2026/03/11 更新

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イシダ　タカシ
石田　貴士
ISHIDA TAKASHI
所属
情報理工学院 教授
職名
教授
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研究分野

  • 情報通信 / 生命、健康、医療情報学

論文

  • Multimodal Artificial Intelligence for Predicting 3- and 5-Year Risks of Myopic Choroidal Neovascularization in High Myopia

    Yining Wang, Takashi Ishida, Ziye Wang, Yijin Wu, Koju Kamoi, Daniel Shu Wei Ting, Kyoko Ohno-Matsui

    Ophthalmology Retina   2026年2月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.oret.2026.02.003

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  • Enhancing Interpretability of Survival Models With High Predictive Performance: Integrating Cox Proportional Hazards With Machine Learning Methods

    Shijie Chen, Takashi Ishida

    IEEE Access   2026年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1109/ACCESS.2026.3661629

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  • Prediction of large conformational changes of a protein binding pocket associated with ligand binding

    kanta sakai, Takashi Ishida

    2024年3月

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    <jats:p>Docking simulation, a key technique in virtual screening, typically treats proteins as rigid bodies. However, proteins are inherently flexible, and ligand binding can induce significant conformational changes, affecting prediction accuracy. This study proposes a new approach to identify protein binding pockets that exhibit substantial conformational changes upon lig-and binding, potentially impacting docking simulation accuracy. In this research, we developed a prediction model using graph neural network to identify protein pockets with large conformational changes. To train the model, we constructed a dataset by calculating conformational changes in ligand-binding sites between multiple holo structures corresponding to the apo structure. We evaluated the performance of the prediction model and the results demonstrated that our model could iden-tify proteins with significant conformational changes, although the prediction accuracy remains low, with an AUC of 0.58 on the test data. This study highlights the potential of deep learning approaches in addressing the challenges of protein flexi-bility in virtual screening and docking simulations.</jats:p>

    DOI： 10.26434/chemrxiv-2024-tp6nl

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  • Comparing Supervised Learning and Rigorous Approach for Predicting Protein Stability upon Point Mutations in Difficult Targets 査読 国際誌

    Jason Kurniawan, Takashi Ishida

    Journal of Chemical Information and Modeling   2023年11月

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    担当区分：責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acs.jcim.3c00750

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  • Discovery of a Hidden Trypanosoma cruzi Spermidine Synthase Binding Site and Inhibitors through In Silico, In Vitro, and X-ray Crystallography 査読 国際誌

    Ryunosuke Yoshino, Nobuaki Yasuo, Yohsuke Hagiwara, Takashi Ishida, Daniel Ken Inaoka, Yasushi Amano, Yukihiro Tateishi, Kazuki Ohno, Ichiji Namatame, Tatsuya Niimi, Masaya Orita, Kiyoshi Kita, Yutaka Akiyama, Masakazu Sekijima

    ACS Omega   2023年7月

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    担当区分：責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acsomega.3c01314

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  • Helix encoder: a compound-protein interaction prediction model specifically designed for class A GPCRs 査読 国際誌

    Haruki Yamane, Takashi Ishida

    Frontiers in Bioinformatics   2023年5月

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    担当区分：責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    <jats:p>Class A G protein-coupled receptors (GPCRs) represent the largest class of GPCRs. They are essential targets of drug discovery and thus various computational approaches have been applied to predict their ligands. However, there are a large number of orphan receptors in class A GPCRs and it is difficult to use a general protein-specific supervised prediction scheme. Therefore, the compound-protein interaction (CPI) prediction approach has been considered one of the most suitable for class A GPCRs. However, the accuracy of CPI prediction is still insufficient. The current CPI prediction model generally employs the whole protein sequence as the input because it is difficult to identify the important regions in general proteins. In contrast, it is well-known that only a few transmembrane helices of class A GPCRs play a critical role in ligand binding. Therefore, using such domain knowledge, the CPI prediction performance could be improved by developing an encoding method that is specifically designed for this family. In this study, we developed a protein sequence encoder called the Helix encoder, which takes only a protein sequence of transmembrane regions of class A GPCRs as input. The performance evaluation showed that the proposed model achieved a higher prediction accuracy compared to a prediction model using the entire protein sequence. Additionally, our analysis indicated that several extracellular loops are also important for the prediction as mentioned in several biological researches.</jats:p>

    DOI： 10.3389/fbinf.2023.1193025

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  • Protein Model Quality Estimation Using Molecular Dynamics Simulation 査読 国際誌

    Jason Kurniawan, Takashi Ishida

    ACS Omega   2022年7月

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    担当区分：責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acsomega.2c01475

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  • How to select the best model from AlphaFold2 structures?

    Yuma Takei, Takashi Ishida

    2022年4月

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    担当区分：責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory  

    DOI： 10.1101/2022.04.05.487218

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  • A Benchmark Dataset for Evaluating Practical Performance of Model Quality Assessment of Homology Models 査読 国際誌

    Yuma Takei, Takashi Ishida

    Bioengineering   9 ( 3 )   118 - 118   2022年3月

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    担当区分：責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：{MDPI} {AG}  

    DOI： 10.3390/bioengineering9030118

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  • Modeling SARS‐CoV‐2 proteins in the CASP‐commons experiment 査読 国際共著 国際誌

    Andriy Kryshtafovych, John Moult, Wendy M. Billings, Dennis Della Corte, Krzysztof Fidelis, Sohee Kwon, Kliment Olechnovič, Chaok Seok, Česlovas Venclovas, Jonghun Won, CASP‐COVID participants

    Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics   2021年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    <jats:title>Abstract</jats:title><jats:p>Critical Assessment of Structure Prediction (CASP) is an organization aimed at advancing the state of the art in computing protein structure from sequence. In the spring of 2020, CASP launched a community project to compute the structures of the most structurally challenging proteins coded for in the SARS‐CoV‐2 genome. Forty‐seven research groups submitted over 3000 three‐dimensional models and 700 sets of accuracy estimates on 10 proteins. The resulting models were released to the public. CASP community members also worked together to provide estimates of local and global accuracy and identify structure‐based domain boundaries for some proteins. Subsequently, two of these structures (ORF3a and ORF8) have been solved experimentally, allowing assessment of both model quality and the accuracy estimates. Models from the AlphaFold2 group were found to have good agreement with the experimental structures, with main chain GDT_TS accuracy scores ranging from 63 (a correct topology) to 87 (competitive with experiment).</jats:p>

    DOI： 10.1002/prot.26231

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  • Computer aided drug discovery review for infectious diseases with case study of anti-Chagas project 査読 国際誌

    Nobuaki Yasuo, Takashi Ishida, Masakazu Sekijima

    Parasitology International   2021年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.parint.2021.102366

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  • Taxonomic and Gene Category Analyses of Subgingival Plaques from a Group of Japanese Individuals with and without Periodontitis 査読 国際誌

    Kazuki Izawa, Kazuko Okamoto-Shibayama, Daichi Kita, Sachiyo Tomita, Atsushi Saito, Takashi Ishida, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama, Kazuyuki Ishihara

    International Journal of Molecular Sciences   22 ( 10 )   5298 - 5298   2021年5月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：{MDPI} {AG}  

    DOI： 10.3390/ijms22105298

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  • End-to-end learning for compound activity prediction based on binding pocket information 査読 国際共著 国際誌

    Toshitaka Tanebe, Takashi Ishida

    BMC Bioinformatics   2021年5月

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    担当区分：責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1186/s12859-021-04440-w

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  • P3CMQA: Single-Model Quality Assessment Using 3DCNN with Profile-Based Features 査読 国際誌

    Yuma Takei, Takashi Ishida

    Bioengineering   8 ( 3 )   40 - 40   2021年3月

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    担当区分：責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：{MDPI} {AG}  

    DOI： 10.3390/bioengineering8030040

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  • Single-Step Retrosynthesis Prediction Based on the Identification of Potential Disconnection Sites Using Molecular Substructure Fingerprints 査読 国際誌

    Haris Hasic, Takashi Ishida

    Journal of Chemical Information and Modeling   61 ( 2 )   641 - 652   2021年2月

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    担当区分：責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})  

    DOI： 10.1021/acs.jcim.0c01100

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  • Mathematical proof of the third order accuracy of the speedy double bootstrap method 査読 国際共著 国際誌

    Aizhen Ren, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama

    Communications in Statistics - Theory and Methods   2020年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1080/03610926.2019.1594295

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  • Development of Computational Pipeline Software for Genome/Exome Analysis on the K Computer

    Takashi Ishida

    Supercomputing Frontiers and Innovations   2020年3月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.14529/jsfi200102

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  • Sequence alignment using machine learning for accurate template-based protein structure prediction 査読 国際誌

    Shuichiro Makigaki, Takashi Ishida

    Bioinformatics   2020年1月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    <jats:title>Abstract</jats:title>
    <jats:sec>
    <jats:title>Motivation</jats:title>
    <jats:p>Template-based modeling, the process of predicting the tertiary structure of a protein by using homologous protein structures, is useful if good templates can be found. Although modern homology detection methods can find remote homologs with high sensitivity, the accuracy of template-based models generated from homology-detection-based alignments is often lower than that from ideal alignments.</jats:p>
    </jats:sec>
    <jats:sec>
    <jats:title>Results</jats:title>
    <jats:p>In this study, we propose a new method that generates pairwise sequence alignments for more accurate template-based modeling. The proposed method trains a machine learning model using the structural alignment of known homologs. It is difficult to directly predict sequence alignments using machine learning. Thus, when calculating sequence alignments, instead of a fixed substitution matrix, this method dynamically predicts a substitution score from the trained model. We evaluate our method by carefully splitting the training and test datasets and comparing the predicted structure’s accuracy with that of state-of-the-art methods. Our method generates more accurate tertiary structure models than those produced from alignments obtained by other methods.</jats:p>
    </jats:sec>
    <jats:sec>
    <jats:title>Availability and implementation</jats:title>
    <jats:p>https://github.com/shuichiro-makigaki/exmachina.</jats:p>
    </jats:sec>
    <jats:sec>
    <jats:title>Supplementary information</jats:title>
    <jats:p>Supplementary data are available at Bioinformatics online.</jats:p>
    </jats:sec>

    DOI： 10.1093/bioinformatics/btz483

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  • Sequence alignment generation using intermediate sequence search for homology modeling 査読 国際誌

    Shuichiro Makigaki, Takashi Ishida

    Computational and Structural Biotechnology Journal   2020年

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.csbj.2020.07.012

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  • A prospective compound screening contest identified broader inhibitors for Sirtuin 1. 査読

    Chiba S, Ohue M, Gryniukova A, Borysko P, Zozulya S, Yasuo N, Yoshino R, Ikeda K, Shin WH, Kihara D, Iwadate M, Umeyama H, Ichikawa T, Teramoto R, Hsin KY, Gupta V, Kitano H, Sakamoto M, Higuchi A, Miura N, Yura K, Mochizuki M, Ramakrishnan C, Thangakani AM, Velmurugan D, Gromiha MM, Nakane I, Uchida N, Hakariya H, Tan M, Nakamura HK, Suzuki SD, Ito T, Kawatani M, Kudoh K, Takashina S, Yamamoto KZ, Moriwaki Y, Oda K, Kobayashi D, Okuno T, Minami S, Chikenji G, Prathipati P, Nagao C, Mohsen A, Ito M, Mizuguchi K, Honma T, Ishida T, Hirokawa T, Akiyama Y, Sekijima M

    Scientific reports   9 ( 1 )   19585   2019年12月

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  • Protein model accuracy estimation based on local structure quality assessment using 3D convolutional neural network 査読 国際誌

    Rin Sato, Takashi Ishida

    PLOS ONE   14 ( 9 )   2019年9月

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    担当区分：責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Public Library of Science ({PLoS})  

    DOI： 10.1371/journal.pone.0221347

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  • An iterative compound screening contest method for identifying target protein inhibitors using the tyrosine-protein kinase Yes 査読

    Shuntaro Chiba, Takashi Ishida, Kazuyoshi Ikeda, Masahiro Mochizuki, Reiji Teramoto, Y-h. Taguchi, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Chandrasekaran Ramakrishnan, A. Mary Thangakani, D. Velmurugan, M. Michael Gromiha, Tatsuya Okuno, Koya Kato, Shintaro Minami, George Chikenji, Shogo D. Suzuki, Keisuke Yanagisawa, Woong-Hee Shin, Daisuke Kihara, Kazuki Z. Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Nobuaki Yasuo, Ryunosuke Yoshino, Sergey Zozulya, Petro Borysko, Roman Stavniichuk, Teruki Honma, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama, Masakazu Sekijima

    SCIENTIFIC REPORTS   7 ( 12038 )   1 - 13   2017年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/s41598-017-10275-4

    Web of Science

    PubMed

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  • In silico, in vitro, X-ray crystallography, and integrated strategies for discovering spermidine synthase inhibitors for Chagas disease 査読

    Ryunosuke Yoshino, Nobuaki Yasuo, Yohsuke Hagiwara, Takashi Ishida, Daniel Ken Inaoka, Yasushi Amano, Yukihiro Tateishi, Kazuki Ohno, Ichiji Namatame, Tatsuya Niimi, Masaya Orita, Kiyoshi Kita, Yutaka Akiyama, Masakazu Sekijima

    SCIENTIFIC REPORTS   7 ( 1 )   6666   2017年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/s41598-017-06411-9

    Web of Science

    PubMed

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  • Spresso: an ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition

    Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama

    Bioinformatics   33 ( 23 )   3836 - 3843   2017年3月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

    Abstract

    Motivation

    Recently, the number of available protein tertiary structures and compounds has increased. However, structure-based virtual screening is computationally expensive owing to docking simulations. Thus, methods that filter out obviously unnecessary compounds prior to computationally expensive docking simulations have been proposed. However, the calculation speed of these methods is not fast enough to evaluate ≥ 10 million compounds.

    Results

    In this article, we propose a novel, docking-based pre-screening protocol named Spresso (Speedy PRE-Screening method with Segmented cOmpounds). Partial structures (fragments) are common among many compounds; therefore, the number of fragment variations needed for evaluation is smaller than that of compounds. Our method increases calculation speeds by ∼200-fold compared to conventional methods.

    Availability and Implementation

    Spresso is written in C ++ and Python, and is available as an open-source code (http://www.bi.cs.titech.ac.jp/spresso/) under the GPLv3 license.

    Supplementary information

    Supplementary data are available at Bioinformatics online.

    DOI： 10.1093/bioinformatics/btx178

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  • GPU-acceleration of sequence homology searches with database subsequence clustering

    S Suzuki, M Kakuta, T Ishida, Y Akiyama

    PLoS one   2016年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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  • Identification of potential inhibitors based on compound proposal contest: Tyrosine-protein kinase Yes as a target. 査読

    Chiba S, Ikeda K, Ishida T, Gromiha MM, Taguchi YH, Iwadate M, Umeyama H, Hsin KY, Kitano H, Yamamoto K, Sugaya N, Kato K, Okuno T, Chikenji G, Mochizuki M, Yasuo N, Yoshino R, Yanagisawa K, Ban T, Teramoto R, Ramakrishnan C, Thangakani AM, Velmurugan D, Prathipati P, Ito J, Tsuchiya Y, Mizuguchi K, Honma T, Hirokawa T, Akiyama Y, Sekijima M

    Scientific reports   5   17209   2015年11月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/srep17209

    Web of Science

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  • Protein-protein docking on hardware accelerators: comparison of GPU and MIC architectures

    Shimoda, Takehiro, Suzuki, Shuji, Ohue, Masahito, Ishida, Takashi, Akiyama, Yutaka

    Bmc Systems Biology   9   2015年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1186/1752-0509-9-S1-S6

    Web of Science

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  • Faster sequence homology searches by clustering subsequences

    Suzuki, Shuji, Kakuta, Masanori, Ishida, Takashi, Akiyama, Yutaka

    Bioinformatics   31 ( 8 )   2015年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/bioinformatics/btu780

    Web of Science

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  • Drug Clearance Pathway Prediction Based on Semi-supervised Learning

    Yanagisawa, Keisuke, Ishida, Takashi, Akiyama, Yutaka

    IPSJ Transactions on Bioinformatics   8   21 - 27   2015年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Information Processing Society of Japan  

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  • MEGADOCK 4.0: an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers

    Ohue, Masahito, Shimoda, Takehiro, Suzuki, Shuji, Matsuzaki, Yuri, Ishida, Takashi, Akiyama, Yutaka

    Bioinformatics   30 ( 22 )   2014年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/bioinformatics/btu532

    Web of Science

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  • GHOSTX: An Improved Sequence Homology Search Algorithm Using a Query Suffix Array and a Database Suffix Array

    Suzuki, Shuji, Kakuta, Masanori, Ishida, Takashi, Akiyama, Yutaka

    Plos One   9 ( 8 )   2014年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1371/journal.pone.0103833

    Web of Science

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  • MEGADOCK: An All-to-All Protein-Protein Interaction Prediction System Using Tertiary Structure Data

    Ohue, Masahito, Matsuzaki, Yuri, Uchikoga, Nobuyuki, Ishida, Takashi, Akiyama, Yutaka

    Protein and Peptide Letters   21 ( 8 )   2014年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Web of Science

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  • (DP2)-P-2: database of disordered protein predictions

    Oates, Matt E., Romero, Pedro, Ishida, Takashi, Ghalwash, Mohamed, Mizianty, Marcin J., Xue, Bin, Dosztanyi, Zsuzsanna, Uversky, Vladimir N., Obradovic, Zoran, Kurgan, Lukasz, Dunker, A. Keith, Gough, Julian

    Nucleic Acids Research   41 ( D1 )   2013年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/gks1226

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  • Assessing statistical reliability of phylogenetic trees via a speedy double bootstrap method

    Ren, Aizhen, Ishida, Takashi, Akiyama, Yutaka

    Molecular Phylogenetics and Evolution   67 ( 2 )   2013年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.ympev.2013.02.011

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  • Acceleration of sequence clustering using longest common subsequence filtering

    Namiki, Youhei, Ishida, Takashi, Akiyama, Yutaka

    Bmc Bioinformatics   14   2013年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1186/1471-2105-14-S8-S7

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  • Improvement of Protein-Protein Interaction Prediction by Integrating Template-Based and Template-Free Protein Docking.

    Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takehiro Shimoda, Takashi Ishida 0002, Yutaka Akiyama

    ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics. ACM-BCB 2013(BCB)   666 - 666   2013年

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    掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）   出版者・発行元：ACM  

    DOI： 10.1145/2506583.2506669

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    その他リンク： https://dblp.uni-trier.de/db/conf/bcb/bcb2013.html#OhueMSIA13

  • An ultra-fast computing pipeline for metagenome analysis with next-generation DNA sequencers

    Suzuki, Shuji, Ishida, Takashi, Akiyama, Yutaka, IEEE

    2012 Sc Companion: High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis (Scc)   2012年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Web of Science

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  • Improvement of the Protein-Protein Docking Prediction by Introducing a Simple Hydrophobic Interaction Model: An Application to Interaction Pathway Analysis.

    Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida 0002, Yutaka Akiyama

    Pattern Recognition in Bioinformatics - 7th IAPR International Conference(PRIB)   178 - 187   2012年

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    掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）   出版者・発行元：Springer  

    DOI： 10.1007/978-3-642-34123-6_16

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    その他リンク： https://dblp.uni-trier.de/db/conf/prib/prib2012.html#OhueMIA12

  • Fast DNA Sequence Clustering Based on Longest Common Subsequence.

    Youhei Namiki, Takashi Ishida 0002, Yutaka Akiyama

    Emerging Intelligent Computing Technology and Applications - 8th International Conference   453 - 460   2012年

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    掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）   出版者・発行元：Springer  

    DOI： 10.1007/978-3-642-31837-5_66

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    その他リンク： https://dblp.uni-trier.de/db/conf/icic/icic2012-3.html#NamikiIA12

  • Absolute quality evaluation of protein model structures using statistical potentials with respect to the native and reference states

    Shirota, Matsuyuki, Ishida, Takashi, Kinoshita, Kengo

    Proteins-Structure Function and Bioinformatics   79 ( 5 )   2011年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/prot.22982

    Web of Science

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  • Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology

    Fleishman, Sarel J., Whitehead, Timothy A., Strauch, Eva-Maria, Corn, Jacob E., Qin, Sanbo, Zhou, Huan-Xiang, Mitchell, Julie C., Demerdash, Omar N. A., Takeda-Shitaka, Mayuko, Terashi, Genki, Moal, Iain H., Li, Xiaofan, Bates, Paul A., Zacharias, Martin, Park, Hahnbeom, Ko, Jun-su, Lee, Hasup, Seok, Chaok, Bourquard, Thomas, Bernauer, Julie, Poupon, Anne, Aze, Jerome, Soner, Seren, Ovali, Sefik Kerem, Ozbek, Pemra, Ben Tal, Nir, Haliloglu, Turkan, Hwang, Howook, Vreven, Thom, Pierce, Brian G., Weng, Zhiping, Perez-Cano, Laura, Pons, Caries, Fernandez-Recio, Juan, Jiang, Fan, Yang, Feng, Gong, Xinqi, Cao, Libin, Xu, Xianjin, Liu, Bin, Wang, Panwen, Li, Chunhua, Wang, Cunxin, Rober, Charles H., Guharoy, Mainak, Liu, Shiyong, Huang, Yangyu, Li, Lin, Guo, Dachuan, Chen, Ying, Xiao, Yi, London, Nir, Itzhaki, Zohar, Schueler-Furman, Ora, Inbar, Yuval, Potapov, Vladimir, Cohen, Mati, Schreiber, Gideon, Tsuchiya, Yuko, Kanamori, Eiji, Standley, Daron M., Nakamura, Haruki, Kinoshita, Kengo, Driggers, Camden M., Hall, Robert G., Morgan, Jessica L., Hsu, Victor L., Zhan, Jian, Yang, Yuedong, Zhou, Yaoqi, Kastritis, Panagiotis L., Bonvin, Alexandre M. J. J., Zhang, Weiyi, Camacho, Carlos J., Kilambi, Krishna P., Sircar, Aroop, Gray, Jeffrey J., Ohue, Masahito, Uchikoga, Nobuyuki, Matsuzaki, Yuri, Ishida, Takashi, Akiyama, Yutaka, Khashan, Raed, Bush, Stephen, Fouches, Denis, Tropsha, Alexander, Esquivel-Rodriguez, Juan, Kihara, Daisuke, Stranges, P. Benjamin, Jacak, Ron, Kuhlman, Brian, Huang, Sheng-You, Zou, Xiaoqin, Wodak, Shoshana J., Janin, Joel, Baker, David

    Journal of Molecular Biology   414 ( 2 )   2011年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.jmb.2011.09.031

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  • Analyses on hydrophobicity and attractiveness of all-atom distance-dependent potentials

    Shirota, Matsuyuki, Ishida, Takashi, Kinoshita, Kengo

    Protein Science   18 ( 9 )   2009年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/pro.201

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  • PiSite: a database of protein interaction sites using multiple binding states in the PDB

    Higurashi, Miho, Ishida, Takashi, Kinoshita, Kengo

    Nucleic Acids Research   37   2009年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/gkn659

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  • Identification of transient hub proteins and the possible structural basis for their multiple interactions

    Higurashi, Miho, Ishida, Takashi, Kinoshita, Kengo

    Protein Science   17 ( 1 )   2008年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1110/ps.073196308

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  • Prediction of disordered regions in proteins based on the meta approach

    Ishida, Takashi, Kinoshita, Kengo

    Bioinformatics   24 ( 11 )   2008年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/bioinformatics/btn195

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  • PrDOS: prediction of disordered protein regions from amino acid sequence

    Ishida, Takashi, Kinoshita, Kengo

    Nucleic Acids Research   35   2007年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/gkm363

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  • Potential for assessing quality of protein structure based on contact number prediction

    Ishida, Takashi, Nakamura, Shugo, Shimizu, Kentaro

    Proteins-Structure Function and Bioinformatics   64 ( 4 )   2006年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/prot.21047

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  • Aggregation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations

    Tsukamoto, Koki, Shimizu, Hideaki, Ishida, Takashi, Akiyama, Yutaka, Nukina, Nobuyuki

    Journal of Molecular Structure-Theochem   778 ( 1-3 )   2006年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.theochem.2006.08.046

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  • Development of an ab initio protein structure prediction system ABLE.

    Ishida, Takashi, Nishimura, Takeshi, Nozaki, Makoto, Inoue, Tsuyoshi, Terada, Tohru, Nakamura, Shugo, Shimizu, Kentaro

    Genome informatics. International Conference on Genome Informatics   14   2003年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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MISC

  • フラグメント分割に基づく超高速化合物プレスクリーニング手法ESPRESSO—ESPRESSO : An ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition

    柳澤 渓甫, 小峰 駿汰, 鈴木 翔吾, 大上 雅史, 石田 貴士, 秋山 泰

    電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報   116 ( 120 )   99 - 105   2016年7月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：東京 : 電子情報通信学会  

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    その他リンク： https://ndlsearch.ndl.go.jp/books/R000000004-I027541187

  • 半教師付き学習を用いた薬物クリアランス経路予測

    柳澤 渓甫, 石田 貴士, 秋山 泰

    情報処理学会研究報告. MPS, 数理モデル化と問題解決研究報告   2014 ( 10 )   1 - 6   2014年6月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会  

    近年,新薬開発にかかる時間および費用は莫大なものであり,この費用や開発期間の削減が求められている.薬剤候補化合物が新薬として認められるためには体内で代謝・排泄されるという安全性を確認する必要があるが,この観点から計算機を用いることで薬物候補化合物の早期の選定を行うのが薬物クリアランス経路予測と呼ばれるものである.この予測問題は既知薬物のクリアランス経路を利用して学習を行うが,この情報を得るには実験が必要となるため,データ数が少ないことが問題となっている.そこでこの予測問題に対する半教師付き学習の有用性を評価し,この手法を用いることで予測精度の改善を試みた.また,入力の特徴量を増加させることが有効であると考え,貪欲法により 802 個の化合物記述子より選択した特徴量の追加を行い,その効果も検証した.

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  • 半教師付き学習を用いた薬物クリアランス経路予測

    柳澤 渓甫, 石田 貴士, 秋山 泰

    情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学   2014 ( 10 )   1 - 6   2014年6月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会  

    近年,新薬開発にかかる時間および費用は莫大なものであり,この費用や開発期間の削減が求められている.薬剤候補化合物が新薬として認められるためには体内で代謝・排泄されるという安全性を確認する必要があるが,この観点から計算機を用いることで薬物候補化合物の早期の選定を行うのが薬物クリアランス経路予測と呼ばれるものである.この予測問題は既知薬物のクリアランス経路を利用して学習を行うが,この情報を得るには実験が必要となるため,データ数が少ないことが問題となっている.そこでこの予測問題に対する半教師付き学習の有用性を評価し,この手法を用いることで予測精度の改善を試みた.また,入力の特徴量を増加させることが有効であると考え,貪欲法により 802 個の化合物記述子より選択した特徴量の追加を行い,その効果も検証した.

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  • 半教師付き学習を用いた薬物クリアランス経路予測—Drug clearance pathway prediction using semi-supervised learning

    柳澤 渓甫, 石田 貴士, 秋山 泰

    電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報   114 ( 104 )   55 - 60   2014年6月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：東京 : 電子情報通信学会  

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    その他リンク： https://ndlsearch.ndl.go.jp/books/R000000004-I025589621

  • De Bruijn Graphの分割によるVelvetの消費メモリの低減

    杉浦 典和, 石田 貴士, 秋山 泰, 関嶋 政和

    情報処理学会研究報告. MPS, 数理モデル化と問題解決研究報告   2013 ( 6 )   1 - 7   2013年12月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会  

    de Bruijn graph を用いる代表的 de novo アセンブラであるVelvetは,その消費メモリ量の多さが課題とされている.Velvet は大きく 2 つのステップから構成されており,1 つ目のステップについてはハッシュテーブルの分割による消費メモリ量の削減手法が既に提案されている.本稿では後半のステップで Velvet が作成する de Bruijn Graph やその他のデータ構造を分割することで,Velvet の後半の消費メモリ量を削減した.

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  • 顧みられない熱帯病に対するIT創薬の現状 (今田治教授退任記念論文集 兵藤友博教授退任記念論文集)

    石田 貴史, 秋山 泰, 関嶋 政和, 大野 一樹, 折田 正弥

    立命館経営学   52 ( 2 )   267 - 282   2013年11月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：立命館大学経営学会  

    DOI： 10.34382/00001082

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    その他リンク： http://hdl.handle.net/10367/5157

  • 結合自由エネルギー計算を用いた薬物クリアランス経路予測の改善 (ニューロコンピューティング)

    齊藤 有紀, 石田 貴士, 関嶋 政和, 秋山 泰

    電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報   113 ( 111 )   83 - 88   2013年6月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会  

    近年,薬剤開発に必要な時間や費用が増大しており,薬剤開発の期間短縮や費用削減が求められている.そのための手法としてコンピュータ上でのシミュレーションを用いて,ターゲットとなるタンパク質を阻害する薬物の構造を設計する手法が注目を浴びている.一方で,薬物として使用する化合物は,体内で代謝・排泄されなければならないという条件がある.この条件を満たす薬物の選定のために行われるのが薬物クリアランス経路予測である.そこで我々は,コンピュータ上で行われるシミュレーションのひとつである,タンパク質と化合物のドッキング計算による結合自由エネルギー計算を,薬物クリアランス経路の予測に応用し,これまで我々が開発してきたクリアランス経路予測システムの精度改善を行った.

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  • Sparse k-mer graphアルゴリズムの評価とVelvetへの実装 (ニューロコンピューティング)

    吉川 舜亮, 石田 貴士, 関嶋 政和, 秋山 泰

    電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報   113 ( 111 )   1 - 7   2013年6月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会  

    近年,次世代シーケンサの開発により大量のゲノム情報を高速かつ低価格で読み取ることが可能となった一方で,一度に読み取ることができるリードの長さが第一世代のシーケンサが数百塩基であるのに比べて第二世代以降のシーケンサでは数十から百数十塩基と短くなっており,それに伴って様々なショートリード向けのアセンブラが考案されている.本研究では,まず高速,省メモリのアセンブラとして近年提案されたSparse Assemblerの性能評価を行い,主に最大メモリ使用量,実行時間の面で優れる一方で,出力されるコンティグの質は他のアセンブラに劣ることを確認した.そこで本研究では多くの研究で使用実績のあるVelvetにこのアルゴリズムを適用することで,Velvetのアルゴリズムを基本としながらも従来のものより短時間かつ少ないメモリ使用量のアセンブラを実装することを目指した.

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  • 不動点定理によるドロネー性の確認

    杉浦 典和, 石田 貴士, 秋山 泰, 関嶋 政和

    研究報告バイオ情報学（BIO）   2012 ( 24 )   1 - 3   2012年11月

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    記述言語：英語  

    de Bruijn graph を用いる代表的 de novo アセンブラである Velvet は，その消費メモリの多さが課題とされている． Velvet は大きく 2 つのステップから構成されており， 1 つ目のステップについてはハッシュテーブルの分割による消費メモリの削減手法が既に提案されている．本稿では後半のステップで Velvet が作成する 1 つ目の de Bruijn Graph である PreGraph を分割することで， Velvet の特定の処理の消費メモリを削減した．It is a well-known fact that the memory consumption of Velvet, which is one of the representative de novo assembler based on de Bruijn Graph, is too large. Velvet is composed of two steps, and several methods have been already proposed for decreasing the memory consumption of the first step by dividing the hash table. Here we proposed a graph dividing method. By using this method, we have succeeded to decrease the memory consumption of a part of the latter step of Velvet, which makes the PreGraph.

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  • De Bruijn GraphのPreGraphの分割によるVelvetの改良

    杉浦 典和, 石田 貴士, 秋山 泰, 関嶋 政和

    研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）   2012 ( 24 )   1 - 3   2012年11月

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    記述言語：日本語  

    de Bruijn graph を用いる代表的 de novo アセンブラである Velvet は，その消費メモリの多さが課題とされている． Velvet は大きく 2 つのステップから構成されており， 1 つ目のステップについてはハッシュテーブルの分割による消費メモリの削減手法が既に提案されている．本稿では後半のステップで Velvet が作成する 1 つ目の de Bruijn Graph である PreGraph を分割することで， Velvet の特定の処理の消費メモリを削減した．It is a well-known fact that the memory consumption of Velvet, which is one of the representative de novo assembler based on de Bruijn Graph, is too large. Velvet is composed of two steps, and several methods have been already proposed for decreasing the memory consumption of the first step by dividing the hash table. Here we proposed a graph dividing method. By using this method, we have succeeded to decrease the memory consumption of a part of the latter step of Velvet, which makes the PreGraph.

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  • ハッシュテーブルの分割による de novo アセンブリの改良

    杉浦 典和, 石田 貴士, 関嶋 政和, 秋山 泰

    電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング   112 ( 108 )   133 - 139   2012年6月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会  

    代表的なde novoアセンブラの一つであるVelvetは,大規模なゲノムのアセンブリにおいて消費メモリ量の多さが課題とされている.本稿ではハッシュテーブルを分割することで,特に消費メモリ量の多い前半のvelvethの消費メモリを削減する手法を提案した.またハッシュテーブルを分割する手法として,新たにリード分割法を提案した.リード分割法の提案により,従来より提案されているk-mer値に応じた分割法に比べ,少数計算機で実行する際の実行時間の削減に成功した.

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  • ハッシュテーブルの分割によるde novoアセンブリの改良

    杉浦 典和, 石田 貴士, 関嶋 政和, 秋山 泰

    研究報告バイオ情報学（BIO）   2012 ( 25 )   1 - 7   2012年6月

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    記述言語：日本語  

    代表的な de novo アセンブラの一つである Velvet は，大規模なゲノムのアセンブリにおいて消費メモリ量の多さが課題とされている．本稿ではハッシュテーブルを分割することで，特に消費メモリ量の多い前半の velveth の消費メモリを削減する手法を提案した．またハッシュテーブルを分割する手法として，新たにリード分割法を提案した．リード分割法の提案により，従来より提案されている k-mer 値に応じた分割法に比べ，少数計算機で実行する際の実行時間の削減に成功した．Velvet is one of the most representative de novo assembler. However it has a problem that its memory consumption is too large for large scale assembling. Here, we propose a method to decrease the memory consumption of velveth which is the first half of Velvet and requires generally larger memory than the remaining half part. We propose a novel hash dividing method by dividing reads. By using this method, we have succeeded to decrease the elapsed time compared to the existing method, which divides a hash table corresponding the k-mer value.

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