2026/05/26 更新

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ヤマグチ　ユウキ
山口　雄輝
YAMAGUCHI YUKI
所属
生命理工学院 教授
職名
教授
ホームページ
http://yamaguchi.bio.titech.ac.jp/
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News & Topics

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学位

  • 博士（工学） （ 東京工業大学 ）

研究分野

  • ライフサイエンス / 機能生物化学

  • ライフサイエンス / 分子生物学

  • ライフサイエンス / 細胞生物学

学歴

  • 東京工業大学   大学院生命理工学研究科   バイオテクノロジー専攻

    1995年4月 - 1999年3月

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    国名： 日本国

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  • 東京工業大学   生命理工学部   生体分子工学科

    - 1995年

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    国名： 日本国

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経歴

  • 東京工業大学   生命理工学院   教授

    2016年4月 - 現在

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  • 東京医科大学   ケミカルバイオロジー講座   客員教授

    2014年10月 - 2022年3月

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  • 東京工業大学   大学院生命理工学研究科   教授

    2013年7月 - 2016年3月

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  • 科学技術振興機構   さきがけプログラム   研究者

    2010年10月 - 2014年3月

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  • 東京工業大学   大学院生命理工学研究科   准教授

    2009年1月 - 2013年6月

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  • 東京工業大学   大学院生命理工学研究科   助教

    2007年4月 - 2008年12月

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  • 東京工業大学   大学院生命理工学研究科   助手

    2002年1月 - 2007年3月

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  • 科学技術振興機構   さきがけプログラム   研究者

    2001年12月 - 2005年3月

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  • バイオテクノロジー開発技術研究組合   研究員

    2001年4月 - 2001年11月

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  • 独立行政法人日本学術振興会   特別研究員

    1999年1月 - 2001年3月

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所属学協会

論文

  • Multiple structures of RNA polymerase II isolated from human nuclei by ChIP-CryoEM analysis 査読 国際誌

    Tomoya Kujirai, Junko Kato, Kyoka Yamamoto, Seiya Hirai, Takeru Fujii, Kazumitsu Maehara, Akihito Harada, Lumi Negishi, Mitsuo Ogasawara, Yuki Yamaguchi, Yasuyuki Ohkawa, Yoshimasa Takizawa, Hitoshi Kurumizaka

    Nature Communications   16 ( 1 )   4724 - 4724   2025年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/s41467-025-59580-x

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  • INTS15, A Subunit of the Integrator Complex, Plays a Key Regulatory Role in Cell Cycle and Differentiation 査読 国際誌

    Noriyuki Azuma, Yuki Yamaguchi, Taku Tanaka, Emiko Matsuzaka, Yuki Saida, Tadashi Yokoi, Hiroshi Handa, Jun Hirayama, Hiroshi Nishina

    Genes to Cells   30 ( 3 )   e70015 - e70015   2025年5月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/gtc.70015

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  • Multi-omics analysis using antibody-based in situ biotinylation technique suggests the mechanism of Cajal body formation. 査読 国際誌

    Keisuke Noguchi, Hidefumi Suzuki, Ryota Abe, Keiko Horiuchi, Rena Onoguchi-Mizutani, Nobuyoshi Akimitsu, Shintaro Ogawa, Tomohiko Akiyama, Yoko Ike, Yoko Ino, Yayoi Kimura, Akihide Ryo, Hiroshi Doi, Fumiaki Tanaka, Yutaka Suzuki, Atsushi Toyoda, Yuki Yamaguchi, Hidehisa Takahashi

    Cell reports   43 ( 9 )   114734 - 114734   2024年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Membrane-less subcellular compartments play important roles in various cellular functions. Although techniques exist to identify components of cellular bodies, a comprehensive method for analyzing both static and dynamic states has not been established. Here, we apply an antibody-based in situ biotinylation proximity-labeling technique to identify components of static and dynamic nuclear bodies. Using this approach, we comprehensively identify DNA, RNA, and protein components of Cajal bodies (CBs) and then clarify their interactome. By inhibiting transcription, we capture dynamic changes in CBs. Our analysis reveals that nascent small nuclear RNAs (snRNAs) transcribed in CBs contribute to CB formation by assembling RNA-binding proteins, including frontotemporal dementia-related proteins, RNA-binding motif proteins, and heterogeneous nuclear ribonucleoproteins.

    DOI： 10.1016/j.celrep.2024.114734

    PubMed

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  • ZNF276 and WIZ are CRBN neosubstrates involved in the anti-angiogenic activity of thalidomide and immunomodulatory drugs

    Takumi Ito, Tomoko Asatsuma-Okumura, Akinori Endo, Junichi Yamamoto, Yoshiko Iwai, Yuki Yamaguchi, Mikihiko Naito, Hiroshi Handa, Yasushi Saeki

    2023年11月

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    出版者・発行元：Research Square Platform LLC  

    Abstract

    Thalidomide was once developed as a sedative but had been withdrawn from the market in the 1960s because of its serious teratogenicity. Currently, this drug is reevaluated and used for the treatment of multiple myeloma, and many derivatives such as lenalidomide and pomalidomide have been developed. CRBN is a primary target of thalidomide and its derivatives and forms an E3 ubiquitin ligase complex with DDB1 and CUL4. Although the basic mechanism of action of thalidomide is quite well understood, a long-standing question remains regarding its inhibitory effect on angiogenesis. Here, we employed a comprehensive proteomic approach using thalidomide-treated endothelial cells to identify ZNF276 and WIZ as CRBN neosubstrates. Thalidomide and its derivatives exert their anti-angiogenic effects through these two zinc finger proteins, resulting in the downregulation of FABP4. This study reveals the CRBN neosubstrates involved in thalidomide-induced anti-angiogenesis and provides attractive therapeutic targets of CRBN-based protein degraders.

    DOI： 10.21203/rs.3.rs-3510134/v1

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    その他リンク： https://www.researchsquare.com/article/rs-3510134/v1.html

  • Integrator complex subunit 15 controls mRNA splicing and is critical for eye development 査読

    Noriyuki Azuma, Tadashi Yokoi, Taku Tanaka, Emiko Matsuzaka, Yuki Saida, Sachiko Nishina, Miho Terao, Shuji Takada, Maki Fukami, Kohji Okamura, Kayoko Maehara, Tokiwa Yamasaki, Jun Hirayama, Hiroshi Nishina, Hiroshi Handa, Yuki Yamaguchi

    Human Molecular Genetics   2023年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

    Abstract

    The eye and brain are composed of elaborately organized tissues, development of which is supported by spatiotemporally precise expression of a number of transcription factors and developmental regulators. Here we report the molecular and genetic characterization of Integrator complex subunit 15 (INTS15). INTS15 was identified in search for the causative gene(s) for an autosomal-dominant eye disease with variable individual manifestation found in a large pedigree. While homozygous Ints15 knockout mice are embryonic lethal, mutant mice lacking a small C-terminal region of Ints15 show ocular malformations similar to the human patients. INTS15 is highly expressed in the eye and brain during embryogenesis and stably interacts with the Integrator complex to support snRNA 3′ end processing. Its knockdown resulted in missplicing of a large number of genes, probably as a secondary consequence, and substantially affected genes associated with eye and brain development. Moreover, studies using human iPS-derived neural progenitor cells showed that INTS15 is critical for axonal outgrowth in retinal ganglion cells. This study suggests a new link between general transcription machinery and a highly specific hereditary disease.

    DOI： 10.1093/hmg/ddad034

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  • Discovery of CRBN as a target of thalidomide: a breakthrough for progress in the development of protein degraders 招待 査読

    Junichi Yamamoto, Takumi Ito, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    Chemical Society Reviews   51 ( 15 )   6234 - 6250   2022年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Royal Society of Chemistry (RSC)  

    Thalidomide and its derivatives are the only protein degraders currently used in clinical practice. This tutorial review provides an overview of the mechanism of action of thalidomide-based degraders and their future perspectives.

    DOI： 10.1039/d2cs00116k

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  • The 3' Pol II pausing at replication-dependent histone genes is regulated by Mediator through Cajal bodies' association with histone locus bodies. 国際誌

    Hidefumi Suzuki, Ryota Abe, Miho Shimada, Tomonori Hirose, Hiroko Hirose, Keisuke Noguchi, Yoko Ike, Nanami Yasui, Kazuki Furugori, Yuki Yamaguchi, Atsushi Toyoda, Yutaka Suzuki, Tatsuro Yamamoto, Noriko Saitoh, Shigeo Sato, Chieri Tomomori-Sato, Ronald C Conaway, Joan W Conaway, Hidehisa Takahashi

    Nature communications   13 ( 1 )   2905 - 2905   2022年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Non-polyadenylated mRNAs of replication-dependent histones (RDHs) are synthesized by RNA polymerase II (Pol II) at histone locus bodies (HLBs). HLBs frequently associate with Cajal bodies (CBs), in which 3'-end processing factors for RDH genes are enriched; however, this association's role in transcription termination of RDH genes remains unclear. Here, we show that Pol II pauses immediately upstream of transcript end sites of RDH genes and Mediator plays a role in this Pol II pausing through CBs' association with HLBs. Disruption of the Mediator docking site for Little elongation complex (LEC)-Cap binding complex (CBC)-Negative elongation factor (NELF), components of CBs, interferes with CBs' association with HLBs and 3' Pol II pausing, resulting in increased aberrant unprocessed RDH gene transcripts. Our findings suggest Mediator's involvement in CBs' association with HLBs to facilitate 3' Pol II pausing and subsequent 3'-end processing of RDH genes by supplying 3'-end processing factors.

    DOI： 10.1038/s41467-022-30632-w

    PubMed

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  • PLZF and its fusion proteins are pomalidomide-dependent CRBN neosubstrates 査読

    Nobuyuki Shimizu, Tomoko Asatsuma-Okumura, Junichi Yamamoto, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa, Takumi Ito

    Communications Biology   4 ( 1 )   2021年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC  

    <title>Abstract</title>Pomalidomide and lenalidomide are immunomodulatory agents that were derived from thalidomide. Cereblon (CRBN) is a common direct target of thalidomide and related compounds and works as a Cullin Ring 4 E3 ubiquitin ligase (CRL4) with DDB1, CUL4, and ROC1. The substrate specificity of CRL4CRBN is modulated by thalidomide-related compounds. While lenalidomide is approved for the treatment of several diseases including multiple myeloma, 5q- syndrome, mantle cell lymphoma, and follicular lymphoma, pomalidomide is approved only for the treatment of lenalidomide-resistant multiple myeloma. Here we show that PLZF/ZBTB16 and its fusion proteins are pomalidomide-dependent neosubstrates of CRL4CRBN. <italic>PLZF</italic> joins to <italic>RARα</italic> or potentially other partner genes, and the translocation causes leukemias, such as acute promyelocytic leukemia and T-cell acute lymphoblastic leukemia. We demonstrate that pomalidomide treatment induces PLZF-RARα degradation, resulting in antiproliferation of leukemic cells expressing PLZF-RARα. This study highlights a potential therapeutic role of pomalidomide as a degrader of leukemogenic fusion proteins.

    DOI： 10.1038/s42003-021-02801-y

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    その他リンク： https://www.nature.com/articles/s42003-021-02801-y

  • Three human RNA polymerases interact with TFIIH via a common RPB6 subunit

    Masahiko Okuda, Tetsufumi Suwa, Hidefumi Suzuki, Yuki Yamaguchi, Yoshifumi Nishimura

    Nucleic Acids Research   2021年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

    <title>Abstract</title>
    In eukaryotes, three RNA polymerases (RNAPs) play essential roles in the synthesis of various types of RNA: namely, RNAPI for rRNA; RNAPII for mRNA and most snRNAs; and RNAPIII for tRNA and other small RNAs. All three RNAPs possess a short flexible tail derived from their common subunit RPB6. However, the function of this shared N-terminal tail (NTT) is not clear. Here we show that NTT interacts with the PH domain (PH-D) of the p62 subunit of the general transcription/repair factor TFIIH, and present the structures of RPB6 unbound and bound to PH-D by nuclear magnetic resonance (NMR). Using available cryo-EM structures, we modelled the activated elongation complex of RNAPII bound to TFIIH. We also provide evidence that the recruitment of TFIIH to transcription sites through the p62–RPB6 interaction is a common mechanism for transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER) of RNAPI- and RNAPII-transcribed genes. Moreover, point mutations in the RPB6 NTT cause a significant reduction in transcription of RNAPI-, RNAPII- and RNAPIII-transcribed genes. These and other results show that the p62–RPB6 interaction plays multiple roles in transcription, TC-NER, and cell proliferation, suggesting that TFIIH is engaged in all RNAP systems.

    DOI： 10.1093/nar/gkab612

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  • Exploiting ubiquitin ligase cereblon as a target for small-molecule compounds in medicine and chemical biology

    Takumi Ito, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    Cell Chemical Biology   28 ( 7 )   987 - 999   2021年5月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier BV  

    DOI： 10.1016/j.chembiol.2021.04.012

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  • ARID2 is a pomalidomide-dependent CRL4CRBN substrate in multiple myeloma cells. 査読 国際誌

    Junichi Yamamoto, Tetsufumi Suwa, Yuki Murase, Shumpei Tateno, Hirotaka Mizutome, Tomoko Asatsuma-Okumura, Nobuyuki Shimizu, Tsutomu Kishi, Shuji Momose, Masahiro Kizaki, Takumi Ito, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    Nature chemical biology   16 ( 11 )   1208 - 1217   2020年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Science and Business Media {LLC}  

    The immunomodulatory drug (IMiD) thalidomide and its derivatives lenalidomide and pomalidomide are therapeutic agents used in the treatment of multiple myeloma. Although pomalidomide offers considerable clinical benefits to patients with lenalidomide-resistant multiple myeloma, the molecular mechanisms underlying its superior efficacy remain unclear. Here we show that ARID2, a component of the polybromo-associated BAF (PBAF) chromatin-remodeling complex, is a pomalidomide-induced neosubstrate of CRL4CRBN. BRD7, another subunit of PBAF, is critical for pomalidomide-induced ARID2 degradation. ARID2 is involved in transcriptional regulation of pomalidomide target genes including MYC. Pomalidomide is more effective than lenalidomide in degrading ARID2 and is capable of inhibiting MYC expression and proliferation in lenalidomide-resistant cell lines. Notably, ARID2 expression is associated with a poor prognosis and is higher in chemoresistant minimal residual disease (MRD) populations, and in patients with relapsed/refractory multiple myeloma. These findings suggest that ARID2 is a promising target for overcoming lenalidomide resistance in patients with multiple myeloma.

    DOI： 10.1038/s41589-020-0645-3

    PubMed

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  • サリドマイド胎芽症診療ガイド 2020

    山口 雄輝

    サリドマイド胎芽症診療ガイド 2020   2020年5月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：国立国際医療研究センター  

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  • Genome-wide screening reveals a role for subcellular localization of CRBN in the anti-myeloma activity of pomalidomide. 査読 国際誌

    Shumpei Tateno, Midori Iida, Satoshi Fujii, Tetsufumi Suwa, Miki Katayama, Haruka Tokuyama, Junichi Yamamoto, Takumi Ito, Satoshi Sakamoto, Hiroshi Handa, Yuki Yamaguchi

    Scientific reports   10 ( 1 )   4012 - 4012   2020年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Pomalidomide, a derivative of thalidomide, is an effective treatment for multiple myeloma. The drug exerts its effects through CRBN, a component of the E3 ubiquitin ligase complex CRL4CRBN. To search for novel factors involved in the anti-cancer activity of pomalidomide, we performed a genome-wide shRNA library screen and identified 445 genes as those affecting pomalidomide sensitivity. Genes encoding components of the ubiquitin-proteasome pathway, such as subunits of the CRL4CRBN complex, the COP9 signalosome, and the 26S proteasome, were among the pomalidomide-affecting genes. Karyopherin beta 1 (KPNB1) was identified as a novel pomalidomide-affecting gene. KPNB1 was required for the nuclear import of CRBN and for the CRBN-directed, pomalidomide-dependent degradation of a clinically relevant substrate, the transcription factor Aiolos. By contrast, the cytoplasmic translation factor GSPT1 was degraded following treatment with the thalidomide derivative CC-885 only when CRBN was present in the cytoplasm, indicating that subcellular distribution of CRBN is critical for the efficacy of thalidomide-based medications.

    DOI： 10.1038/s41598-020-61027-w

    PubMed

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  • The role of Mediator and Little Elongation Complex in transcription termination. 査読 国際誌

    Hidehisa Takahashi, Amol Ranjan, Shiyuan Chen, Hidefumi Suzuki, Mio Shibata, Tomonori Hirose, Hiroko Hirose, Kazunori Sasaki, Ryota Abe, Kai Chen, Yanfeng He, Ying Zhang, Ichigaku Takigawa, Tadasuke Tsukiyama, Masashi Watanabe, Satoshi Fujii, Midori Iida, Junichi Yamamoto, Yuki Yamaguchi, Yutaka Suzuki, Masaki Matsumoto, Keiichi I Nakayama, Michael P Washburn, Anita Saraf, Laurence Florens, Shigeo Sato, Chieri Tomomori-Sato, Ronald C Conaway, Joan W Conaway, Shigetsugu Hatakeyama

    Nature communications   11 ( 1 )   1063 - 1063   2020年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Mediator is a coregulatory complex that regulates transcription of Pol II-dependent genes. Previously, we showed that human Mediator subunit MED26 plays a role in the recruitment of Super Elongation Complex (SEC) or Little Elongation Complex (LEC) to regulate the expression of certain genes. MED26 plays a role in recruiting SEC to protein-coding genes including c-myc and LEC to small nuclear RNA (snRNA) genes. However, how MED26 engages SEC or LEC to regulate distinct genes is unclear. Here, we provide evidence that MED26 recruits LEC to modulate transcription termination of non-polyadenylated transcripts including snRNAs and mRNAs encoding replication-dependent histone (RDH) at Cajal bodies. Our findings indicate that LEC recruited by MED26 promotes efficient transcription termination by Pol II through interaction with CBC-ARS2 and NELF/DSIF, and promotes 3' end processing by enhancing recruitment of Integrator or Heat Labile Factor to snRNA or RDH genes, respectively.

    DOI： 10.1038/s41467-020-14849-1

    PubMed

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  • p63 is a cereblon substrate involved in thalidomide teratogenicity. 査読 国際誌

    Tomoko Asatsuma-Okumura, Hideki Ando, Marco De Simone, Junichi Yamamoto, Tomomi Sato, Nobuyuki Shimizu, Kazuhide Asakawa, Yuki Yamaguchi, Takumi Ito, Luisa Guerrini, Hiroshi Handa

    Nature chemical biology   15 ( 11 )   1077 - 1084   2019年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Cereblon (CRBN) is a primary target of thalidomide and mediates its multiple pharmacological activities, including teratogenic and antimyeloma activities. CRBN functions as a substrate receptor of the E3 ubiquitin ligase CRL4, whose substrate specificity is modulated by thalidomide and its analogs. Although a number of CRL4CRBN substrates have recently been identified, the substrate involved in thalidomide teratogenicity is unclear. Here we show that p63 isoforms are thalidomide-dependent CRL4CRBN neosubstrates that are responsible, at least in part, for its teratogenic effects. The p53 family member p63 is associated with multiple developmental processes. ∆Np63α is essential for limb development, while TAp63α is important for cochlea development and hearing. Using a zebrafish model, we demonstrate that thalidomide exerts its teratogenic effects on pectoral fins and otic vesicles by inducing the degradation of ∆Np63α and TAp63α, respectively. These results may contribute to the invention of new thalidomide analogs lacking teratogenic activity.

    DOI： 10.1038/s41589-019-0366-7

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  • Cereblon Control of Zebrafish Brain Size by Regulation of Neural Stem Cell Proliferation. 査読 国際誌

    Hideki Ando, Tomomi Sato, Takumi Ito, Junichi Yamamoto, Satoshi Sakamoto, Nobuhiro Nitta, Tomoko Asatsuma-Okumura, Nobuyuki Shimizu, Ryota Mizushima, Ichio Aoki, Takeshi Imai, Yuki Yamaguchi, Arnold J Berk, Hiroshi Handa

    iScience   15   95 - 108   2019年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Thalidomide is a teratogen that causes multiple malformations in the developing baby through its interaction with cereblon (CRBN), a substrate receptor subunit of the CRL4 E3 ubiquitin ligase complex. CRBN was originally reported as a gene associated with autosomal recessive non-syndromic mild mental retardation. However, the function of CRBN during brain development remains largely unknown. Here we demonstrate that CRBN promotes brain development by facilitating the proliferation of neural stem cells (NSCs). Knockdown of CRBN in zebrafish embryos impaired brain development and led to small brains, as did treatment with thalidomide. By contrast, overexpression of CRBN resulted in enlarged brains, leading to the expansion of NSC regions and increased cell proliferation in the early brain field and an expanded expression of brain region-specific genes and neural and glial marker genes. These results demonstrate that CRBN functions in the determination of brain size by regulating the proliferation of NSCs during development.

    DOI： 10.1016/j.isci.2019.04.007

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  • Application of high-performance magnetic nanobeads to biological sensing devices. 査読 国際誌

    Kabe Y, Sakamoto S, Hatakeyama M, Yamaguchi Y, Suematsu M, Itonaga M, Handa H

    Analytical and bioanalytical chemistry   411 ( 9 )   1825 - 1837   2019年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s00216-018-1548-y

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  • TLP-mediated global transcriptional repression after double-strand DNA breaks slows down DNA repair and induces apoptosis. 査読 国際誌

    Suzuki H, Okamoto-Katsuyama M, Suwa T, Maeda R, Tamura TA, Yamaguchi Y

    Scientific reports   9 ( 1 )   4868 - 4868   2019年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/s41598-019-41057-9

    PubMed

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  • Structural basis of thalidomide enantiomer binding to cereblon 査読

    Tomoyuki Mori, Takumi Ito, Shujie Liu, Hideki Ando, Satoshi Sakamoto, Yuki Yamaguchi, Etsuko Tokunaga, Norio Shibata, Hiroshi Handa, Toshio Hakoshima

    Scientific Reports   8 ( 1 )   1294   2018年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Nature Publishing Group  

    DOI： 10.1038/s41598-018-19202-7

    Scopus

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  • 遺伝子発現制御機構 クロマチン，転写制御，エピジェネティクス

    田村隆明, 浦聖恵, 山口雄輝

    2017年4月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：遺伝子発現制御機構 クロマチン，転写制御，エピジェネティクス  

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  • Haem-dependent dimerization of PGRMC1/Sigma-2 receptor facilitates cancer proliferation and chemoresistance 査読

    Yasuaki Kabe, Takanori Nakane, Ikko Koike, Tatsuya Yamamoto, Yuki Sugiura, Erisa Harada, Kenji Sugase, Tatsuro Shimamura, Mitsuyo Ohmura, Kazumi Muraoka, Ayumi Yamamoto, Takeshi Uchida, So Iwata, Yuki Yamaguchi, Elena Krayukhina, Masanori Noda, Hiroshi Handa, Koichiro Ishimori, Susumu Uchiyama, Takuya Kobayashi, Makoto Suematsu

    NATURE COMMUNICATIONS   7   11030   2016年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/ncomms11030

    Web of Science

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  • CTCF regulates NELF, DSIF and P-TEFb recruitment during transcription 査読

    Clélia Laitem, Justyna Zaborowska, Michael Tellier, Yuki Yamaguchi, Qingfu Cao, Sylvain Egloff, Hiroshi Handa, Shona Murphy

    Transcription   6 ( 5 )   79 - 90   2015年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Taylor and Francis Inc.  

    DOI： 10.1080/21541264.2015.1095269

    Scopus

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  • Characterization of the Human Transcription Elongation Factor Rtf1: Evidence for Nonoverlapping Functions of Rtf1 and the Paf1 Complex (vol 35, pg 3459, 2015)

    Qing-Fu Cao, Junichi Yamamoto, Tomoyasu Isobe, Shumpei Tateno, Yuki Murase, Yexi Chen, Hiroshi Handa, Yuki Yamaguchi

    MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY   35 ( 20 )   4093 - 4093   2015年10月

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  • Characterization of the Human Transcription Elongation Factor Rtf1: Evidence for Nonoverlapping Functions of Rtf1 and the Paf1 Complex 査読

    Qing-Fu Cao, Junichi Yamamoto, Tomoyasu Isobe, Shumpei Tateno, Yuki Murase, Yexi Chen, Hiroshi Handa, Yuki Yamaguchi

    MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY   35 ( 20 )   3459 - 3470   2015年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/MCB.00601-15

    Web of Science

    PubMed

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  • SV40 VP1 major capsid protein in its self-assembled form allows VP1 pentamers to coat various types of artificial beads in vitro regardless of their sizes and shapes 査読

    Masaaki Kawano, Koji Doi, Hajime Fukuda, Yoshinori Kita, Kensuke Imai, Takamasa Inoue, Teruya Enomoto, Masanori Matsui, Mamoru Hatakeyama, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    Biotechnology Reports   5 ( 1 )   105 - 111   2015年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier B.V.  

    DOI： 10.1016/j.btre.2014.12.008

    Scopus

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  • Correction to Characterization of the human transcription elongation factor Rtf1: Evidence for nonoverlapping functions of Rtf1 and the Paf1 complex. [Mol Cell Biol, 35, 20, 2015, 3459-3470] 査読

    Qing-Fu Cao, Junichi Yamamoto, Tomoyasu Isobe, Shumpei Tateno, Yuki Murase, Yexi Chen, Hiroshi Handa, Yuki Yamaguchi

    Molecular and Cellular Biology   35 ( 23 )   4093   2015年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Society for Microbiology  

    DOI： 10.1128/MCB.00914-15

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  • 理系英会話アクティブラーニング2 テツヤ、ディスカッションしようか

    Kyota Ko, Simon Gillett, 近藤 科江, 山口 雄輝

    2014年11月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：羊土社  

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  • 理系英会話アクティブラーニング1 テツヤ、国際学会いってらっしゃい

    Kyota Ko, Simon Gillett, 近藤 科江, 山口 雄輝

    2014年11月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：羊土社  

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  • 基礎からしっかり学ぶ生化学

    山口雄輝, 成田央

    2014年10月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：羊土社  

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  • 新しい遺伝子工学 新版

    半田宏, 山口雄輝

    2014年9月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：朝倉書店  

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  • DSIF and NELF interact with Integrator to specify the correct post-transcriptional fate of snRNA genes 査読

    Junichi Yamamoto, Yuri Hagiwara, Kunitoshi Chiba, Tomoyasu Isobe, Takashi Narita, Hiroshi Handa, Yuki Yamaguchi

    NATURE COMMUNICATIONS   5   4263   2014年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/ncomms5263

    Web of Science

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  • Magnetically Promoted Rapid Immunoreactions Using Functionalized Fluorescent Magnetic Beads: A Proof of Principle 査読

    Satoshi Sakamoto, Kenshi Omagari, Yoshinori Kita, Yusuke Mochizuki, Yasuyuki Naito, Shintaro Kawata, Sachiko Matsuda, Osamu Itano, Hiromitsu Jinno, Hiroya Takeuchi, Yuki Yamaguchi, Yuko Kitagawa, Hiroshi Handa

    CLINICAL CHEMISTRY   60 ( 4 )   610 - 620   2014年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1373/clinchem.2013.211433

    Web of Science

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  • Inhibition of protein SUMOylation by davidiin, an ellagitannin from Davidia involucrata 査読

    Misao Takemoto, Yumi Kawamura, Mikako Hirohama, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa, Hisato Saitoh, Yoichi Nakao, Manabu Kawada, Khan Khalid, Hiroyuki Koshino, Ken-ichi Kimura, Akihiro Ito, Minoru Yoshida

    JOURNAL OF ANTIBIOTICS   67 ( 4 )   335 - 338   2014年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/ja.2013.142

    Web of Science

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  • Salicylic Acid Induces Mitochondrial Injury by Inhibiting Ferrochelatase Heme Biosynthesis Activity 査読

    Vipul Gupta, Shujie Liu, Hideki Ando, Ryohei Ishii, Shumpei Tateno, Yuki Kaneko, Masato Yugami, Satoshi Sakamoto, Yuki Yamaguchi, Osamu Nureki, Hiroshi Handa

    MOLECULAR PHARMACOLOGY   84 ( 6 )   824 - 833   2013年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1124/mol.113.087940

    Web of Science

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  • Activation-induced cytidine deaminase auto-activates and triggers aberrant gene expression 査読

    Tomoyasu Isobe, Soken-Nakazawa J. Song, Prabha Tiwari, Hiroki Ito, Yuki Yamaguchi, Kazuyuki Yoshizaki

    FEBS LETTERS   587 ( 16 )   2487 - 2492   2013年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.febslet.2013.06.028

    Web of Science

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  • Viral protein-coating of magnetic nanoparticles using simian virus 40 VP1 査読

    Teruya Enomoto, Masaaki Kawano, Hajime Fukuda, Wataru Sawada, Takamasa Inoue, Kok Chee Haw, Yoshinori Kita, Satoshi Sakamoto, Yuki Yamaguchi, Takeshi Imai, Mamoru Hatakeyama, Shigeyoshi Saito, Adarsh Sandhu, Masanori Matsui, Ichio Aoki, Hiroshi Handa

    JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY   167 ( 1 )   8 - 15   2013年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.jbiotec.2013.06.005

    Web of Science

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  • Systematic Identification of Proteins Binding to Chromatin-Embedded Ubiquitylated H2B Reveals Recruitment of SWI/SNF to Regulate Transcription 査読

    Efrat Shema-Yaacoby, Miroslav Nikolov, Mahmood Haj-Yahya, Peter Siman, Eric Allemand, Yuki Yamaguchi, Christian Muchardt, Henning Urlaub, Ashraf Brik, Moshe Oren, Wolfgang Fischle

    CELL REPORTS   4 ( 3 )   601 - 608   2013年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.celrep.2013.07.014

    Web of Science

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  • Vesnarinone suppresses TNFα mRNA expression by inhibiting valosin-containing protein. 査読

    Hotta K, Nashimoto A, Yasumura E, Suzuki M, Azuma M, Iizumi Y, Shima D, Nabeshima R, Hiramoto M, Okada A, Sakata-Sogawa K, Tokunaga M, Ito T, Ando H, Sakamoto S, Kabe Y, Aizawa S, Imai T, Yamaguchi Y, Watanabe H, Handa H

    Molecular pharmacology   83 ( 5 )   930 - 938   2013年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1124/mol.112.081935

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  • Systematic changes to the apparent diffusion tensor of in vivo rat brain measured with an oscillating-gradient spin-echo sequence 査読

    Jeff Kershaw, Christoph Leuze, Ichio Aoki, Takayuki Obata, Iwao Kanno, Hiroshi Ito, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    NEUROIMAGE   70   10 - 20   2013年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.neuroimage.2012.12.036

    Web of Science

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  • Vitamin K2 Covalently Binds to Bak and Induces Bak-Mediated Apoptosis 査読

    Satoki Karasawa, Motoki Azuma, Takeshi Kasama, Satoshi Sakamoto, Yasuaki Kabe, Takeshi Imai, Yuki Yamaguchi, Keisuke Miyazawa, Hiroshi Handa

    MOLECULAR PHARMACOLOGY   83 ( 3 )   613 - 620   2013年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1124/mol.112.082602

    Web of Science

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  • Transcription elongation factors DSIF and NELF: Promoter-proximal pausing and beyond

    Yuki Yamaguchi, Hirotaka Shibata, Hiroshi Handa

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENE REGULATORY MECHANISMS   1829 ( 1 )   98 - 104   2013年1月

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  • Transcription elongation factors DSIF and NELF: promoter-proximal pausing and beyond. 査読

    Yamaguchi Y, Shibata H, Handa H

    Biochimica et biophysica acta   1829 ( 1 )   98 - 104   2013年1月

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  • Identification of DNA-Dependent Protein Kinase Catalytic Subunit (DNA-PKcs) as a Novel Target of Bisphenol A 査読

    Yuki Ito, Takumi Ito, Satoki Karasawa, Teruya Enomoto, Akihiro Nashimoto, Yasuyoshi Hase, Satoshi Sakamoto, Tsuneyo Mimori, Yoshihisa Matsumoto, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    PLOS ONE   7 ( 12 )   e50481   2012年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1371/journal.pone.0050481

    Web of Science

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  • DSIF restricts NF-κB signaling by coordinating elongation with mRNA processing of negative feedback genes. 査読

    Diamant G, Amir-Zilberstein L, Yamaguchi Y, Handa H, Dikstein R

    Cell reports   2 ( 4 )   722 - 731   2012年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.celrep.2012.08.041

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  • In vitro reconstitution of SV40 particles that are composed of VP1/2/3 capsid proteins and nucleosomal DNA and direct efficient gene transfer 査読

    Teruya Enomoto, Iwao Kukimoto, Masa-aki Kawano, Yuki Yamaguchi, Arnold J. Berk, Hiroshi Handa

    VIROLOGY   420 ( 1 )   1 - 9   2011年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.virol.2011.08.014

    Web of Science

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  • Global analysis for functional residues of histone variant Htz1 using the comprehensive point mutant library 査読

    Ayumi Kawano, Yohei Hayashi, Shuhei Noguchi, Hiroshi Handa, Masami Horikoshi, Yuki Yamaguchi

    GENES TO CELLS   16 ( 5 )   590 - 607   2011年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1365-2443.2011.01512.x

    Web of Science

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  • Erythropoiesis is regulated by the transcription elongation factor Foggy/Spt5 through gata1 gene regulation 査読

    Takuya Taneda, Wenyan Zhu, Qingfu Cao, Hajime Watanabe, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa, Tadashi Wada

    GENES TO CELLS   16 ( 2 )   231 - 242   2011年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1365-2443.2010.01481.x

    Web of Science

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  • Promoter-proximal pausing and its release: Molecular mechanisms and physiological functions 査読

    Kunitoshi Chiba, Junichi Yamamoto, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    EXPERIMENTAL CELL RESEARCH   316 ( 17 )   2723 - 2730   2010年10月

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  • Evidence that cleavage factor Im is a heterotetrameric protein complex controlling alternative polyadenylation 査読

    Sol Kim, Junichi Yamamoto, Yexi Chen, Masatoshi Aida, Tadashi Wada, Hiroshi Handa, Yuki Yamaguchi

    GENES TO CELLS   15 ( 9 )   1003 - 1013   2010年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1365-2443.2010.01436.x

    Web of Science

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  • Role of N-end rule ubiquitin ligases UBR1 and UBR2 in regulating the leucine-mTOR signaling pathway 査読

    Kanako Kume, Yosuke Iizumi, Masashi Shimada, Yuki Ito, Tsutomu Kishi, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    GENES TO CELLS   15 ( 4 )   339 - 349   2010年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1365-2443.2010.01385.x

    Web of Science

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  • [New development in research of transcription elongation].

    Yuki Yamaguchi

    Seikagaku. The Journal of Japanese Biochemical Society   2010年3月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • Identification of a Primary Target of Thalidomide Teratogenicity 査読

    Takumi Ito, Hideki Ando, Takayuki Suzuki, Toshihiko Ogura, Kentaro Hotta, Yoshimasa Imamura, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    SCIENCE   327 ( 5971 )   1345 - 1350   2010年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1126/science.1177319

    Web of Science

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  • Identification of Dynamin-2-Mediated Endocytosis as a New Target of Osteoporosis Drugs, Bisphosphonates

    Yuka Masaike, Takeshi Takagi, Masataka Hirota, Joe Yamada, Satoru Ishihara, Tetsu M. C. Yung, Takamasa Inoue, Chika Sawa, Hiroshi Sagara, Satoshi Sakamoto, Yasuaki Kabe, Yasuyuki Takahashi, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    MOLECULAR PHARMACOLOGY   77 ( 2 )   262 - 269   2010年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1124/mol.109.059006

    Web of Science

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  • Identification of Dynamin-2-mediated Endocytosis as a New Target of Osteoporosis Drugs, Bisphosphonates 査読

    Yuka Masaike, Takeshi Takagi, Masataka Hirota, Joe Yamada, Satoru Ishihara, Tetsu M, C. Yung, Takamasa Inoue, Chika Sawa, Hiroshi Sagara, Satoshi Sakamoto, Yasuaki Kabe, Yasuyuki Takahashi, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    Mol. Pharmacol.   77 ( 2 )   262 - 269   2010年2月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1124/mol.109.059006

    Web of Science

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  • DSIF, the Paf1 complex, and Tat-SF1 have nonredundant, cooperative roles in RNA polymerase II elongation

    Yexi Chen, Yuki Yamaguchi, Yuta Tsugeno, Junichi Yamamoto, Tomoko Yamada, Mitsuhiro Nakamura, Koji Hisatake, Hiroshi Handa

    GENES & DEVELOPMENT   23 ( 23 )   2765 - 2777   2009年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1101/gad.1834709

    Web of Science

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  • Repression of RNA Polymerase II Elongation In Vivo Is Critically Dependent on the C-Terminus of Spt5

    Hui Chen, Xavier Contreras, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa, B. Matija Peterlin, Su Guo

    PLOS ONE   4 ( 9 )   e6918   2009年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1371/journal.pone.0006918

    Web of Science

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  • Cellular dynamics of the negative transcription elongation factor NELF

    Tetsu M. C. Yung, Takashi Narita, Toshiharu Komori, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    EXPERIMENTAL CELL RESEARCH   315 ( 10 )   1693 - 1705   2009年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.yexcr.2009.02.013

    Web of Science

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  • Incorporation of 8-hydroxyguanosine (8-oxo-7,8-dihydroguanosine) 5&apos;-triphosphate by bacterial and human RNA polymerases

    Hiroyuki Kamiya, Akihiro Suzuki, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa, Hideyoshi Harashima

    FREE RADICAL BIOLOGY AND MEDICINE   46 ( 12 )   1703 - 1707   2009年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.freeradbiomed.2009.04.005

    Web of Science

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  • Mono-(2-ethylhexyl) phthalate Targets Glycogen Debranching Enzyme and Affects Glycogen Metabolism in Rat Testis

    Chikanori Kuramori, Yasuyoshi Hase, Koichi Hoshikawa, Keiko Watanabe, Takeyuki Nishi, Takako Hishiki, Tomoyoshi Soga, Akihiro Nashimoto, Yasuaki Kabe, Yuki Yamaguchi, Hajime Watanabe, Kohsuke Kataoka, Makoto Suematsu, Hiroshi Handa

    TOXICOLOGICAL SCIENCES   109 ( 1 )   143 - 151   2009年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/toxsci/kfp041

    Web of Science

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  • Role of human transcription elongation factor DSIF in the suppression of senescence and apoptosis

    Toshiharu Komori, Naoto Inukai, Tomoko Yamada, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    GENES TO CELLS   14 ( 3 )   343 - 354   2009年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1365-2443.2008.01273.x

    Web of Science

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  • Capsaicin binds to prohibitin 2 and displaces it from the mitochondria to the nucleus

    Chikanori Kuramori, Motoki Azuma, Kanako Kume, Yuki Kaneko, Atsushi Inoue, Yuki Yamaguchi, Yasuaki Kabe, Takamitsu Hosoya, Masahiro Kizaki, Makoto Suematsu, Hiroshi Handa

    BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   379 ( 2 )   519 - 525   2009年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bbrc.2008.12.103

    Web of Science

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  • Development and Application of High-Performance Affinity Beads: Toward Chemical Biology and Drug Discovery

    Satoshi Sakamoto, Yasuaki Kabe, Mamoru Hatakeyama, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    CHEMICAL RECORD   9 ( 1 )   66 - 85   2009年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/tcr.20170

    Web of Science

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  • 転写制御とエピジェネティクス—ゲノムデコードに向けて

    山口雄輝, 半田宏

    2008年12月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：南山堂  

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  • Adenine Nucleotide Translocator Transports Haem Precursors into Mitochondria

    Motoki Azuma, Yasuaki Kabe, Chikanori Kuramori, Masao Kondo, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    PLOS ONE   3 ( 8 )   e3070   2008年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1371/journal.pone.0003070

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  • A new APE1/Ref-1-dependent pathway leading to reduction of NF-kappa B and AP-1, and activation of their DNA-binding activity

    Kozue Ando, Satoshi Hirao, Yasuaki Kabe, Yuji Ogura, Iwao Sato, Yuki Yamaguchi, Tadashi Wada, Hiroshi Handa

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH   36 ( 13 )   4327 - 4336   2008年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/gkn416

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  • Presentation of functional foreign peptides on the surface of SV40 virus-like particles

    Ryou-u Takahashi, Shin-nosuke Kanesashi, Takamasa Inoue, Teruya Enomoto, Masa-aki Kawano, Hiroko Tsukamoto, Fumitaka Takeshita, Takeshi Imai, Takahiro Ochiya, Kohsuke Kataoka, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY   135 ( 4 )   385 - 392   2008年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.jbiotec.2008.05.012

    Web of Science

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  • Development of a chemical screening system using aqueorin-fused protein

    Masafumi Suzuki, Shoichiro Furukawa, Chikanori Kuramori, Chika Sawa, Yasuaki Kabe, Mitsuhiro Nakamura, Jun-ichi Sawada, Yuki Yamaguchi, Satoshi Sakamoto, Satoshi Inouye, Hiroshi Handa

    BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   368 ( 3 )   600 - 605   2008年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bbrc.2008.01.107

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  • Atirazine binds to F1F0-ATP synthase and inhibits mitochondrial function in sperm 査読

    Yasuyoshi Hase, Michiko Tatsuno, Takeyuki Nishi, Kosuke Kataoka, Yasuaki Kabe, Yuki Yamaguchi, Nobuaki Ozawa, Michiya Natori, Hiroshi Handa, Hajime Watanabe

    BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   366 ( 1 )   66 - 72   2008年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bbrc.2007.11.107

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  • Evidence that SV40VP1-DNA interactions contribute to the assembly of 40-nm spherical viral particles 査読

    Hiroko Tsukamoto, Masa-aki Kawano, Takamasa Inoue, Teruya Enomoto, Ryou-u Takahashi, Naoki Yokoyama, Noriaki Yamamoto, Takeshi Imai, Kohsuke Kataoka, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    GENES TO CELLS   12 ( 11 )   1267 - 1279   2007年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1365-2443.2007.01134.x

    Web of Science

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  • Hepatitis delta antigen binds to the clamp of RNA polymerase II and affects transcriptional fidelity 査読

    Yuki Yamaguchi, Takashi Mura, Sittinan Chanarat, Sachiko Okamoto, Hiroshi Handa

    GENES TO CELLS   12 ( 7 )   863 - 875   2007年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1365-2443.2007.01094.x

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  • Differential regulation of NF-kappa B by elongation factors is determined by core promoter type 査読

    Liat Amir-Zilberstein, Elena Ainbinder, Leanne Toube, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa, Rivka Dikstein

    MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY   27 ( 14 )   5246 - 5259   2007年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/MCB.00586-07

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  • DSIF contributes to transcriptional activation by DNA-binding activators by preventing pausing during transcription elongation 査読

    Wenyan Zhu, Tadashi Wada, Sachiko Okabe, Takuya Taneda, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH   35 ( 12 )   4064 - 4075   2007年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/gkm430

    Web of Science

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  • NELF interacts with CBC and participates in 3 ' end processing of replication-dependent histone rnRNAs 査読

    Takashi Narita, Tetsu M. C. Yung, Junichi Yamamoto, Yasunori Tsuboi, Hideyuki Tanabe, Kiyoji Tanaka, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa

    MOLECULAR CELL   26 ( 3 )   349 - 365   2007年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.molcel.2007.04.011

    Web of Science

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  • Identification of a chemical substructure that is immobilized to ferrite nanoparticles (FP)

    Kosuke Nishio, Nobuyuki Gokon, Makoto Hasegawa, Yuji Ogura, Morihito Ikeda, Hiroki Narimatsu, Masaru Tada, Yuki Yamaguchi, Satoshi Sakamoto, Masanori Abe, Hiroshi Handa

    COLLOIDS AND SURFACES B-BIOINTERFACES   54 ( 2 )   249 - 253   2007年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.colsurfb.2006.10.039

    Web of Science

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  • Adeno-associated virus site-specific integration is regulated by TRP-185(del)

    Noriaki Yamamoto, Masato Suzuki, Masa-aki Kawano, Takamasa Inoue, Ryou-u Takahashi, Hiroko Tsukamoto, Teruya Enomoto, Yuki Yamaguchi, Tadashi Wada, Hiroshi Handa

    JOURNAL OF VIROLOGY   81 ( 4 )   1990 - 2001   2007年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/JVI.02014-06

    Web of Science

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  • hnRNP-U enhances the expression of specific genes by stabilizing mRNA

    Masato Yugami, Yasuaki Kabe, Yuki Yamaguchi, Tadashi Wada, Hiroshi Handa

    FEBS LETTERS   581 ( 1 )   1 - 7   2007年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.febslet.2006.11.062

    Web of Science

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  • Knock-down of 25 kDa subunit of cleavage factor Im in Hela cells alters alternative polyadenylation within 3 '-UTRs

    Tomohiro Kubo, Tadashi Wada, Yuki Yamaguchi, Akira Shimizu, Hiroshi Handa

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH   34 ( 21 )   6264 - 6271   2006年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/gkl794

    Web of Science

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  • A new mechanism of methotrexate action revealed by target screening with affinity beads

    Hitoshi Uga, Chikanori Kuramori, Akiko Ohta, Yasunori Tsuboi, Hiroshi Tanaka, Mamoru Hatakeyama, Yuki Yamaguchi, Takashi Takahashi, Masahiro Kizaki, Hiroshi Handa

    MOLECULAR PHARMACOLOGY   70 ( 5 )   1832 - 1839   2006年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1124/mol.106.025866

    Web of Science

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  • Transcriptional pausing caused by NELF plays a dual role in regulating immediate-early expression of the junB gene

    Masatoshi Aida, Yexi Chen, Koichi Nakajima, Yuki Yamaguchi, Tadashi Wada, Hiroshi Handa

    MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY   26 ( 16 )   6094 - 6104   2006年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/MCB.02366-05

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  • TFII-I down-regulates a subset of estrogen-responsive genes through its interaction with an initiator element and estrogen receptor α

    Ogura, Y. Azuma, M. Tsuboi, Y. Kabe, Y. Yamaguchi, Y. Wada, T. Watanabe, H. Handa, H

    Genes Cell   11 ( 4 )   373 - 381   2006年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1365-2443.2006.00952.x

    Web of Science

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  • P-TEFb-mediated phosphorylation of hSpt5 C-terminal repeats is critical for processive transcription elongation 査読

    T Yamada, Y Yamaguchi, N Inukai, S Okamoto, T Mura, H Handa

    MOLECULAR CELL   21 ( 2 )   227 - 237   2006年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.molcel.2005.11.024

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  • Hepatitis Delta Virus

    H, a, Y., Yamaguchi, Y.

    Vol.   2006年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：Landes Bioscience / Springer Science+Business Media  

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  • ケミカルバイオロジー・ケミカルゲノミクス

    山口雄輝

    Vol.   2005年11月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：シュプリンガー・フェアラーク  

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  • 転写研究集中マスター

    山口雄輝

    2005年9月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：羊土社  

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  • GABP, HCF-1 and YY1 are involved in Rb gene expression during myogenesis

    S Delehouzee, T Yoshikawa, C Sawa, J Sawada, T Ito, M Omori, T Wada, Y Yamaguchi, Y Kabe, H Handa

    GENES TO CELLS   10 ( 7 )   717 - 731   2005年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/j.1365-2443.2005.00873.x

    Web of Science

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  • Transdifferentiation of the retinal pigment epithelia to the neural retina by transfer of the Pax6 transcriptional factor

    N Azuma, K Tadokoro, A Asaka, M Yamada, Y Yamaguchi, H Handa, S Matsushima, T Watanabe, Y Kida, T Ogura, M Torii, K Shimamura, M Nakafuku

    HUMAN MOLECULAR GENETICS   14 ( 8 )   1059 - 1068   2005年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/hmg/ddi098

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  • 科学英語論文の赤ペン添削講座

    山口雄輝

    2005年3月

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    記述言語：日本語  

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  • Selective ligand purification using high-performance affinity beads

    Y Ohtsu, R Ohba, Y Imamura, M Kobayashi, H Hatori, T Zenkoh, M Hatakeyama, T Manabe, M Hino, Y Yamaguchi, K Kataoka, H Kawaguchi, H Watanabe, H Handa

    ANALYTICAL BIOCHEMISTRY   338 ( 2 )   245 - 252   2005年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.ab.2004.10.006

    Web of Science

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  • Mediator requirement for both recruitment and postrecruitment steps in transcription initiation

    G Wang, MA Balamotis, JL Stevens, Y Yamaguchi, H Handa, AJ Berk

    MOLECULAR CELL   17 ( 5 )   683 - 694   2005年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.molcel.2005.02.010

    Web of Science

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  • The Pax6 isoform bearing an alternative spliced exon promotes the development of the neural retinal structure

    N Azuma, K Tadokoro, A Asaka, M Yamada, Y Yamaguchi, H Handa, S Matsushima, T Watanabe, S Kohsaka, Y Kida, T Shiraishi, T Ogura, K Shimamura, M Nakafuku

    HUMAN MOLECULAR GENETICS   14 ( 6 )   735 - 745   2005年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/hmg/ddi069

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  • NF-Y is essential for the recruitment of RNA polymerase II and inducible transcription of several CCAAT box-containing genes

    Y Kabe, J Yamada, H Uga, Y Yamaguchi, T Wada, H Handa

    MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY   25 ( 1 )   512 - 522   2005年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/MCB.25.1.512-522.2005

    Web of Science

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  • Molecular characterization of Drosophila NELF

    CH Wu, C Lee, RP Fan, MJ Smith, Y Yamaguchi, H Handa, DS Gilmour

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH   33 ( 4 )   1269 - 1279   2005年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/gki274

    Web of Science

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  • Attenuation of estrogen receptor α-mediated transcription through estrogen-stimulated recruitment of a negative elongation factor

    Aiyar, S.E, Sun, J.-L, Blair, A.L, Moskaluk, C.A, Lv, Y, Ye, Q.-N, Yamaguchi, Y, Mukherjee, A, Ren, D.-M, Handa, H, Li, R

    Genes Dev.   18 ( 17 )   2134 - 2146   2004年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1101/gad.1214104

    Web of Science

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  • Locus-specific requirements for Spt5 in transcriptional activation and repression in Drosophila

    BH Jennings, S Shah, Y Yamaguchi, M Seki, RG Phillips, H Handa, D Ish-Horowicz

    CURRENT BIOLOGY   14 ( 18 )   1680 - 1684   2004年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cub.2004.08.066

    Web of Science

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  • [Analyses of biomacromolecules by electrophoresis].

    Yuki Yamaguchi

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme   2004年8月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • Interferon regulatory factor 1 (IRF-1) and IRF-2 distinctively up-regulate gene expression and production of interleukin-7 in human intestinal epithelial cells

    S Oshima, T Nakamura, S Namiki, E Okada, K Tsuchiya, R Okamoto, M Yamazaki, T Yokota, M Aida, Y Yamaguchi, T Kanai, H Handa, M Watanabe

    MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY   24 ( 14 )   6298 - 6310   2004年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/MCB.24.14.6298-6310.2004

    Web of Science

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  • Human Spt6 stimulates transcription elongation by RNA polymerase II in vitro

    M Endoh, WY Zhu, J Hasegawa, H Watanabe, DK Kim, M Aida, N Inukai, T Narita, T Yamada, A Furuya, H Sato, Y Yamaguchi, SS Mandal, D Remberg, T Wada, H Handa

    MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY   24 ( 8 )   3324 - 3336   2004年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/MCB.24.8.3324-3336.2004

    Web of Science

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  • Elongation inhibition by DRB sensitivity-inducing factor is regulated by the A20 promoter via a novel negative element and NF-κB

    Ainbinder, E, Amir-Zilberstein, L, Yamaguchi, Y, Handa, H, Dikstein, R

    Mol. Cell. Biol.   24 ( 6 )   2444 - 2454   2004年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/MCB.24.6.2444-2454.2004

    Web of Science

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  • A novel hydrogen peroxide-induced phosphorylation and ubiquitination pathway leading to RNA polymerase II proteolysis

    N Inukai, Y Yamaguchi, Kuraoka, I, T Yamada, S Kamijo, J Kato, K Tanaka, H Handa

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   279 ( 9 )   8190 - 8195   2004年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1074/jbc.M311412200

    Web of Science

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  • キーワードで理解する転写イラストマップ

    山口雄輝

    2004年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：羊土社  

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  • Mutations of the PAX6 gene detected in patients with a variety of optic-nerve malformations

    N Azuma, Y Yamaguchi, H Handa, K Tadokoro, A Asaka, E Kawase, M Yamada

    AMERICAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS   72 ( 6 )   1565 - 1570   2003年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1086/375555

    Web of Science

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  • NELF and DSIF cause promoter proximal pausing on the hsp70 promoter in Drosophila

    CH Wu, Y Yamaguchi, LR Benjamin, M Horvat-Gordon, J Washinsky, E Enerly, J Larsson, A Lambertsson, H Handa, D Gilmour

    GENES & DEVELOPMENT   17 ( 11 )   1402 - 1414   2003年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1101/gad.1091403

    Web of Science

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  • NTP-driven translocation by human RNA polymerase II

    YA Nedialkov, XQ Gong, SL Hovde, Y Yamaguchi, H Handa, JH Geiger, HG Yan, ZF Burton

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   278 ( 20 )   18303 - 18312   2003年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1074/jbc.M301103200

    Web of Science

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  • Structure-function analysis of human Spt4: evidence that hSpt4 and hSpt5 exert their roles in transcriptional elongation as parts of the DSIF complex

    D Kim, N Inukai, T Yamada, A Furuya, H Sato, Y Yamaguchi, T Wada, H Handa

    GENES TO CELLS   8 ( 4 )   371 - 378   2003年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1046/j.1365-2443.2003.00638.x

    Web of Science

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  • Mechanism of H-8 inhibition of Cyclin-dependent kinase 9: study using inhibitor-immobilized matrices

    D Shima, M Yugami, M Tatsuno, T Wada, Y Yamaguchi, H Handa

    GENES TO CELLS   8 ( 3 )   215 - 223   2003年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1046/j.1365-2443.2003.00627.x

    Web of Science

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  • Human transcription elongation factor NELF: Identification of novel subunits and reconstitution of the functionally active complex

    T Narita, Y Yamaguchi, K Yano, S Sugimoto, S Chanarat, T Wada, DK Kim, J Hasegawa, M Omori, N Inukai, M Endoh, T Yamada, H Handa

    MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY   23 ( 6 )   1863 - 1873   2003年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/MCB.23.6.1863-1873.2003

    Web of Science

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  • Effects of endogenous DNA base lesions on transcription elongation by mammalian RNA polymerase II - Implications for transcription-coupled DNA repair and transcriptional mutagenesis

    Kuraoka, I, M Endou, Y Yamaguchi, T Wada, H Handa, K Tanaka

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   278 ( 9 )   7294 - 7299   2003年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1074/jbc.M208102200

    Web of Science

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  • [Molecular switch for mRNA synthesis rate].

    Yuki Yamaguchi

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme   2003年1月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • A rapid purification method for human RNA polymerase II by two-step affinity chromatography

    J Hasegawa, M Endou, T Narita, T Yamada, Y Yamaguchi, T Wada, H Handa

    JOURNAL OF BIOCHEMISTRY   133 ( 1 )   133 - 138   2003年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/jb/mvg013

    Web of Science

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  • Assay of transient state kinetics of elongation by human RNA polymerase II

    Nedialkov, Y.A., Gong, X.Q., Yamaguchi, Y., H, a, H., Burton, Z.F.

    Methods in Enzymol.   2003年

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    記述言語：英語  

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  • Assay of transient state kinetics of RNA polymerase II elongation

    YA Nedialkov, XQ Gong, Y Yamaguchi, H Handa, ZF Burton

    RNA POLYMERASES AND ASSOCIATED FACTORS, PT D   371   252 - 264   2003年

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  • Spatial redox regulation of a critical cysteine residue of NF-kappa B in vivo

    T Nishi, N Shimizu, M Hiramoto, L Sato, Y Yamaguchi, M Hasegawa, S Aizawa, H Tanaka, K Kataoka, H Watanabe, H Handa

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   277 ( 46 )   44548 - 44556   2002年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1074/jbc.M202970200

    Web of Science

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  • HIV and hepatitis delta virus: evolution takes different paths to relieve blocks in transcriptional elongation

    Y Yamaguchi, S Delehouzee, H Handa

    MICROBES AND INFECTION   4 ( 11 )   1169 - 1175   2002年9月

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  • Evidence that negative elongation factor represses transcription elongation through binding to a DRB sensitivity-inducing factor/RNA polymerase II complex and RNA

    Y Yamaguchi, N Inukai, T Narita, T Wada, H Handa

    MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY   22 ( 9 )   2918 - 2927   2002年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/MCB.22.9.2918-2927.2002

    Web of Science

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  • わかる実験医学シリーズ 転写がわかる

    山口雄輝

    2002年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：羊土社  

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  • A highly purified RNA polymerase II elongation control system

    DB Renner, Y Yamaguchi, T Wada, H Handa, DH Price

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   276 ( 45 )   42601 - 42609   2001年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1074/jbc.M104967200

    Web of Science

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  • Stimulation of RNA polymerase II elongation by hepatitis delta antigen

    Y Yamaguchi, J Filipovska, K Yano, A Furuya, N Inukai, T Narita, T Wada, S Sugimoto, MM Konarska, H Handa

    SCIENCE   293 ( 5527 )   124 - 127   2001年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1126/science.1057925

    Web of Science

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  • Cloning of the hamster androgen receptor gene

    K Shiba, T Hamaguchi, K Kataoka, Y Yamaguchi, H Handa, K Adachi

    JOURNAL OF DERMATOLOGICAL SCIENCE   26 ( 3 )   163 - 168   2001年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/S0923-1811(00)00172-9

    Web of Science

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  • The regulation of elongation by eukaryotic RNA polymerase II: A recent view

    D Kim, Y Yamaguchi, T Wada, H Handa

    MOLECULES AND CELLS   11 ( 3 )   267 - 274   2001年6月

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    記述言語：英語  

    Web of Science

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  • SPT genes: Key players in the regulation of transcription, chromatin structure and other cellular processes

    Y Yamaguchi, T Narita, N Inukai, T Wada, H Handa

    JOURNAL OF BIOCHEMISTRY   129 ( 2 )   185 - 191   2001年2月

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    記述言語：英語  

    Web of Science

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  • The regulation of elongation by eukaryotic RNA polymerase II: A recent view.

    Kim, D., Yamaguchi Y., Wada, T., H, a, H.

    Mol. Cells   2001年

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    記述言語：英語  

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  • A regulator of transcriptional elongation controls vertebrate neuronal development

    S Guo, Y Yamaguchi, S Schilbach, T Wada, J Lee, A Goddard, D French, H Handa, A Rosenthal

    NATURE   408 ( 6810 )   366 - 369   2000年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/35042590

    Web of Science

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  • [Mechanism of basal transcription]

    Yuki Yamaguchi

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme   2000年6月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • [Regulatory mechanism of transcription elongation: DRB-sensitive elongation control machinery]

    Yuki Yamaguchi

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme   2000年6月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • FACT relieves DSIF/NELF-mediated inhibition of transcriptional elongation and reveals functional differences between P-TEFb and TFIIH

    T Wada, G Orphanides, J Hasegawa, DK Kim, D Shima, Y Yamaguchi, A Fukuda, K Hisatake, S Oh, D Reinberg, H Handa

    MOLECULAR CELL   5 ( 6 )   1067 - 1072   2000年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/S1097-2765(00)80272-5

    Web of Science

    PubMed

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  • ゲノムからの情報発現 転写因子とその機能

    山口雄輝

    2000年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：シュプリンガー・フェアラーク  

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  • BioScience用語ライブラリー新版

    山口雄輝

    1999年9月

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    記述言語：日本語  

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  • Missense mutation in the alternative splice region of the PAX6 gene in eye anomalies

    N Azuma, Y Yamaguchi, H Handa, M Hayakawa, A Kanai, M Yamada

    AMERICAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS   65 ( 3 )   656 - 663   1999年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1086/302529

    Web of Science

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  • Tat-SF1 protein associates with RAP30 and human SPT5 proteins

    JB Kim, Y Yamaguchi, T Wada, H Handa, PA Sharp

    MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY   19 ( 9 )   5960 - 5968   1999年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Web of Science

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  • PAX6 expression in the developing human eye

    S Nishina, S Kohsaka, Y Yamaguchi, H Handa, A Kawakami, H Fujisawa, N Azuma

    BRITISH JOURNAL OF OPHTHALMOLOGY   83 ( 6 )   723 - 727   1999年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Web of Science

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  • NELF, a multisubunit complex containing RD, cooperates with DSIF to repress RNA polymerase II elongation

    Y Yamaguchi, T Takagi, T Wada, K Yano, A Furuya, S Sugimoto, J Hasegawa, H Handa

    CELL   97 ( 1 )   41 - 51   1999年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/S0092-8674(00)80713-8

    Web of Science

    PubMed

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  • Structure and function of the human transcription elongation factor DSIF

    Y Yamaguchi, T Wada, D Watanabe, T Takagi, J Hasegawa, H Handa

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   274 ( 12 )   8085 - 8092   1999年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1074/jbc.274.12.8085

    Web of Science

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  • 転写伸長反応を抑制する因子群の同定と解析

    山口雄輝

    1999年2月

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    記述言語：日本語   掲載種別：学位論文（博士）  

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  • Purification of DNA binding proteins. in High resolution chromatography: A practical approach

    H, a, H., Yamaguchi, Y., Wada, T.

    1999年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：Oxford University Press  

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  • Evidence that P-TEFb alleviates the negative effect of DSIF on RNA polymerase II-dependent transcription invitro

    T. Wada

    The EMBO Journal   17 ( 24 )   7395 - 7403   1998年12月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Wiley  

    DOI： 10.1093/emboj/17.24.7395

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  • Evidence that P-TEFb alleviates the negative effect of DSIF on RNA polymerase II-dependent transcription in vitro

    T Wada, T Takagi, Y Yamaguchi, D Watanabe, H Handa

    EMBO JOURNAL   17 ( 24 )   7395 - 7403   1998年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/emboj/17.24.7395

    Web of Science

    PubMed

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  • Casein kinase II interacts with the bZIP domains of several transcription factors

    Y Yamaguchi, T Wada, F Suzuki, T Takagi, J Hasegawa, H Handa

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH   26 ( 16 )   3854 - 3861   1998年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/26.16.3854

    Web of Science

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  • DSIF, a novel transcription elongation factor that regulates RNA polymerase II processivity, is composed of human Spt4 and Spt5 homologs

    T Wada, T Takagi, Y Yamaguchi, A Ferdous, T Imai, S Hirose, S Sugimoto, K Yano, GA Hartzog, F Winston, S Buratowski, H Handa

    GENES & DEVELOPMENT   12 ( 3 )   343 - 356   1998年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1101/gad.12.3.343

    Web of Science

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  • Interplay between positive and negative elongation factors: drawing a new view of DRB

    Y Yamaguchi, T Wada, H Handa

    GENES TO CELLS   3 ( 1 )   9 - 15   1998年1月

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  • Autoregulation of Pax6 transcriptional activation by two distinct DNA-binding subdomains of the paired domain

    Y Yamaguchi, J Sawada, M Yamada, H Handa, N Azuma

    GENES TO CELLS   2 ( 4 )   255 - 261   1997年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1046/j.1365-2443.1997.1170315.x

    Web of Science

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  • Copurification of casein kinase II with transcription factor ATF/E4TF3

    T Wada, T Takagi, Y Yamaguchi, H Kawase, M Hiramoto, A Ferdous, M Takayama, KAW Lee, HC Hurst, H Handa

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH   24 ( 5 )   876 - 884   1996年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/24.5.876

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  • BioScience用語ライブラリー

    山口雄輝

    1995年9月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：羊土社  

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書籍等出版物

  • History of IMiDs and Protein Degradation as a Pharmacological Modality

    joint_work

    2022年11月  （ ISBN:9781119774129 ）

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    担当ページ：283–315   記述言語：英語   著書種別：学術書

    DOI： 10.1002/9781119774198

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  • 遺伝子発現制御機構 クロマチン，転写制御，エピジェネティクス

    山口 雄輝（ 担当： 分担執筆）

    東京化学同人  2017年4月 

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  • テツヤ、国際学会いってらっしゃい : 発表・懇親会・ラボツアー編

    Ko, Kyota, Gillett, Simon, 近藤, 科江, 山口, 雄輝

    羊土社  2014年12月  （ ISBN:9784758108454 ）

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    総ページ数：198, 1p  

    CiNii Books

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  • テツヤ、ディスカッションしようか : スピーチ・議論・座長編

    Ko, Kyota, Gillett, Simon, 近藤, 科江, 山口, 雄輝

    羊土社  2014年12月  （ ISBN:9784758108461 ）

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    総ページ数：205, 1p  

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  • 基礎からしっかり学ぶ生化学

    山口, 雄輝, 成田, 央

    羊土社  2014年11月  （ ISBN:9784758120500 ）

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    総ページ数：244p   記述言語：日本語  

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  • 新しい遺伝子工学 新版

    山口雄輝（ 担当： 分担執筆）

    朝倉書店  2014年9月 

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  • 転写制御とエピジェネティクス—ゲノムデコードに向けて—

    山口 雄輝（ 担当： 分担執筆）

    南山堂  2008年12月 

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  • 新しい遺伝子工学

    山口 雄輝（ 担当： 分担執筆）

    昭晃堂  2006年7月 

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  • Hepatitis Delta Virus

    Handa, Y, Yamaguchi, Y

    Landes Bioscience / Springer Science+Business Media  2006年 

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  • ケミカルバイオロジー・ケミカルゲノミクス

    山口 雄輝

    シュプリンガー・フェアラーク  2005年11月 

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  • 転写研究集中マスター

    半田 宏, 和田 忠士, 山口 雄輝（ 担当： 編集）

    羊土社  2005年9月 

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  • 科学英語論文の赤ペン添削講座

    山口 雄輝（ 担当： 単著）

    羊土社  2005年3月 

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  • キーワードで理解する転写イラストマップ

    山口 雄輝

    羊土社  2004年 

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  • わかる実験医学シリーズ 転写がわかる

    山口 雄輝

    羊土社  2002年 

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  • ゲノムからの情報発現 転写因子とその機能

    山口 雄輝

    シュプリンガー・フェアラーク  2000年 

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  • BioScience用語ライブラリー新版

    山口 雄輝（ 担当： 分担執筆）

    羊土社  1999年9月 

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  • Purification of DNA binding proteins. in High resolution chromatography: A practical approach

    Oxford University Press  1999年 

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MISC

  • 抗体を用いたin situビオチン標識法による核内構造体構成因子のマルチオミクス解析

    野口慶介, 鈴木秀文, 阿部竜太, 堀内恵子, 秋山智彦, 池陽子, 井野洋子, 木村弥生, 梁明秀, 梁明秀, 山口雄輝, 高橋秀尚

    日本電気泳動学会シンポジウム講演要旨集   73rd (CD-ROM)   2023年

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  • サリドマイド催奇性を担うCRL4CRBNのネオ基質の同定

    朝妻知子, 伊藤拓水, 山口雄輝, 半田宏

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)   2021   2021年

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  • 新規のビオチン標識手法による核内構造体カハールボディ構成因子の網羅的解析

    野口慶介, 鈴木秀文, 阿部竜太, 池陽子, 井野洋子, 木村弥生, 梁明秀, 山口雄輝, 高橋秀尚

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   43rd   2020年

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  • 転写反応の生化学

    山口 雄輝

    生体の科学   vol. 68   2017年6月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：生体の科学  

    DOI： 10.11477/mf.2425200618

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  • DNA損傷応答における転写抑制メカニズムとその生理的意義の解析

    鈴木秀文, 前田亮, 木村宏, 浦聖恵, 田村隆明, 山口雄輝

    日本生化学会大会(Web)   90th   2017年

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  • メディエーター複合体による転写終結制御機構

    高橋秀尚, 柴田美音, 瀧川一学, 渡部昌, 築山忠維, 山本淳一, 山口雄輝, 藤井聡, 飯田緑, RANJAN Amol, SATO Shigeo, TOMOMORI‐SATO Chieri, CONAWAY Joan, CONAWAY Ronald, 畠山鎮次

    日本生化学会大会(Web)   90th   ROMBUNNO.4P2T15‐06(3P‐0635) (WEB ONLY) - 0635)]   2017年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：生命科学系学会合同年次大会運営事務局  

    J-GLOBAL

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  • 抗炎症薬サリチル酸が示す生体内作用メカニズムの解析

    坂本聡, VIPUL Gupta, LIU Shujie, 安藤秀樹, 舘野峻平, 金子裕生, 湯上真人, 石井亮平, 濡木理, 山口雄輝, 半田宏

    日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM)   97th   2017年

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  • エトポシドによるDNA傷害応答においてTLPは転写を不活性化することで細胞死を誘導する

    鈴木秀文, 前田亮, 木村宏, 浦聖恵, 山口雄輝, 田村隆明

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   39th   2016年

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  • E3ユビキチンリガーゼの基質認識レセプターCRBNとポマリドマイド依存的な基質Aiolosの生化学的解析

    片山美樹, 伊藤拓水, 安藤秀樹, 山口雄輝, 半田宏

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   37th   2014年

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  • サリドマイドターゲット分子CRBNの生化学的解析

    飯田結, 伊藤拓水, 安藤秀樹, 山口雄輝, 半田宏

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   36th   2013年

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  • 多発性骨髄腫におけるCRBN結合因子の探索及び解析

    舩造正英, 伊藤拓水, 安藤秀樹, 山口雄輝, 半田宏

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   36th   2013年

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  • ナノ磁性微粒子を用いたサリドマイド標的タンパク質の同定

    羽生尚広, 伊藤拓水, 安藤秀樹, 山口雄輝, 半田宏

    多摩川技報   29 ( 1 )   2012年

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  • サリドマイドによる催奇形性の分子機構

    伊藤拓水, 安藤秀樹, 山口雄輝, 半田宏, 半田宏

    日本骨代謝学会学術集会プログラム抄録集   29th   2011年

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  • サリチル酸の標的因子の同定と機能解析

    LIU Shujie, GUPTA Vipul, 安藤秀樹, 加部泰明, 山口雄輝, 半田宏, 半田宏

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   34th   2011年

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  • S16-4 サリドマイドによる催奇性の分子機構 : ナノビーズ技術を用いたアプローチ(シンポジウムS16 薬物有害反応の発現機構と予測の新展開,臨床から学び臨床へと還元する医療薬学)

    伊藤 拓水, 安藤 秀樹, 山口 雄輝, 半田 宏

    日本医療薬学会年会講演要旨集   20 ( 0 )   236 - 236   2010年10月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：日本医療薬学会  

    CiNii Books

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  • 転写伸長研究の新展開

    山口 雄輝

    日本生化学会   2010年3月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：日本生化学会  

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  • サリドマイド催奇性の原因因子の発見

    伊藤拓水, 安藤秀樹, 鈴木孝幸, 小椋利彦, 山口雄輝, 半田宏

    実験医学   28   2115 - 2118   2010年

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  • ゼブラフィッシュ発生工学を用いたサリドマイド催奇性機構の解明

    安藤秀樹, 伊藤拓水, 堀田健太郎, 山口雄輝, 半田宏, 半田宏

    生化学   2010年

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  • サリドマイド催奇性における主要な標的因子の同定

    伊藤拓水, 安藤秀樹, 鈴木孝幸, 小椋利彦, 山口雄輝, 半田宏, 半田宏

    生化学   2010年

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  • サリドマイド催奇性,標的因子の同定

    安藤秀樹, 伊藤拓水, 鈴木孝幸, 小椋利彦, 山口雄輝, 半田宏, 半田宏

    細胞工学   29 ( 8 )   2010年

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  • サリドマイド催奇性における標的因子の同定

    伊藤拓水, 安藤秀樹, 堀田健太郎, 山口雄輝, 半田宏, 半田宏

    生化学   2009年

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  • ゼブラフィッシュ初期発生における転写伸長因子P-TEFbの役割

    種田拓也, CAO Qing Fu, 安藤秀樹, 和田忠士, 山口雄輝, 半田宏, 半田宏

    日本分子生物学会年会講演要旨集   32nd ( Vol.1 )   2009年

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  • ヌクレオチド除去修復に関わる構造特異的エンドヌクレアーゼXPGの機能解析

    成田央, 伊藤伸介, 谷本雅史, 山口雄輝, 半田宏, 田中亀代次

    生化学   2008年

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  • 細胞周期依存的なヒストンの発現機構

    山口 雄輝, 半田 宏

    蛋白質核酸酵素   52 ( 14 )   1857 - 1862   2007年11月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：共立出版  

    CiNii Books

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    その他リンク： http://search.jamas.or.jp/link/ui/2008042794

  • 転写因子による生命現象解明の最前線

    山口 雄輝, 半田 宏, 和田 忠士

    実験医学増刊   25   2007年6月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：シュプリンガー・フェアラーク  

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  • mRNA合成速度の分子スイッチ

    和田 忠士, 山口 雄輝, 半田 宏

    蛋白質核酸酵素   48 ( 1 )   9 - 17   2003年1月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：共立出版  

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  • 正反対の機能を使い分ける新たな転写調節因子 RNA ポリメラーゼ II の転写反応を制御, 神経発達における役割にも興味

    山口 雄輝, 半田 宏

    化学と生物   39 ( 4 )   210 - 211   2001年4月

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    記述言語：日本語  

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  • Infectious Disease D型肝炎ウイルス(HDV)の増殖メカニズム

    山口 雄輝, 半田 宏

    遺伝子医学   5 ( 4 )   664 - 669   2001年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：メディカルドゥ  

    CiNii Books

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    その他リンク： http://search.jamas.or.jp/link/ui/2002099296

  • 第104回 日本眼科学会総会 宿題報告IV : 黄斑疾患 : 黄斑形成と中心視成立の分子細胞生物学

    東 範行, 山田 正夫, 田所 惠子, 宮下 俊之, 奥山 虎之, 柳沢 比呂子, 浅香 敦子, 大塚 裕子, 高橋 泉, 開山 麻美, 半田 宏, 山口 雄輝, 渡辺 肇, 沢田 淳, 中福 雅人, 伊藤 守, 谷岡 功邦, 高坂 新一, 赤沢 智宏, 安田 国男, 小椋 利彦, 渡辺 卓, 松島 早月, NATHANS Jeremy, 藤沢 肇, 仁科 博史, 仁科 幸子, 川瀬 英理子

    日本眼科學会雜誌   104 ( 12 )   960 - 985   2000年12月

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    記述言語：日本語  

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  • 転写伸長反応の制御機構--DRB感受性の伸長制御装置 (転写因子の機能--転写制御複合体形成のダイナミクス) -- (転写開始・伸長反応の制御機構)

    山口 雄輝, 和田 忠士, 半田 宏

    蛋白質核酸酵素   45 ( 9 )   1476 - 1483   2000年6月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：共立出版  

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  • 概説--基本転写のメカニズム (転写因子の機能--転写制御複合体形成のダイナミクス) -- (転写開始・伸長反応の制御機構)

    山口 雄輝, 和田 忠士, 半田 宏

    蛋白質核酸酵素   45 ( 9 )   1473 - 1475   2000年6月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：共立出版  

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  • 転写因子DSIFによる転写伸長制御機構の解析

    高木 敏行, 山口 雄輝, 和田 忠士, 長谷川 純, 半田 宏

    日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集   21   408 - 408   1998年12月

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    記述言語：日本語  

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  • 転写伸長因子の制御ネットワーク薬剤DRBを用いた解析

    山口 雄輝, 高木 敏行, 和田 忠士, 半田 宏

    日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集   21   408 - 408   1998年12月

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    記述言語：日本語  

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  • DRB依存性転写阻害機構の解析

    高木 敏行, 和田 忠士, 山口 雄輝, FERDOUS Anwarul, 半田 宏

    日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集   19   788 - 788   1996年8月

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    記述言語：日本語  

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  • 転写反応におけるカゼインキナーゼIIの役割

    半田 宏, 山口 雄輝, 高木 敏行, FERDOUS Anwarul, 今井 剛, 広瀬 進, 和田 忠士

    日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集   19   68 - 68   1996年8月

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    記述言語：日本語  

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講演・口頭発表等

  • RNAポリメラーゼIIによるヌクレオソーム転写機構の構造解析

    鯨井智也, 江原晴彦, 加藤淳子, 伊藤友子, 大屋恵梨子, 山本京香, 平井誠也, 邉見真生, 根岸留美, 小笠原光雄, 山口雄輝, 小林武彦, 滝沢由政, 関根俊一, 胡桃坂仁志

    第42回染色体ワークショップ・第23回核ダイナミクス研究会  2025年1月 

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    開催年月日： 2025年1月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：グランドメルキュール別府湾  

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  • Structural insights into nucleosomal DNA transcription by RNA polymerase II 国際会議

    Tomoya Kujirai, Haruhiko Ehara, Junko Kato, Kyoka Yamamoto, Seiya Hirai, Takeru Fujii, Kazumitsu Maehara, Akihito Harada, Lumi Negishi, Mitsuo Ogasawara, Mikako Shirouzu, Yuki Yamaguchi, Yasuyuki Ohkawa, Yoshimasa Takizawa, Shuni-chi Sekine, Hitoshi Kurumizaka

    Transcription and Chromatin UK  2024年9月 

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    開催年月日： 2024年9月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Newcastle upon Tyne, UK  

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  • Structural insights into chromatin transcription 国際会議

    Tomoya Kujirai, Haruhiko Ehara, Junko Kato, Kyoka Yamamoto, Seiya Hirai, Takeru Fujii, Kazumitsu Maehara, Akihito Harada, Lumi Negishi, Mitsuo Ogasawara, Mikako Shirouzu, Yuki Yamaguchi, Yasuyuki Ohkawa, Yoshimasa Takizawa, Shuni-chi Sekine, Hitoshi Kurumizaka

    26th IUBMB-17th FAOBMB Congress  2024年9月 

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    開催年月日： 2024年9月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Melbourne, Australia  

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  • Structural insights into transcription elongation on chromatin in cells 国際会議

    Tomoya Kujirai, Haruhiko Ehara, Junko Kato, Kyoka Yamamoto, Seiya Hirai, Takeru Fujii, Kazumitsu Maehara, Akihito Harada, Lumi Negishi, Mitsuo Ogasawara, Mikako Shirouzu, Yuki Yamaguchi, Yasuyuki Ohkawa, Yoshimasa Takizawa, Shun ichi Sekine, Hitoshi Kurumizaka

    16th EMBL Conference on Transcription and Chromatin  2024年8月 

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    開催年月日： 2024年8月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：EMBL Heidelberg, Germany  

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  • RNAポリメラーゼと基本転写/修復因子TFIIHの新たな相互作用

    奥田昌彦,諏訪哲史,鈴木秀文,山口雄輝,西村善文

    第39回染色体ワークショップ・第20回核ダイナミクス研究会 

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    開催年月日： 2021年12月

    記述言語：日本語  

    開催地：オンライン開催  

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  • ナノ磁性ビーズ精製とCRISPRライブラリースクリーニングによる薬剤標的分子の網羅的同定を目指した研究

    原口大和,坂本聡,山口雄輝

    第44回日本分子生物学会 

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    開催年月日： 2021年12月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：パシフィコ横浜  

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  • 新規ビオチン標識法を用いたマルチオミックス解析によるCajal body形成メカニズムの解明

    野口慶介,鈴木秀文,阿部竜太,池陽子,井野洋子,木村弥生,梁明秀,土井宏,田中章景,山口雄輝,高橋秀尚

    第44回日本分子生物学会 

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    開催年月日： 2021年12月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：パシフィコ横浜  

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  • メディエーター複合体による新規の3' Pol IIポージング制御機構の解明

    鈴木秀文,阿部竜太,嶋田美穂,廣瀬智威,廣瀬博子,野口慶介,古郡華月,池陽子,安井七海,豊田敦,鈴木穣,山本達郎,斉藤典子,Ronald Conaway,Joan Conaway,山口雄輝,高橋秀尚

    第44回日本分子生物学会 

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    開催年月日： 2021年12月

    記述言語：日本語  

    開催地：パシフィコ横浜  

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  • In situ ビオチン化によるコヒーシン近傍因子の探索

    古屋智基,山口雄輝

    第44回日本分子生物学会 

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    開催年月日： 2021年12月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：パシフィコ横浜  

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  • ポマリドミド依存的なCRBNのネオ基質ARID2の解析

    山本淳一,山口雄輝,半田宏

    第44回日本分子生物学会 

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    開催年月日： 2021年12月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：パシフィコ横浜  

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  • 共通サブユニットRPB6を介したヒトRNAポリメラーゼと基本転写因子TFIIHの相互作用

    諏訪哲史,奥田昌彦,鈴木秀文,西村善文,山口雄輝

    第44回日本分子生物学会 

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    開催年月日： 2021年12月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：パシフィコ横浜  

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  • RNAポリメラーゼとTFIIHの相互作用部位の細胞機能解析

    山口雄輝

    BINDS-NMR報告会  2021年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：横浜市立大学  

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  • 神経変性疾患の原因であるタンパク質凝集体を選択的に分解誘導するPROTACの開発を目指した研究

    荒川翼, 山口雄輝, 坂本聡

    第46回日本分子生物学会  2023年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸ポートアイランド  

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  • 二次元的スクリーニング解析を駆使した既存抗がん剤の新規作用機序の解明を目指した研究

    原口大和, 坂本聡, 山口雄輝

    第45回日本分子生物学会  2022年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：幕張メッセ  

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  • 転写終結と3'末端プロセシングの経路や部位の選択機構

    山口雄輝

    転写研究会ワークショップ  2025年2月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京科学大学 湯島キャンパス  

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  • CRBNの病態生理学的な機能の解明

    奥村梨佳, 山口雄輝

    第47回日本分子生物学会  2024年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡国際会議場  

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  • 抗体を用いたin situビオチン標識法による核内構造体構成因子のマルチオミクス解析

    野口慶介, 鈴木秀文, 阿部竜太, 堀内恵子, 小野口玲菜, 秋光信佳, 秋山智彦, 池陽子, 井野洋子, 木村弥生, 梁明秀, 豊田敦, 鈴木穣, 山口雄輝, 高橋秀尚

    第47回日本分子生物学会  2024年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡国際会議場  

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  • 近位依存性ビオチン化による薬剤標的タンパク質の探索法の開発

    勝尾徳斗, 坂本聡, 山口雄輝

    第47回日本分子生物学会  2024年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡国際会議場  

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  • A focused study of uncharacterized human genes containing putative nucleic acid-interacting motifs: toward a comprehensive understanding of the human genome

    Nutchaya Muksombat, Yuki Yamaguchi

    第46回日本分子生物学会  2023年12月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸ポートアイランド  

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  • レナリドマイド耐性多発性骨髄腫細胞の生存に重要なポマリドマイド依存性CRL4CRBNのネオ基質ARID2の解析

    山本淳一, 山口雄輝, 半田宏

    第45回日本分子生物学会  2022年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：幕張メッセ  

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  • ヒトRNAポリメラーゼと基本転写/修復因子TFIIHの新たな相互作用の構造生物学的研究

    奥田昌彦, 諏訪哲史, 鈴木秀文, 山口雄輝, 西村善文

    第45回日本分子生物学会  2022年12月 

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    記述言語：日本語  

    開催地：幕張メッセ  

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  • Pol IIの一時停止および核体凝集体の制御におけるメディエーター複合体の役割

    高橋秀尚, 鈴木秀文, 阿部竜太, 嶋田美穂, 廣瀬智威, 廣瀬博子, 野口慶介, 池陽子, 安井七海, 古郡華月, 山口雄輝, 豊田敦, 鈴木穣, 山本達郎, 斉藤典子, Sato Shigeo, Tomomori-Sato Chieri, Conaway Joan, Canaway Ronald

    第45回日本分子生物学会  2022年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：幕張メッセ  

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  • メディエーター複合体による新規の転写スピード調節機構の解明

    鈴木秀文, 阿部竜太, 嶋田美穂, 廣瀬智威, 廣瀬博子, 野口慶介, 池陽子, 安井七海, 古郡華月, 山口雄輝, 豊田敦, 鈴木穣, 山本達郎, 斉藤典子, Sato Shigeo, Tomomori-Sato Chieri, Conaway Ronald, Conaway Joan, 高橋秀尚

    第45回日本分子生物学会  2022年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：幕張メッセ  

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  • 新規ビオチン標識法を用いたマルチオミクス解析によるCajal body構成因子の網羅的解析とCajal body形成メカニズムの解明

    野口慶介, 鈴木秀文, 阿部竜太, 池陽子, 井野洋子, 木村弥生, 梁明秀, 土井宏, 田中章景, 山口雄輝, 高橋秀尚

    第45回日本分子生物学会  2022年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：幕張メッセ  

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  • PolⅡ複合体をモデルとしたタンパク質間相互作用の実験系の評価

    新垣 貴之, 徳山 遥香, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2016  2016年2月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • TFIIH の多機能性を司るPleckstrin homology ドメインと新規標的因子の機能構造解析

    諏訪 哲史, 鈴木 秀文, 奥田 昌彦, 西村 善文, 山口 雄輝

    第４１回日本分子生物学会年会  2018年11月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • 抗がん作用を有するカンナビノイドの作用機序の解析

    小泉 純玲, 坂本 聡, 山口 雄輝

    日本薬学会第139年会  2019年3月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Molecular mechanisms controlling pathways and sites for Pol Ⅱ transcription termination

    山口 雄輝

    第４１回日本分子生物学会年会  2018年11月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 「遺伝情報の維持と制御の多層的理解に向けて」

    山口 雄輝, 林 眞理

    2017年12月 

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    会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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  • Mechanisms that affect post-transcriptional fate of RNA polymerase II-transcribed genes

    Fajar Muhamad, Ari Zukeran, Shumpei Tateno, Junichi Yamamoto, Hiroshi Handa, Yuki Yamaguchi

    ２０１７年度生命科学系学会合同年次大会  2017年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • メディエーター複合体による転写終結制御機構

    高橋 秀尚, 柴田 美音, 瀧川 一学, 渡部 昌, 築山 忠維, 山本 淳一, 山口 雄輝, 藤井 聡, 飯田 緑, Amol Ranjan, Shigeo Sato, Chieri Tomomori-Sato, Joan Conaway, Ronald Conaway, 畠山 鎮次

    ２０１７年度生命科学系学会合同年次大会  2017年12月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • In situでのビオチン化反応を利用したタンパク質間相互作用の解析

    水止 洋孝, 新垣 貴之, 山口 雄輝

    第４１回日本分子生物学会年会  2018年11月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • DNA損傷応答における転写抑制メカニズムとその生理的意義の解析

    鈴木 秀文, 前田 亮, 木村 宏, 浦 聖恵, 田村 隆明, 山口 雄輝

    ２０１７年度生命科学系学会合同年次大会  2017年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • マウスES細胞における2細胞期特異的遺伝子Zscan4の転写制御機構の解明

    鈴木 翔子, 柴田 紘孝, 山口 雄輝

    ２０１７年度生命科学系学会合同年次大会  2017年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • snRNAプロセシング因子Integrator複合体の分子構造解析

    舘野 峻平, Thiengtrong Benjarat, 山口 雄輝

    ２０１７年度生命科学系学会合同年次大会  2017年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • NELFを中心としたポリ(A)付加部位の選択機構の解析

    山本 淳一, Fajar Muhamad, 瑞慶覧 安里, 舘野 峻平, 半田 宏, 山口 雄輝

    ２０１７年度生命科学系学会合同年次大会  2017年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • Molecular mechanisms for polyadenylation site selection by NELF and related factors 国際会議

    Shumpei Tateno, Ari Zukeran, Junichi Yamamoto, Yuki Yamaguchi

    Mechanisms of Eukaryotic Transcription 2017  2017年8月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • タンパク質コード遺伝子の3'末端プロセシングにおけるポリ(A)付加サイト選択の作用機序の解明

    高森 朝浩, Fajar Muhamad, 山口 雄輝

    第３７回染色体ワークショップ・第１８回核ダイナミクス研究会  2019年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 特異的抗体を介したin situビオチン化による近傍タンパク質の網羅的同定法：液滴のプロテオミクス解析に向けて 招待

    山口 雄輝

    第９２回日本生化学会大会  2019年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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  • 抗てんかん薬ゾニサミド、バルプロ酸の分子ターゲット探索とプテリジン代謝への影響

    荒木 勇輝, 原 怜, 坂本 聡, 山口 雄輝, 一瀬 宏

    第33回日本プテリジン研究会  2019年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • E3ユビキチンリガーゼを標的とした創薬の新展開 招待

    山口 雄輝

    東工大創薬ゲノムシンポジウム  2019年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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  • Pol IIの転写終結部位を制御する分子機構

    山口 雄輝, 瑞慶覧 安里, Muhamad Fajar, 舘野 峻平, 高森 朝浩

    第４２回日本分子生物学会年会  2019年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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  • Biochemical analyses of CRBN, the target protein for immunomodulatory drugs (IMiDs) 国際会議

    Satoshi Sakamoto, Takumi Ito, Yuki Yamaguchi, Hideki Ando, Hiroshi Handa

    PACIFCHEM2015  2015年12月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Elucidation of the molecular mechanisms of action of bioactive natural products using high performance affinity beads 国際会議

    Satoshi Sakamoto, Yuki Yamaguchi, Takumi Ito, Hiroshi Handa

    PACIFCHEM2015  2015年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • 多発性骨髄腫におけるPomalidomide標的因子の網羅的探索

    舘野 峻平, 飯田 緑, 藤井 聡, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2016  2016年2月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • 新規抗がん剤の作用機構の解明

    佐倉 絵里, 舘野 峻平, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2016  2016年2月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • NELFを中心としたmRNAの品質管理のメカニズム

    瑞慶覧 安里, 山本 淳一, 磯部 智康, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」班会議2015  2015年8月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • Regulatory Mechanisms for Pol II Termination Sites and 3' Processing Pathways in Higher Eukaryotes 国際会議

    Yuki Yamaguchi, Junichi Yamamoto

    MECHANISM OF EUKARYOTIC TRANSCRIPTION  2015年8月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • ＰｏｌⅡの転写伸長と運命決定制御のメカニズム

    山口 雄輝

    第２回北陸エピジェネティクス研究会  2015年11月 

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    会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • 多発性骨髄腫に対するポマリドマイドの標的因子の網羅的探索

    舘野 峻平, 飯田 緑, 藤井 聡, 山口 雄輝

    第３８回日本分子生物学会年会  2015年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • 転写伸張因子DSIFのCTRを介した転写制御機構の解析

    磯部 智康, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」班会議2015  2015年8月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • IMiDs標的タンパク質CRBNの生化学的解析

    坂本 聡, 伊藤 拓水, 安藤 秀樹, 山口 雄輝, 半田 宏

    日本ケミカルバイオロジー学会 第10回年会  2015年6月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 転写伸長段階の制御メカニズム：新たな制御因子の探索

    山口 雄輝, 磯部 智康, 曹 青福, 山本 淳一

    新学術領域研究「転写サイクル」班会議2015  2015年8月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • E3ユビキチンリガーゼの基質認識レセプター CRBNとポマリドマイド依存的な基質Aiolosの生化学的解析

    片山 美樹, 伊藤 拓水, 安藤 秀樹, 山口 雄輝, 半田 宏

    第３７回日本分子生物学会年会  2014年11月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • DSIF and NELF interact with Integrator to specify the correct post-transcriptional fate of snRNA genes

    Junichi Yamamoto, Hiroshi Handa, Yuki Yamaguchi

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2015  2015年2月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • 転写伸長因子DSIFのリン酸化の転写伸長反応への寄与の解析

    磯部 智康, 千葉 国俊, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2015  2015年2月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • アフィニティビーズを利用した生物活性物質標的タンパク質の単離・同定・評価

    坂本 聡, 山口 雄輝, 半田 宏

    日本薬学会第135年会  2015年3月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • DSIF and NELF interact with Integrator to specify the correct post-transcriptional fate of snRNA genes

    山本 淳一, 半田 宏, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」班会議2014  2014年8月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • 転写伸長因子DSIFおよびNELFがES細胞の多分化能維持に果たす役割

    柴田 紘孝, 半田 宏, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」班会議2014  2014年8月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • 新規転写伸長因子ヒトRtf1が関与する転写制御の分子機構

    曹 青福, 陳 業熹, 半田 宏, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」班会議2014  2014年8月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • Regulatory Mechanisms for Pol II Termination Sites and 3' Processing Pathways in Higher Eukaryotes

    Yuki Yamaguchi, Junichi Yamamoto

    新学術領域研究「転写サイクル」国際シンポジウム2014  2014年11月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 抗炎症薬サリチル酸の生体内作用機構の解析

    坂本 聡, Vipul Gupta, 劉 舒捷, 安藤 秀樹, 舘野 峻平, 金子 裕生, 湯上 真人, 石井 亮平, 濡木 理, 山口 雄輝, 半田 宏

    日本ケミカルバイオロジー学会 第９回年会  2014年6月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • ヒトRNA ポリメラーゼII 転写産物のプロセシング経路の選択機構

    山口雄輝, 山本淳一, 半田宏

    新学術領域研究「転写サイクル」班会議2014  2014年8月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 転写伸長因子DSIFにリン酸化依存的に相互作用する因子の機能解析

    磯部 智康, 千葉 国俊, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」班会議2014  2014年8月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • 多発性骨髄腫に対するポマリドマイドの標的因子の網羅的探索

    舘野 峻平, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2014  2014年1月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • ゲノム上のRNAポリメラーゼ等の動的解析を目指した予備的な検討

    中村 佳奈子, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2014  2014年1月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • 転写伸長因子DSIFにリン酸化依存的に相互作用する因子の機能解析

    長谷川 冴妃子, 千葉 国俊, 磯部 智康, 山口 雄輝

    2014年1月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • ビタミンK2が引き起こすがん細胞のアポトーシス誘導機構の解析

    坂本 聡, 唐澤 慧記, 東 基記, 笠間 健嗣, 宮澤 啓介, 山口 雄輝, 半田 宏

    日本化学会第９４春季年会（2014）  2014年3月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Cellecta社製プール型レンチウイルスshRNAライブラリーを用いたスクリーニングデータ解析法の検討

    飯田 緑, 舘野 峻平, 山口 雄輝, 藤井 聡

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2014  2014年1月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • 転写伸長因子DSIFおよびNELFがES細胞の多分化能維持に果たす役割

    柴田 紘孝, 半田 宏, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2014  2014年1月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • 転写伸長因子ヒトPaf1複合体が関与する転写制御の分子機構

    曹 青福, 陳 業熹, 半田 宏, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」班会議2014  2014年1月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • ゲノム上のRNA ポリメラーゼ等のカイネティクス解析を目指した予備的な検討

    中村 佳奈子, 山口 雄輝

    第３６回日本分子生物学会年会  2013年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • サリドマイドターゲット分子CRBN の生化学的解析

    飯田 結, 伊藤 拓水, 安藤 秀樹, 山口 雄輝, 半田 宏

    第３６回日本分子生物学会年会  2013年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 多発性骨髄腫に対するポマリドマイドの標的因子の網羅的探索

    舘野 峻平, 山口 雄輝

    第３６回日本分子生物学会年会  2013年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 多発性骨髄腫におけるCRBN 結合因子の探索及び解析

    舩造 正英, 伊藤 拓水, 安藤 秀樹, 山口 雄輝, 半田 宏

    第３６回日本分子生物学会年会  2013年12月 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • サリドマイドによる催奇性の分子機構 : ナノビーズ技術を用いたアプローチ

    伊藤 拓水, 安藤 秀樹, 山口 雄輝, 半田 宏

    日本医療薬学会年会  2010年11月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • DNA損傷時に誘導される転写制御の生理的意義とTLPの役割

    鈴木 秀文, 前田 亮, 木村 宏, 浦 聖恵, 山口 雄輝, 田村 隆明

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2017  2017年1月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • 抗炎症薬サリチル酸が示す生体内作用メカニズムの解析

    坂本 聡, Gupta Vipul, 劉 舒捷, 安藤 秀樹, 舘野 峻平, 金子 裕生, 湯上 真人, 石井 亮平, 濡木 理, 山口 雄輝, 半田 宏

    日本化学会年.第97春季年会  2017年3月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • Transcription silencing by TLP contributes to etoposide-induced apoptosis 国際会議

    Hidefumi Suzuki, Ryo Maeda, Hiroshi Kimura, Kiyoe Ura, Taka-aki Tamura, Yuki Yamaguchi

    Mechanisms of Eukaryotic Transcription 2017  2017年8月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • ＲＮＡポリメラーゼⅡ転写産物の長さを決める３’末端プロセシングの制御メカニズムの解明

    瑞慶覧 安里, 舘野 峻平, 山本 淳一, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2017  2017年1月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • マウスES細胞における2細胞期特異的な遺伝子の発現制御メカニズムの解析

    鈴木 翔子, 柴田 紘孝, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2017  2017年1月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • E3ユビキチンリガーゼCRBNの細胞内局在が免疫調整薬IMiDsの薬効に及ぼす影響

    徳山 遥香, 片山 美樹, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2017  2017年1月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • ターゲット因子の解析を基盤とする生物活性物質が示す作用機構の解明

    坂本 聡, 山口 雄輝, 半田 宏

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2017  2017年1月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • How Pol II termination and 3' processing sites are precisely determined in higher eukaryotes.高等真核生物においてPol IIの転写終結と3'プロセシングの部位はいかにして正確に決定されるのか

    瑞慶覧 安里, 山本 淳一, 山口 雄輝

    第39回日本分子生物学会年会  2016年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • NELFを中心としたポリ(A)付加部位選択のメカニズム

    瑞慶覧 安里, 山本 淳一, 山口 雄輝

    第39回日本分子生物学会年会  2016年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • 多発性骨髄腫における Pomalidomide 標的因子の網羅的探索

    舘野 峻平, 飯田 緑, 藤井 聡, 佐倉 絵里, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2017  2017年1月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • リガンド依存的ユビキチンリガーゼＣＲＢＮの制御機構

    伊藤 拓水, 朝妻 知子, 山本 淳一, 安藤 秀樹, 佐藤 智美, 山口 雄輝, 半田 宏

    日本ケミカルバイオロジー学会第11回年会  2016年6月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 高等真核生物においてPOL Ⅱの転写終結と3'プロセシングの部位はいかにして正確に決定されるのか

    瑞慶覧 安里, 長谷川 冴妃子, 館野 峻平, 山本 淳一, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」班会議2016  2016年9月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • ＴＢＰ類似因子ＴＬＰによるＤＮＡ損傷応答時の転写抑制と細胞死誘導機構の解析

    鈴木 秀文, 前田 亮, 浦 聖恵, 木村 宏, 山口 雄輝, 田村 隆明

    新学術領域研究「転写サイクル」班会議2016  2016年9月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • NELFを中心としたポリ(A)付加部位選択のメカニズム

    瑞慶覧 安里, 舘野 峻平, 山本 淳一, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」班会議2016  2016年9月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • マウスES細胞における2細胞期特異的な遺伝子の発現制御メカニズムの解析

    鈴木 翔子, 柴田 紘孝, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2016  2016年2月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • サリドマイドの多様な薬理作用の分子メカニズム

    山口 雄輝, 伊藤 巧水, 山本 淳一, 半田 宏

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2016  2016年2月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • snRNA3'末端プロセシング因子インテグレーターの構造・機能解析

    外山 黛, 荻原 裕里, Thiengtrong Benjarat, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2016  2016年2月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • CRBNに対するサリドマイド光学異性体の結合基盤解析

    坂本 聡, 伊藤 拓水, 森 智行, 安藤 秀樹, 山口 雄輝, 箱嶋 敏雄, 半田 宏

    日本ケミカルバイオロジー学会第11回年会  2016年6月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • NELFを中心としたRNAの品質管理のメカニズム 招待

    瑞慶覧 安里, 山本 淳一, 磯部 智康, 山口 雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2016  2016年2月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • サリドマイド標的タンパク質CRBNの相互作用因子の探索

    徳山 遥香, 新垣 貴之, 山口雄輝

    新学術領域研究「転写サイクル」冬の若手ワークショップ2016  2016年2月 

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    会議種別：ポスター発表  

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産業財産権

  • CRBNモジュレーターの薬効を高める補助薬のスクリーニング方法

    山口 雄輝, 舘野 峻平, 片山 美樹, 半田 宏

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    出願番号：特願2018-93652  出願日：2018年5月

    公開番号：特開2019-198254  公開日：2019年11月

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  • 骨、関節又は歯異常症の治療物質のスクリーニング方法

    今井 剛, 半田 宏, 山口 雄輝

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    出願番号：特願2012-140671  出願日：2012年6月

    公開番号：特開2013-188201  公開日：2013年9月

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  • 相乗的抗糖尿病治療剤

    今井 剛, 半田 宏, 山口 雄輝

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    出願番号：特願2012-108729  出願日：2012年5月

    公開番号：特開2013-234159  公開日：2013年11月

    特許番号/登録番号：特許第6015903号  発行日：2016年10月

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受賞

  • 東工大教育優秀賞

    2019年2月  

    山口 雄輝

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  • Tejima Memorial Research Award (for outstanding Ph.D. thesis)

    2000年  

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  • Amersham Pharmacia Biotech & Science Prize

    2000年  

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  • 手島記念研究賞 (博士論文賞)

    2000年  

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    受賞国：日本国

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  • Amersham Pharmacia Biotech & Science賞

    2000年  

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共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 多因子複合体を解析可能な新手法を用いた転写伸長・終結複合体の構造機能解析

    研究課題/領域番号：24K02003  2024年4月 - 2027年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    山口 雄輝

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    配分額：18590000円 （ 直接経費：14300000円 、 間接経費：4290000円 ）

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  • 新規プロテオーム解析を駆使した転写終結・ポリA付加部位選択機構の解明

    研究課題/領域番号：20H03182  2020年4月 - 2023年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(B)  基盤研究(B)

    山口 雄輝

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    配分額：17680000円 （ 直接経費：13600000円 、 間接経費：4080000円 ）

    構造面からのアプローチ：2021年度はSILAC法により得られたプロテオームのデータ解析を進め、NELF bodiesと共局在する複数のタンパク質を同定した。さらに、PBAP法の水平展開として、核内にドット状の局在を示す3'末端プロセシング因子CF-Imに注目した。HeLa細胞を1,6-ヘキサンジオールで処理したところ、CF-Imの核内局在が変化し、CF-Imの集積が液液相分離によるものであることが示唆された。さらに、熱ショックやその他のストレスを加えたところ、ある種の条件下でCF-Imの核内局在が変化した。以上を踏まえ、1,6-ヘキサンジオール処理-/+でCF-Imの周辺タンパク質がどのように変化するのか、PBAP法で解析すべく準備を進めた。
    機能面からのアプローチ：2021年度は選択的ポリ(A)付加(APA)によって細胞内局在が変化する遺伝子Xに注目し、2つのアイソフォームを二重免疫染色することによりシングルセルレベルで選択的PASを可視化する系を構築した。pooled sgRNAライブラリを用いたスクリーニングを行う前に、ポジティブコントロールとなるCF-Imノックダウンによるレポーターの発現変化を、ライブラリスクリーニングを模したFACSの系で調べたが、赤/緑比の顕著なシフトが見られず、実際にスクリーニングを行うには至らなかった。現在、本実験系のトラブルシューティングを進めている。その一方で着眼点を変えて、CF-Imをノックダウンした細胞ならびに1,6-ヘキサンジオール処理した細胞からRNAを抽出し、通常よりも深く読んだRNA-seqデータをDaParsアルゴリズムで解析することによりAPAをゲノムワイドにマッピングした。CF-Imノックダウンと1,6-ヘキサンジオール処理でかなり共通する発現変動・APA変動が見られた。

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  • ミトコンドリア病細胞死阻止機構の解明と創薬

    研究課題/領域番号：20H03648  2020年4月 - 2023年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(B)  基盤研究(B)

    小坂 仁, 山口 雄輝, 秋山 泰

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    配分額：17680000円 （ 直接経費：13600000円 、 間接経費：4080000円 ）

    ミトコンドリアは生体内ATP産生の中心であり、ミトコンドリア呼吸鎖複合体は、好気的代謝により、生体内が必要とするATPの大半を産生する。ミトコンドリア病とは、主として呼吸鎖複合体の遺伝性疾患であり、約1万人あたり1人と、頻度の高い遺伝性疾患である。現在、補酵素Q10の類縁体であるイデベノンが、レーバー遺伝性視神経炎に対する治療薬として（欧州での限定認可）、およびタウリンがMELASにおいて、脳梗塞の再発予防として認可されているのみであり、治療薬が切望されている。我々は、中枢神経薬のライブラリーから、この2剤より遥かに強力にROSによる細胞死を救済し、なおかつこの2剤にはない、ATP産生を上げる作用を有する薬剤, apomorphine, (Apo) を見出した。この研究においてapoの細胞死抑制経路を明らかにし、新規ミトコンドリア病治療薬を創出する。まずは2019年度に、Apoとドパミン受容体との結合モデリングより、ドパミンアゴニスト作用のない類似化合物をin silico screeningで見出した。またApoに機能性ナノ磁性微粒子である半田ビーズを固定化し、複数の結合蛋白をLC-MSにより同定した。2020年目には、国内で可能なApo誘導体の合成を終え、Apoとの構造類似化合物と誘導体について、BSOにより細胞死アッセイを行い、細胞死阻止効果のEC50を測定し、EC50；200ｎM以上の活性をもつ候補薬を絞り込んだ。また複数のApo結合蛋白について、実際にウエスタンブロッティングを行い、結合を確認するとともに、結合蛋白の機能に与える作用を解析した。

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  • 脳神経幹細胞の増殖分化を制御するサリドマイド標的因子セレブロンの新規作動薬の探索

    研究課題/領域番号：17H06112  2017年5月 - 2020年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(S)  基盤研究(S)

    半田 宏, 山口 雄輝, 柴田 哲男, 北 泰行, 林 由起子

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    配分額：181090000円 （ 直接経費：139300000円 、 間接経費：41790000円 ）

    （半田）脳の発生過程にCRBNがどのように作用するのかを、ゼブラフィッシュ胚を用いて解析した。CRBNの過剰発現により、sox2陽性の神経幹細胞数が発生初期で増加し、神経幹細胞由来の神経細胞やグリア細胞が増加して頭部が拡大することを明らかにした。神経幹細胞を可視化したゼブラフィッシュトランスジェニック(Tg)系統を用いてCRBN作動薬のスクリーニングを行い、異なる化学構造を持つCRBN作動薬に神経幹細胞の増加活性があることを新たに見出した。CRBN作動薬のヒトにおける効果を解析するために、ヒト神経幹細胞を用いたオルガノイド実験系の確立を行なっている。
    （山口）CRL4CRBNの新規基質の同定を目指して、相互作用に基づいたプロテオミクス解析を行った。CRBN/DDB1固定化ビーズをポマリドマイド(Pom)の存在・非存在下でheavy/medium/lightアミノ酸標識MM.1S細胞抽出液とインキュベートし、結合タンパク質をSILAC法により解析した結果、30個程度の基質候補タンパク質が同定された。
    （柴田）CRBN・サリドマイド(Thal)複合体から誘引される新規タンパク質を見出すべく，Thal芳香族部分の水素一つずつをフッ素原子に置き換えたものを合成した。Thal，Pom，レナリドミド(Len)の代謝物から誘導されるフッ素体の合成に成功し、前駆体も含め生理活性試験サンプル25検体以上の合成に成功した。またタンパク質分解誘導薬の開発を目的としたThal・メトトレキサート複合体の合成に成功した。
    （北）2017年度に引き続き、更に20種類の新規作動薬の合成設計を検討し、12種類の合成に成功した。
    （林）ゼブラフィッシュCRBN ノックアウト(KO)と同時にヒトCRBNを発現するヒトCRBN Tg系統を開発するため、ヒトCRBN Tg系統の作製とCRBN KO系統の作製を行なっている。

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  • Ｐｏｌ２の転写伸長・終結・リサイクル過程におけるチェックポイント制御機構の解明

    研究課題/領域番号：24118002  2012年6月 - 2017年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型)  新学術領域研究(研究領域提案型)

    山口 雄輝, 田村 智彦, 高橋 秀尚, 川内 潤也, 西山 晃, 中林 潤, 磯部 智康, 山本 淳一, 加藤 淳子, 鈴木 秀文, 曹 青福, 柴田 紘孝, 舘野 峻平, 長谷川 冴妃子, 新垣 貴之, 瑞慶覧 安里, 黒滝 大翼, 藩 龍馬, 伏見 健太郎

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    配分額：224250000円 （ 直接経費：172500000円 、 間接経費：51750000円 ）

    Pol IIは転写サイクルの各段階において多数の因子（DNA、RNA、タンパク質（クロマチン因子、転写開始因子、転写伸長因子、転写終結因子、RNAプロセシング因子））と一過的に離合集散し、Pol II複合体のダイナミックなリモデリングを経て完全長のRNAが合成されると考えられるが、このダイナミズムについては依然不明な点が多い。本研究では、新規なPol II相互作用因子の同定・解析と生細胞内でのカイネティクス解析を通じて、Pol II複合体のリモデリング過程とその過程に存在するチェックポイントの制御機構の解明を目指した。

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  • 「転写サイクル」領域の総括

    研究課題/領域番号：24118001  2012年6月 - 2017年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型)  新学術領域研究(研究領域提案型)

    山口 雄輝, 十川 久美子, 中村 春木, 松本 直通, 高橋 陽介, 緒方 一博, 伊藤 敬, 石井 俊輔, 田中 亀代次, 広瀬 進, 塩見 春彦, 佐藤 文俊

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    配分額：119340000円 （ 直接経費：91800000円 、 間接経費：27540000円 ）

    転写サイクル領域では「高精細アプローチ」によって、これまでバラバラに進められてきた転写の各階層・各段階の研究を統合し、転写制御の全体像を定量的に明らかにすることを目指している。総括班では本領域の目標達成を支援するため、計画に従って以下の活動を行った。①先端的技術の領域内共同利用システムの構築と運用。②領域内外の連携推進。③若手研究者支援。④広報活動。

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  • 高精細アプローチで迫る転写サイクル機構の統一的理解

    研究課題/領域番号：3408  2012年6月 - 2017年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型)  新学術領域研究(研究領域提案型)

    山口 雄輝

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  • RNAの運命決定制御とヘテロクロマチンにおける転写装置の役割

    研究課題/領域番号：20052013  2008年 - 2009年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 特定領域研究  特定領域研究

    村上 洋太, 山口 雄輝

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    配分額：28000000円 （ 直接経費：28000000円 ）

    RNAポリメラーゼIIにより転写されたRNAはmRNA、non-coding RNA (ncRNA)は様々な形のプロセシングを受け、異なる運命をたどる。この運命決定機構について解析をおこない、転写伸長制御因子が分裂酵母ヘテロクロマチンncRNAの運命決定に関与することを明らかにした。さらに、分裂酵母ヘテロクロマチンにおいてncRNAがDNA:RNAハイブリッド形成を通じてクロマチン近傍に残りヘテロクロマチン形成に寄与するという新規の機構を発見した。また転写伸長制御因子が転写伸長を制御する分子機構を明らかにした。

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  • 生細胞内(insitu)でタンパク質間の相互作用を解析・同定する新規な方法の開発

    研究課題/領域番号：18770148  2006年 - 2007年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 若手研究(B)  若手研究(B)

    山口 雄輝

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    配分額：3600000円 （ 直接経費：3600000円 ）

    本研究の目的は,生細胞内の目的タンパク質にケミカル(低分子化合物)を導入し,それを利用して近傍の生体分子を同定するという新しい相互作用因子解析法を開発することであり,そのためにまずin vitro のモデル系で検討を行った.転写伸長因子HDAgに,Cys残基を介して光活性化型クロスリンカーAETを導入し, RNAポリメラーゼIIのHDAg結合表面の決定を試みた. RN AポリメラーゼIIは12個のサブユニットからなる.解析の結果,HDAgはRNAポリメラーゼIIのRpblサブユニットのN末端およびRpb2サブユニットのむ末端と特異的にクロスリンクされることが分かった.これらの領域はRNAポリメラーゼIIの立体構造の中でクランプと呼ばれるドメインに相当することから, HDAgはRNAポリメラーゼIIのクランプに結合すると考えられ,転写伸長因子の作用を理解する上で重要な知見が得られた(Yamaguchiら2007).
    引き続いてin vivo の検討を行なったが,技術的な困難に直面し,期間内に有意義な成果を挙げることができなかった.そこで,これと平行して進めた研究の成果を代わりに報告する.アトラジンは世界で最も多く使われる除草剤の1つだが,植物だけでなく動物に対しても生殖器系などに悪影響を及ぼすことが指摘されている.アトラジンのこうした作用の分子機構を理解するため,アフィニティクロマトグラフィーの手法によりアトラジン結合タンパク質を探索したところ,ミトコンドリアのFIFO-ATP合成酵素が同定された.アトラジンは精子の運動性低下を引き起こすことが知られていたので,それについて調べたところ,アトラジンはFIFO-ATP合成酵素を阻害し,細胞内のATPプールを減少させることで,精子の運動性低下を引き起こすことは判明した(Haseら2008)

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  • 遺伝情報発現を転写伸長段階で制御するDECODE複合体の機能・構造解析

    研究課題/領域番号：17054014  2005年 - 2007年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 特定領域研究  特定領域研究

    和田 忠士, 濡木 理, 山口 雄輝, 半田 宏

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    配分額：29900000円 （ 直接経費：29900000円 ）

    mRNA合成速度を可変するDECODE複合体は、細胞の発生や分化、癌化過程に関与する。その複合体は、情報読み取り速度を可変することでDECODE回路への情報の流れを制御する。具体的には、転写伸長因子DSIFとNELFによって構成され、キナーゼP-TEFbがセリン・スレオニンのリン酸化でON/0FF活性を調節する。今年度は、試験管内転写実験によりモデル転写因子Ga14-VP16による転写反応の活性化にDSIFとP-TEFbが必須で、DSIFは伸長反応中のRNAポリメラーゼIIの一時停止を回(ポジティブ効果)することを明らかにした。またDSIFのサブユニットの一つであるゼブラフィッシュzSpt5のモルフォリノオリゴによる発現抑制を行い、マイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析から赤血球特異的転写因子gata1の発現が低下することがわり、in situハイブリダイゼーション法とレスキュー実験により、gata1遺伝子の発現上昇はDSIFのポジティブ効果に依存することを明らかにした。今年度は、NElF-Aノックアウトマウスの解析を引き続き行った。-/-マウスは早期の胎性致死となるが、そこから単離した-/-ES細胞はfeeder上で増殖することが前年度までに明らかとなったので、NELFが細胞の分化過程に関与するとの予想をたて、ES細胞の多分化能をin vitro分化系により検討した。その結果、-/-細胞では調べた多くの組織特異的マーカーが誘導発現されないことが分かった。ES細胞では繊維芽細胞などの分化した細胞と較べて、転写開始後に制御されている遺伝子が多いことが他のグループによって報告されており、そういった知見も考え合わせると、NELFが特定の分化過程というよりも、もっと根本的な過程-多能性細胞が分化に踏み出す最初のステップーに寄与しているのではないかと考えられる。

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  • ノックアウトマウスを用いた基本転写伸長因子の生理機能の解明

    研究課題/領域番号：15770107  2003年 - 2004年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 若手研究(B)  若手研究(B)

    山口 雄輝

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    配分額：3000000円 （ 直接経費：3000000円 ）

    NELFはRNAポリメラーゼIIによる転写伸長を抑制することが知られる唯一の因子である.NELFの個体レベルでの機能を明らかにするため,NELFの4つのサブユニットのうち2つの遺伝子を破壊したマウスを作製した.NELF-E欠損マウスは一見正常に誕生し生育した.一方,NELF-A欠損マウスはE10.5以前で耐性致死となった.よく調べたところ,NELF-E欠損マウスはNELF-EのC末端側の約2/3を欠損したトランケート型タンパク質を発現していた.このC末端部分には,機能的に重要と考えていたRNA結合ドメインRRMが含まれる.NELF-Eの欠損がnullでないため断定はできないものの,以上の結果は,個体レベルでの生存に関してNELFの2つのサブユニットが対照的な要求性を示すという予想外の可能性を示した.NELF-A欠損マウスについて詳しく調べたところ,E8.5の段階で-/-変異体がメンデル律に則って見つかった.ただし,それらは一見するとE6.5に相当するような小さな胚(あるいは吸収途中と思われる残骸組織)であり,組織学的解析もそれを裏付けた.in situハイブリダイゼーションの結果によれば,NELF-Aは少なくともE8.5以降の段階で様々な組織に発現していた.以上の結果はNELFの要求性が極めて発生段階特異的に現れることを示しており,大変興味深い.そもそもNELFは転写を普遍的に制御する因子として我々が同定した.初期発生の過程で転写は2細胞期から始まっているわけだが,NELF-Aがなくても着床(E4.5)まで問題なく進み,E6.5あたりで突如として発達遅滞が引き起こされるという今回の結果は,我々にとって意外であり,NELFの遺伝子特異的な働きを明確に示すものと考えている.

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  • RNAポリメラーゼ2による転写伸長反応制御の分子機構

    研究課題/領域番号：99J06444  1999年 - 2000年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 特別研究員奨励費  特別研究員奨励費

    山口 雄輝

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    配分額：2400000円 （ 直接経費：2400000円 ）

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  • Study on the role of transcriptional elongation control in the expression of cellular functions

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    資金種別：競争的資金

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  • 転写伸長反応の制御を介した細胞機能発現機構の解明

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    資金種別：競争的資金

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