, and compared it with a previously obtained genome sequence of 'Candidatus Desulfovibrio trichonymphae' phylotype Rs-N31, which is almost completely embedded in the cytoplasm of Trichonympha agilis. Single-nucleotide polymorphism analysis indicated that although Rs-N31 is almost clonal, the ZnDsv-02 population on a single host cell is heterogeneous. Despite these differences, the genome of ZnDsv-02 has been reduced to 1.6 Mb, which is comparable to that of Rs-N31 (1.4 Mb), but unlike other known ectosymbionts of protists with a genome similar in size to their free-living relatives. Except for the presence of a lactate utilization pathway, cell-adhesion components and anti-phage defense systems in ZnDsv-02, the overall gene-loss pattern between the two genomes is very similar, including the loss of genes responsive to environmental changes. Our study suggests that genome reduction can occur in ectosymbionts, even when they can be transmitted horizontally and obtain genes via lateral transfer, and that the symbiont genome size depends heavily on their role in the symbiotic system.

    DOI： 10.1038/s41396-020-0688-1

    PubMed

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  • Single-cell genomics of novel Actinobacteria With the Wood–Ljungdahl pathway discovered in a serpentinizing system 査読

    Nancy Merino, Mikihiko Kawai, Eric S. Boyd, Daniel R. Colman, Shawn E. McGlynn, Kenneth H. Nealson, Ken Kurokawa, Yuichi Hongoh

    Frontiers in Microbiology   11   e1031   2020年6月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Frontiers Media SA  

    DOI： 10.3389/fmicb.2020.01031

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  • Native Architecture of the Centriole Proximal Region Reveals Features Underlying Its 9-Fold Radial Symmetry. 国際誌

    Paul Guichard, Virginie Hachet, Norbert Majubu, Aitana Neves, Davide Demurtas, Natacha Olieric, Isabelle Fluckiger, Akinori Yamada, Kumiko Kihara, Yuichiro Nishida, Shigeharu Moriya, Michel O Steinmetz, Yuichi Hongoh, Pierre Gönczy

    Current Biology : CB   30 ( 11 )   2204 - 2204   2020年6月

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  • Ectosymbiotic bacterial microbiota densely colonize the surface of thelastomatid nematodes in the gut of the wood-feeding cockroach Panesthia angustipennis. 査読

    Murakami T, Onouchi S, Igai K, Ohkuma M, Hongoh Y

    FEMS Microbiology Ecology   95 ( 2 )   fiy238   2019年2月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/femsec/fiy238

    Web of Science

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  • Genome analyses of uncultured TG2/ZB3 bacteria in ‘Margulisbacteria’ specifically attached to ectosymbiotic spirochetes of protists in the termite gut. 査読

    Utami Y.D, Kuwahara H, Igai K, Murakami T, Sugaya K, Morikawa T, Nagura Y, Yuki M, Deevong P, Inoue T, Kihara K, Lo N, Yamada A, Ohkuma M, Hongoh Y

    The ISME Journal   13 ( 2 )   455 - 467   2019年

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    担当区分：最終著者,　責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/s41396-018-0297-4

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    その他リンク： http://www.nature.com/articles/s41396-018-0297-4.pdf

  • The relationship between microbial community structures and environmental parameters revealed by metagenomic analysis of hot spring water in the Kirishima area, Japan. 査読

    Nishiyama E, Higashi K, Mori H, Suda K, Nakamura H, Omori S, Maruyama S, Hongoh Y, Kurokawa K

    Frontiers in Bioengineering and Biotechnology   6   e202   2018年12月

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  • Metagenomic analyses highlight the symbiotic association between the glacier stonefly Andiperla willinki and its bacterial gut community 査読 国際誌

    Murakami T, Segawa T, Takeuchi N, Sepulveda G.B, Labarca P, Kohshima S, Hongoh Y

    Environmental Microbiology   20 ( 11 )   4170 - 4183   2018年11月

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    担当区分：最終著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/1462-2920.14420

    PubMed

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  • Parallel and gradual genome erosion in the Blattabacterium endosymbionts of Mastotermes darwiniensis and Cryptocercus wood roaches 査読

    Yukihiro Kinjo, Thomas Bourguignon, Kwei Jun Tong, Hirokazu Kuwahara, Sang Jin Lim, Kwang Bae Yoon, Shuji Shigenobu, Yung Chul Park, Christine A. Nalepa, Yuichi Hongoh, Moriya Ohkuma, Nathan Lo, Gaku Tokuda

    Genome Biology and Evolution   10 ( 6 )   1622 - 1630   2018年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/gbe/evy110

    Web of Science

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  • Phylogenetic diversity and single-cell genome analysis of “Melainabacteria”, a non-photosynthetic cyanobacterial group, in the termite gut 査読

    Yuniar Devi Utami, Hirokazu Kuwahara, Takumi Murakami, Takahiro Morikawa, Kaito Sugaya, Kumiko Kihara, Masahiro Yuki, Nathan Lo, Pinsurang Deevong, Sasitorn Hasin, Warin Boonriam, Tetsushi Inoue, Akinori Yamada, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh

    Microbes and Environments   33 ( 1 )   50 - 57   2018年

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Japanese Society of Microbial Ecology  

    DOI： 10.1264/jsme2.ME17137

    Scopus

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  • Draft genome sequence of Lactococcus sp. strain Rs-Y01, isolated from the gut of the lower termite Reticulitermes speratus 査読 国際誌

    Yuki, M, Sakamoto, M, Kuwahara, H, Hongoh, Y, Ohkuma, M

    Genome Announcments   5 ( 38 )   e00999-17   2017年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/genomeA.00999-17

    Web of Science

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  • Discovery of ectosymbiotic Endomicrobium lineages associated with protists in the gut of stolotermitid termites 査読

    Kazuki Izawa, Hirokazu Kuwahara, Kaito Sugaya, Nathan Lo, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh

    Environmental Microbiology Reports   9 ( 4 )   411 - 418   2017年8月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/1758-2229.12549

    Web of Science

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  • Mapping-based all-RNA-information sequencing analysis (ARIseq) pipeline simultaneously revealed taxonomic composition, gene expression, and their correlation in an acidic stream ecosystem

    Arisa Tsuboi, Misao Itouga, Yuichi Hongoh, Shigeharu Moriya

    2017年7月

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    出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory  

    DOI： 10.1101/159293

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  • Discovery and Complete Genome Sequence of a Bacteriophage from an Obligate Intracellular Symbiont of a Cellulolytic Protist in the Termite Gut 査読

    Ajeng K. Pramono, Hirokazu Kuwahara, Takehiko Itoh, Atsushi Toyoda, Akinori Yamada, Yuichi Hongoh

    Microbes and Environments   32 ( 2 )   112 - 117   2017年6月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1264/jsme2.ME16175

    Web of Science

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  • Genome of ‘Ca. Desulfovibrio trichonymphae’, an H2-oxidizing bacterium in a tripartite symbiotic system within a protist cell in the termite gut 査読

    Kuwahara H, Yuki M, Izawa K, Ohkuma M, Hongoh Y

    The ISME Journal   11 ( 3 )   766 - 776   2017年3月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/ismej.2016.143

    Web of Science

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  • Phylogenomics and Morphology of Extinct Paleognaths Reveal the Origin and Evolution of the Ratites 査読

    Takahiro Yonezawa, Takahiro Segawa, Hiroshi Mori, Paula F. Campos, Yuichi Hongoh, Hideki Endo, Ayumi Akiyoshi, Naoki Kohno, Shin Nishida, Jiaqi Wu, Haofei Jin, Jun Adachi, Hirohisa Kishino, Ken Kurokawa, Yoshifumi Nogi, Hideyuki Tanabe, Harutaka Mukoyama, Kunio Yoshida, Armand Rasoamiaramanana, Satoshi Yamagishi, Yoshihiro Hayashi, Akira Yoshida, Hiroko Koike, Fumihito Akishinonomiya, Eske Willerslev, Masami Hasegawa

    Current Biology   27 ( 1 )   68 - 77   2017年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cub.2016.10.029

    Web of Science

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  • Bacterial Microbiota Associated with the Glacier Ice Worm Is Dominated by Both Worm-Specific and Glacier-Derived Facultative Lineages 査読

    Takumi Murakami, Takahiro Segawa, Roman Dial, Nozomu Takeuchi, Shiro Kohshima, Yuichi Hongoh

    Microbes and Environments   32 ( 1 )   32 - 39   2017年

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    担当区分：最終著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1264/jsme2.ME16158

    Web of Science

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  • Comparison of intracellular “Ca. Endomicrobium trichonymphae” genomovars illuminates the requirement and decay of defense systems against foreign DNA 査読

    Izawa K, Kuwahara H, Kihara K, Yuki M, Lo N, Itoh T, Ohkuma M, Hongoh Y

    Genome Biology and Evolution   8 ( 10 )   3099 - 3107   2016年10月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/gbe/evw227

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  • Nitrogen fixation and nifH diversity in human gut microbiota 査読

    Katsura Igai, Manabu Itakura, Suguru Nishijima, Hirohito Tsurumaru, Wataru Suda, Takumi Tsutaya, Eriko Tomitsuka, Kiyoshi Tadokoro, Jun Baba, Shingo Odani, Kazumi Natsuhara, Ayako Morita, Minoru Yoneda, Andrew R. Greenhill, Paul F. Horwood, Jun-ichi Inoue, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh, Taro Yamamoto, Peter M. Siba, Masahira Hattori, Kiwamu Minamisawa, Masahiro Umezaki

    Scientific Reports   6   e31932   2016年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/srep31942

    Web of Science

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  • Restriction-Modification Systems as Mobile Genetic Elements in the Evolution of an Intracellular Symbiont 査読

    Hao Zheng, Carsten Dietrich, Yuichi Hongoh, Andreas Brune

    Molecular Biology and Evolution   33 ( 3 )   721 - 725   2016年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/molbev/msv264

    Web of Science

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  • Trapping and isolation of single prokaryotic cells in a micro-chamber array using dielectrophoresis 査読

    K. Mogi, C. Shirataki, K. Kihara, H. Kuwahara, Y. Hongoh, T. Yamamoto

    RSC ADVANCES   6 ( 114 )   113000 - 113006   2016年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1039/c6ra21229h

    Web of Science

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  • Dominant ectosymbiotic bacteria of cellulolytic protists in the termite gut also have the potential to digest lignocellulose 査読

    Masahiro Yuki, Hirokazu Kuwahara, Masaki Shintani, Kazuki Izawa, Tomoyuki Sato, David Starns, Yuichi Hongoh, Moriya Ohkuma

    ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY   17 ( 12 )   4942 - 4953   2015年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/1462-2920.12945

    Web of Science

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  • Acetogenesis from H-2 plus CO2 and nitrogen fixation by an endosymbiotic spirochete of a termite-gut cellulolytic protist 査読

    Moriya Ohkuma, Satoko Noda, Satoshi Hattori, Toshiya Iida, Masahiro Yuki, David Starns, Jun-ichi Inoue, Alistair C. Darby, Yuichi Hongoh

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA   112 ( 33 )   10224 - 10230   2015年8月

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    担当区分：最終著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1073/pnas.1423979112

    Web of Science

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  • Census of bacterial microbiota associated with the glacier ice worm Mesenchytraeus solifugus 査読

    Takumi Murakami, Takahiro Segawa, Dylan Bodington, Roman Dial, Nozomu Takeuchi, Shiro Kohshima, Yuichi Hongoh

    FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY   91 ( 3 )   fiv003   2015年3月

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    担当区分：最終著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/femsec/fiv003

    Web of Science

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  • Two Different Rickettsial Bacteria Invading Volvox carteri 査読

    Kaoru Kawafune, Yuichi Hongoh, Takashi Hamaji, Tomoaki Sakamoto, Tetsuya Kurata, Shunsuke Hirooka, Shin-ya Miyagishima, Hisayoshi Nozaki

    PLOS ONE   10 ( 2 )   e0116192   2015年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1371/journal.pone.0116192

    Web of Science

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  • Dysgonomonas termitidis sp. nov., isolated from the gut of the subterranean termite Reticulitermes speratus. 査読 国際誌

    Ajeng K Pramono, Mitsuo Sakamoto, Takao Iino, Yuichi Hongoh, Moriya Ohkuma

    International journal of systematic and evolutionary microbiology   65 ( Pt 2 )   681 - 5   2015年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    A facultatively anaerobic, Gram-stain-negative, non-motile and rod-shaped bacterium, strain N-10(T), was isolated from the gut of the termite Reticulitermes speratus. Strain N-10(T) was closely related to Dysgonomonas gadei JCM 16698(T) according to 16S rRNA gene sequence similarity analysis (98 %) and DNA-DNA relatedness value (≤61.3 %). The optimum growth temperature of strain N-10(T) was 30 °C, which was distinct from that (37 °C) of known species of the genus Dysgonomonas. Growth of strain N-10(T) was inhibited on medium containing 5 or 20 % bile, unlike other species of the genus Dysgonomonas. In addition, acid production in the API 20A system and enzymic reactions in the Rapid ID 32A system of strain N-10(T) differed from those of other species of the genus Dysgonomonas. Based on these characteristics, strain N-10(T) represents a novel species of the genus Dysgonomonas, for which the name Dysgonomonas termitidis sp. nov. is proposed. The type strain is N-10(T) ( = JCM 30204(T) = CCUG 66188(T)).

    DOI： 10.1099/ijs.0.070391-0

    PubMed

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  • Distribution and evolution of nitrogen fixation genes in the phylum Bacteroidetes. 査読

    Jun-ichi Inoue, Kenshiro Oshima, Wataru Suda, Mitsuo Sakamoto, Takao Iino, Satoko Noda, Yuichi Hongoh, Masahira Hattori, Moriya Ohkuma

    Microbes and Environments   30 ( 1 )   44 - 50   2015年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Diazotrophs had not previously been identified among bacterial species in the phylum Bacteroidetes until the rapid expansion of bacterial genome sequences, which revealed the presence of nitrogen fixation (nif) genes in this phylum. We herein determined the draft genome sequences of Bacteroides graminisolvens JCM 15093(T) and Geofilum rubicundum JCM 15548(T). In addition to these and previously reported 'Candidatus Azobacteroides pseudotrichonymphae' and Paludibacter propionicigenes, an extensive survey of the genome sequences of diverse Bacteroidetes members revealed the presence of a set of nif genes (nifHDKENB) in strains of Dysgonomonas gadei, Dysgonomonas capnocytophagoides, Saccharicrinis fermentans, and Alkaliflexus imshenetskii. These eight species belonged to and were distributed sporadically within the order Bacteroidales. Acetylene reduction activity was detected in the five species examined, strongly suggesting their diazotrophic nature. Phylogenetic analyses showed monophyletic clustering of the six Nif protein sequences in the eight Bacteroidales species, implying that nitrogen fixation is ancestral to Bacteroidales and has been retained in these species, but lost in many other lineages. The identification of nif genes in Bacteroidales facilitates the prediction of the organismal origins of related sequences directly obtained from various environments.

    DOI： 10.1264/jsme2.ME14142

    PubMed

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  • The nitrogen cycle in cryoconites: naturally occurring nitrification-denitrification granules on a glacier 査読

    Takahiro Segawa, Satoshi Ishii, Nobuhito Ohte, Ayumi Akiyoshi, Akinori Yamada, Fumito Maruyama, Zhongqin Li, Yuichi Hongoh, Nozomu Takeuchi

    ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY   16 ( 10 )   3250 - 3262   2014年10月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/1462-2920.12543

    Web of Science

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  • Reply to comment on "Origin of methane in serpentinite-hosted hydrothermal systems: The CH4-H-2-H2O hydrogen isotope systematics of the Hakuba Happo hot spring" by Suda et al. [Earth Planet. Sci. Lett. 386 (2014) 112-125] 査読

    Konomi Suda, Yuichiro Ueno, Motoko Yoshizaki, Hitomi Nakamura, Ken Kurokawa, Eri Nishiyama, Koji Yoshino, Yuichi Hongoh, Kenichi Kawachi, Soichi Omori, Keita Yamada, Naohiro Yoshida, Shigenori Maruyama

    EARTH AND PLANETARY SCIENCE LETTERS   401   376 - 377   2014年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.epsl.2014.06.005

    Web of Science

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  • Who digests the lignocellulose? 査読

    Yuichi Hongoh

    ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY   16 ( 9 )   2644 - 2645   2014年9月

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/1462-2920.12449

    Web of Science

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  • Aphid gene of bacterial origin encodes a protein transported to an obligate endosymbiont 査読

    Atsushi Nakabachi, Kinji Ishida, Yuichi Hongoh, Moriya Ohkuma, Shin-ya Miyagishima

    CURRENT BIOLOGY   24 ( 14 )   R640 - R641   2014年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cub.2014.06.038

    Web of Science

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  • Draft Genome Sequences of Vibrio sp. Strains Isolated from Tetrodotoxin-Bearing Scavenging Gastropod. 査読

    Kudo T, Kawauchi A, Nakahara T, Zhang X, Taniyama S, Takatani T, Arakawa O, Oshima K, Suda W, Kitamura K, Iida T, Iino T, Inoue T, Hongoh Y, Hattori M, Ohkuma M

    Genome announcements   2 ( 3 )   2014年6月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/genomeA.00623-14

    Scopus

    PubMed

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  • Draft Genome Sequences of Geomicrobium sp. Strains JCM 19037, JCM 19038, JCM 19039, and JCM 19055, Isolated from Aquatic Samples. 査読

    Kudo T, Nakahara T, Zhang X, Taniyama S, Arakawa O, Murase S, Nakata H, Oshima K, Suda W, Kitamura K, Iida T, Oshida Y, Inoue T, Hongoh Y, Hattori M, Ohkuma M

    Genome announcements   2 ( 3 )   2014年6月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/genomeA.00622-14

    Scopus

    PubMed

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  • Intranuclear verrucomicrobial symbionts and evidence of lateral gene transfer to the host protist in the termite gut 査読

    Tomoyuki Sato, Hirokazu Kuwahara, Kazuma Fujita, Satoko Noda, Kumiko Kihara, Akinori Yamada, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh

    The ISME JOURNAL   8 ( 5 )   1008 - 1019   2014年5月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/ismej.2013.222

    Web of Science

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  • Draft Genome Sequences of Psychrobacter Strains JCM 18900, JCM 18901, JCM 18902, and JCM 18903, Isolated Preferentially from Frozen Aquatic Organisms. 査読

    Kudo T, Kidera A, Kida M, Kawauchi A, Shimizu R, Nakahara T, Zhang X, Yamada A, Amano M, Hamada Y, Taniyama S, Arakawa O, Yoshida A, Oshima K, Suda W, Kuwahara H, Nogi Y, Kitamura K, Yuki M, Iida T, Moriya S, Inoue T, Hongoh Y, Hattori M, Ohkuma M

    Genome announcements   2 ( 2 )   2014年4月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/genomeA.00280-14

    Scopus

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  • Draft Genome Sequences of Cyclodextrin-Producing Alkaliphilic Bacillus Strains JCM 19045, JCM 19046, and JCM 19047. 査読

    Kudo T, Sakamoto K, Akinaga M, Kawauchi A, Nakahara T, Zhang X, Yamada A, Oshima K, Suda W, Kuwahara H, Nakamura N, Nogi Y, Kitamura K, Yuki M, Iida T, Moriya S, Inoue T, Hongoh Y, Hattori M, Ohkuma M

    Genome announcements   2 ( 2 )   2014年3月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/genomeA.00211-14

    Scopus

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  • Molecular diversity of endosymbiotic Nephroselmis (Nephroselmidophyceae) in Hatena arenicola (Katablepharidophycota) 査読

    Haruyo Yamaguchi, Takeshi Nakayama, Yuichi Hongoh, Masanobu Kawachi, Isao Inouye

    JOURNAL OF PLANT RESEARCH   127 ( 2 )   241 - 247   2014年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s10265-013-0591-1

    Web of Science

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  • A rickettsial endosymbiont inhabiting the cytoplasm of Volvox carteri (Volvocales, Chlorophyceae) 査読

    Kaoru Kawafune, Yuichi Hongoh, Hisayoshi Nozaki

    PHYCOLOGIA   53 ( 1 )   95 - 99   2014年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.2216/13-193.1

    Web of Science

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  • Origin of methane in serpentinite-hosted hydrothermal systems: The CH4-H-2-H2O hydrogen isotope systematics of the Hakuba Happo hot spring 査読

    Konomi Suda, Yuichiro Ueno, Motoko Yoshizaki, Hitomi Nakamura, Ken Kurokawa, Eri Nishiyama, Koji Yoshino, Yuichi Hongoh, Kenichi Kawachi, Soichi Omori, Keita Yamada, Naohiro Yoshida, Shigenori Maruyama

    EARTH AND PLANETARY SCIENCE LETTERS   386   112 - 125   2014年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.epsl.2013.11.001

    Web of Science

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  • Horizontal Gene Acquisition of Liberibacter Plant Pathogens from a Bacteriome-Confined Endosymbiont of Their Psyllid Vector 査読

    Atsushi Nakabachi, Naruo Nikoh, Kenshiro Oshima, Hiromitsu Inoue, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh, Shin-ya Miyagishima, Masahira Hattori, Takema Fukatsu

    PLOS ONE   8 ( 12 )   e82612   2013年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1371/journal.pone.0082612

    Web of Science

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  • Native architecture of the centriole proximal region reveals features underlying its 9-fold radial symmetry 査読

    Paul Guichard, Virginie Hachet, Norbert Majubu, Aitana Neves, Davide Demurtas, Natacha Olieric, Isabelle Fluckiger, Akinori Yamada, Kumiko Kihara, Yuichiro Nishida, Shigeharu Moriya, Michel O. Steinmetz, Yuichi Hongoh, Pierre Gönczy

    Current Biology   23 ( 17 )   1620 - 1628   2013年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cub.2013.06.061

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  • Defensive Bacteriome Symbiont with a Drastically Reduced Genome 査読

    Atsushi Nakabachi, Reiko Ueoka, Kenshiro Oshima, Roberta Teta, Alfonso Mangoni, Mihaela Gurgui, Neil J. Oldham, Gerhild van Echten-Deckert, Keiko Okamura, Kohei Yamamoto, Hiromitsu Inoue, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh, Shin-ya Miyagishima, Masahira Hattori, Joern Piel, Takema Fukatsu

    CURRENT BIOLOGY   23 ( 15 )   1478 - 1484   2013年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cub.2013.06.027

    Web of Science

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  • Comprehensive phylogenetic diversity of [FeFe]-hydrogenase genes in termite gut microbiota 査読

    Hao Zheng, Dylan Bodington, Chong Zhang, Kazuhiko Miyanaga, Yasunori Tanji, Yuichi Hongoh, Xin-Hui Xing

    Microbes and Environments   28 ( 4 )   491 - 494   2013年

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1264/jsme2.ME13082

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  • Sporomusa intestinalis sp nov., a homoacetogenic bacterium isolated from the gut of a higher termite, Termes comis (Termitinae) 査読

    Satoshi Hattori, Yuichi Hongoh, Takashi Itoh, Pinsurang Deevong, Savitr Trakulnaleamsai, Napavarn Noparatnaraporn, Toshiaki Kudo, Moriya Ohkuma

    JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY   59 ( 4 )   321 - 324   2013年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.2323/jgam.59.321

    Web of Science

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  • 難培養微生物種のゲノム解析による機能解明と遺伝子資源化

    本郷 裕一

    日本乳酸菌学会誌   24 ( 3 )   167 - 173   2013年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：Japan Society for Lactic Acid Bacteria  

    環境中の微生物種の大多数は難培養性であり、それらの生理・生態はほとんど未知である。環境中のゲノムDNA を網羅的に配列解析するメタゲノミクスの確立によって、微生物群集全体が持つ遺伝子群を取得可能になったが、一般には個々の微生物種のゲノム再構築は困難であり、各未培養種の機能は不明のままである。ところが最近、全ゲノム増幅法という革新的技術の開発により、個々の培養不能微生物種の少数細胞からの全ゲノム配列解析が可能となった。例えばシロアリ腸内原生生物細胞内に共生する2 種の培養不能細菌種の完全長ゲノム配列が同手法で取得されたことにより、シロアリ腸内で原生生物が木質を分解し、その細胞内共生細菌が空中窒素を固定してアミノ酸やビタミンを供給するという、巧みな3 者共生の実態がはじめて明らかとなった。現在ではさらに技術が進み、細菌1 細胞からゲノム解析を行うシングルセル・ゲノミクスが台頭しており、大きな成果が出はじめている。本稿では、シロアリ腸内微生物群集を題材とした難培養細菌ゲノム研究の実例を紹介するとともに、シングルセル・ゲノミクスの現状を解説し、難培養微生物の遺伝子資源化を含めた今後の展望を述べる。

    DOI： 10.4109/jslab.24.167

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  • Molecular Identification of Rickettsial Endosymbionts in the Non-Phagotrophic Volvocalean Green Algae 査読

    Kaoru Kawafune, Yuichi Hongoh, Takashi Hamaji, Hisayoshi Nozaki

    PLOS ONE   7 ( 2 )   e31749   2012年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1371/journal.pone.0031749

    Web of Science

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  • Whole-genome sequencing of unculturable bacterium using whole-genomeamplification. 査読

    Hongoh, Y, Toyoda, A

    Methods Mol Biol.   733   25 - 33   2011年

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者  

    国立遺伝学研究所以外の共著者あり

    PubMed

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  • 難培養性細菌種のゲノム完全長配列取得による機能解明

    本郷 裕一

    土と微生物   64 ( 2 )   77 - 80   2010年

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    担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   出版者・発行元：土壌微生物研究会  

    環境中の大部分の微生物種は難培養性であり,それらの生理・生態は未知である。そうした難培養微生物種の機能を解明するために,少数の細胞からのゲノム完全長配列解析系の確立を試みた。標的としたのは,シロアリ腸内共生原生生物の細胞内に,さらに共生する培養不能細菌2種(Rs-D17, CfPt1-2)である。各々の宿主原生生物種の1細胞を単離し,細胞内共生細菌を数百個漏出させて回収した。それら細菌細胞をアルカリで溶解・変性して,Phi29 DNA polymeraseで等温全ゲノム増幅を行った。その結果,共に1.1Mbの完全長の環状染色体配列再構築に成功した。これらの全代謝系を予測したところ,宿主原生生物によるリグノセルロース分解の産物を炭素とエネルギー源とする,多様なアミノ酸やビタミン類の合成に特化した,オルガネラのような進化を遂げてきた細菌であることが判明した。特に,CfPt1-2は空中窒素を固定する能力を持つことが初めて明らかとなった。今後は,同手法を進化させ,単一の微生物細胞から全ゲノム配列を解読する,シングルセル・ゲノミクスの確立が期待される。

    DOI： 10.18946/jssm.64.2_77

    CiNii Books

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    その他リンク： http://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/2010800101

  • Complex coevolutionary history of symbiotic Bacteroidales bacteria of various protists in the gut of termites 査読

    Satoko Noda, Yuichi Hongoh, Tomoyuki Sato, Moriya Ohkuma

    BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY   9   e158   2009年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1186/1471-2148-9-158

    Web of Science

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  • 動物と窒素固定細菌の共生は成立するか? : シロアリ腸内での共進化・共生機構からみえてきたもの

    大熊 盛也, 本郷 裕一

    化学と生物   47 ( 5 )   307 - 309   2009年5月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry  

    DOI： 10.1271/kagakutoseibutsu.47.307

    CiNii Books

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    その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00331091791?from=CiNii

  • Candidatus Desulfovibrio trichonymphae, a novel intracellular symbiont of the flagellate Trichonympha agilis in termite gut 査読

    Tomoyuki Sato, Yuichi Hongoh, Satoko Noda, Satoshi Hattori, Sadaharu Ui, Moriya Ohkuma

    ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY   11 ( 4 )   1007 - 1015   2009年4月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1462-2920.2008.01827.x

    Web of Science

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  • Inheritance and diversification of symbiotic trichonymphid flagellates from a common ancestor of termites and the cockroach Cryptocercus 査読

    Moriya Ohkuma, Satoko Noda, Yuichi Hongoh, Christine A. Nalepa, Tetsushi Inoue

    PROCEEDINGS OF THE ROYAL SOCIETY B-BIOLOGICAL SCIENCES   276 ( 1655 )   239 - 245   2009年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1098/rspb.2008.1094

    Web of Science

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  • ゲノムから解き明かす難培養性細菌の機能 : 数百細胞からの未培養細菌のゲノム完全長の取得

    本郷 裕一, 大熊 盛也

    化学と生物   46 ( 11 )   742 - 743   2008年11月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry  

    DOI： 10.1271/kagakutoseibutsu.46.742

    CiNii Books

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  • Genome of an Endosymbiont Coupling N(2) Fixation to Cellulolysis Within Protist Cells in Termite Gut 査読

    Yuichi Hongoh, Vineet K. Sharma, Tulika Prakash, Satoko Noda, Hidehiro Toh, Todd D. Taylor, Toshiaki Kudo, Yoshiyuki Sakaki, Atsushi Toyoda, Masahira Hattori, Moriya Ohkuma

    SCIENCE   322 ( 5904 )   1108 - 1109   2008年11月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1126/science.1165578

    Web of Science

    PubMed

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  • Complete genome of the uncultured Termite Group 1 bacteria in a single host protist cell 査読

    Yuichi Hongoh, Vineet K. Sharma, Tulika Prakash, Satoko Noda, Todd D. Taylor, Toshiaki Kudo, Yoshiyuki Sakaki, Atsushi Toyoda, Masahira Hattori, Moriya Ohkuma

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA   105 ( 14 )   5555 - 5560   2008年4月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1073/pnas.0801389105

    Web of Science

    PubMed

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  • Identification of endosymbiotic methanogen and ectosymbiotic spirochetes of gut protists of the termite Coptotermes formosanus 査読

    Jun-Ichi Inoue, Satoko Noda, Yuichi Hongoh, Sadaharu Ui, Moriya Ohkuma

    MICROBES AND ENVIRONMENTS   23 ( 1 )   94 - 97   2008年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1264/jsme2.23.94

    Web of Science

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  • Candidatus Symbiothrix dinenymphae: bristle-like Bacteroidales ectosymbionts of termite gut protists 査読

    Yuichi Hongoh, Tomoyuki Sato, Satoko Noda, Sadaharu Ui, Toshiaki Kudo, Moriya Ohkuma

    ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY   9 ( 10 )   2631 - 2635   2007年10月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1462-2920.2007.01365.x

    Web of Science

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  • The motility symbiont of the termite-gut flagellate Caduceia versatilis is a member of the “Synergistes” group 査読

    Hongoh Y, Sato T, Dolan M. F, Noda S, Ui S, Kudo T, Ohkuma M

    Applied and Environmental Microbiology   73 ( 19 )   6270 - 6276   2007年10月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/AEM.00750-07

    Web of Science

    PubMed

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  • Evolutionary trend of phylogenetic diversity of nitrogen fixation genes in the gut community of wood-feeding termites 査読

    A. Yamada, T. Inoue, S. Noda, Y. Hongoh, M. Ohkuma

    MOLECULAR ECOLOGY   16 ( 18 )   3768 - 3777   2007年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1365-294X.2007.03326.x

    Web of Science

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  • The candidate phylum ‘Termite Group 1’ of bacteria: phylogenetic diversity, distribution, and endosymbiont members of various gut flagellated protists 査読

    Ohkuma M, Sato T, Noda S, Ui S, Kudo T, Hongoh Y

    FEMS Microbiology Ecology   60 ( 3 )   467 - 476   2007年6月

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    担当区分：最終著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1574-6941.2007.00311.x

    Web of Science

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  • Cospeciation in the triplex symbiosis of termite gut protists (Pseudotrichonympha spp.), their hosts, and their bacterial endosymbionts 査読

    S. Noda, O. Kitade, T. Inoue, M. Kawai, M. Kanuka, K. Hiroshima, Y. Hongoh, R. Constantino, V. Uys, J. Zhong, T. Kudo, M. Ohkuma

    Molecular Ecology   16 ( 6 )   1257 - 1266   2007年3月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1365-294X.2006.03219.x

    Scopus

    PubMed

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  • Phylogenetic diversity, localization, and cell morphologies of members of the candidate phylum TG3 and a subphylum in the phylum Fibrobacteres, recently discovered bacterial groups dominant in termite guts 査読

    Yuichi Hongoh, Pinsurang Deevong, Satoshi Hattori, Tetsushi Inoue, Satoko Noda, Napavarn Noparatnaraporn, Toshiaki Kudo, Moriya Ohkuma

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY   72 ( 10 )   6780 - 6788   2006年10月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/AEM.00891-06

    Web of Science

    PubMed

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  • Intracolony variation of bacterial gut microbiota among castes and ages in the fungus-growing termite Macrotermes gilvus 査読

    Y Hongoh, L Ekpornprasit, T Inoue, S Moriya, S Trakulnaleamsai, M Ohkuma, N Noparatnaraporn, T Kudo

    MOLECULAR ECOLOGY   15 ( 2 )   505 - 516   2006年2月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1365-294X.2005.02795.x

    Web of Science

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  • Effect of Temporal Sample Preservation on the Molecular Study of a Complex Microbial Community in the Gut of the Termite Microcerotermes sp 査読

    Pinsurang Deevong, Yuichi Hongoh, Tetsushi Inoue, Savitr Trakulnaleamsai, Toshiaki Kudo, Napavarn Noparatnaraporn, Moriya Ohkuma

    Microbes and Environments   21 ( 2 )   78 - 85   2006年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1264/jsme2.21.78

    Scopus

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  • Intra- and interspecific comparisons of bacterial diversity and community structure support coevolution of gut microbiota and termite host 査読

    Y Hongoh, P Deevong, T Inoue, S Moriya, S Trakulnaleamsai, M Ohkuma, C Vongkaluang, N Noparatnaraporn, T Kudol

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY   71 ( 11 )   6590 - 6599   2005年11月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/AEM.71.11.6590-6599.2005

    Web of Science

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  • Spatial distribution of bacterial phylotypes in the gut of the termite Reticulitermes speratus and the bacterial community colonizing the gut epithelium 査読

    H Nakajima, Y Hongoh, R Usami, T Kudo, M Ohkuma

    FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY   54 ( 2 )   247 - 255   2005年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.femsec.2005.03.010

    Web of Science

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  • Comparison of bacterial communities in the alkaline gut segment among various species of higher termites 査読

    T Thongaram, Y Hongoh, S Kosono, M Ohkuma, S Trakulnaleamsai, N Noparatnaraporn, T Kudo

    EXTREMOPHILES   9 ( 3 )   229 - 238   2005年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s00792-005-0440-9

    Web of Science

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  • Plasticity and specificity of termite nest structure (Isoptera) 査読

    T Inoue, Y Hongoh, C Klangkaew, Y Takematsu, C Vongkaluang, N Noparatnaraporn, M Ohkuma, T Kudo

    SOCIOBIOLOGY   45 ( 3 )   671 - 678   2005年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • Phylogenetic diversity of bacterial symbionts in the guts of wood-feeding termites (in Thai) 査読

    S Trakulnaleamsai, Y Hongoh, P Deevong, N Noparatnaraporn

    PROCEEDINGS OF 42ND KASETSART UNIVERSITY ANNUAL CONFERENCE   35 - 42   2004年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

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  • Erratum to molecular analysis of bacterial microbiota in the gut of the termite Reticulitermes speratus (Isoptera; Rhinotermitidae) (vol 44, pg 231, 2003) 査読

    Y Hongoh, M Ohkuma, T Kudo

    FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY   45 ( 3 )   317 - 317   2003年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/S0168-6496(03)00026-6

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  • Molecular analysis of bacterial microbiota in the gut of the termite Reticulitermes speratus (Isoptera; Rhinotermitidae) 査読

    Y Hongoh, M Ohkuma, T Kudo

    FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY   44 ( 2 )   231 - 242   2003年5月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/S0168-6496(03)00026-6

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  • Evaluation of primers and PCR conditions for the analysis of 16S rRNA genes from a natural environment 査読

    Y Hongoh, H Yuzawa, M Ohkuma, T Kudo

    FEMS MICROBIOLOGY LETTERS   221 ( 2 )   299 - 304   2003年4月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/S0378-1097(03)00218-0

    Web of Science

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  • Phylogenetic position and in situ identification of ectosymbiotic spirochetes on protists in the termite gut 査読

    S Noda, M Ohkuma, A Yamada, Y Hongoh, T Kudo

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY   69 ( 1 )   625 - 633   2003年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/AEM.69.1.625-633.2003

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  • Gut of Higher Termites as a Niche for Alkaliphiles as Shown by Culture-Based and Culture-Independent Studies 査読

    Taksawan Thongaram, Saori Kosono, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh, Makio Kitada, Toko Yoshinaka, Savitr Trakulnaleamsai, Napavarn Noparatnaraporn, Toshiaki Kudo

    Microbes and Environments   18 ( 3 )   152 - 159   2003年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1264/jsme2.18.152

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  • Diverse bacteria related to the bacteroides subgroup of the CFB phylum within the gut symbiotic communities of various termites 査読

    M Ohkuma, S Noda, Y Hongoh, T Kudo

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   66 ( 1 )   78 - 84   2002年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.66.78

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  • Evolutionary studies on uricases of fungal endosymbionts of aphids and planthoppers 査読

    Y Hongoh, H Ishikawa

    JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION   51 ( 3 )   265 - 277   2000年9月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • Cloning, sequence analysis and expression in Escherichia coli of the gene encoding a uricase from the yeast-like symbiont of the brown planthopper, Nilaparvata lugens 査読

    Y Hongoh, T Sasaki, H Ishikawa

    INSECT BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY   30 ( 2 )   173 - 182   2000年2月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/S0965-1748(99)00116-2

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  • Uric acid as a nitrogen resource for the brown planthopper, Nilaparvata lugens: Studies with synthetic diets and aposymbiotic insects 査読

    Y Hongoh, H Ishikawa

    ZOOLOGICAL SCIENCE   14 ( 4 )   581 - 586   1997年8月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • CHANGES OF MYCETOCYTE SYMBIOSIS IN RESPONSE TO FLYING BEHAVIOR OF ALATIFORM APHID (ACYRTHOSIPHON-PISUM) 査読

    Y HONGOH, H ISHIKAWA

    ZOOLOGICAL SCIENCE   11 ( 5 )   731 - 735   1994年10月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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MISC

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講演・口頭発表等

  • Identification and characterization of ‘softenin’, a candidate protein softening the catch connective tissue 国際会議

    Masaki Tamori, Yasuhiro Takehana, Akira Yamada, Atsuhiro Sakuma, Shunsuke Taki, Katsura Igai, Masato Nikaido, Kohei Hamamoto, Yuichi Hongoh

    The 17th International Echinoderm Conference  2024年7月 

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    開催年月日： 2024年7月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • 氷河微生物群集「クリオコナイト」の形成過程をメタゲノムデータから解き明かす

    村上匠, 瀬川高弘, 森宙史, 本郷裕一, 竹内望

    第18回日本ゲノム微生物学会年会  2024年3月 

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    開催年月日： 2024年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Genomics of uncultivable bacteria deciphers multilayered symbiotic system in the termite gut 国際会議

    本郷 裕一

    2018 World Life Science Conference  2018年10月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Multi-layered symbiotic system in the termite gut" 招待 国際会議

    本郷 裕一

    第46回 内藤コンファレンス  2018年10月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Genomics to decipher the multi-layered symbiotic system in the termite gut 招待 国際会議

    本郷 裕一

    TokyoTech International Symposium: The Nucleic Acid World - Interfaces between Biology and Chemistry  2014年1月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Evolution of nitrogen-fixing endosymbionts of termite-gut protists 招待 国際会議

    本郷 裕一

    International Union for the Study of Social Insects (IUSSI2014): Ecology and evolution of digestive symbioses intermites  2014年7月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Evolution and functions of multilayered symbiosis in termite guts 招待 国際会議

    本郷 裕一

    International Symposium: Matryoshka-type Evolution of Eukaryotic Cells  2013年7月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Nitrogen-fixing symbionts of cellulolytic protists in termite guts 招待 国際会議

    本郷 裕一

    18th International Congress on Nitrogen Fixation (ICNF18)  2013年10月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Single-cell genomics deciphers the termite gut ecosystem 招待 国際会議

    本郷 裕一

    第91回日本細菌学会総会国際シンポジウム：Frontiers in Bacterial Genomics  2018年3月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Genomics of uncultivable bacteria deciphers multilayered symbiotic system in the termite gut 招待 国際会議

    本郷 裕一

    Max Planck Institute（Marburg) Workshop: International Workshop on Insect Gut Microbiology  2018年8月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Diversity and functions of the ecto- and endosymbionts of cellulolytic protists in the gut of termites 招待 国際会議

    本郷 裕一

    Annual Conference 2015 of the Association for General and Applied Microbiology (VAAM2015)  2015年3月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Single cell genomics deciphers the complex symbiotic system in the termite gut microbiota 招待 国際会議

    本郷 裕一

    The 11th International Workshop on Advanced Genomics (IWAG11)  2015年5月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Genome analysis of symbiotic microorganisms in termite guts 招待 国際会議

    本郷 裕一

    International Symposium on Digestive systems in Termites -from Fundamentals to Applications to Biomass Utilization-  2011年10月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Evolution and functions of the multilayered symbiosis in termite guts 招待 国際会議

    本郷 裕一

    14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME14)  2012年8月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Genome analysis of unculturable microbial symbionts in the termite gut 招待 国際会議

    本郷 裕一

    International Union of Microbiological Societies (IUMS) 2011Congress  2011年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Genomics of single bacterial species in termite gut 招待 国際会議

    本郷 裕一

    109th General Meeting of American Society for Microbiology (ASM)  2009年5月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Complete genome sequences from uncultivable bacterial species in a complex microbial community 招待 国際会議

    本郷 裕一

    Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (AYRCOB)  2010年3月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Termites, protists, and bacteria: a multi-layered symbiosis for thriving on lignocellulose 招待 国際会議

    本郷 裕一

    国際生物学賞記念シンポジウム: Biology of Symbiosis  2010年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Genomes of symbiotic bacterial species in termite gut 招待 国際会議

    本郷 裕一

    Okazaki Biology Conference (OBC-7)  2010年1月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Diversity and functional analysis of uncultivable microorganisms in environments 招待 国際会議

    本郷 裕一

    2nd Regional Conference on Biotechnology: R & D on Food Biotechnology  2010年2月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • ゲノムから読み解くシロアリ腸内多重共生システム 招待

    本郷裕一

    東京工業大学生命理工学院・東京医科歯科大学難治疾患研究所 教員交流シンポジウム  2024年9月 

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    記述言語：日本語  

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  • Diverse and complex cellular symbioses between cellulolytic protists and prokaryotes in the termite gut 招待 国際会議

    Yuichi Hongoh

    International Congress of Entomology 2024  2024年8月 

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    記述言語：英語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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  • 様々な時空間条件から検証する氷河シアノバクテリアの多様性

    村上匠, 瀬川高弘, 大沼友貴彦, 河合繁, 広瀬侑, 竹内望, 本郷裕一

    日本微生物生態学会第37回大会  2024年10月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • メタゲノムデータから紐解く氷河微生物生態系のダイナミクス

    村上匠, 瀬川高弘, 大沼友貴彦, 薄羽珠ノ介, 河合繁, 広瀬侑, 竹内望, 本郷裕一

    メタゲノムデータから紐解く氷河微生物生態系のダイナミクス  2025年3月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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受賞

  • 日本ゲノム微生物学会奨励賞

    2009年  

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    受賞国：日本国

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  • The Japan Bioscience, Biotechnology and Agrochemistry Society Award for the Encouragement of Young Scientists

    2009年  

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  • 日本農学進歩賞

    2009年  

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    受賞国：日本国

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  • 日本農芸化学会奨励賞

    2009年  

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    受賞国：日本国

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  • The young scientist award from the Society of Genome Microbiolgy, Japan

    2009年  

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  • 東工大挑戦的研究賞

    2009年  

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    受賞国：日本国

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  • 優秀ポスター賞（日本微生物生態学会）

    2008年  

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    受賞国：日本国

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  • The Excellent Poster Award (IWAG-7, Tokyo)

    2007年  

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  • カセサート大学優秀研究賞

    2005年  

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  • Best Poster Award (ICCC-10, Tsukuba)

    2004年  

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共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 無脊椎動物腸内原生生物の系統的・機能的多様性と共生進化過程の解明

    研究課題/領域番号：24KK0142  2024年9月 - 2029年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  国際共同研究加速基金(海外連携研究)

    本郷 裕一

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    配分額：20800000円 （ 直接経費：16000000円 、 間接経費：4800000円 ）

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  • シロアリ腸内原生生物の比較ゲノム解析による多種共存機構の解明

    研究課題/領域番号：23K27244  2023年4月 - 2026年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    本郷 裕一

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    配分額：18850000円 （ 直接経費：14500000円 、 間接経費：4350000円 ）

    本研究課題は、生態系における役割（生態的地位、ニッチ）が類似すると見られる生物種同士の共存機構、つまり多種共存機構の分子的基盤を明らかにすることを大きな目的としている。例えばシロアリにおいて、その高効率な木質消化を腸内原生生物叢が担うことはよく知られているが、そこでは、同属の木質分解性原生生物が10-20種類も一つの腸内に共存する場合がある。なぜ系統的に近縁かつ同様に木質を餌としていると見られる原生生物の多種がそのように共存できるのか、未知である。また、そもそもシロアリ腸内原生生物は人工培養不能であるため、これまで木質消化を含むその詳細な生理・生態は不明であった。そこで、シロアリ腸内共生原生生物のゲノム解読による基本代謝系等の解明も目的としている。
    2023年度は、まず材料とする原生生物属について、1細胞ずつ顕微鏡下で採取し、1細胞ゲノム・転写産物配列取得のための処理を、数細胞について行なった。1細胞解析はサンプルごとの品質差が大きいため、予備的は配列取得を行い、良好なサンプルの選抜と取得条件の最適化を実施してきた（継続中）。また、これらの配列には、原生生物に絶対あるいは日和見共生する多様な細菌由来の配列が混入してくるため、同原生生物の共生細菌ゲノム配列も複数種について、取得中である（いくつかについては事前に取得済み）。これらの共生細菌の相違が原生生物の機能の相違に相関している可能性も高いため、これも重要な解析である。

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  • 単細胞真核生物を題材とした真核生物－原核生物間水平伝播遺伝子の進化過程解明

    研究課題/領域番号：22K19342  2022年6月 - 2025年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的研究(萌芽)

    本郷 裕一

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    配分額：6500000円 （ 直接経費：5000000円 、 間接経費：1500000円 ）

    本研究課題は、単細胞真核生物（原生生物）と原核生物（細菌・アーキア）間で水平伝播した遺伝子の進化過程解明を目的としている。具体的には、シロアリ腸内原生生物の核ゲノム配列と、同原生生物に特異的に細胞内共生する原核生物のゲノム配列を取得し、互いに水平伝播した遺伝子/ゲノム領域を特定し、水平伝播後の進化過程を推定するものである。シロアリ腸内原生生物には宿主種に特異的かつ多様な系統群の細菌が細胞内共生しており、こうした研究課題の材料としては最適と考えている。
    2023年度は、2022年度に引き続き、多様な細菌系統群の複数種の原生生物細胞内共生細菌ゲノム配列を再構築した。特に本課題で焦点を当てている細菌系統群の一つであるクロストリディア綱の複数種の完全長ゲノム配列取得に成功し、そのゲノム中に多数の真核生物由来と考えられる遺伝子が存在することを見出した。これら遺伝子の分子系統解析を実施したところ、半数ほどは宿主原生生物種あるいはその近縁系統群の遺伝子に最も近縁であり、宿主原生生物から水平伝播で獲得した可能性が極めて高い。また、それら共生細菌種だけではなく、データベース上にある近縁な細菌ゲノム配列を解析しても同様の結果であった。つまり、この細菌系統群の進化戦略として、宿主真核生物の遺伝子を取得して宿主細胞の防御機構等を操作する可能性がある。ただ、今のところ、宿主原生生物からの遺伝子水平伝播過程が辿れるほどに原型を留めた状態での遺伝子は見つけられていない。本成果は、微生物生態学分野のトップ雑誌であるThe ISME Journalに2023年11月に掲載された。今後は、さらに宿主原生生物ドラフトゲノム配列の解析を進め、比較作業を行っていく。

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  • 未培養原生生物1細胞ゲノム解析系の確立とシロアリ腸内木質分解性原生生物の機能解明

    研究課題/領域番号：20H02897  2020年4月 - 2023年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    本郷 裕一, 山田 明徳, 瀬川 高弘

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    配分額：17810000円 （ 直接経費：13700000円 、 間接経費：4110000円 ）

    本研究課題の目的は、未培養原生生物（単細胞真核生物）の1細胞ゲノム解析手法の確立である。環境中には多様な原生生物が生息するが、未培養種も多く、それらの生理・生態は未知である。本研究ではシロアリ腸内原生生物群集を材料とするが、それらはシロアリの餌である木材の分解発酵の主要部分を担うと考えられているものの、純粋培養成功例は無く、詳細な機能は不明である。ゲノム解析を行うにしても、原生生物細胞ごとに系統が異なる可能性が高いため、単一細胞からのゲノムと（ゲノム解析補助のための）網羅的転写産物を同時に解析する必要がある。その技術的困難により、原生生物1細胞からの高完成度な新規ゲノム解読例は無く、1細胞転写産物解析も容易ではない。
    2020年度（2021年度繰越含む）には、シロアリ原生生物種1細胞を物理的に単離し、同一細胞からの核DNAの全ゲノム増幅と細胞質中mRNAの逆転写及びcDNAのPCR増幅を行い、ゲノム配列再構築と遺伝子領域同定を行った。総塩基長は約150 Mb（推定完成度7割）、遺伝子数約2.8万で、100以上の糖質分解酵素遺伝子を含んでいた。これまで未知であったアミノ酸やビタミン類の合成経路なども判明しつつある。現段階で高品質の配列が取得できているが、予想した以上に異種生物の非特異的な核酸混入が見られ、その識別方法が大きな課題である。
    また、原生生物には細胞内・表面に特定の細菌種が共生することが多い。これらは非特異的DNA混入とは異なり、必ず混入するものなので、あらかじめそれらのゲノム配列を取得しておくことが望ましい。そこで、同原生生物種の核を除いた部分から全ゲノム増幅を行い、まず細菌16S rRNA配列に基づく群集構造解析を行った。その結果12種類の共生細菌配列を取得した。この情報は、今後のゲノム配列解析の基盤となる。

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  • 異種細菌種間付着共生系の実態解明と生物進化へのインパクトの検証

    研究課題/領域番号：20H05584  2020年4月 - 2022年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  新学術領域研究(研究領域提案型)

    本郷 裕一

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    配分額：8320000円 （ 直接経費：6400000円 、 間接経費：1920000円 ）

    本研究課題の目的は、異種細菌間での種特異的な付着型相利共生系の実態をゲノム情報等を基に解明し、細菌間付着共生がゲノム進化へ与える影響を検証することである。特に、真核細胞の起源である「原核生物間での細胞内共生」の初期段階としての特異的付着共生の可能性を考察する。細菌間の種特異的な付着共生は極めて稀な現象だが、シロアリ腸内原生生物細胞表面において、未培養細菌系統群とスピロヘータあるいは硫酸還元菌との付着・近接共生系が観察されている。こうした共生細菌群は未培養（おそらく人工培養不能）であるが、本研究では1細胞ゲノム解析等の分子生態学的手法を駆使することで、これら共生細菌の機能を予測し、細菌間相互作用の解明を試みる。
    2020年度（2021年度への繰越し含む）は、硫酸還元菌と近接共生する未培養アルファプロテオバクテリアについて両者のゲノム配列を取得し、代謝系を予測した。その結果、前者は多くの硫酸還元菌同様に水素を硫酸あるいはフマル酸で酸化することでエネルギーを得ていると予測され、後者はリケッチア同様にATPや核酸、アミノ酸などを宿主から奪取する寄生者であることが予測された。しかしながら、なぜ両者が特異な近接共生構造を取るのかは、まだ不明である。
    上記の硫酸還元菌とアルファプロテオバクテリアとの近接共生系に加えて、アルファプロテオバクテリアとスピロヘータの特異的付着共生系について、その共生頻度や局在パターンの情報も取得中で、電子顕微鏡観察による局在の詳細な観察も試みている。

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  • 南極に保存された古代試料のゲノム解析による氷期サイクルの生物相変遷

    研究課題/領域番号：18H04139  2018年4月 - 2021年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(A)

    本山 秀明, 瀬川 高弘, 森 宙史, 米澤 隆弘, 伊村 智, 竹内 望, 本郷 裕一

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    配分額：43550000円 （ 直接経費：33500000円 、 間接経費：10050000円 ）

    アイスコア中の断片化した微量DNAを解読する技術開発を進め，構築した手法を用いて，南極ドームふじアイスコア試料からの微生物解析をおこなった．その結果，氷期と間氷期では検出されるバクテリアの種類や由来に大きな違いが検出され，南極アイスコア中の微生物を古環境指標として利用できる事を示した．また，南極域の動物の集団動態が環境変動にどのような影響を受けてきたのかを解明するために，南極で採取したミイラ化したウェッデルアザラシ遺体から古代DNA解析をおこなった結果，ウェッデルアザラシは遺伝的分化と集団間の交雑という複雑な集団動態史を持つことがはじめて推測された．

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  • 細胞共生による原生生物の同所的種分化の可能性

    研究課題/領域番号：17K19423  2017年6月 - 2019年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的研究(萌芽)

    本郷 裕一, 木原 久美子, 福田 真嗣, 酒井 海帆

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    配分額：6500000円 （ 直接経費：5000000円 、 間接経費：1500000円 ）

    生物の種分化過程には様々な類型がある。本研究では、シロアリ腸内共生原生生物（単細胞真核生物）を題材として、原生生物と原核生物（細菌とアーキア）の細胞共生が原生生物の同所的種分化を引き起こすという仮説を立て、その検証を行った。その結果、材料とした原生生物はこれまで1属1種と考えられていたが、細胞内にメタン生成アーキアが共生するか否かで明確に2種に分離されることを明らかにした。また、同共生アーキアのゲノムを解読したところ、自由生活型の近縁種との相違が少なく、比較的最近成立した共生系であることが示唆された。追加の検証が必要ではあるが、以上によって、細胞共生による種分化の可能性が強く示された。

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  • 腸内共生系進化が宿主昆虫に与えるインパクト： 微量メタボローム・ゲノミクスの融合

    研究課題/領域番号：17H01510  2017年4月 - 2022年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(A)

    徳田 岳, 木原 久美子, 北出 理, 福田 真嗣, 本郷 裕一

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    配分額：36140000円 （ 直接経費：27800000円 、 間接経費：8340000円 ）

    本年度は当初の計画に従い、キゴキブリ後腸内代謝産物について追加解析を行ったことに加え、韓国産キゴキブリ（Cryptocercus kyebangensis）の後腸内原生生物をマイクロマニピュレーターを用いて単離し、CE-TOFMSによる代謝産物量の測定を実施した。その結果、韓国産キゴキブリにおいては後腸全体からは271代謝産物が検出されたのに対し、解析に用いた3属3種（Trichonympha, EucononymphaおよびBarbulanympha）の原生生物からはそのうちの約25％にあたる合計66代謝産物が検出された。このうちアスパラギンやトリプトファンなど一部のアミノ酸については、ほとんどのサンプルから検出されなかった。このことから解析に用いた原生生物細胞において、比較的検出の容易なアミノ酸と検出の難しいアミノ酸とに大別できることが示唆された。得られた定量データを主成分分析によって解析した結果、サンプル内のデータのばらつきが大きく、各原生生物間で検出される代謝産物の種類と量については明確な結果の差異は認められなかった。データのばらつきに影響を与えた要因についてさらに検討したところ、解析に用いた原生生物の細胞数が結果に大きな影響を与えている可能性が示唆された。これらの解析結果を踏まえて、米国産キゴキブリ（Cryptocercus punctulatus）については、韓国産キゴキブリの原生生物と比較可能であると判断された２種のTrichonympha属原生生物について比較解析を行うこととした。これまでに１サンプルあたりマイクロマニピュレーターによって単離した10～120細胞からメタボローム解析用サンプルを調整し終わっており、現在各代謝産物の測定中である。また、これまでの解析結果に基づき、Trichonympha属原生生物の共生細菌について細菌叢解析に着手した。

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  • シロアリ腸内共生微生物の獲得・進化機構の解明

    研究課題/領域番号：16H04840  2016年4月 - 2019年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    本郷 裕一, 山田 明徳, 伊藤 武彦, 猪飼 桂, 守川 貴裕, 髙橋 雄大

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    配分額：17550000円 （ 直接経費：13500000円 、 間接経費：4050000円 ）

    シロアリの餌である木片の消化の大部分は、シロアリと1.5億年以上前に共生を開始した腸内原生生物群集が担っているが、それら原生生物の起源や共生に至った過程は未知である。本研究の主目的は、木質分解性原生生物を進化過程で喪失した「高等シロアリ」の一系統群が比較的最近、新規な木質分解性原生生物を再獲得した可能性の検証である。結果、新規原生生物は多様な高等シロアリに共生しているものの、多数の原生生物細胞が見られるのはやはり一系統群のみであること、同原生生細胞質が木片で充満していること、同原生生物を含む腸画分はセルロース分解活性を有することなど、今後の研究の基盤となる重要な情報を得ることができた。

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  • 水産資源の次世代型順応的管理モデル：「遺伝子集団モニタリング」技術の開発と実践

    研究課題/領域番号：15KT0034  2015年7月 - 2019年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    山田 明徳, 本郷 裕一, 村田 昌一, 高橋 素光, 福若 雅章, 田中 秀一, 青島 隆, 池田 夏紀, 井上 和樹, 石川 信, 鬼塚 みなみ, 大野 花華, 杉原 雄馬, 相良 遥香, 森 燎平

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    配分額：17940000円 （ 直接経費：13800000円 、 間接経費：4140000円 ）

    水産資源を持続的に利用するには、資源量の変動要因を正確に把握し、適切に管理することが不可欠である。本研究では、水産資源の遺伝的多様性と遺伝的構造の空間的・時間的な変動パターンを明らかにすることで、将来的な資源管理に貢献することを目指す。マサバ、マアジ、マイワシについて、長崎県と鳥取県で水揚げされた個体のミトコンドリアD-loop領域の配列を取得し、既存の他地域から得られている配列と合わせて解析したところ、これらの魚種は年間を通して遺伝的多様性が極めて高く、南シナ海～東シナ海～太平洋までが同一の集団であることが示唆された。これは、水産資源を国際的に管理することの重要性を示している。

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  • 地球規模環境変動が氷河生態系に及ぼす影響評価

    研究課題/領域番号：26241020  2014年4月 - 2018年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(A)

    幸島 司郎, 竹内 望, 藤田 耕史, 吉村 義隆, 本郷 裕一, 瀬川 高弘, 植竹 淳, 近藤 伸二

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    配分額：40560000円 （ 直接経費：31200000円 、 間接経費：9360000円 ）

    世界各地の氷河で採取した微生物の遺伝子分析と地域間比較により、氷河融解を加速する汚れ物質（クリオコナイト）形成に関係するバクテリアやシアノバクテリアの地理的分布や汚れ物質内での分布、氷河動物と共生するバクテリアの存在が初めて明らかになった。また、生物によるアルベド改変過程を組み込んだ氷河変動モデルを改良するために、クリオコナイトが氷河表面に形成する縦穴（クリオコナイトホール）の発達や崩壊を精度良く表現できる数値計算モデルを構築した。

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  • 環境ゲノミクスによるシロアリ腸内ファージ群集解析と害虫防除への応用の可能性

    研究課題/領域番号：26650158  2014年4月 - 2017年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

    本郷 裕一

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    配分額：4030000円 （ 直接経費：3100000円 、 間接経費：930000円 ）

    シロアリは枯死材のみを餌とする昆虫で、地球の物質循環において重要な役割を果たすと同時に、人間にとっては木材の大害虫でもある。その高効率な木質消化能力の大部分は、腸内に共生する微生物群集によるものである。本研究では、その腸内共生細菌叢を攻撃する可能性があるバクテリオファージ群集のゲノム解析を初めて行い、その群集構造とファージが感染する腸内細菌種の同定に、一部成功した。

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  • Bacteroidales目細菌の窒素固定と水素利用の新機能の解明

    研究課題/領域番号：26292047  2014年4月 - 2017年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    大熊 盛也, 野田 悟子, 本郷 裕一, 雪 真弘, 井上 潤一

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    配分額：16640000円 （ 直接経費：12800000円 、 間接経費：3840000円 ）

    Bacteroidales目細菌において、窒素固定あるいは古細菌の水素代謝に関連する遺伝子をゲノム上に有する細菌種を見出し、培養株で活性を検出した。シロアリ腸内の窒素固定と水素利用還元的酢酸生成に働く細菌として、セルロース分解性原生生物の細胞内共生スピロヘータを同定した。この細胞内共生細菌と原生生物の細胞表層に共生するBacteroidales目細菌２種について、シングルセルゲノム解析で機能と共生機構の解明を行なった。

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  • 昆虫セルロース消化系の効率化に寄与した代謝因子の探索

    研究課題/領域番号：26292177  2014年4月 - 2017年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    徳田 岳, 菊地 淳, 大熊 盛也, 本郷 裕一, 金城 幸宏, クマラ ロヒタ, ナレパ クリスティン, パク ユンチョル

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    配分額：11050000円 （ 直接経費：8500000円 、 間接経費：2550000円 ）

    本研究では、主にゴキブリからシロアリへの進化の過程でセルロース消化の効率化に寄与した因子を探索した。キゴキブリから下等シロアリへの進化過程では、細胞内共生系と腸内共生系の代謝物を巡る競合が起きており、結果的に腸内微生物への依存度が増していったことが示唆された。また、下等シロアリでは宿主ゲノム内でセルラーゼ遺伝子の重複が起きており、機能の多様化が起こったことが示唆された。さらに高等シロアリでは消化管に組織複合域を作り出すことで、液胞型ATPaseなどの輸送分子が関与して腸内腔のアルカリ化を引き起こし、リグニンの可溶化等によって腸内微生物によるセルロース消化を促進している可能性が明らかになった。

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  • 先端ゲノム・トランスクリプトーム解析技術を用いた環境微生物の共生原理の解明

    研究課題/領域番号：23117003  2011年4月 - 2016年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  新学術領域研究(研究領域提案型)

    守屋 繁春, 大熊 盛也, 本郷 裕一, 木原 久美子

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    配分額：89700000円 （ 直接経費：69000000円 、 間接経費：20700000円 ）

    シロアリ共生原生生物の消化共生が糖質か水分解酵素以外のタンパク質を含む系によって駆動されている知見を得た。また、シングルセルゲノム解析によってシロアリ共生原生生物と共生関係にあるバクテリアのホストとの代謝接続点およびゲノムリアレンジメントに関する知見を得た。バイオフィルムを構成する微生物の集団構造や発現遺伝子を解析する新たな手法を開発した。さらに、海洋動物と光合成微生物の共生系において脂質が重要な共生のメディエーターになっている可能性を明らかにした。
    以上の成果は共生を駆動する因子がその置かれた環境下によって様々であり、その環境中で欠乏した因子を求めて生物が共生を開始する可能性を示唆している。

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  • 地球規模環境変動に対する氷河生態系の応答予測と影響評価

    研究課題/領域番号：22241005  2010年4月 - 2014年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(A)

    幸島 司郎, 牛田 一成, 白岩 孝行, 吉村 義隆, 竹内 望, 藤田 耕史, 本郷 裕一

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    配分額：47840000円 （ 直接経費：36800000円 、 間接経費：11040000円 ）

    氷河生態系の微生物生態、特にその活動が氷河表面のアルベド（反射率）を低下させ氷河融解を促進する課程を理解し、地球規模環境変動による氷河生態系の応答を予測するために、世界各地の様々なタイプの氷河で、氷河の生物相、表面構造、アルベド、気象条件に関する調査を行い、その結果を比較した。その結果、微生物による氷河アルベド改変過程や氷河微生物相の決定要因を理解するのに必要な、微生物相とアルベド、環境条件の関係などが明らかになった。

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  • シロアリ腸内共生系研究のためのモデル生物の構築

    研究課題/領域番号：22658016  2010年 - 2012年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

    本郷 裕一

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    配分額：2610000円 （ 直接経費：2400000円 、 間接経費：210000円 ）

    近年、化石燃料価格高騰による経済被害や、その消費に伴う地球温暖化ガス放出などの環境破壊が、世界的な問題となっている。その解決策の一つが、植物質由来のバイオマス燃料開発と普及である。植物は空気中のCO_2を吸収して自身の体を構成するため、それを燃焼しても、CO_2濃度は上昇したことにならない(カーボンニュートラル)。しかし、種子を除き、植物の主成分はリグノセルロースという堅固な物質であり、動物は一般にこれを消化できないし、人工的な化学分解もコストが大きい。ところがシロアリは、腸内共生微生物の働きで高効率なリグノセルロース分解を実現している。そのため、シロアリの能力をバイオ燃料開発に応用しようという試みが、世界中で行われている。
    問題は、シロアリ腸内共生微生物群が難培養性で、従来の培養を前提とした微生物学的研究がほぼ不可能ということである。そこで、網羅的なゲノム(全遺伝情報)解析や転写産物解析など、オミックスと呼ばれる手法が必要となる。そのためには、腸内共生微生物叢を単純化したモデル生物の使用が望ましいが、存在しない。
    本研究課題では、その「モデルシロアリ」作成を試みている。出発材料として、わずか種類の原生生物しか共生していないシロアリ種を用いた。まずその腸内微生物の群集構造を、培養非依存的な分子生態学的手法により解析した。その結果、わずかに異なる2系統が1つの腸内に混在していた。今後、これを1系統にすることを一試みる。

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  • シングルセル・ゲノミクスによる難培養微生物の機能解明と遺伝子資源化

    研究課題/領域番号：22241046  2010年 - 2012年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(A)

    本郷 裕一

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    配分額：33930000円 （ 直接経費：26100000円 、 間接経費：7830000円 ）

    シングルセル・ゲノミクスとは、1細胞のみを用いて、ある生物種のゲノムを解読する研究分野あるいは手法である。ゲノムとは全遺伝情報、すなわち設計図であり、その生物種を用いた基礎・応用研究上、最も重要なデータの一つである。
    細菌ゲノムの解読には10億個以上の同一系統の細胞が必要だが、培養すれば容易に集められる。ゲノムDNAの配列解析に要するコストも年々低下しており、これまでに、細菌を中心に1400以上の生物種・系統のゲノムDNA配列が決定されている。
    ところが、大多数の微生物種は、実は培養法が不明である。これらはゲノム解読が不可能なのはもちろん、従来の微生物学的研究手法が適用できないので、生理・生態なども未知のままである。微生物は生態系の基盤を形成するだけではなく、人類にとっては不可欠の生物資源でもある。しかし培養不能なために、生態系には大きなブラックボックスが残り、人類が利用可能な生物資源も、ごくわずかにすぎないのである。
    そこで本研究課題では、培養を介さずに、1細胞のみでゲノム解読を可能とする手法の確立に取り組んでいる。H22年度においては、まず1細胞を環境中から単離する方法の最適化を行ってきた。いくつかの細胞単離法を試し、また購入予定装置の選定を進めてきた。クリーンルーム、マイクロマニピュレーションシステム、結果を評価するためのリアルタイムPCR装置などの購入・設置を行い、次年度以降(最先端・次世代研究開発支援プログラムで継続)の本格的な研究への準備を完了することができた。

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  • 培養不能微生物のゲノム解析

    研究課題/領域番号：18687002  2006年 - 2008年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  若手研究(A)

    本郷 裕一

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    配分額：15600000円 （ 直接経費：12000000円 、 間接経費：3600000円 ）

    地球上の99%以上の微生物種は培養法が不明であり、その生理・生態はほとんど未知である。本研究では、シロアリ腸内に共生する培養不能細菌の1種の少数細胞から、DNA合成酵素を使用することで全遺伝子情報を1千万倍に増幅して完全解読する手法の確立を試み、世界で初めて成功した。これにより、これまで詳細が不明であったシロアリと腸内原生生物、腸内細菌の複雑な3者共生機構を世界で初めて明らかにした。

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  • 同翅目昆虫と共生微生物の窒素代謝

    研究課題/領域番号：97J07594  1998年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

    本郷 裕一

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    配分額：900000円 （ 直接経費：900000円 ）

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  • Ecology and genomics of symbiotic microbes in termite gut

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    資金種別：競争的資金

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  • シロアリ腸内共生微生物群の分子生態学

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  • 環境ゲノミクス

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担当経験のある科目（授業）

  • 生命科学基礎第一1

    2020年 - 現在 機関名：東京工業大学

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  • 進化生物学

    2016年 - 現在 機関名：東京工業大学

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  • 環境微生物学

    2016年 - 現在 機関名：東京工業大学大学院

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  • 生命科学基礎第二2

    2016年 - 現在 機関名：東京工業大学

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  • 環境微生物学

    2015年 - 現在 機関名：東京大学 大学院農学生命科学研究科

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  • 分子生態学

    2010年 - 2014年 機関名：東京工業大学大学院

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  • 生命科学基礎実験

    2009年 - 現在 機関名：東京工業大学

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  • 多様性生物学

    2009年 - 2015年 機関名：東京工業大学

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  • 基礎生物学

    2009年 - 2015年 機関名：東京工業大学

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社会貢献活動

  • 日本の大学における研究・教育の実情 〜研究者として生きるということ〜

    役割：講師

    武蔵高等学校同窓会  12 月木曜会講演会  2024年12月

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    対象： 中学生,　高校生,　大学生,　大学院生,　保護者,　研究者,　社会人・一般,　企業

    種別：講演会

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  • オープンキャンパスでの研究室公開

    東京工業大学  オープンキャンパス  2024年8月

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    対象： 中学生,　高校生

    種別：施設一般公開

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  • Microbes and Environments誌のAssociate Editor

    役割：編集

    日本微生物生態学会  2017年 - 現在

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    対象： 研究者,　学術団体,　企業

    種別：会誌・広報誌

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メディア報道

  • シロアリはなぜ「木だけ」で生きられる？「100年の謎」を解いた東工大 本郷氏に聞いた インターネットメディア

    ビジネス＋IT  2024年7月

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